O fluxo de trabalho geral deste estudo é ilustrado na Figura 1, que descreve as etapas sequenciais de busca bibliográfica, análise bibliométrica, identificação de genes compartilhados, construção da rede de interação proteína-proteína e análise de enriquecimento de vias.
Estratégia de busca bibliográfica
A busca bibliográfica foi realizada em 22 de junho de 2025, no banco de dados Web of Science (WOS) CoreCollection 19. A busca foi limitada ao Science Citation Index Expanded (SCI-Expanded) e Social Sciences Citation Index (SSCI), abrangendo publicações de 1º de janeiro de 2015 a 31 de dezembro de 2024. Os termos específicos de busca e o número correspondente de resultados são fornecidos na Tabela 1. Após a busca inicial, tipos de documentos como resumos de reuniões, artigos de conferências, materiais editoriais, capítulos de livros e publicações retratadas foram excluídos. Posteriormente, apenas registros em inglês e dos tipos "Artigo" ou "Artigo de Revisão" foram mantidos para análise posterior.
Análise bibliométrica
A análise e visualização bibliométrica requerem o suporte de ferramentas de software específicas, cujos detalhes são fornecidos na Tabela de Materiais. Este estudo tem como objetivo construir um mapa de conhecimento do campo de pesquisa interdisciplinar que conecta miosite e artrite reumatoide. O escopo analítico abrange análise de tendências de publicação na última década, padrões de colaboração internacional e redes colaborativas, influência acadêmica entre instituições/periódicos/autores, palavras-chave centrais que refletem pontos críticos de pesquisa e análise de redes de citações.
Os dados anuais de contagem de publicações foram inicialmente exportados do banco de dados Web of Science e usados para gerar gráficos estatísticos ilustrando tendências de publicação. Os dados da literatura recuperados foram então importados para o software VOSviewer para análise: dentro do módulo "Coautoria", opções para "Autores", "Organizações" e "Países" foram selecionadas sequencialmente para gerar redes de colaboração com autores, redes institucionais e redes de colaboração entre países, respectivamente; dentro do módulo "Citação", a opção "Fontes" foi selecionada para criar redes de colaboração com periódicos; dentro do módulo "Co-citação", "Fontes Citadas" e "Autores Citados" foram escolhidos para obter redes de colaboração com periódicos citados e redes de colaboração com autores citados. Para visualizar de forma mais intuitiva as relações colaborativas internacionais, a rede de colaboração entre países foi ainda mais otimizada esteticamente usando o software Scimago Graphica para melhorar a clareza visual e ainterpretabilidade 20.
A análise de hotspots de palavras-chave e termos temáticos interdisciplinares foi realizada usando o softwareCiteSpace 21. O algoritmo Pathfinder foi selecionado para poda de rede, com o período definido de janeiro de 2015 a dezembro de 2024, dividido em fatias mensais. O tipo de nó foi configurado como "Palavra-chave", gerando um mapa de clusters baseado em palavras-chave de hotspots de pesquisa, termos temáticos representativos para cada cluster e as 20 palavras-chave de hotspot mais frequentes. A análise de redes de citações seguia um fluxo de trabalho procedural semelhante, exigindo apenas a modificação do tipo de nó para "Cited Reference" para realizar a análise correspondente.
Identificação de genes compartilhados
Com base em análise bibliométrica, a palavra-chave "miosite" mostrou destaque significativo no domínio interdisciplinar de pesquisa em patologia muscular e artrite reumatoide. Portanto, este estudo selecionou miosite e artrite reumatoide como sujeitos de pesquisa para realizar análises gênicas sobrepostas. O procedimento específico foi o seguinte: Primeiro, os genes-alvo associados à miosite e artrite reumatoide foram recuperados do banco de dadosGeneCards 22. Para garantir a abrangência da análise, este estudo não estabeleceu um limiar de pontuação de relevância e incluiu todos os genes relatados associados às doenças, construindo assim dois conjuntos genéticos correspondentes. Ao comparar esses dois conjuntos, foram identificados genes sobrepostos. Esses genes sobrepostos foram definidos como "genes relacionados à comorbidade AR-Miosite" e serviram como o conjunto central para análises subsequentes.
Construção de redes de interação proteína-proteína (PPI)
Usando a função de consulta "Múltiplas proteínas" no banco de dados STRING, submetemos a lista "Genes relacionados à comorbidade com MIOSITE AR e miosite" para análise23. O organismo foi definido como "Homo sapiens" com um limite mínimo de pontuação de interação exigido de ≥0,700 (confiança média). Os dados resultantes da rede de interação proteína-proteína foram então importados para o Cytoscape para visualização. Ao personalizar as formas e cores dos nós através do painel STYLE, foi gerado um diagrama de rede de interação proteína-proteína claramente visualizado.
Análise de enriquecimento de vias
O fluxo de trabalho específico para análise de enriquecimento de vias procedeu da seguinte forma. Primeiro, a análise de enriquecimento de vias da Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) foi realizada no conjunto geneológico compartilhado usando o pacote clusterProfiler no softwareR 24. A significância estatística foi avaliada pelo teste hipergeométrico, e os valores p foram ajustados para múltiplos testes usando o método de Benjamini-Hochberg para controlar a taxa de falsas descobertas. Vias com valor p ajustado < 0,05 foram consideradas significativamente enriquecidas e mantidas para análise posterior. Vias relacionadas a doenças humanas específicas ou processos metabólicos gerais foram então manualmente excluídas para focar a análise nos mecanismos centrais de sinalização. As vias filtradas e seus genes associados foram posteriormente importados para o software Cytoscape para construir uma redede interação 25. O algoritmo "yFiles Organic Layout" foi aplicado para gerar uma estrutura hierárquica clara. Atributos visuais foram ainda mais otimizados no painel STYLE: a intensidade da cor do nó foi mapeada para a significância de enriquecimento, o tamanho do nó foi ponderado pelo número de genes centrais em cada viagem, e a espessura das bordas foi ponderada pelo coeficiente de similaridade de Jaccard entre vias para refletir o grau de sobreposição dos genes. Por fim, foi obtida uma rede de interação de vias KEGG para análise abrangente.