Análises baseadas em bioinformática e predição de epítopos de células B / th da proteína Art v 1 do alérgeno de pólen de artemísia

Jin Hu; Xiangyu Zhou; Yikun Cao; Xiuli Cheng; Na Li; Bing Hua; Hongwan Dang

doi:10.3791/66517

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Artigo de método

Análises baseadas em bioinformática e predição de epítopos de células B / th da proteína Art v 1 do alérgeno de pólen de artemísia

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DOI:

10.3791/66517

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22 de dezembro de 2023

Jin Hu^*¹^,²^,³ , Xiangyu Zhou^*⁴ , Yikun Cao^*⁴ , Xiuli Cheng^*⁵ , Na Li⁴ , Bing Hua⁴ , Hongwan Dang¹^,³

¹School of Basic Medicine, Ningxia Medical University, ²Preparation Center, General Hospital of Ningxia Medical University, ³Department of Pharmacy, General Hospital of Ningxia Medical University, ⁴Institute of Neurological Diseases, Shizuishan First People's Hospital, ⁵Department of Pharmacy, People's Hospital of Ningxia Hui Autonomous Region

^* These authors contributed equally

Neste artigo

Resumo

Aqui, apresentamos um protocolo para realizar análises de correlação de bioinformática para prever as propriedades físico-químicas, estrutura secundária e epítopos de células auxiliares B e T da proteína Art v 1 do pólen de artemísia para fornecer uma base teórica para o desenvolvimento subsequente da vacina contra doenças alérgicas ao pólen de artemísia e tratamento de doenças.

Resumo

Para analisar as características da sequência do alérgeno de pólen de artemísia proteína Art v 1 e predizer seus epítopos de células B e Th (células T auxiliares), a sequência gênica e a sequência de aminoácidos da proteína Art v 1 foram obtidas por referência ao Genebank. ExPASy's Prot Param, TMHMM, DNAstar Protean, Swiss-Model, UCLA-DOE LAB SAVES v6.0 e IEDB foram usados para analisar e prever propriedades físico-químicas, região transmembrana, estrutura secundária, estrutura terciária e epítopos de células B e Th da proteína.

A proteína Art v 1 é composta por 132 resíduos de aminoácidos, o peso molecular relativo é 13404,26, a fórmula molecular é C₅₈₄H₉₀₃N₁₅₇O₁₈₁S₁₂, o valor de pI é 7,49, o índice de solubilidade lipídica é 41,59 e o índice hidrofílico é -0,454, que é considerado como proteína hidrofílica. O índice de instabilidade (ii) é 78,11, que é classificado como uma proteína instável. O terminal N da proteína possui uma região transmembrana α-helicoidal, localizada na sequência de resíduos de aminoácidos 5-27, e a posição 1-24 é a sequência de peptídeos sinalizadores. Existem bobinas aleatórias, β voltas, α-hélice e β folhas, e também contém estruturas de região hidrofílica, região flexível e região de acessibilidade de superfície.

Os resultados da previsão da estrutura terciária são consistentes com os resultados da análise da estrutura secundária. Cinco epítopos de células B dominantes foram previstos, que foram Art v 1 71-87, Art v 1 33-49, Art v 1 104-120, Art v 1 95-111 e Art v 1 86-102. Havia cinco epítopos dominantes de células Th, que eram Art v 1 2-16, Art v 1 3-17, Art v 1 4-18, Art v 1 5-19 e Art v 1 6-20. Prevê-se que a proteína Art v 1 tenha boa antigenicidade devido à presença de epítopos de células B e células Th.

Introdução

A artemísia, um gênero de Artemisia in Compositae, é amplamente distribuída na Mongólia Interior, Gansu e outras regiões da China¹. Várias doenças alérgicas induzidas pelo pólen da artemísia são geralmente alergias do tipo I causadas pela exposição repetida de indivíduos atópicos a alérgenos de pólen e pela geração de mediadores bioativos, resultando em inflamação catarral da mucosa nasal, conjuntiva e brônquios e até ataques de asma². O Subcomitê de Observação de Alérgenos³ da OMS / IUIS reconheceu oficialmente sete alérgenos de artemísia atualmente, a saber, Art....