Name: Eletroforese em Gel de gradiente desnaturante (DGGE) (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2007-02-25T00:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 52 s
Description: Aprenda a técnica de eletroforese em gel de gradiente desnaturante para perfilar comunidades bacterianas em biofilmes microbianos usando sequências de 16S rRNA. Este método permite analisar a diversidade genética e dinâmica temporal das espécies.

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Os autores não têm nada a declarar.

eletroforese em gel de gradiente desnaturante (dgge)

Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)

Eletroforese em Gel de gradiente desnaturante (DGGE)

Ok. Olá, meu nome é Celeste Peterson e sou pesquisadora na Universidade de Harvard, estudando comunidades microbianas de biofilmes. Estou caracterizando as comunidades bacterianas analisando sua sequência de 16S rRNA e como essa sequência muda ao longo do tempo e no espaço. Para isso, estou utilizando a eletroforese em gradiente desnaturante (DDGE).Esta não é uma eletroforese normal do meu poço, ela precisa ser mantida a 60 graus durante a execução e o tampão precisa ser bombeado continuamente. Então, vamos aquecer o tampão por cerca de uma hora até que atinja 60 graus, e então poderemos executar a eletroforese. Agora vou lavar esta placa com uma solução diluída de uc, removendo possíveis impurezas, e acender a luz.Qualquer coisa desse tipo pode causar regularidades. É importante remover toda a água. Assim, quando montar o gel, colocarei esse chip na parte externa do gel.Então, o gel ficará entre essas duas placas de vidro e o chip estará na parte externa, sem afetar o gel no interior. Agora vou montar o gel nessas braçadeiras e, em seguida, apertá-las e fixá-las girando para a direita. Como em qualquer gel, é importante garantir que a parte inferior esteja alinhada.Para evitar a f

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JoVE Journal

Biology

Biologia

Desnaturação uréia eletroforese em gel de poliacrilamida é usado para separar single-stranded DNA ou RNA até um limite de 500 nucleotídeos. Uréia em combinação com amostras de calor desnatura e não estruturadas cadeias simples migrar dentro da matriz de gel de acordo com seu peso molecular.

Desnaturação Uréia Eletroforese em Gel de Poliacrilamida (PAGE Urea)

Um protocolo de base para a separação de fragmentos de DNA usando electroforese em gel de agarose é descrito.

Electroforese em gel de agarose para separação dos fragmentos de DNA

Este vídeo demonstra a separação bidimensional semi-desnaturante de fibras amilóides em gel de agarose em gel de agarose. A técnica separa os agregados amilóides polimórficos com base em seu tamanho heterogêneo.

Eletroforese em gel de agarose semi-desnaturante bidimensional: uma técnica para separar fibras amilóides polimórficas com base na heterogeneidade de tamanho

Neste vídeo, demonstramos um método de eletroforese em gel bidimensional que separa proteínas individuais de uma mistura complexa de proteínas obtida de tecidos tumorais de adenoma hipofisário humano não funcional (NFPA). As proteínas são separadas com base em sua carga elétrica na primeira dimensão e posteriormente separadas com base em pesos moleculares na segunda dimensão.

Eletroforese em gel de poliacrilamida bidimensional: uma técnica de separação para análise de proteínas em mistura de proteínas complexas com base na carga e no peso molecular

A detecção rápida e a quantificação confiável dos eventos de edição de RNA em escala genômica permanecem desafiadoras e atualmente dependem de métodos de sequenciamento direto de RNA. O protocolo descrito aqui usa a eletroforese de gel de gradiente de microtemperatura (μTGGE) como um método simples, rápido e portátil de detectar a edição de RNA.

Uma abordagem não-sequencial para a detecção rápida da edição de RNA

Este vídeo demonstra o protocolo de um ensaio in vitro angiogênese que recapitula vários estágios de angiogênese. Lapso de tempo imagens de germinação, formação de lúmen, ramificação e anastomose - características-chave da angiogênese - são mostrados.

Otimizado de fibrina Gel Assay Bead para o Estudo da angiogênese

Nós descrevemos um protocolo para a microfabricação do dispositivo de geração de gradiente microfluídicos que pode gerar gradientes espaciais e temporais bem definidos em microambiente. Nesta abordagem, o dispositivo de geração de gradiente microfluídicos pode ser usado para estudar a migração celular dirigido, a embriogênese, cicatrização de feridas, e metástase de câncer.

Um dispositivo de geração de Gradient microfluídicos de Biologia Celular

SDD-AGE é uma técnica útil para a detecção e caracterização de amilóide como polímeros nas células. Aqui nós demonstramos uma adaptação que torna esta técnica passível de aplicações em larga escala.

Triagem para Agregação de amilóide por Semi-desnaturação Eletroforese Gel Detergente-Agarose

Nós descrevemos um método para extração de DNA genômico de alto peso molecular a partir da biomassa planctônica concentrou-se em 0,22 mM filtros Sterivex, seguido por centrifugação em gradiente de cloreto de césio densidade para purificação.

Extração de DNA de 0,22 mM Sterivex Filtros e Césio cloreto de centrifugação em gradiente de densidade

Neste vídeo, descrevemos a caracterização de complexos multiprotein (PPM) por eletroforese em gel de poliacrilamida nativo azul (BN-PAGE). Em uma primeira dimensão, dialisadas lisados ​​celulares são separados por BN-PAGE para identificar PPM individual. Em uma segunda dimensão SDS-PAGE, PPM de interesse são subdivididos para analisar os seus constituintes por immunoblotting.

Eletroforese em Gel de Poliacrilamida azul Nativo (BN-PAGE) para Análise de Complexos Multiproteicos de Lisados ​​Celular

Aprenda a técnica de eletroforese em gel de gradiente desnaturante para perfilar comunidades bacterianas em biofilmes microbianos usando sequências de 16S rRNA. Este método permite analisar a diversidade genética e dinâmica temporal das espécies.

Eletroforese em Gel de gradiente desnaturante (DGGE)

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