Name: Volume pequenas (1-3L) Filtragem de Amostras de Água do Mar Coastal (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-19T00:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 21 s
Description: Aprenda a filtrar pequenos volumes de água do mar costeira para coletar biomassa microbiana. Este método é essencial para estudar a diversidade microbiana em ecossistemas marinhos e avaliar a saúde ambiental.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Gostaríamos de agradecer à Fundação Canadense para Inovação, a British Columbia Fundo de Desenvolvimento do Conhecimento e das Ciências e Pesquisa de Engenharia National Council (NSERC) do Canadá para apoiar estudos em andamento em regiões de baixo oxigênio das águas oceânicas costeiras e aberto. DAW foi apoiado por bolsas de NSERC, Killam ea fundação TULA Centro financiado pela Diversidade Microbiana e Evolution.

<ol><li> Instalação de aparelho de filtração <ol><li> Antes de filtrar, primeiro limpe a condensação das garrafas cheias e pesá-los </li><li> Coloque uma autoclave bin em um lado da bomba, eo frasco de resíduos no outro. </li><li> Em seguida, coloque uma garrafa de amostra completa no lixo autoclave, no entanto, não retire a tampa da garrafa ainda. </li><li> Passe a tubulação através da bomba peristáltica de modo que o fim luer do tubo é no frasco. </li><li> Com uma pinça, remover o algodão de uma pipeta estéril de 25 ml, e anexar a pipeta para a outra extremidade do tubo. </li></ol></li><li> Filtração da água do mar <ol><li> Para começar a filtragem da água do mar, abrir a garrafa e inserir a pipeta. Ligue a bomba e definir a velocidade de fluxo para 1. Relógio para garantir que a água está sendo bombeado na direção correta. </li><li> Permitir ~ 100 ml de água para passar através do tubo inteiro. </li><li> Desligar a bomba e coloque um filtro Sterivex ao encaixe macho luer na extremidade livre do tubo. </li><li> Continue até que não filtragem de água que resta na garrafa. </li></ol></li><li> Armazenamento do filtro <ol><li> Para armazenar os filtros, primeiro expulsar qualquer água restante com uma seringa ml 30-60. </li><li> Vedação na parte inferior do filtro Sterivex com Parafilm. Com uma pipeta, adicionar tampão de lise 1.8ml para o filtro, mantendo ~ ul 200 de espaço no filtro para adição posterior de reagentes. </li><li> Depois, fechar a parte superior do filtro Sterivex com um pequeno pedaço de parafilme, e rotular os filtros com a data ea identificação da amostra. </li><li> Armazenar os filtros pré-rotulados tubos de 50 ml falcon a -80 ° C </li></ol></li><li> Limpar <ol><li> Inserir a pipeta de 25 ml em um frasco contendo 0,1% HCl, e ligar a bomba. </li><li> Após a lavagem HCl, lavar o tubo com água esterilizada. Finalmente, medir e registrar a massa de garrafas de 1L agora vazia, a fim de calcular o volume de água passou pelo filtro. </li></ol></li></ol> Resultados Representante: Cada uma amostra de água L produz um Sterivix filtro, que contém a biomassa superior a 0,22 mM. Este é armazenado em tampão de lise para extração de DNA e análise posterior. O resultado final consiste de um filtro Sterivix por 1 litro garrafa armazenados em tampão de lise e pronto para a extração de DNA. O filtro contém biomassa superior a 0,22 mM. Os filtros podem ser armazenadas a -80 ° C antes da extração Edna.

Os autores não têm nada a declarar.

É imperativo para limpar os bancos e as bombas com uma toalha úmida após o uso para remover qualquer vestígio remanescente de água salgada que de outra forma corroer equipamentos. Embora o procedimento é simples, o requisito de tempo pode ser extensa, dependendo da concentração de biomassa ou resíduos na amostra que está sendo filtrado.

<table><tbody><tr><td>Bomba peristáltica</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tubo Tygon LFL</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Para o aparelho de filtração</td></tr><tr><td>Abraçadeiras de mangueira</td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Para o aparelho de filtração</td></tr><tr><td>Adaptadores de tubo 1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221;</td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Para o aparelho de filtração</td></tr><tr><td>Corpo do pré-filtro de polipropileno</td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Para o aparelho de filtração</td></tr><tr><td>Conector metálico luer (extremidade de mangueira para luer lock macho)</td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Para o aparelho de filtração</td></tr><tr><td>Ímãs de 2&amp;#8220;</td><td></td><td></td><td>Para o aparelho de filtração</td></tr><tr><td>Tampas de garrafão com 3 entradas</td><td></td><td></td><td>Para o aparelho de filtração</td></tr><tr><td>Filtros GV 0,22 &amp;mu;m STERIVIX</td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>Filtros GF/D de 47 mm de diâmetro e 2,7 &amp;mu;m</td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>Tampão de lise</td><td></td><td></td><td>0,75 M de sacarose, 40 mM de EDTA, 50 mM de Tris (pH 8,3)</td></tr><tr><td>HCl 0,1%</td><td></td><td></td><td>Para enxágue pós-filtração</td></tr><tr><td>Água autoclavada</td><td></td><td></td><td>Para enxágue pós-filtração</td></tr></tbody></table>

volume pequenas (1-3l) filtragem de amostras de Água do mar coastal

Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

O fluxo de trabalho começa com a recolha de águas marinhas costeiras para a comunidade microbiana a jusante, as análises de nutrientes e gases traço. Para amostras de demonstração de hoje foram coletados a partir do convés do HMS operacional John Strickland em Inlet Saanich. Este vídeo volume de documentos pequenos (~ L 1) de filtragem da biomassa microbiana da coluna de água. O protocolo é uma extensão do protocolo de amostragem de grande volume descrito anteriormente, com uma grande diferença: aqui, não há nenhuma etapa de pré-filtração, por isso todas as classes de tamanho de biomassa são coletados até a 0,22 mM de corte do filtro. Amostras coletadas dessa forma são ideais para análise de ácidos nucléicos. Passos que o set-up de filtração, e clean-up, cada um leva cerca de 20-30 minutos. Se usar duas bombas peristálticas, simultaneamente, até 8 amostras podem ser filtradas, ao mesmo tempo. Para evitar a formação de biofilme entre viagens de amostragem, todos os equipamentos de filtração deve ser lavado com HCl diluído e água deionizada e autoclavada imediatamente após o uso.

Este vídeo volume de documentos pequenos (~ L 1) de filtragem da biomassa microbiana da coluna de água.

Volume pequenas (1-3L) Filtragem de Amostras de Água do Mar Coastal

O fluxo de trabalho começa com a coleta de águas marinhas costeiras para análises subsequentes de comunidade microbiana, nutrientes e gases traço. Para o dia de...

Olá, sou David Walsh do Laboratório de Steven Hallam, do Departamento de Microbiologia e Imunologia da Universidade da Colúmbia Britânica. Hoje vamos mostrar um procedimento para filtrar pequenos volumes de água do mar a fim de obter biomassa microbiana. Utilizamos este procedimento em nosso laboratório para estudar a diversidade microbiana no ambiente marinho.Então vamos começar. Antes da filtração, remova qualquer condensação das garrafas cheias e pese-as. Coloque um recipiente para autoclave de um lado da bomba e o frasco de resíduos dentro de um recipiente para autoclave do outro lado.Em seguida, coloque um frasco cheio com a amostra no recipiente da autoclave. No entanto, ainda não remova a tampa do frasco. Passe o tubo pela bomba peristáltica de modo que a extremidade do tubo fique dentro do béquer.Usando pin&ccedil;as, remova o algod&atilde;o de uma pipeta est&eacute;ril de 25 mililitros e conecte a pipeta &agrave; outra extremidade da tubula&ccedil;&atilde;o. Para come&ccedil;ar a filtrar &aacute;gua do mar, abra o frasco e insira a pipeta. Ligue a bomba e ajuste a velocidade de fluxo para um rel&oacute;gio para garantir que a &aacute;gua esteja sendo bombeada na dire&ccedil;&atilde;o correta.Deixe passar cerca de 100 mililitros de água por toda a extensão

small-volume-1-3l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Este vídeo documenta métodos de coleta de amostras de água costeiros marinhos e processá-los para várias aplicações a jusante, incluindo concentração de biomassa, a purificação de ácido nucléico, a abundância de células, nutrientes e gases traço.

A amostragem da água do mar e Cobrança

Este vídeo volume de documentos grandes (≥ L 20) de filtragem da biomassa microbiana, variando entre 0.22μm e 2.7μm de diâmetro, a partir da coluna de água.

Volume grande (20L +) Filtração das amostras Seawater Coastal

Uma abordagem foi desenvolvida para identificar condições ideais de concentração viral para amostras de água de pequeno volume usando picos de adenovírus humano. As técnicas descritas aqui são usadas para identificar parâmetros de concentração para outros alvos virais e aplicadas à experimentação de concentração viral em larga escala.

Um Procedimento volume pequeno para Concentração Viral da Água

Aqui, apresentamos um protocolo abrangente para avaliar a disponibilidade de nutrientes orgânicos e inorgânicos e a abundância e estrutura das comunidades microbianas e virais em ambientes marinhos remotos.

Desvendando os jogadores invisíveis no Oceano - Um Guia de Campo para Química da Água e Microbiologia Marinha

Este manuscrito descreve uma abordagem automatizada de seleção de tamanho de gel para purificar fragmentos de DNA para sequenciamento de próxima geração. A tecnologia Ranger fornece automação completa de todo o processo de carregamento de gel de agarose, análise eletroforética e recuperação de fragmentos de DNA direcionados, permitindo bibliotecas de sequenciamento de última geração de alto rendimento e alta qualidade.

Automated Gel seleção de tamanho para melhorar a qualidade das bibliotecas de sequenciação de próxima geração Preparado a partir de amostras de água do ambiente

Apresentamos o VacuSIP, um método simples, não intrusivo e confiável para amostragem pontual limpa e precisa de água. O sistema foi desenvolvido e avaliado para a coleta simultânea da água inalada e exalada por alimentadores de suspensão bentônica in situ, para medir de forma limpa a remoção e excreção de compostos particulados e dissolvidos.

VacuSIP, um método melhorado para Inex<em&gt; In Situ</em&gt; Medição de partículas e dissolvidos compostos Processado por alimentadores de suspensão ativa

Descrevemos um protocolo para filtração de amostras de água com um cartucho de filtro e extração de DNA ambiental (eDNA) sem ter que abrir a caixa para remover o filtro. Este protocolo é desenvolvido para metabarcoding eDNA de peixes, mas também é aplicável a eDNA de outros organismos.

O uso de um cartucho de filtro para Amostras de filtração de água e extração de DNA Ambiental

Plâncton e partículas em suspensão desempenham um papel importante nos ciclos biogeoquímicos no oceano. Aqui, nós fornecemos um método ultra-limpo, baixo stress para a recolha de vários tamanhos de partículas e plâncton no mar com a capacidade de lidar com grandes volumes de água do mar.

Um aparelho ultra limpo Multicamado para coleta de plâncton marinho tamanho fracionado e partículas em suspensão

Este protocolo é para a determinação de lipídios na água do mar e espécimes biológicos. Lipídios em filtrados são extraídos com clorofórmio ou misturas de clorofórmio e metanol no caso de sólidos. As classes lipídicas são medidas pela cromatografia de camada fina da haste com detecção de ionização de chamas e sua soma dá o teor lipíduo total.

Determinação de Aulas De Lipídios e Lipídios Totais em Amostras Marinhas

Aqui, apresentamos um novo protocolo para recuperar o eDNA marinho por meio da coleta e filtragem de amostras de água do mar de balsas em operação e outras embarcações comerciais.

O Laboratório Flutuante: Procedimento Operacional Padrão para Coleta e Filtragem de Amostras de Água do Mar de Balsas em Operação para Análise de DNA Ambiental

Aqui, descrevemos métodos de amostragem das zonas eufóticas de ecossistemas marinhos e de água doce para isolar cianofagos (e seus hospedeiros) e processos pós-amostragem que enriquecem genótipos únicos e caracterizam a dinâmica de interação vírus-hospedeiro.

Amostragem ambiental de micróbios fotossintéticos e seus vírus: do campo ao laboratório

Aprenda a filtrar pequenos volumes de água do mar costeira para coletar biomassa microbiana. Este método é essencial para estudar a diversidade microbiana em ecossistemas marinhos e avaliar a saúde ambiental.

Volume pequenas (1-3L) Filtragem de Amostras de Água do Mar Coastal

Explorar mais vídeos