Uma abordagem de extração de metadados para relatos de casos clínicos habilitar avançada compreensão dos conceitos biomédicos

Este método pode ajudar a responder perguntas sobre doenças e patologias, fornecendo uma visão estruturada sobre sintomas da doença, procedimentos diagnósticos e terapêuticos e desfechos do paciente a partir de relatos de casos clínicos. A principal vantagem dessa técnica é que ela pode ser aplicada a qualquer coorte de pacientes na literatura biomédica. Tornando mais realizados estudos epidemiológicos de condições raras ou emergentes.

Este método torna os fluxos de trabalho de análise de texto subsequentes mais intuitivos e fáceis de implementar. Ao tornar a máquina de dados de texto legível com metadados ricos, podemos estabelecer relatórios de casos clínicos como um recurso de dados encontrável, acessível, interoperável e reutilizável ou justo. Central para este método é o modelo de metadados utilizado para extrair todas as informações clínicas contidas nos relatórios de casos clínicos selecionados.

Seguir o fluxo de trabalho ilustrado permitirá a montagem de um corpus de relatório de caso clínico. Para melhorar a capacidade de encontrar, acessibilidade, interoperabilidade e re-usabilidade do conteúdo médico a partir de um relatório de caso clínico. Inclua detalhes contextuais em cada campo em vez de fornecer termos apenas a partir de um vocabulário controlado.

Omitir palavras e frases comumente repetidas. No modelo de anotação, forneça termos específicos identificados dentro de um documento geralmente em seu cabeçalho como termos-chave separados com um ponto e vírgula. Forneça valores demográficos.

Especificamente quaisquer declarações de texto descrevendo o histórico de um paciente, incluindo sexo e/ou gênero, etnia etária ou nacionalidade. Fornecer localizações geográficas mencionadas dentro da narrativa clínica além de endereços específicos da instituição. Fornecer valores de estilo de vida, incluindo quaisquer declarações de texto descrevendo atividades ou comportamentos frequentes do paciente relevantes para sua saúde geral.

Na prática, isso envolve frequentemente hábitos de tabagismo ou consumo de álcool, mas também pode incluir exposição solar, dieta ou frequência de tipos específicos de atividade física. Fornecer valores de histórico médico referentes ao histórico familiar, incluindo quaisquer declarações de texto descrevendo observações clínicas e eventos experimentados por irmãos, pais e outros membros da família. Além de condições genéticas e observações negativas.

Fornecer valores referentes ao histórico social, incluindo quaisquer declarações de texto que descrevam o histórico do paciente não coberto nas seções de demografia ou estilo de vida. As declarações podem incluir histórico ocupacional e hábitos sociais. Fornecer valores referentes ao histórico médico e cirúrgico dos pacientes, incluindo quaisquer declarações de texto descrevendo observações médicas, tratamentos ou outros eventos ocorridos antes do início da apresentação clínica.

Especifique uma ou mais das seguintes 16 categorias do sistema de doenças com base nas utilizadas na classificação estatística internacional de doenças e problemas de saúde relacionados, revisão 10 conforme indicado na tabela. Fornecer detalhes de todos os sinais e sintomas, incluindo quaisquer declarações de texto descrevendo quaisquer observações médicas de sinais ou sintomas a partir da apresentação inicial sobre o início, duração, gravidade ou resolução dos sintomas conforme previsto. Forneça detalhes de quaisquer comorbidades, incluindo quaisquer termos ou frases descrevendo doenças distintas presentes no momento da apresentação clínica inicial.

Fornecer detalhes de todas as técnicas e procedimentos de diagnóstico, incluindo os nomes dos procedimentos médicos concluídos para fins diagnósticos. Como exames, testes e imaginação. Assim como as condições em que os testes foram realizados e os locais anatômicos relevantes.

Mas excluindo os resultados dos testes. Forneça detalhes do diagnóstico. Incluindo quaisquer declarações de texto que descrevam os diagnósticos da doença.

Mesmo que o diagnóstico final seja ambíguo. Fornecer todos os valores laboratoriais e resultados de testes. Incluindo os nomes dos exames diagnósticos, seus valores e as condições em que os testes foram realizados.

O uso de valores numéricos e qualitativos é aceitável. Forneça detalhes da patologia. Incluindo quaisquer declarações de texto que descrevam todos os resultados dos estudos de patologia e histologia.

Como estudos de patologia bruta, imunologia ou microscopia. Alguns dos termos podem se sobrepor aos utilizados na seção de técnicas de diagnóstico e procedimentos. Forneça todas as terapias farmacológicas.

Incluindo quaisquer declarações de texto descrevendo as terapias medicamentosas utilizadas no curso do tratamento e quando e como as terapias foram interrompidas. Usando termos gerais, como antibióticos ou nomes de medicamentos específicos. Fornecer todos os procedimentos intervencionais.

Incluindo quaisquer declarações de texto descrevendo procedimentos terapêuticos utilizados no curso do tratamento e quando e como os procedimentos foram interrompidos, bem como quaisquer procedimentos invasivos. A implantação de dispositivos ou procedimentos médicos concluídos para facilitar outras terapias. Forneça o resultado do paciente.

Incluindo quaisquer declarações de texto que descrevam a saúde do paciente a partir do final da apresentação clínica descrita no relatório. Incluindo todos os testes de acompanhamento. Em seguida, forneça contagens de todas as imagens de diagnóstico, figuras, vídeos ou animações e tabelas.

Incluindo todas as contagens de mídia visual incluídas no relatório no formato indicado. Para distinguir entre as figuras e as imagens, conte as imagens como quaisquer produtos de diagnóstico clínico. Incluindo fotografias, micro gráficos, imagens de ritmo eletrocardiograma ou outros produtos de diagnóstico por imagem.

Enquanto os números devem ser considerados todas as outras imagens. Geralmente incluindo gráficos de dados e ilustrações. Nesta tabela são mostrados exemplos de dois conjuntos de anotações completas de metadados de relatório clínico.

O primeiro exemplo inclui dados falsos para ilustrar o formato ideal de cada valor. Enquanto o segundo exemplo contém valores extraídos de um relatório de caso clínico publicado em uma condição rara; Acrodermatite Enteropathica. Este método facilita tanto abordagens humanas quanto automatizadas para a anotação de documentos clínicos de texto gratuitos.

Ao estabelecer um modelo padrão de metadados estruturados que garanta que as informações contidas dentro são acessíveis e úteis. Os metadados gerados por este método suportam a análise de texto a jusante, como o reconhecimento de entidades nomeadas. Permitindo aos pesquisadores extrair informações sobre sinais e sintomas, técnicas e procedimentos diagnósticos e valores laboratoriais através de uma coorte de pacientes representada na literatura biomédica.