Ensaio de ligação in vitro baseado em SELEX para identificar interações RNA-proteína

A evolução sistemática de ligantes por enriquecimento exponencial, SELEX, permite a identificação de sequências de RNA de ligação a proteínas.

Primeiro, obtenha um pool de RNA randomizado contendo RNAs radiomarcados com sequências aleatórias que se dobram em estruturas altamente específicas. Incubar com a proteína alvo. A proteína se liga a moléculas de RNA com sequências específicas e estruturas tridimensionais, enquanto os RNAs não específicos permanecem não ligados.

Passe a mistura por um filtro de nitrocelulose. O RNA não ligado passa pelos poros do filtro, enquanto os complexos RNA-proteína permanecem retidos.

Corte o filtro contendo complexo de RNA-proteína em fragmentos. Repita a interação RNA-proteína incubando o pool de RNA com concentração reduzida de proteína-alvo - permitindo apenas a ligação de sequências de alta afinidade, enquanto as sequências de baixa afinidade não se ligam.

Carregue esta mistura em um gel de poliacrilamida e faça eletroforese. Os complexos RNA-proteína migram lentamente através do gel em comparação com RNAs não ligados de baixa afinidade. A imagem de gel de raios-X mostra um deslocamento de banda correspondente à localização do complexo RNA-proteí