Name: Volume grande (20L +) Filtração das amostras Seawater Coastal (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-18T00:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 58 s
Description: Aprenda a filtrar grandes volumes de água do mar para coletar biomassa microbiana entre 0,22μm e 2,7μm. Este método permite estudar a diversidade microbiana em ecossistemas marinhos de forma eficiente.

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Gostaríamos de agradecer à Fundação Canadense para Inovação, a British Columbia Fundo de Desenvolvimento do Conhecimento e das Ciências e Pesquisa de Engenharia National Council (NSERC) do Canadá para apoiar estudos em andamento em regiões de baixo oxigênio das águas oceânicas costeiras e aberto. DAW foi apoiado por bolsas de NSERC, Killam ea fundação TULA Centro financiado pela Diversidade Microbiana e Evolution.

<ol><li> Instalação de aparelho de filtração <ol><li> Para configurar o aparelho de filtração, use uma pinça para colocar uma grade GF / D filtro na unidade de habitação pré-filtro. Vagamente apertar a habitação com a mão. Como regra geral, não aperte demais ou a unidade vai vazar uma vez que o começa a pulsar. </li><li> Recoloque a tampa garrafão com a tampa autoclavada e tubos ligados com cuidado de inserir o tubo interno para o garrafão sem tocá-lo. Se necessário, use uma pinça para guiar o tubo no garrafão. </li><li> Passe a tubulação externa através da bomba peristáltica. </li><li> Anexar unidades habitacionais pré-filtro para o fim de ambos os tubos externos (ou seja, 2 unidades por garrafão). Aperte a conexão com um alicate. </li></ol></li><li> Filtração da água do mar <ol><li> Para começar a filtrar a água do mar, ligue a bomba e definir a velocidade de fluxo para 1. Relógio para garantir que a água está sendo bombeado na direção correta. </li><li> Permitir que 500 ml de água para fluir livremente através da unidade de pré-filtro e em um copo de 1 litro. </li><li> Desligar a bomba, e anexar um filtro Sterivex ao encaixe macho luer na extremidade livre de configuração pré-filtro. Aperte o confortavelmente de habitação pré-filtro com a mão. </li><li> Preste atenção para a habitação pré-filtro e na ligação entre a caixa pré-filtro ea tubulação que leva ao garrafão. Se ocorrer vazamentos, desligar a bomba e soltar e apertar novamente o pré-filtro de habitação em conformidade. Ligar a bomba novamente. </li><li> Recolher o filtrado em 4 frascos L. Uma vez cheios, os frascos vazios em um garrafão limpo. Certifique-se de anotar o volume passou por cada filtro. Coletados filtrado pode ser processado, como filtragem de vírus. </li><li> Continue até que não haja filtragem da água é deixada no garrafões. Usuais de filtração gama vezes entre 4-5 h / 20 carboy L, no entanto, isso depende de forma dramática na quantidade de biomassa dentro da água. </li><li> Uma vez que a filtração é completa, ligue a bomba e desconecte os filtros Sterivex. </li></ol></li><li> Armazenamento do filtro <ol><li> Para armazenar os filtros, primeiro expulsar qualquer água restante com uma seringa ml 30-60. </li><li> Com uma pipeta, adicionar tampão de lise 1.8ml para o filtro, mantendo ~ ul 200 de espaço no filtro para adição posterior de reagentes. </li><li> Seal parte inferior e superior do filtro Sterivex com um pequeno pedaço de parafilme, e rotular os filtros com a data ea identificação da amostra. </li><li> Armazenar os filtros em 50 ml de pré-rotulados tubo falcon a -80 ° C </li><li> Remover os filtros da unidade habitacional e colocá-los em tubos de 50 ml rotulados Falcon contendo 2 ml de tampão de lise. Armazenar estes a -80 ° C. </li></ol></li><li> Limpeza <ol><li> Para limpeza final, coloque o tubo que estava dentro do garrafão em um frasco contendo 0,1 M HCl </li><li> Direcionar o tubo que levam ao balão 4L no garrafão original. </li><li> Ligue a bomba e executar a 3, coletando o fluxo através executado no garrafão original. </li><li> Finalmente, lavar o tubo com água esterilizada. </li></ol></li></ol> Resultados Representante: O resultado final consiste em dois filtros Sterivix cada um contendo biomassa microbiana de aproximadamente 10 L de água do mar na faixa de tamanho de 0.22μm e 2.7μm. Este é armazenado em tampão de lise e pronto para a extração de DNA. Além disso, este procedimento recolhe e concentra biomassa maior do que 2,7 mM, sobre o pré-filtros GF / D. Este também é armazenado em tampão de lise e pronto para a extração de DNA. Se as etapas de processamento adicional são tomadas, a 0,22 mM de fluxo pode ser concentrada até recolher a fração viral também.

Os autores não têm nada a declarar.

É imperativo para limpar os bancos e as bombas com uma toalha úmida após o uso para remover qualquer vestígio remanescente de água salgada que de outra forma corroer equipamentos. Embora o procedimento é simples, o requisito de tempo pode ser extensa, dependendo da concentração de biomassa ou resíduos na amostra que está sendo filtrado.

<table><tbody><tr><td>Bomba peristáltica</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tubo Tygon LFL</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Para o aparelho de filtração</td></tr><tr><td>Abraçadeiras de mangueira</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Para o aparelho de filtração</td></tr><tr><td>Adaptadores de tubo 1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221;</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Para o aparelho de filtração</td></tr><tr><td>Corpo do pré-filtro de polipropileno</td><td></td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Para o aparelho de filtração</td></tr><tr><td>Conector metálico luer (extremidade de mangueira para luer lock macho)</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Para o aparelho de filtração</td></tr><tr><td>Ímãs de 2&amp;#8220;</td><td></td><td></td><td>Para o aparelho de filtração</td><td></td></tr><tr><td>Tampas de garrafão com 3 entradas</td><td></td><td></td><td></td><td>Para o aparelho de filtração</td></tr><tr><td>Filtros GV 0,22 &amp;mu;m STERIVIX</td><td></td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>Filtros GF/D de 47 mm de diâmetro e 2,7 &amp;mu;m</td><td></td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>Tampão de lise</td><td> Reagente</td><td></td><td></td><td>0,75 M de sacarose, 40 mM de EDTA, 50 mM de Tris (pH 8,3)</td></tr><tr><td>HCl 0,1 %</td><td>Reagente</td><td></td><td></td><td>Para enxágue pós-filtração</td></tr><tr><td>Água autoclavada</td><td>Reagente</td><td></td><td></td><td>Para enxágue pós-filtração</td></tr></tbody></table>

volume grande (20l +) filtração das amostras seawater coastal

Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

O fluxo de trabalho começa com a recolha de águas marinhas costeiras para a comunidade microbiana a jusante, as análises de nutrientes e gases traço. Para este método, as amostras foram coletadas a partir do convés do HMS operacional John Strickland em Inlet Saanich. Este vídeo volume de documentos grandes (≥ L 20) de filtragem da biomassa microbiana, variando entre 0.22μm e 2.7μm de diâmetro, a partir da coluna de água. Duas amostras de 20L podem ser filtrados simultaneamente usando uma unidade de bomba simples equipados com quatro cabeças rotativas. Filtração é feito no campo em viagens longas, ou imediatamente após o retorno para viagens curtas. É importante registrar a quantidade de água que passa através de cada unidade de filtro sterivex. Para evitar a formação de biofilme entre viagens de amostragem, todos os equipamentos de filtração deve ser lavado com HCl diluído e água deionizada e autoclavada imediatamente após o uso. Este procedimento levará aproximadamente cinco horas, mais uma hora adicional para a limpeza.

Este vídeo volume de documentos grandes (≥ L 20) de filtragem da biomassa microbiana, variando entre 0.22μm e 2.7μm de diâmetro, a partir da coluna de água.

Volume grande (20L +) Filtração das amostras Seawater Coastal

O fluxo de trabalho inicia-se com a coleta de águas marinhas costeiras para análises subsequentes de comunidade microbial, nutrientes e gases traço. Para este método, ...

Olá, eu sou David Walsh no laboratório de Steven Hallam do Departamento de Microbiologia e Imunologia da Universidade de Bridge Columbia. Hoje vamos mostrar um procedimento para filtrar grandes volumes de água do mar visando a biomassa microbiana. Utilizamos este procedimento em nosso laboratório para estudar a diversidade microbiana no ambiente marinho.Então vamos começar. Para montar o aparelho de filtração, use pinças para colocar um filtro grau GFD na unidade de suporte do pré-filtro. Aperte levemente o suporte com a mão.Como regra geral, não aperte em excesso, pois a unidade vazará. Uma vez iniciada a bombagem, substitua a tampa do garrafão pela tampa de autoclave e conecte a tubulação inserindo cuidadosamente a tubulação interna no carro sem tocá-lo. Se necessário, use pinças para guiar a tubulação para dentro do carro.Em seguida, aperte a tampa, passe a tubulação externa pela bomba peristáltica. Conecte as unidades de suporte do pré-filtro na extremidade de ambas as tubulações externas. Aperte a conexão com uma chave de fenda para iniciar a filtração da água do mar.Ligue a bomba e ajuste a velocidade de fluxo para um relógio para garantir que a água esteja sendo bombeada na

large-volume-20l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Este vídeo documenta métodos de coleta de amostras de água costeiros marinhos e processá-los para várias aplicações a jusante, incluindo concentração de biomassa, a purificação de ácido nucléico, a abundância de células, nutrientes e gases traço.

A amostragem da água do mar e Cobrança

Este vídeo volume de documentos pequenos (~ L 1) de filtragem da biomassa microbiana da coluna de água.

Volume pequenas (1-3L) Filtragem de Amostras de Água do Mar Coastal

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Desvendando os jogadores invisíveis no Oceano - Um Guia de Campo para Química da Água e Microbiologia Marinha

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Automated Gel seleção de tamanho para melhorar a qualidade das bibliotecas de sequenciação de próxima geração Preparado a partir de amostras de água do ambiente

Apresentamos o VacuSIP, um método simples, não intrusivo e confiável para amostragem pontual limpa e precisa de água. O sistema foi desenvolvido e avaliado para a coleta simultânea da água inalada e exalada por alimentadores de suspensão bentônica in situ, para medir de forma limpa a remoção e excreção de compostos particulados e dissolvidos.

VacuSIP, um método melhorado para Inex<em&gt; In Situ</em&gt; Medição de partículas e dissolvidos compostos Processado por alimentadores de suspensão ativa

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Determinação de Aulas De Lipídios e Lipídios Totais em Amostras Marinhas

Aqui, apresentamos um novo protocolo para recuperar o eDNA marinho por meio da coleta e filtragem de amostras de água do mar de balsas em operação e outras embarcações comerciais.

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Volume grande (20L +) Filtração das amostras Seawater Coastal

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