Os organoides retinianos (ROs) são um sistema de cultura tridimensional que imita as características da retina humana que se diferenciaram das células-tronco pluripotentes induzidas (iPSCs) sob condições específicas. O desenvolvimento e a maturação da sinapse em ROs têm sido estudados imunocitoquímica e funcionalmente. No entanto, a evidência direta da ultraestrutura de contato sináptico é limitada, contendo sinapses de fita especiais e sinapses químicas convencionais. A microscopia eletrônica de transmissão (MET) é caracterizada por alta resolução e uma história respeitável elucidando o desenvolvimento da retina e a maturação das sinapses em humanos e várias espécies. É uma ferramenta poderosa para explorar a estrutura sináptica em ROs e é amplamente utilizada no campo de pesquisa de ROs. Portanto, para explorar melhor a estrutura dos contatos sinápticos de RO em nanoescala e obter evidências microscópicas de alta qualidade, desenvolvemos um método simples e repetível de preparação de amostras de RO TEM. Este artigo descreve o protocolo, os reagentes usados e as etapas detalhadas, incluindo a preparação da fixação do RO, pós-fixação, incorporação e visualização.