As lesões cutâneas iniciam uma complexa cascata regenerativa que envolve vários tipos de células. Entre elas, as células gliais periféricas desempenham um papel crítico para garantir o sucesso do processo de reparo. No entanto, nossa compreensão desses processos permanece incompleta devido às limitações das tecnologias atuais. Portanto, o método iterativo-branqueamento-estende-multiplexidade (IBEX) foi empregado para caracterizar as alterações na composição celular da pele usando anticorpos direcionados contra proteínas expressas por principais tipos de células e estruturas envolvidas na regeneração tecidual. É importante ressaltar que os anticorpos direcionados contra marcadores de proliferação celular geralmente subestimam o número de células em divisão na pele. Para superar essa limitação, a química Click-iT EdU foi combinada com o método IBEX, permitindo a caracterização detalhada dos tipos de células em proliferação. Usando um microscópio confocal de disco giratório totalmente automatizado, um fluxo de trabalho de alto rendimento foi desenvolvido para imagens iterativas de amostras seccionadas em placas de 24 poços. Além de estender o método IBEX para avaliar os estados das células in situ com o Click-iT EdU, um novo pipeline de processamento de imagem de código aberto também foi introduzido para realizar correção, costura e registro de imagem, e pode ser usado por pesquisadores sem ampla experiência em programação. Além disso, também é fornecida uma documentação detalhada sobre o processamento e visualização de dados de imagem altamente multiplexados (usando software convencional de análise de imagem, incluindo Fiji e QuPath). Em resumo, este protocolo destaca a versatilidade do protocolo IBEX e demonstra sua adaptação a uma plataforma de imagem convencional estabelecida. Notavelmente, a combinação de IBEX com a marcação Click-iT EdU permite a detecção e categorização de tipos de células em divisão ativa em tecidos intactos e durante processos altamente dinâmicos em resolução espacial.