Name: Impressões Digitais de DNA de Mycobacterium leprae Estirpes Usando Repita Tandem número variável (VNTR) - Análise Fragmento (FLA) (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-07-15T13:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 39 s
Description: Aprenda a criar impressões digitais de DNA de Mycobacterium leprae usando VNTR e análise de fragmentos. Este método permite rastrear a transmissão da hanseníase e identificar cepas bacterianas em amostras clínicas.

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O financiamento foi fornecido pelo NIH / NIAID conceder RO1-AI-63457 e conceder ARRA suplemento RO1-AI-63457 S1. Reconhecemos as contribuições de todos os membros atuais e anteriores do grupo de laboratório e colaboradores.

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<li>Weng, X. iaoman <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+Distribution+of+Mycobacterium+leprae+Genotypes+in+a+Region+of+High+Leprosy+Prevalence+in+China%3A+a+3-Year+Molecular+Epidemiological+Study%5BTitle%5D)+AND+%22J.+of+Clinical+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Identification and Distribution of Mycobacterium leprae Genotypes in a Region of High Leprosy Prevalence in China: a 3-Year Molecular Epidemiological Study.</a> J. of Clinical Microbiology. 45, 1728-1734 (2007).</li>
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<li>Fontes, A. N. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+diversity+of+Mycobacterium+leprae+isolates+from+Brazilian+leprosy+patients%5BTitle%5D)+AND+%22Leprosy+Review%22%5BJournal%5D)">Genetic diversity of Mycobacterium leprae isolates from Brazilian leprosy patients.</a> Leprosy Review. 80, 302-315 (2009).</li>
</ol>

Não há conflitos de interesse declarados.

A coleta de amostras de pele de pacientes com hanseníase exige clínicos qualificados ou técnicos que trabalham em clínicas da pele. Pessoal de laboratório manipulando essas amostras devem tomar muito cuidado para vestir jalecos, luvas e óculos de proteção e de trabalhar em um gabinete de bio-segurança ao manusear amostras de tecido humano infectado ou tatu. Desinfecção de superfícies e ferramentas também é crítica. Trabalhando em um ambiente limpo, gabinete bio-segurança estéril é importante para evitar a contaminação de amostras de DNA. Extração de DNA tornou-se relativamente fácil, graças ao desenvolvimento de kits de extração de empresas como a Qiagen. Direções devem ser seguidas rigorosamente. Todas as amostras devem ser mantidas frio quando não em uso. Evite a repetição, mudanças extremas de temperatura para as amostras. Primers DNA utilizado neste trabalho pode ser encomendado a partir de várias empresas que foram citadas na lista de referências bibliográficas no final deste artigo. Cuidados devem ser tomados para trabalhar com primers de DNA em um ambiente livre, a fim de evitar a contaminação. Primers vir na forma de pó seco e deve ser misturado com TE e diluído a uma concentração 100μM, em seguida, separada em quantidades menores (Figura 2a). Soluções de trabalho de primers são ainda mais diluído em concentrações 10μM. Mais uma vez, não usam amostras de DNA em áreas / capuzes onde primers são usados ​​e preparados. Os produtos de PCR também deve ser mantido frio quando não em uso. A 3% agarose gel preparação dará melhor separação da banda DNA, mas demora mais tempo para ser executado. Para fins puramente qualitativa, 2% é geralmente suficiente. Solução de brometo de etídio utilizado para a coloração do DNA em gel de agarose é um genotoxin altamente ativa que é absorvida através da pele. Lidar com esta solução e géis corados com ele usando muito cuidado e sempre tendo a certeza de usar luvas. Lave bem as mãos após manusear qualquer DNA de amostras ou materiais brometo de etídio. Dispor de etídio solução corante brometo, lave e géis de acordo com as diretrizes institucionais. Géis não são rotineiramente necessárias; esta etapa pode ser eliminada de uma vez métodos FLA foram estabelecidas. É tempo e consumindo reagente. A solução formamida utilizados na preparação de amostras para FLA também é altamente tóxico e deve ser manuseado com cuidado. Lavar as mãos após o uso. Descartá-lo seguindo as diretrizes institucionais. Leitura dos resultados da FLA usando o software de scanner de pico pode ser desafiador. Um conjunto básico de chamadas alelos (número de repetições em tandem) foi desenvolvido no CSU (Tabelas 4-7). (Note-se que os quadros 07/04 pode não ser tudo incluído. Como outras cepas de M. leprae são estudados, os alelos com números de cópia fora dos intervalos listados podem ser encontrados.) Um desafio particular envolve &#39;gaguejar&#39; picos. São famílias de picos, especialmente dos STRs que envolvem apenas repete 2-3 pares de base, tais como (TA) 10. Às vezes, selecionando o pico correto de ler é difícil (Figura 7). Nesta figura, o pico no controle positivo em 190 bp é o pico principal. Picos mais baixos de altura que são 2, 4 ou mesmo 6 pares de bases maiores ou menores do que o pico principal são chamados &quot;picos de gaguejar.&quot; A-rejeito também pode causar confusão. A-rejeito é descrito anteriormente no texto e na Figura 8. Finalmente, se produtos de PCR são muito abundantes nas amostras, os picos podem aparecer com um pico duplo. Neste caso, leia o centro do pico de forma. (Veja a Figura 6, paciente 6). Gerenciamento de dados pode ser uma tarefa formidável para esse tipo de trabalho. É importante registrar todas as informações pertinentes para todos os experimentos, tais como: data de uma tarefa ou procedimento, a operadora, tira / chapa de mapas, ordens FLA, as condições de PCR e receitas, datas de géis e fotografias, temperaturas de armazenamento, diluições modelo de DNA, FLA locais de armazenamento de arquivo eletrônico, etc Uma boa organização e gerenciamento de dados podem salvar horas de tempo gasto à procura de informações específicas no futuro. O trabalho de laboratório descritas aqui vem acontecendo há vários anos na Colorado State University e em outras localidades ao redor do mundo. O grande retrato do que todos os dados coletados significa e como ela pode ser de uso futuro está começando a emergir. Figuras 10A e 10B demonstram como estas impressões digitais de DNA pode ser usado para distinguir diferentes M. leprae tensões entre países (10A) ou mesmo entre as famílias (10B). Família e na comunidade casos relacionados foram mostrados para transportar M. leprae de tipos de tensão semelhante ou idêntico VNTR. A esperança é que isso pode ser possível obter mais conhecimentos sobre o modo (s) de transmissão da hanseníase para que um sistema de detecção precoce de redes de transmissão pode ser desenvolvida para aqueles mos pessoast em risco, e que a terapia de droga curativa pode começar antes que os danos neurológicos e dermatológicos permanente é feito.

<table border="1"><tbody><tr><th> Nome do reagente </th><th> Companhia </th><th> Número de catálogo </th><th> Comentários </th></tr><tr><td> Sangue Dneasy e Kit Tissue </td><td> Qiagen </td><td> 69504 </td><td></td></tr><tr><td> Multiplex PCR Kit </td><td> Qiagen </td><td> 206143 </td><td></td></tr><tr><td> Primers do DNA </td><td> Vários </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Gel de agarose </td><td> Vários </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tampão de carregamento 5x ou 6x Gel </td><td> New England Biolabs </td><td> B7021S </td><td> Receitas disponíveis para fazer a sua própria * </td></tr><tr><td> Solução de brometo de etídio </td><td> Vários </td><td></td><td> Diluir de con. </td></tr><tr><td> Oi-Di Solução Formamida </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4311320 </td><td></td></tr><tr><td> Gene digitalização -500 LIZ </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4322682 </td><td></td></tr></tbody></table> <a href="http://biowww.net/buffer-reagent/6X-Gel-loading-buffer-bromophenol-blue-sucrose.html">* Http://biowww.net/buffer-reagent/6X-Gel-loading-buffer-bromophenol-blue-sucrose.html</a> <table border="1"><tbody><tr><th> Equipamento </th><th> Comentários </th></tr><tr><td> 2 Refrigeradores </td><td> 4 ° C: 1 para amostras de DNA, 1 de primers e reagentes Multiplex </td></tr><tr><td> Um forno de microondas </td><td> Ou uma maneira adequada para o aquecimento agarose e água para fazer géis </td></tr><tr><td> Uma autoclave </td><td> Ou panela de pressão para esterilizar materiais </td></tr><tr><td> Máquina de PCR </td><td> Termociclador </td></tr><tr><td> 2 conjuntos de pipetas </td><td> 0,5-10 mL, 10-100 mL, 2-20 mL, 1000 set 1 ml de primers, um conjunto de DNA </td></tr><tr><td> Caixa de eletroforese em gel de submarinos </td><td> Com formas e pentes para preparar géis. </td></tr><tr><td> Fonte de alimentação de eletroforese </td><td> Com cabos para ligação à caixa de gel </td></tr><tr><td> Bloco de aquecimento </td><td> Para tubos Eppendorf </td></tr><tr><td> Centrifugador </td><td> Para tubos Eppendorf / tiras </td></tr><tr><td> Sistema de eletroforese capilar (analisador de genética) </td><td> Ou o acesso a uma instituição que pode realizar esta análise </td></tr><tr><td> Plásticos </td><td> Descartáveis ​​aerosol ponteiras, tubos Eppendorf, tiras de 8 poços, placas de 96 poços, alguns de qualidade óptica </td></tr><tr><td> Computador com ligação à Internet </td><td></td></tr></tbody></table>

impressões digitais de dna de mycobacterium leprae estirpes usando repita tandem número variável (vntr) - análise fragmento (fla)

DNA Fingerprinting of Mycobacterium leprae Strains Using Variable Number Tandem Repeat (VNTR) - Fragment Length Analysis (FLA)

O estudo da transmissão da hanseníase é particularmente difícil, pois o agente causador, o Mycobacterium leprae, não podem ser cultivadas em laboratório. As únicas fontes de bactérias são pacientes de hanseníase, e tatus infectados experimentalmente e camundongos nude. Assim, muitos dos métodos utilizados em epidemiologia moderna não estão disponíveis para o estudo da hanseníase. Apesar de um programa de tratamento global de drogas extensa para a lepra implementado pela OMS 1, a hanseníase ainda é endêmica em muitos países, com aproximadamente 250.000 casos novos a cada ano. 2 A M. inteira leprae genoma foi mapeado 3,4 e muitos loci foram identificados que têm repetido segmentos de 2 ou mais pares de bases (chamada de micro e minissatélites). 5 cepas clínicas de M. leprae podem variar no número de segmentos em tandem repetidas (repetições em tandem curtas, STR) em muitos destes loci. 5,6,7 tandem repeat número variável (VNTR) 5 análise tem sido utilizada para distinguir diferentes cepas do bacilo da lepra. Alguns dos loci parecem ser mais estáveis ​​do que outros, mostrando uma menor variação no número de repetir, enquanto outros parecem mudar mais rapidamente, às vezes em um mesmo paciente. Enquanto a variabilidade dos VNTRs certas trouxe à tona questões sobre a sua adequação para a digitação tensão 7,8,9, os dados emergentes sugerem que a análise de múltiplos locais, que são diferentes em sua estabilidade, pode ser usado como uma valiosa ferramenta epidemiológica. Múltiplos lócus VNTR análise (MLVA) 10 tem sido usado para estudar a evolução da hanseníase e de transmissão em vários países, incluindo China 11,12, Malawi 8, Filipinas 10,13, e Brasil 14. MLVA envolve várias etapas. Primeiro, o DNA bacteriano é extraído juntamente com o DNA do hospedeiro de tecido de biópsias clínicas ou manchas da pele de fenda (SSS). 10 O loci desejado são amplificados a partir do DNA extraído por meio de reação em cadeia da polimerase (PCR). Primers fluorescentes marcado por 4-5 loci diferentes são usados ​​por reação, com 18 loci sendo amplificado em um total de quatro reações. 10 Os produtos de PCR pode ser submetido a eletroforese em gel de agarose para verificar a presença dos segmentos de DNA desejado, e então submetidos para análise fluorescentes fragmento de comprimento (FLA), utilizando eletroforese capilar. DNA de bactérias tatu várias passagens com um número conhecido de cópias de repetição para cada locus é usado como um controle positivo. Os cromatogramas FLA são então analisados ​​usando o software de scanner de pico e de comprimento de fragmentos é convertido em número de cópias VNTR (alelo). Finalmente, os haplótipos VNTR são analisados ​​por padrões, e quando combinados com os dados clínicos do paciente pode ser usado para controlar distribuição dos tipos de tensão.

Hanseníase, causada pelo<em&gt; Mycobacterium leprae</em&gt;, Ainda é endêmica em muitos lugares. A fim de aprender sobre a propagação e modo de transmissão da hanseníase, é importante para determinar qual a tensão de<em&gt; M. leprae</em&gt; Contaminou um paciente. Número variável de repetições em tandem (VNTR) a digitação é um tal método.

Impressões Digitais de DNA de Mycobacterium leprae Estirpes Usando Repita Tandem número variável (VNTR) - Análise Fragmento (FLA)

O estudo da transmissão da hanseníase é particularmente difícil, pois o agente causador, *Mycobacterium leprae*, não pode ser cultivado em laboratório. ...

O objetivo geral deste procedimento é desenvolver uma impressão digital de DNA distintiva de Mycobacterium leprae, a bactéria não cultivável que causa a hanseníase, diretamente a partir de espécimes clínicos. O DNA bacteriano de M. leprae, extraído de biópsias de pacientes, é amplificado por meio de PCR multiplex utilizando primers fluorescentes específicos para locos de repetições em tándem de número variável, ou VNTR. Após a amplificação do DNA, realiza-se eletroforese capilar para análise de tamanho de fragmentos.Os dados são analisados para determinar o número de segmentos de DNA com repetições em tandem curtas em cada locus. Como diferentes cepas de EPRI apresentam números distintos de repetições em tandem em cada locus, dados de múltiplos loci produzem perfis de DNA únicos, e um banco de dados dos tipos de cepas dos pacientes pode ser gerado usando esta técnica.A estrutura populacional, evolução e transmissão da hanseníase entre pacientes em comunidades definidas e em escala global podem ser caracterizadas, fornecendo, em última instância, ferramentas genéticas e evidências para a eliminação da hanseníase. Este método pode ser utilizado para rastrear a disseminação da hanseníase, identificar agrupamentos de infecções recentes e indivíduos em risco, além de medir a eficácia de programas controlados. Demonstrarão o procedimento Lee e Ron Jensen, pesquisadores do meu laboratório, e Jason Rivers, da nossa instalação central de instrumentação. Extraia o DNA de biópsias clínicas utilizando um kit padrão de extração de DNA KaiGen.Uma vez que o DNA tenha sido obtido, prepare uma nova área de trabalho dentro de um gabinete PCR limpo. Para evitar qualquer contaminação de DNA, limpe o gabinete e um conjunto de pipetas com etanol 70% e exponha o gabinete e as pipetas à luz UV por 15 minutos. Após o gabinete estar limpo, pode-se montar a PCR multiplexa; para cada PCR multiplexa, utilize quatro a cinco pares de primers, nos quais um primer de cada par é marcado fluorescentemente.Deve ser misturado. Use estoques de *primers* a 10 micromolares preparados em tampão TE para fazer as misturas de *primers*, misturando quantidades iguais de todos os *primers* diretos ou superiores em um tubo Eppendorf, de modo a obter uma concentração final de dois micromolares. Para cada *primer*, adicione tampão TE se necessário.Em outro tubo, misture todos os primers reversos ou inferiores da mesma maneira. Uma vez que as misturas de primers tenham sido preparadas, prepare a mistura PCR MES. Crie um mapa de placa identificado com todas as amostras e controles por amostra.A mistura mestra deve conter 12 microlitros da mistura de PCR multiplex KaiGen, dois microlitros de cada pool de iniciadores e dois microlitros da solução Q. Certifique-se de preparar quantidade suficiente da mistura mestra para incluir os controles e compensar perdas durante a pipetagem. Centrifugue brevemente a mistura mestra.A seguir, alíquota 18 microlitros da mistura mestra em cada poço de uma placa de PCR. Para evitar a contaminação das amostras de DNA, troque as luvas, limpe e desinfete um gabinete de segurança biológica separado. Como antes, uma vez que a câmara de fluxo laminar tiver sido descontaminada, transfira a placa para essa câmara.Em seguida, adicione dois microlitros da amostra de DNA a cada poço contendo a mistura mestra. Certifique-se de usar ponteiras de pipeta com proteção contra aerossóis para evitar contaminação cruzada. Selle cuidadosamente as placas de PCR e centrifugue brevemente para misturar o conteúdo.Em seguida, coloque a placa de reação no termociclador e inicie o programa de PCR para submissão das amostras. Para FLA, prepare o formato de amida para análise de tamanho, a mistura mestra e adicione os produtos de PCR diluídos em um tubo eppendorf limpo combinando 12 microlitros de solução de formamida desidratada e 0,3 microlitros do padrão de dimensionamento GeneScan 500 por amostra a ser testada. Aliquote 12,3 microlitros dessa solução por poço em uma placa de reação de 96 poços de qualidade óptica.Após a conclusão da PCR, a placa é centrifugada. Certifique-se de que a posição de cada amostra seja registrada no mapa da placa. Em seguida, em uma placa separada de 96 poços, distribua 59 microlitros de água livre de nucleases por poço e adicione um microlitro de cada reação de PCR por poço para diluir o DNA amplificado na proporção de 1 para 60.Uma vez que o DNA tenha sido diluído, utilize uma pipeta multicanal para transferir um microlitro de cada amostra de PCR diluída para o poço correspondente da placa contendo a solução livre de formamida. Após a conclusão do programa, as amostras podem ser testadas por eletroforese em gel de agarose padrão para confirmar que os fragmentos de DNA de tamanhos previstos foram amplificados neste ponto. As amostras são preparadas para análise por eletroforese capilar fluorescente utilizando um analisador genético FLA; antes da análise, adicione um septo à placa e centrifugue brevemente para remover bolhas de ar e fazer com que a amostra desça até o fundo do poço.O IDE irá desnaturar quimicamente as fitas, portanto não é necessário o desnaturamento por calor. Coloque a placa em uma bandeja de carga. Avalie o produto da PCR marcado utilizando eletroforese capilar, como o analisador genético ABBI'S 3130 xl.Analise as amostras utilizando um capilar de 50 centímetros preenchido com o polímero POP-7 como meio separador. O DNA migra em direção à extremidade do capilar, onde um laser e um detector medem as marcas fluorescentes; abra o software de coleta do analisador. Será necessário calibrar o analisador para detectar todas as tintas utilizadas antes da execução das amostras, incluindo o padrão de tamanho — o dset usado para essas amostras é o G5 da ABI. As amostras são injetadas eletrocineticamente a 1,6 quilovolts durante 15 segundos.Sequencie os fragmentos aplicando 15 quilovolts durante 1800 segundos. O tempo total de cada corrida é de aproximadamente 45 minutos. Após o término da corrida, crie arquivos de dados para cada amostra.Os arquivos são colocados em uma pasta de placa pelo software de coleta do analisador em um local predeterminado. Os arquivos estão no formato FSA. Os dados FLA podem ser analisados usando o software peak scanner, que está gratuitamente disponível no site da Applied Biosystems.Para analisar os dados, clique em iniciar novo projeto, seguido por adicionar arquivos. Carregue os arquivos de dados selecionados no programa, incluindo os controles positivo e negativo. Selecione e analise os arquivos carregados.Os resultados são apresentados como um cromatograma FLA. Os padrões de dimensionamento aparecem como picos laranja, enquanto os picos coloridos representam as amostras de DNA bacteriano para cada locus analisado na amostra; clique em um pico para determinar seu tamanho em pares de bases. Devido à síntese por escorregamento da fita pela DNA polimerase, uma família de picos da mesma cor será detectada em alguns loci de microssatélites.Nesses casos, o pico selecionado geralmente é o de maior amplitude. Compare os tamanhos dos fragmentos em cada amostra com o tamanho do controle positivo para determinar quantos segmentos de repetições em tandem estão presentes para cada alelo testado e registre os dados em uma planilha do Excel para análise posterior. Nesta figura, são mostrados os perfis de DNA de isolados de sete pacientes pertencentes a três famílias diferentes de uma mesma aldeia, e o número de repetições em tandem para cada locus polimórfico analisado é indicado.Esses dados sugerem que dois membros da família B estão infectados com a mesma cepa, enquanto um membro está infectado com uma cepa distinta. Os membros das famílias C provavelmente estão infectados com a mesma cepa. O mesmo ocorre com os membros da família A. Após assistir a este vídeo, você deverá ter uma boa compreensão de como incluir rotineiramente a PCR multiplex e a análise de comprimento de fragmento para obter perfis de DNA-V-N-T-R para pacientes de hanseníase que se apresentam nas clínicas.Essas são ferramentas moleculares novas que complementam a epidemiologia convencional no controle da hanseníase.

dna-fingerprinting-mycobacterium-leprae-strains-using-variable-number

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JoVE Journal

Immunology and Infection

Imunologia e Infecção

Nós apresentamos um método de amostragem não invasiva para coletar amostras de cabelo de forma eficiente a partir elusive pequenos mamíferos, como mostrado para o pika americano. Demonstramos a utilidade deste método por extração de DNA de amostras de cabelo e ampliando vários tipos de marcadores moleculares usados ​​em estudos de ecologia da vida selvagem e conservação.

A técnica de amostragem não invasiva cabelo obter DNA de alta qualidade a partir de Elusive Pequenos Mamíferos

Fonte: Gulla, S., et al. Análise em Tandem-Repetição Multi-locus da Bactéria Yersinia ruckeri com patígenos de peixes por PCR multiplex e eletroforese capilar. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra o procedimento para separar amplificações de repetição em tandem de número variável marcadas fluorescentemente (VNTR), derivadas de uma bactéria patogênica de peixes, usando eletroforese capilar para gerar perfis eletroferográficos específicos de tamanho para identificação bacteriana.

Detecção de patógenos de peixes usando análise de repetição em tandem de número variável (VNTR)

Um microarray amplificação combina assimétrica PCR amplificação e hibridização microarray em uma única câmara, que simplifica significativamente o fluxo de trabalho microarray para o usuário final. Simplificar o fluxo de trabalho microarray é um primeiro passo necessário para a criação de diagnósticos à base de microarray que podem ser rotineiramente usados ​​em ambientes com recursos mais baixos.

Demonstrando um multi-resistente<em&gt; Mycobacterium tuberculosis</em&gt; Ampliação Microarray

Relatamos um procedimento conciso de hibridização in situ fluorescente (FISH) na gônada e embriões de Caenorhabditis elegans para observação e quantificação de sequências repetitivas. Observamos e quantificamos com sucesso duas sequências repetitivas diferentes, repetições de telômeros e modelo de alongamento alternativo de telômeros (TALT).

Observação e Quantificação de Telomere e Sequências Repetitivas Utilizando Fluorescência<em&gt; In Situ</em&gt; Fluorescente (FISH) com PNA Sondas em<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

Um método de polimorfismo de fragmentos de reacção em cadeia da polimerase restrição melhorado para genotipagem espécies pufferfish por cromatografia / espectrometria de massa líquida é descrito. Uma coluna de sílica de fase inversa monólito é empregue para a separação de fragmentos amplificados digeridos. Este método pode elucidar as massas monoisotópico de oligonucleótidos, que é útil para identificar a composição de base.

Melhoria Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism Genotipagem de Pufferfish Tóxico por Cromatografia Líquida / Espectrometria de Massa

Neste artigo, discute-se um protocolo detalhado para quantificar o comprimento do telômetro usando uma análise do fragmento de restrição terminal modificada que fornece uma medição direta rápida e eficiente do comprimento do telômero. Esta técnica pode ser aplicada a uma variedade de fontes celulares de DNA para quantificar o comprimento dos telômeros.

Análise de fragmentos de restrição de terminal modificada para quantificar o comprimento de Telomere usando a hibridação em gel

O ensaio de análise em tandem-repetição de número variável multi-Locus (MLVA) apresentado aqui permite a genotipagem de alta resolução barata, robusta e portátil da bactéria patogênica Yersinia ruckeri. Partindo das culturas puras, o ensaio emprega o PCR multiplex e a electroforese capilar para produzir os perfis do MLVA do dez-loci para aplicações a jusante.

Multi-Locus variável-número tandem-repita a análise do peixe-patogénico bactéria Yersinia ruckeri pela PCR multiplex e pela electroforese capilar

Aqui descrevemos um protocolo simples para gerar perfis de impressão digital de DNA amplificando o lócus VNTR D1S80 do DNA celular epitelial.

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Este protocolo é um método eficaz e rápido de cultivo de leveduras e o molde Aspergillus fumigatus de grandes conjuntos de amostras de solo em apenas 7 dias. Os métodos podem ser facilmente modificados para acomodar uma gama de mídias de incubação e temperaturas conforme necessário para experimentos.

Isolamento de Leveduras culturais e moldes de solos para investigar estrutura populacional fúngica

Neste estudo, uma aplicação de dot-blot foi projetada para detectar Leptospira dos três clados principais em amostras de água. Este método permite a identificação de quantidades mínimas de DNA especificamente direcionadas por uma sonda marcada com digoxigenina, facilmente detectada por um anticorpo anti-digoxigenina. Essa abordagem é uma ferramenta valiosa e satisfatória para fins de triagem.

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Aprenda a criar impressões digitais de DNA de Mycobacterium leprae usando VNTR e análise de fragmentos. Este método permite rastrear a transmissão da hanseníase e identificar cepas bacterianas em amostras clínicas.

Impressões Digitais de DNA de Mycobacterium leprae Estirpes Usando Repita Tandem número variável (VNTR) - Análise Fragmento (FLA) (Vídeo) | JoVE Journal

Impressões Digitais de DNA de Mycobacterium leprae Estirpes Usando Repita Tandem número variável (VNTR) - Análise Fragmento (FLA)

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