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Research Article
James K. Kiraly1, Scott C. Harris2, Timour Al-Khindi1, Felice A. Dunn2, Alex L. Kolodkin1
1Solomon H. Snyder Department of Neuroscience, The Johns Hopkins Kavli Neuroscience Discovery Institute,The Johns Hopkins University School of Medicine, 2Department of Ophthalmology,University of California, San Franciso
Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.
Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Descrevemos aqui o PyOKR, um método de análise quantitativa semiautomatizado que mede diretamente os movimentos oculares resultantes de respostas visuais ao movimento bidimensional da imagem. Uma interface de usuário baseada em Python e um algoritmo de análise permitem maior rendimento e medições quantitativas mais precisas dos parâmetros de rastreamento ocular do que os métodos anteriores.
O estudo das respostas comportamentais aos estímulos visuais é um componente chave para a compreensão da função do sistema visual. Uma resposta notável é o reflexo optocinético (OKR), um comportamento inato altamente conservado necessário para a estabilização da imagem na retina. O OKR fornece uma leitura robusta da capacidade de rastreamento de imagens e tem sido extensivamente estudado para entender os circuitos e a função do sistema visual em animais de diferentes origens genéticas. O OKR consiste em duas fases: uma fase de rastreamento lento, pois o olho segue um estímulo até a borda do plano visual e uma sacada de fase rápida compensatória que redefine a posição do olho na órbita. Os métodos anteriores de quantificação de ganho de rastreamento, embora confiáveis, são trabalhosos e podem ser subjetivos ou derivados arbitrariamente. Para obter uma quantificação mais rápida e reprodutível da capacidade de rastreamento ocular, desenvolvemos um novo programa de análise semi-automatizado, o PyOKR, que permite a quantificação do movimento de rastreamento ocular bidimensional em resposta a qualquer estímulo direcional, além de ser adaptável a qualquer tipo de equipamento de vídeo-oculografia. Este método fornece filtragem automatizada, seleção de fases de rastreamento lento, modelagem de vetores oculares verticais e horizontais, quantificação dos ganhos de movimento ocular em relação à velocidade do estímulo e organização dos dados resultantes em uma planilha utilizável para comparações estatísticas e gráficas. Esse pipeline de análise quantitativa e simplificada, prontamente acessível por meio da importação do PyPI, fornece uma medição rápida e direta das respostas OKR, facilitando assim o estudo das respostas comportamentais visuais.
A estabilização da imagem depende de respostas oculomotoras precisas para compensar o fluxo óptico global que ocorre durante o automovimento. Essa estabilização é impulsionada principalmente por duas respostas motoras: o reflexo optocinético (OKR) e o reflexo vestíbulo-ocular (RVO)1,2,3. O movimento global lento através da retina induz o OKR, que provoca a rotação reflexiva do olho na direção correspondente para estabilizar a imagem 1,2. Esse movimento, conhecido como fase lenta, é interrompido por sacadas compensatórias, conhecidas como fase rápida, nas quais o olho se reinicia rapidamente na direção oposta para permitir uma nova fase lenta. Aqui, definimos essas sacadas de fase rápida como movimentos de rastreamento ocular (ETMs). Enquanto o RVO depende do sistema vestibular para provocar movimentos oculares para compensar os movimentos da cabeça3, o OKR é iniciado na retina pelo disparo de ON e subsequente sinalização para o Sistema Óptico Acessório (AOS) no mesencéfalo 4,5. Devido à sua dependência direta dos circuitos da retina, o OKR tem sido frequentemente usado para determinar a capacidade de rastreamento visual em ambientes clínicos e de pesquisa 6,7.
O OKR tem sido estudado extensivamente como uma ferramenta para avaliar a capacidade visual básica 2,6,8, o desenvolvimento de DSGC 9,10,11,12, respostas oculomotoras13 e diferenças fisiológicas entre os antecedentes genéticos7. A OKR é avaliada em animais com cabeça fixa e com estímulo em movimento14. As respostas oculomotoras são normalmente capturadas usando uma variedade de ferramentas de vídeo, e os movimentos de rastreamento ocular são capturados como formas de onda OKR nas direções horizontal e vertical9. Para quantificar a capacidade de rastreamento, duas métricas primárias foram descritas: ganho de rastreamento (a velocidade do olho em relação à velocidade do estímulo) e frequência ETM (o número de sacadas de fase rápida em um determinado período de tempo). O cálculo do ganho tem sido usado historicamente para medir diretamente a velocidade angular do olho para estimar a capacidade de rastreamento; no entanto, esses cálculos são trabalhosos e podem ser derivados arbitrariamente com base em métodos de coleta de vídeo-oculografia e quantificação subsequente. Para uma avaliação mais rápida do OKR, a contagem da frequência do ETM tem sido usada como um método alternativo para medir a acuidade de rastreamento7. Embora isso forneça uma estimativa bastante precisa da capacidade de rastreamento, esse método depende de uma métrica indireta para quantificar a resposta de fase lenta e introduz vários vieses. Isso inclui um viés do observador na determinação da sacádica, uma dependência de respostas sacádicas temporalmente consistentes em uma época definida e uma incapacidade de avaliar a magnitude da resposta de fase lenta.
Para abordar essas preocupações com as abordagens atuais de avaliação de OKR e permitir uma quantificação aprofundada de alto rendimento dos parâmetros OKR, desenvolvemos um novo método de análise para quantificar as formas de onda OKR. Nossa abordagem usa uma plataforma de software acessível baseada em Python chamada "PyOKR". Usando este software, a modelagem e quantificação das respostas de fase lenta OKR podem ser estudadas em maior profundidade e com maior parametrização. O software fornece avaliações quantitativas acessíveis e reprodutíveis de respostas a uma miríade de estímulos visuais e também rastreamento visual bidimensional em resposta ao movimento horizontal e vertical.
Todos os experimentos com animais realizados na Escola de Medicina da Universidade Johns Hopkins (JHUSOM) foram aprovados pelo Comitê Institucional de Cuidados e Uso de Animais (IACUC) no JHUSOM. Todos os experimentos realizados na Universidade da Califórnia, São Francisco (UCSF) foram realizados de acordo com protocolos aprovados pelo Programa Institucional de Cuidados e Uso de Animais da UCSF.
1. Coleta de dados comportamentais
2. Instalação de software de análise
3. Análise de dados de ondas
Para validar o método de análise descrito acima, quantificamos o ganho de rastreamento OKR em traços de onda coletados de camundongos do tipo selvagem e um mutante nocaute condicional com um déficit de rastreamento conhecido. Além disso, para testar a aplicabilidade mais ampla de nosso método de análise, analisamos traços derivados de uma coorte separada de camundongos do tipo selvagem adquiridos usando um método diferente de coleta de video-oculografia. A filtragem automática de sacádicos facilita o processamento e a análise de dados OKR (Figura 3). Usando registros de estímulos unidirecionais e senoidais (Figura 1D), calculamos os ganhos de rastreamento OKR nas quatro direções cardeais (Figura 2F) para animais selvagens (n = 13) para estímulos unidirecionais e também rastreamos os ganhos em resposta a estímulos senoidais horizontais e verticais (Figura 4). A disparidade na capacidade de rastreamento em relação à direção do estímulo para estímulos unidirecionais e senoidais é consistentemente observada em todos os camundongos do tipo selvagem, com respostas horizontais igualmente robustas que demonstram ganhos de rastreamento significativamente maiores do que as respostas verticais, como foi descrito2. Além disso, ganhos de rastreamento assimétrico entre as respostas para cima e para baixo também são observados em camundongos do tipo selvagem usando ambos os métodos de coleta de vídeo-oculografia, como foi relatado anteriormente 2,10. As magnitudes relativas e a consistência dos ganhos de rastreamento em comparação com a caracterização publicada das respostas OKR indicam que os ganhos de rastreamento calculados usando o software refletem com precisão a capacidade de rastreamento. Além dos cálculos de ganho unidirecional, o movimento ocular horizontal e vertical pode ser modelado simultaneamente (Figura 5), permitindo uma reconstrução tridimensional do movimento ocular em resposta a um determinado estímulo. Isso fornece uma capacidade de quantificação adicional que é útil para estudos futuros que investigam respostas horizontais e verticais acopladas cruzadas9.
Para validar a utilidade do software para identificar mudanças comportamentais significativas em diferentes condições experimentais, reanalisamos nossos dados publicados9 para confirmar que os déficits no rastreamento vertical avaliados naquele estudo pela contagem manual de sacadas de fase rápida são refletidos no rastreamento de ganhos usando a metodologia aqui apresentada. Trabalhos anteriores mostram que a inativação genética na retina do fator de transcrição T-box Transcription Factor 5 (Tbx5) por nocaute condicional usando protocaderina 9-Cre (Pcdh9-Cre) causa perda específica de células ganglionares seletivas de direção ON sintonizadas para cima (up-oDSGCs), e que Tbx5 Flox / Flox (Tbx5f / f); Os mutantes Pcdh9-Cre exibem perda específica de rastreamento OKR vertical9. A análise quantitativa usando o método descrito aqui mostra que Tbx5f/f; Os animais Pcdh9-Cre mantêm ganhos normais de rastreamento horizontal (Figura 6A), semelhantes aos descritos anteriormente e obtidos por contagem manual de sacádicos de fase rápida (ETMs) (Figura 2F); no entanto, esses camundongos mostram perda significativa de rastreamento vertical, com ganhos quase nulos em resposta a estímulos para cima e para baixo (Figura 6B, C). Além disso, a análise das respostas senoidais confirma que os animais Tbx5 cKO exibem maiores ganhos de rastreamento horizontal, mostrando rastreamento vertical significativamente diminuído (Figura 6D-F). Uma reanálise desse fenótipo descrito anteriormente usando PyOKR demonstra a precisão e sensibilidade dessa nova metodologia, que permite comparações quantitativas das respostas OKR em camundongos de diferentes cepas genéticas.
Finalmente, analisamos traços verticais de OKR do tipo selvagem coletados na UCSF para validar a utilidade do aplicativo de software com diferentes métodos de videooculografia e parâmetros de estímulo. Os dados do UCSF foram coletados usando um sistema de projeção hemisférica no qual grades móveis são apresentadas ao camundongo por meio da reflexão de um projetor de comprimento de onda de 405 nm em um hemisfério ao redor do animal com a cabeça fixa10 (Figura 7A). Grades verticais unidirecionais foram apresentadas a camundongos a uma velocidade de 10 graus por segundo, e as respostas OKR foram registradas em intervalos de 60 s ( Figura 7B , C ). Os traços verticais foram analisados quantitativamente por meio do PyOKR, e as respostas para cima foram comparadas com as respostas para baixo (Figura 7D). As respostas para cima foram significativamente mais fortes do que para baixo, como esperado10; no entanto, os ganhos de rastreamento foram ligeiramente reduzidos em comparação com os traços registrados no JHUSOM (Figura 2F). Além disso, a quantificação das respostas senoidais foi analisada via PyOKR (Figura 7E), e uma assimetria significativa nas respostas verticais a estímulos em movimento senoidal é refletida nos ganhos calculados (Figura 7F). As diferenças entre os valores de ganho coletados no JHUSOM e no UCSF podem ser atribuídas a diferenças entre os parâmetros de estímulo, incluindo diferentes velocidades, tipos e comprimentos de onda de estímulo; no entanto, a consistência geral que observamos em nossa análise dos dados obtidos usando cada método de coleta mostra que nosso PyOKR pode ser facilmente adaptado além do nosso sistema de coleta de dados JHUSOM OKR e aplicado a outras gravações OKR, independentemente dos métodos de video-oculografia. Esses resultados demonstram que a plataforma de software descrita aqui é precisa e pode ser aplicada de forma geral ao estudo das respostas oculomotoras, permitindo comparações quantitativas precisas entre animais pertencentes a diferentes grupos para aprofundar o estudo dos circuitos de estabilização de imagem visual.

Figura 1: Coleta de dados de resposta OKR. (A) Aparelho de arena virtual OKR para estimulação comportamental, conforme descrito anteriormente 9,13. Quatro monitores cercam um animal com a cabeça fixa (1), exibindo um estímulo quadriculado em movimento contínuo (2). O tambor virtual pode apresentar movimento unidirecional em todas as quatro direções cardeais, bem como estímulos sinusoidais oscilatórios. O olho esquerdo do mouse é iluminado por uma luz infravermelha (IR) e gravado com uma câmera (3) para registrar as respostas do sistema visual refletidas no rastreamento ocular. (B) A análise do rastreamento ocular ocorre capturando a pupila e um reflexo da córnea gerado pela luz infravermelha. A coleta de dados e o cálculo dos movimentos oculares em resposta ao tambor virtual foram realizados conforme descrito anteriormente 9,13. (C) Esquema dos vetores oculares movendo-se verticalmente (onda Y) e horizontalmente (onda X). (D) Traços de amostra da resposta de rastreamento de um olho ao movimento unidirecional para cima e para trás, e também movimento senoidal vertical e horizontal. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 2: Análise de rastreamento de respostas visuais unidirecionais. (A-D) Identificação e seleção de fases de rastreamento lento para análise de ganho. Os traços unidirecionais da amostra são mostrados com respostas visuais ao movimento para frente (A), para trás (B), para cima (C) e para baixo (D) em relação ao olho do camundongo. As fases lentas são identificadas pela adição de pontos vermelhos e verdes descritos na Etapa 3 para remover sacadas, e as fases lentas selecionadas são destacadas em amarelo. As regressões polinomiais são sobrepostas nos traços como linhas. (E) Quantificação dos traços da amostra (A-D) conforme organizado na leitura do PyOKR. Para cada traço, são calculadas as velocidades totais de XY e os respectivos ganhos, independentemente da direcionalidade. Em respostas unidirecionais, essas velocidades totais geralmente refletem a velocidade individual em uma determinada direção; no entanto, para respostas senoidais, esse valor refletirá a velocidade geral média do olho. Os componentes de velocidade horizontal e vertical são divididos para mostrar a velocidade em cada direção respectiva. O ganho é então calculado com base nas velocidades de estímulo apresentadas. (F) Ganhos de rastreamento calculados de animais selvagens (n = 13) nas quatro direções cardeais em comparação com a quantificação ETM associada. Os dados são apresentados como média ± DP. Dados analisados com uma ANOVA de uma via com comparações múltiplas. *p<0,05, **p<0,01,***p<0,005, ****p<0,0001. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 3: A filtragem automática de sacádicos facilita o processamento e a análise de dados OKR. (A-D) A filtragem automática de traços da Figura 2A-D remove sacádicos e modela apenas o movimento de fase lenta, removendo mudanças rápidas de velocidade e costurando fases lentas. A inclinação final representa o movimento total do olho ao longo de uma determinada época. (E) Quantificação dos ganhos dos dados da amostra filtrada, conforme organizado na leitura do PyOKR. (F) A comparação dos valores de ganho entre traços oculares de amostra não filtrados e filtrados não reflete diferenças significativas. Os dados são apresentados como média ± DP. Dados analisados com um teste U de Mann-Whitney entre resultados não filtrados e filtrados. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 4: Derivação de ganhos de rastreamento em resposta a estímulos visuais oscilatórios. (A, B) As respostas do movimento ocular vertical (A) e horizontal (B) a estímulos em movimento sinusoidal podem ser modeladas em relação aos parâmetros de estímulo oscilatório definidos. As regiões selecionadas são rotuladas em amarelo com a aproximação polinomial sobreposta na parte superior do traço. Um modelo do estímulo é apresentado como uma onda sinusóide laranja atrás do traço para permitir a referência ao que é o estímulo em cada ponto. (C) Os cálculos de ganho das respostas sinusoidais do tipo selvagem (n = 7) refletem as respostas assimétricas entre a capacidade de rastreamento horizontal e vertical. Os dados são apresentados como média ± DP. Dados analisados com uma ANOVA de uma via com comparações múltiplas. **p<0,01,***p<0,005. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 5: O rastreamento direcional pode ser modelado em seus componentes horizontal e vertical. (A) Componente vertical de uma onda de rastreamento ocular em resposta a um estímulo ascendente. (B) Componente horizontal de uma onda de rastreamento ocular em resposta a um estímulo ascendente. (C) Trajetória geral do olho nas direções vertical e horizontal. (D) Modelo tridimensional do vetor de movimento do olho ao longo do tempo em resposta ao movimento descendente. Os dados brutos de rastreamento são exibidos em vermelho e o modelo de regressão da trajetória é exibido em azul. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 6: Análise do OKR em Tbx5f/f; Os camundongos Pcdh9-Cre mostram déficits significativos nos ganhos de rastreamento vertical unidirecional. (A) Tbx5f/f; Animais Pcdh9-Cre não apresentam mudança significativa no ganho de rastreamento horizontal. (B, C) Tbx5f/f; Os animais Pcdh9-Cre apresentam uma redução significativa do ganho em suas respostas verticais: para cima (B) e para baixo (C). (D, E) Respostas sinusoidais de Tbx5f/f; Animais Pcdh9-Cre em resposta a estímulos oscilatórios horizontais (D) e verticais (E). (f) Quantificação de Tbx5f/f; As respostas oscilatórias de Pcdh9-Cre mostram aumentos significativos nos ganhos de rastreamento horizontal, mas mostram diminuições nas respostas verticais. Os dados são apresentados como média ± DP. Dados analisados com o teste U de Mann-Whitney. *p<0,05, **p<0,01, **** p<0,0001. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 7: Aplicação de PyOKR a dados adquiridos de métodos alternativos de video-oculografia. (A) Aparelho para estimulação de tambor virtual OKR, conforme descrito10. Um projetor DLP de comprimento de onda de 405 nm é refletido por meio de um espelho convexo em um hemisfério para criar um tambor virtual que envolve o campo de visão do animal. Os movimentos oculares são medidos usando uma câmera NIR posicionada fora do hemisfério. Grades de barra unidirecionais e senoidais são mostradas a um animal com a cabeça fixa em direções verticais. (B, C) As fases de rastreamento ascendente (B) e descendente (C) são identificadas e selecionadas para análise quantitativa. As fases lentas são destacadas em amarelo. (D) Ganhos de rastreamento calculados a partir do rastreamento vertical de animais selvagens (n = 5) usando os métodos descritos aqui. Observa-se uma capacidade de rastreamento assimétrico, com uma diminuição significativa no rastreamento descendente. (E) Resposta oscilatória a estímulos senoidais modelados para quantificar ganhos de rastreamento em animais selvagens (n = 8). As fases lentas são destacadas em amarelo. (F) A quantificação dos ganhos senoidais revela ganhos de rastreamento descendentes reduzidos em comparação com ganhos ascendentes. Os dados são apresentados como média ± DP. Dados analisados com o teste U de Mann-Whitney. *p<0,05. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Arquivo de codificação suplementar 1: PyOKR Windows Clique aqui para baixar este arquivo.
Arquivo de codificação suplementar 2: PyOKR Mac Clique aqui para baixar este arquivo.
Os autores não têm conflitos de interesse.
Descrevemos aqui o PyOKR, um método de análise quantitativa semiautomatizado que mede diretamente os movimentos oculares resultantes de respostas visuais ao movimento bidimensional da imagem. Uma interface de usuário baseada em Python e um algoritmo de análise permitem maior rendimento e medições quantitativas mais precisas dos parâmetros de rastreamento ocular do que os métodos anteriores.
Este trabalho foi apoiado por R01 EY032095 (ALK), bolsa de pré-doutorado VSTP 5T32 EY7143-27 (JK), F31 EY-033225 (SCH), R01 EY035028 (FAD e ALK) e R01 EY-029772 (FAD).
| Camundongos C57BL/6J | Jackson Labs | 664 | |
| Igor Pro | WaveMetrics | RRID: SCR_000325 | |
| MATLAB | MathWorks | RRID: SCR_001622 | |
| Câmara de gravação de reflexo optocinético - JHUSOM | N | /A | personalizadoConforme descrito em Al-Khindi et al.(2022)9 e Kodama et al. (2016)13 |
| Câmara de gravação de reflexo optocinético - UCSF | Personalizado N | /A | Conforme descrito em Harris e Dunn, 201510 |
| Python | Python Software Foundation | RRID: SCR_008394 | |
| Tbx5 flox/+ mice | Presente de B. Bruneau | N/A | Conforme descrito em Al-Khindi et al.(2022)9 |
| Tg(Pcdh9-cre)NP276Gsat/Mmucd | MMRRC | MMRRC Estoque # 036084-UCD; RRID: MMRRC_036084-UCD |