Name: Monitoramento da ubiquitina-proteassoma Atividade em células vivas Usando um Degron (dgn) desestabilizado Green Fluorescent Protein Protein Repórter (GFP) com base em (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-11-10T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 25 s
Description: Aprenda a monitorar a atividade do proteassoma em células vivas usando proteínas de fusão GFP. Este método permite gerar linhagens celulares estáveis para avaliar a degradação proteica por meio de medições de fluorescência em tempo real.

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Este estudo foi financiado por: Rede Nacional de Pesquisa do Envelhecimento (NFN S93) pelo austríaco Science Foundation (FWF), Comissão Europeia e projetos integrados de mimage PROTEOMAGE, Holanda Genomics Initiative / Organização Holandesa para Pesquisa Científica (NGI / NWO; 05040202 e 050 - 060-810 NCHA), a UE financiou Rede de Excelência Longevidade (FP6 036.894), Programa de Pesquisa e Inovação Orientada em Genômica (SenterNovem; IGE01014 e IGE5007).

1. Construção do plasmídeo <ol><li> Ordem personalizada codificação oligonucleótidos para dgn (ACKNWFSSLSHFVIHL 11) e para dgnFS (HARTGSLACPTSSSICE) e ligar-lo para o vector pEGFP-C1 para obter a fusão da GFP com dgn / dgnFS (Figura 1). </li><li> Amplificar a sequência que codifica para GFP-dgn e GFP-dgnFS por PCR de acordo com o protocolo do kit de clonagem TOPO pENTR direccional e continuar com o pLenti6/V5 Directional TOPO Cloning Kit (Figura 6). </li></ol> 2. Produção de vírus <ol><li> Um dia antes da transfecção (dia 1) para fora da semente HEK 293FT células em frascos T75 a fim de que eles serão de 90-95% confluentes no dia da transfecção. </li><li> No dia da transfecção dilua 36 ul de reagente de lipofectamina 2000 em 1,5 ml de DMEM sem soro e antibióticos em 15 ml Falcon. Use outro 15 ml e diluir falcon 3 ug pLenti6/V5 portador do DNA complementar para construir ou GFP -Dgn ou GFP-dgnFS, 2,5 ug do plasmídeo envelope pMD2.G codificação e 7,5 ug psPAX2 esqueleto do vector em 1,5 ml de DMEM sem soro e antibióticos. Depois de 5 min o DNA diluída é combinada com o reagente de lipofectamina 2000 diluída. </li><li> Incubar a mistura durante 20 min à temperatura ambiente para permitir que os complexos de ADN-lipofectamina a forma. </li><li> Remover o meio de HEK 293FT células, substitui-lo por cuidadosamente 7 ml de meio (sem antibióticos) e adicionar a mistura de ADN-lipofectamina ao balão e rocha frente e para trás para misturar (Dia 2). Incubar o balão durante a noite a 37 ° C em um humidificada de 5% CO 2 incubadora. </li><li> Alterar meio do dia seguinte (10 ml de meio sem antibióticos; Dia 3). </li><li> Após 48 horas (dia 5) sobrenadante da colheita, centrifugar a 300 xg durante 5 min à temperatura ambiente e filtrar o sobrenadante através de um filtro de PVDF de 0,45 um. </li></ol> O meio de cultura - DMEM (HEK 293FT) tenda "&gt; DMEM FBS a 10% 0,1 mM MEM NEAA 6 mM de L-glutamina 1 mM de piruvato de sódio MEM 1% Pen Strep (opcional) 500 ug / ml de geneticina (opcional) 3. A concentração de vírus por polietileno glicol (PEG) Precipitação <ol><li> Adicionar um volume de solução de polietileno-glicol (50 Polietilenoglicol mM, 41 mM NaCl, autoclave, pH = 7,2; PEG) para quatro volumes de sobrenadante e incubar durante 2 horas a 4 ° C. Cuidadosamente misture todos os 20-30 minutos por inversão. </li><li> Girar a 1500 xg durante 30 min a 4 ° C. Um pó branco deve ser visível. </li><li> Aspirar o sobrenadante e centrifugar novamente a 1500 xg durante 5 min a 4 ° C. Aspirar a solução de PEG restante. </li><li> Ressuspender o sedimento em meio ou tampão fosfato salino (PBS), pipetando para cima e para baixo vigorosamente e vortex durante 20 a 30 segundos. A título de orientação usam 500 ul para um frasco T75 e alíquota a 100 ul. Armazenar o vírus a -80 ° C. </li></ol><ol><li> Semente fora 5 × 10 4 U2-OS células para cada poço de uma placa de 6 poços um dia antes da transfecção. </li><li> No dia da transfecção remover o meio de cultura e substitui-lo por 1 ml de DMEM contendo 8 ug / ml de polibreno (brometo Hexadimetrina). Dilui-se o vírus concentrado sobrenadante 1:10 e 1:100 e adicionar 1 ul de cada uma de um poço. Para concentrações mais elevadas de vírus usar 1 ul, 5 ul e 10 ul de sobrenadante concentrado de vírus para as cavidades remanescentes. Um poço é deixada como um controlo positivo. </li><li> No dia seguinte, substituir o meio por 2 ml de DMEM. </li><li> Comece com a selecção do dia seguinte. Aplicar 10 blasticidina ug / mL em cada poço. Substitua o meio antibiótico contendo cada segundo dia. </li><li> Cerca de 6-7 dias após o início da seleção das células untransduced estão mortos. Para a coloração de lavar as células três vezes com PBS e cobrir as células com violeta de cristal (10 mg / l de cristal violetaem etanol a 20%) e incuba-se durante 5-10 minutos à temperatura ambiente. Aspirado de cristal violeta (pode ser reutilizado várias vezes) e lavar os poços duas vezes com DDQ 2 O e secar a placa. </li><li> Contar as colónias e se multiplicam em 1000 e a diluição correspondente (Figura 7). Este procedimento permite calcular as unidades de transfecção (TU) do vírus / ml. </li></ol> Meio de cultura - DMEM (HFF-2/U2-OS) DMEM FBS a 10% 6 mM de L-glutamina 1% Pen Strep- 5. Transdução de fibroblastos diplóides humanos (Este procedimento pode ser usado para qualquer tipo de células.) <ol><li> Descendência a 5 × 10 4 fibroblastos humanos diplóides (HDFS) a 6 poços no dia antes de transdução. </li><li> Usar uma multiplicidade de infecção de dois em conjunto com 8 ug / ml de polibreno como transdução potenciador, num total de um mililitro. </li><li> Alterar meio no dia seguinte. </li><li> Quandoas células estão a 70-80% de confluência início a selecção com 10 ng / ml blasticidina. Após a selecção estar completa (ausência de células não transf ectadas morrem mais) a expansão das células pode iniciar e as células estão prontas para experiências. Seleção crônica com blasticidina permite gerar uma linha celular estável superexpressão GFP-dgn ou proteínas GFP-dgnFS fusão, pronto para medir a atividade do proteassoma. Este procedimento garante uma eficiência de transfecção elevada, independentemente do tipo de célula. </li></ol> 6. Medição por citometria de fluxo <ol><li> Semente out 1 × 10 5 células (transporte ou GFP-dgn ou GFP-dgnFS) um dia antes do experimento. </li><li> Tratar as células de controlo 3 horas antes da medição com o inibidor de proteassoma, por exemplo, 100 ug / ml LLNL. </li><li> Lavar duas vezes com PBS e colheita das células utilizando-se 0,5 ml de tripsina. Para parar a tripsinização utilizar 4,5 ml de meio de cultura e transferência das células para uma de 15 ml Falcon. </li><li> Spin-tele células a 300 xg durante 5 min à temperatura ambiente. </li><li> Aspirar o meio, ressuspender as células em PBS e girar para baixo outra vez a 300 xg durante 5 min a 37 ° C. </li><li> Aspirar o PBS, ressuspender em 400 ul de tampão de FACS (10 mM de Hepes, 140 mM de NaCl, 2,5 mM de CaCl2, pH = 7,4) e transferir as células em tubos de FACS. </li><li> Manter as células em amostras de gelo e medida por citometria de fluxo. As células não deve ser armazenado por mais de 30 min a 4 ° C. </li></ol> 7. Resultados representativos A proteína de fusão GFP-dgn transporta uma sequência que é voltado para o proteassoma e, portanto, a proteína é imediatamente degradada, que corresponde à diminuição do sinal de fluorescência da GFP. O mutante de frameshift (GFP-dgnFS) transporta uma versão mutada desta sequência e não é degradada pelo proteassoma, que leva a uma maior fluorescência verde. Por estas razões, o jovem esperava HDFs com alta atividade do proteassoma e transduzidas com GFP-dgn apresentam um sinal de (6% de células positivas) baixa fluorescência na medida tanto em citometria de fluxo e de epifluorescência (Figura 2A e B, Figura 3). O mesmo HDFs transduzidas com GFP-dgnFS exibir 39,7% de células positivas. O tratamento das células com inibidor de proteassoma LLNL (N-acetil-L-leucil-L-leucil-L-norleucinal) elevou o sinal a um máximo de 62,9% em ambos, GFP-dgn e GFP-dgnFS células (Figura 2 A e B ). Para determinar possível declínio da actividade do proteassoma em idade as amostras de pele humana, os fibroblastos da derme isolados de doadores jovens, de meia idade e de idade foram infectadas com GFP-dgn e GFP-dgnFS, como descrito acima e cultivadas à passagem número mesmo antes da análise por fluxo citometria. Nesses experimentos, um aumento nítido na GFP sinal entre indivíduos jovens (11,2 ± 0,88% de células GFP-positivo) e de meia-idade doadores (20,4 ± 2,27% GFP células positivas, p = 0,003) foi observada, indicando uma diminuir em proteasatividade ome em amostras obtidas de doadores com idades entre 7 (Figura 4). Nenhuma diminuição adicional na actividade do proteassoma foi observada em fibroblastos isolados a partir de indivíduos mais idosos (Figura 4). A intensidade da fluorescência para GFP-dgnFS foi em todos os casos, a 90% (dados não apresentados) o que indica uma alta eficiência de transfecção para os três grupos etários distintos. <img src="/files/ftp_upload/3327/3327fig1.jpg" alt="Figura 1" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 1"> Figura 1. A sequência de GFP-dgn e GFP-dgnFS. Displayed é a extremidade 3 'de GFP (verde) no local de clonagem múltipla do vector pEGFP-CL1 (cinzento) e a sequência de dgn / dgnFS (vermelho). <img src="/files/ftp_upload/3327/3327fig2.jpg" alt="Figura 2" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 2"> Figura 2. A análise de citometria de fluxo de GFP-dgn e GFP-dgnFS fibroblastos diplóides humanos. A. Young fibroblastos de prepúcio humano (HFF-2) foram infectadas com os vectores lentivirais que transportam a proteína verde fluorescente (GFP)-dgn gene ou um GFP-dgnFS (frameshift) construção, tal como indicado e analisadas por fluorescência de GFP por citometria de fluxo (FACS Canto II, Becton Dickinson). Quando indicado, as células foram também tratados, durante 3 h com inibidor de proteassoma de N-acetil-L-leucil-L-leucil-L-norleucinal (LLNL). As células não infectadas foram utilizadas como um controlo. As experiências foram realizadas em triplicado. B. Os dados são representativos de três experiências independentes. Os números refletem a quantidade de células GFP positivas. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3327/3327fig2large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver maior figura</a> . <img src="/files/ftp_upload/3327/3327fig3.jpg" alt="Figura 3" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 3"> Figura 3. A análise por microscopia de fluorescência de GFP-dgn e GFP-dgnFS HFF-2 células. Jovem HFF-2 foram tratados como na Figura 2. Aos 9 dias após a infecção, as células foram visualized por fluorescência e microscopia de contraste de fase. <img src="/files/ftp_upload/3327/3327fig4.jpg" alt="Figura 4" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 4"> Figura 4. Mudanças na atividade do proteassoma no envelhecimento da pele humana. Os fibroblastos de prepúcio humano de nove diferentes doadores nas faixas etárias indicadas foram minimamente expandidos e infectados com construções lentivirais codificam GFP-DGN. Aos 9 dias após a infecção, as células foram analisadas por citometria de fluxo. Os dados foram obtidos em três amostras por grupo de idade em duplicados (± SE). <img src="/files/ftp_upload/3327/3327fig5.jpg" alt="Figura 5" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 5"> Figura 5. Abordagem experimental. Custom-oligo nucleótidos para dgn e dgnFS são clonados no vector pEGFP-C1 e os vírus são produzidos para cada constructo utilizando células HEK 293FT células. O título do vírus foi determinado. As células são transfectadas com o vírus e expandido. Após o tratamento favorecido as células são analisadaspara o sinal de fluorescência por citometria de fluxo. <img src="/files/ftp_upload/3327/3327fig6.jpg" alt="Figura 6" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 6"> Figura 6. Mapa de Plenti GFP-dgn. O mapa da pLenti6/V5-DEST vector incluindo a sequência de GFP-dgn é exibida. Abreviaturas: pCMV (promotor CMV), GFP-dgn (sequência de GFP-dgn), P SV40 (SV40 promotor precoce), EM7 (EM7 promotor), blasticidina (blasticidina gene de resistência), ΔU3 / LTR 3 '(LTR 3' com excluído região U3), SV40 pA (sinal de poliadenilação de SV40), ampicilina (gene de resistência à ampicilina), pUC ori (origem pUC), PRSV / 5 'LTR (RSV / LTR 5' do promotor híbrido), Ψ (HIV-1 do sinal de embalagem Ψ ), RRE (HIV-1 elemento de resposta rev). <img src="/files/ftp_upload/3327/3327fig7.jpg" alt="Figura 7" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 7"> Figura 7. U2-OS placa titulação. U2-OS foram semeadas em uma placa de 6 poços e transfectadas com concentrações de vírus diferentes (diluição de 1/100 e 1/10, 1, 5 e 10 ul de concentrated sobrenadante viral). Um bem foi utilizado como controle não transfectados (NT). Após 6-7 dias, as células foram coradas com violeta de cristal e seco ao ar.

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<li>Bowman, A. B., Yoo, S. Y., Dantuma, N. P., Zoghbi, H. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neuronal+dysfunction+in+a+polyglutamine+disease+model+occurs+in+the+absence+of+ubiquitin-proteasome+system+impairment+and+inversely+correlates+with+the+degree+of+nuclear+inclusion+formation%5BTitle%5D)+AND+%22Hum.+Mol.+Genet%22%5BJournal%5D)">Neuronal dysfunction in a polyglutamine disease model occurs in the absence of ubiquitin-proteasome system impairment and inversely correlates with the degree of nuclear inclusion formation.</a> Hum. Mol. Genet. 14, 679-691 (2005).</li>
<li>Myung, J., Kim, K. B., Lindsten, K., Dantuma, N. P., Crews, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lack+of+proteasome+active+site+allostery+as+revealed+by+subunit-specific+inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell%22%5BJournal%5D)">Lack of proteasome active site allostery as revealed by subunit-specific inhibitors.</a> Mol. Cell. 7, 411-420 (2001).</li>
<li>Menendez-Benito, V., Heessen, S., Dantuma, N. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Monitoring+of+ubiquitin-dependent+proteolysis+with+green+fluorescent+protein+substrates%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Monitoring of ubiquitin-dependent proteolysis with green fluorescent protein substrates.</a> Methods Enzymol. 399, 490-511 (2005).</li>
<li>Lener, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+NADPH+oxidase+Nox4+restricts+the+replicative+lifespan+of+human+endothelial+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem.+J%22%5BJournal%5D)">The NADPH oxidase Nox4 restricts the replicative lifespan of human endothelial cells.</a> Biochem. J. 423, 363-374 (2009).</li>
</ol>

Não há conflitos de interesse declarados.

A primeira publicação utilizando a proteína fluorescente verde (GFP) como substrato repórter para a actividade de ubiquitina-proteassoma, foi publicado em 2000 12. Desde então, a GFP tem sido uma ferramenta comum para visualizar as actividades celulares, especialmente o processo de ubiquitina-proteassoma. Para monitorar a ubiquitina-proteassoma actividade in vivo num modelo de ratinho transgénico com um repórter GFP baseada foi introduzido 13. Também, em pesquisa in vivo ...

<table border="1"><tbody><tr><td> Nome do reagente </td><td> Companhia </td><td> Número de catálogo </td></tr><tr><td> pEGFP-C1 Vector </td><td> BD Bioscience Clontech </td><td> 6084-1 </td></tr><tr><td> pENTR Direcional TOPO Cloning Kit </td><td> Invitrogen </td><td> K2400-20 </td></tr><tr><td> pLenti6/V5 Direcional TOPO Kit Clonagem </td><td> Invitrogen </td><td> V496-10 </td></tr><tr><td> Lipofectamine Reagente 2000 </td><td> Invitrogen </td><td> 11668019 </td></tr><tr><td> DMEM </td><td> Sigma </td><td> D5546 </td></tr><tr><td> PVDF filtro (Rotilabo-Spritzenfilter) </td><td> Roth </td><td> P667.1 </td></tr><tr><td> Polietileno glicol </td><td> Sigma </td><td> P2139 </td></tr><tr><td> NaCl </td><td> Merck </td><td> 1.06404.1000 </td></tr><tr><td> Fosfato de Dulbecco tamponada Saline 1x (PBS) </td><td> Invitrogen </td><td> 14190 </td></tr><tr><td> Hexadimetrina brometo </td><td> Sigma </td><td> 10,768-9 </td></tr><tr><td> Blasticidina </td><td> Invitrogen </td><td> R21001 </td></tr><tr><td> O violeta de cristal </td><td> Sigma </td><td> C3886 </td></tr><tr><td> FACS tubos </td><td> BD Biosciences </td><td></td></tr><tr><td> Penicilina, estreptomicina (Pen-Strep) </td><td> Invitrogen </td><td> 15140130 </td></tr><tr><td> L-glutamina 200 mM </td><td> Invitrogen </td><td> 25030024 </td></tr><tr><td> Soro fetal bovino (FBS) </td><td> Biochrom AG </td><td> S0115 </td></tr><tr><td> MAM não-aminoácidos essenciais (NEAA) 100x </td><td> Invitrogen </td><td> 11140035 </td></tr><tr><td> MEM de piruvato de sódio 100 mM </td><td> Invitrogen </td><td> 11360039 </td></tr><tr><td> D-(+)-Glucose (45%) </td><td> Sigma </td><td> G8769 </td></tr><tr><td> Geneticina </td><td> Invitrogen </td><td> 11811023 </td></tr><tr><td> CaCl2 </td><td> Merck </td><td> C5080 </td></tr><tr><td> Hepes </td><td> Sigma </td><td> H3375 </td></tr><tr><td> Tripsina-EDTA (0,05%) </td><td> Invitrogen </td><td> 25300054 </td></tr></tbody></table>

monitoramento da ubiquitina-proteassoma atividade em células vivas usando um degron (dgn) desestabilizado green fluorescent protein protein repórter (gfp) com base em

Monitoring of Ubiquitin-proteasome Activity in Living Cells Using a Degron (dgn)-destabilized Green Fluorescent Protein (GFP)-based Reporter Protein

Proteassoma é o principal organelo intracelular envolvida na degradação proteolítica da anormais, deformadas, proteínas danificadas ou oxidadas 1, 2. Manutenção da atividade do proteassoma foi implicado em vários processos celulares, como resposta celular ao estresse 3, regulação do ciclo celular e diferenciação celular em 4 ou 5 resposta do sistema imunológico. A disfunção do sistema ubiquitina-proteassoma tem sido relacionado com o desenvolvimento de tumores e doenças neurodegenerativas 4, 6. Além disso, a diminuição da actividade do proteassoma foi encontrada como uma característica de senescência celular e envelhecimento organismal 7, 8, 9, 10. Aqui, apresentamos um método para medir a atividade da ubiquitina-proteassoma em células vivas usando uma proteína de fusão GFP-dgn. Para ser capaz de monitorizar actividade de ubiquitina-proteassoma nas células vivas primárias, constrói DNA complementar que codifica para uma proteína fluorescente verde (GFP), proteína de fusão dgn (GFP-dgn, instável) e uma variante de realização de uma mutação frameshift (GFP-dgnFS, estável 11) são inseridos em vectores de expressão lentiviral. Nós preferimos desta técnica em relação às técnicas tradicionais de transfecção, porque garante uma eficiência de transfecção elevada, independentemente do tipo de célula ou a idade do dador. A diferença entre a fluorescência exibida pelo GFP-dgnFS (estável) da proteína e da proteína desestabilizado (GFP-dgn) na ausência ou na presença de inibidor de proteassoma podem ser utilizados para estimar a actividade de ubiquitina-proteassoma em cada linhagem celular particular. Estas diferenças podem ser monitorizadas através de microscopia de epifluorescência, ou pode ser medido por citometria de fluxo.

Um método para monitorizar a actividade de ubiquitina-proteassoma nas células vivas é descrito. A degron-GFP-desestabilizado (GFP-dgn) e uma proteína de fusão GFP estável dgnFS-são gerados e transduzidos para a célula utilizando um vector de expressão lentiviral. Esta técnica permite a geração de um estábulo GFP-dgn/GFP-dgnFS linha celular que expressa em que a actividade de ubiquitina-proteassoma podem ser facilmente avaliados utilizando epifluorescência ou citometria de fluxo.

Monitoramento da ubiquitina-proteassoma Atividade em células vivas Usando um Degron (dgn) desestabilizado Green Fluorescent Protein Protein Repórter (GFP) com base em

O proteassoma é a principal organela intracelular envolvida na degradação proteolítica de proteínas anormais, mal dobradas, danificadas ou oxidadas 1, 2. ...

O objetivo geral deste procedimento é medir a atividade do proteassoma em células vivas utilizando uma proteína de fusão GFP-Deron. Primeiro, clone os oligonucleotídeos personalizados para Deron e para a troca de quadro de leitura de Deron. Insira no vetor P-E-G-F-P-C um e prossiga com os protocolos para o sistema Gateway da Vitrogen, depois produza vírus para cada construto utilizando células HEK 293 FT. Após determinar a titulação, transduza as células com o vírus e aplique a seleção com antibiótico, então expanda as células estáveis resultantes que expressam GFP-Dron ou GFP-Dron com troca de quadro de leitura.Essa técnica facilita experimentos que monitoram as respostas celulares a tratamentos específicos por meio de medições de sinal de fluorescência. Por exemplo, a atividade do proteassoma pode ser facilmente avaliada utilizando microscopia de epifluorescência ou citometria de fluxo. A principal vantagem dessa técnica em relação a métodos existentes, como ensaios luminogênicos ou fluorogênicos que utilizam células inteiras em ácidos, é que a atividade do proteassoma é medida em células vivas. Para a transfeção, dilua 36 microlitros do reagente lipo 2000 em 1,5 mililitro de DME

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Biologia

Este vídeo descreve um ensaio de degradação para proteínas mal dobradas usando tratamento com cicloheximida junto com fracionamento de detergente. Este método ajuda a estudar a dinâmica de proteínas mal dobradas e a descobrir os mecanismos aprofundados de renovação de proteínas.

Ensaio de degradação de proteínas propensas a dobramento incorreto: uma técnica para monitorar a degradação de proteínas mal dobradas usando tratamento com cicloheximida e fracionamento de detergente

A dinâmica dos glicossomos em tripanossomas africanos é difícil de estudar por técnicas tradicionais de biologia celular, como microscopia eletrônica e fluorescência.  Como meio de observar o comportamento dinâmico das organelas, um sistema repórter de organelas fluorescentes tem sido usado em conjunto com a citometria de fluxo para monitorar a dinâmica dos glicossomos em tempo real em parasitas vivos.

Utilizando Proteínas Fluorescentes para monitorar glicossomo Dynamics do Trypanosoma Africano

Aqui descrevemos um ensaio biológico robusto para quantificar a taxa relativa de proteólise pelo sistema ubiquitina-proteassoma. A leitura do ensaio é a taxa de crescimento da levedura em cultura líquida, que depende dos níveis celulares de uma proteína repórter que compreende um sinal de degradação fundido a um marcador metabólico essencial.

Baseada Reporter ensaio de crescimento para análise sistemática de degradação de proteínas

O protocolo atual detalha um método para medir a atividade das enzimas funcionalmente homóloga deubiquitinating. Sondas especializados modificar covalentemente o enzima e permitir a detecção. Este método tem o potencial para identificar novos alvos terapêuticos.

Método para medir a actividade de enzimas deubiquitinating em linhas celulares e amostras de tecidos

Este relatório descreve protocolos para medir as taxas de degradação de proteínas mal dobradas por ensaios baseados em western blot ou fluorescência. Os métodos podem ser aplicados à análise de outras proteínas mal dobradas e para triagem de alto rendimento.

Os ensaios para a degradação de proteínas em células deformadas

Este protocolo descreve um método para determinar a proteína meia-vida em vida única células aderentes, usando pulso rotulagem e imagem latente de lapso de tempo de fluorescência de proteínas da fusão SNAP-marca.

Célula única quantificação das taxas de degradação de proteínas por microscopia de fluorescência de lapso de tempo em cultura de células aderentes

Este protocolo demonstra como controlar uma translocação nuclear da proteína sob estresse de calor, usando uma fluorescência verde (GFP) de proteína proteína da fusão como um marcador e 4', 6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) coloração. O DAPI protocolo de coloração é rápido e preserva os sinais de Localização subcellular GFP e proteína.

Detectar a localização Subcellular da proteína por marcação de proteína de fluorescência verde e 4' 6-Diamidino-2-phenylindole de coloração em Caenorhabditis elegans

Este artigo descreve os protocolos para avaliar o efeito de proteínas fluorescentes na agregação e toxicidade de misfolded polyglutamine expansão para a avaliação rápida de uma proteína fluorescente recentemente descaracterizada no contexto dos repórteres fluorescentes.

Efeito de proteínas fluorescentes na fusão parceiros usando Polyglutamine ensaios de toxicidade em levedura

Este protocolo visa estabelecer proteomas específicos de ubiquitina (Ub) e ubiquitina (Ubls), a fim de identificar alterações desse tipo de modificações pós-translacional (PTMs), associadas a uma condição específica, como tratamento ou fenótipo.

Perfil de Ubiquitin e Ubiquitin-like Modificações pós-translacionais dependentes e identificação de alterações significativas

Apresentado aqui é um protocolo para monitorar a degradação da proteína huntingtin fundida ao fluorohore fotoconvertível Dendra2.

In Vivo Quantificação do Volume de Negócios de Proteínas no Envelhecimento C. Elegans usando Dendra2 Fotoconvertível

Aprenda a monitorar a atividade do proteassoma em células vivas usando proteínas de fusão GFP. Este método permite gerar linhagens celulares estáveis para avaliar a degradação proteica por meio de medições de fluorescência em tempo real.

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