Name: Bioprospecção de microrganismos extreílicos para enfrentar a poluição ambiental (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-12-30T16:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 20 s
Description: Aprenda a isolar microrganismos resistentes a metais pesados de fontes geotérmicas para aplicações em biorremediação e biosensores ambientais. Este protocolo simplificado facilita a identificação de novas espécies.

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Este trabalho foi apoiado pelo ERA-NET Cofund MarTERA: "FLAshMoB: Functional Amyloid Chimera for Marine Biosensing", PRIN 2017-PANACEA CUP:E69E19000530001 e pela GoodbyWaste: Obtaingood produtos-exploram por produtos-reduzir resíduos, MIUR 2017-JTNK78.006, Itália. Agradecemos ao Dr. Monica Piochi e à Dra.

1. Amostragem de microrganismos de sítios geotérmicos
<ol><li>Escolha o local para amostragem usando como critério locais com temperatura e pH desejados. Meça os parâmetros físicos através de uma sonda termopar digital, inserindo-a nas piscinas ou lamas selecionadas.</li>
	<li>Coletar 20 g de amostras de solos (neste caso, de lama no sítio hidrotérmico de Pisciarelli Solfatara), recolhendo-os com uma colher esterilizada. Pegue pelo menos duas amostras para cada local escolhido.</li>
	<li>Coloque as amostras em tubos de polipropileno estéreis de 50 mL e feche imediatamente.</li>
	<li>Meça pH e temperatura com uma sonda termopar digital inserindo-a diretamente no local de amostragem. Após o uso, enxágue a sonda cuidadosamente com água deionizada.</li>
</ol>2. Isolamento de microrganismos resistentes ao metal pesado
NOTA: Realizar etapas 2.1-2.7 sob um capô biológico estéril.
<ol><li>Inocular 2 g de cada amostra coletada em 50 mL de meio Luria-Bertani recém-preparado (LB), no qual o pH foi ajustado para 4 ou 7 através da adição de HCl ou NaOH.</li>
	<li>Incubar as amostras na mesma temperatura do local de amostragem e a ±5 °C (55 °C e 60 °C para amostras de Pisciarelli) em um agitador orbital controlado pela temperatura por 24 h com uma taxa de agitação de 180 rpm.</li>
	<li>Placa 200 μL das amostras cultivadas em ágar LB (pH 4 ou pH 7) e incubar em condição estática por 48 h a 55 °C ou 60 °C.</li>
	<li>Isole colônias únicas e repita ciclos de revestimento de raia (passos 2.3 e 2.4) pelo menos três vezes.</li>
	<li>Para preparar -80 °C de estoques de células congeladas, cresça as culturas durante a noite (ON) e adicione às células cultivadas 20% glicerol (em um volume final de 1 mL); use uma mistura de acetona e gelo seco para congelamento rápido.</li>
	<li>Para preparar um inóculo de um estoque de glicerol, inocular 50 μL em 50 mL de LB (pH 4 ou pH 6) e incubar a 55 °C ou 60 °C no agitador orbital a 180 rpm ON.</li>
	<li>Para obter um perfil de crescimento, diluir uma pré-cultura (obtida da etapa 2.6) a 0,1 OD600 nm em 10 mL de LB (pH 4 ou pH 6), crescer as células a 55 °C ou 60 °C por 16 horas no agitador orbital, e medir o OD600 nm em intervalos de 30 minutos.</li>
	<li>Construa uma curva de crescimento a partir dos dados obtidos na etapa 2.7 com tempo (min) no eixo X e OD600 nm no eixo Y.</li>
	<li>Realize a mesma curva de crescimento descrita nas etapas 2.7 e 2.8, mas variando o pH (± unidade 1) do meio de cultura (por exemplo, pH 3 e 5 para amostras cultivadas em pH 4) para determinar o pH ideal para condições laboratoriais.</li>
</ol>3. Identificação de isolados microbianos
<ol><li>Preparação de DNA genômico<ol>
<li>Inocular o isolado listrado do estoque de glicerol em 50 mL de meio LB (pH 4 ou pH 6) e crescer em um agitador orbital a 55 °C ou 60 °C a 180 rpm ON.</li>
		<li>Colher a cultura ON por centrifugação por 10 min a 5000 x g. Descarte o supernatante.</li>
		<li>Prepare 10 mL de tampão de lise bacteriana composto por: 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 2 mM EDTA, 1,2% Triton X-100 e lysozyme (20 mg/mL) imediatamente antes do uso.</li>
		<li>Resuspense a pelota em 180 μL de tampão de lise bacteriana. Incubar por 30 min a 37 °C.</li>
		<li>Siga as diretrizes indicadas por um kit de purificação de DNA genômico (Tabela de Materiais) para extrair DNA genômico.</li>
		<li>Quantifique o DNA genômico extraído e sua pureza pela medição UV-Vis. Para razões de determinação de pureza-OD 260/280 nm e OD 260/230 nm.</li>
		<li>Avalie a integridade do DNA genômico carregando 200 ng de cada amostra em um gel de 0,8% de agarose e comparando a distribuição de tamanho com um marcador molecular de alto peso.</li>
		<li>Comissão para um serviço externo a preparação, sequenciamento e análise comparativa do fragmento de rRNA 16S e análise comparativa da sequência obtida (1000 bp) com os presentes no banco de dados nucleotídeos do Centro Nacional de Informações de Biotecnologia dos EUA (NCBI)33.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Para corroborar dados do sequenciamento de rRNA 16S, também realizar ribotipagem automatizada no DNA cromossômico digerido (serviço externo, Tabela de Materiais).</li>
	<li>No caso em que a identificação da espécie não pode ser determinada apenas com dados de ribotipagem, comissione uma análise MALDI-TOF MS para identificação de ácidos graxos.</li>
	<li>Para realizar uma análise filogenética do gênero identificado, analise a sequência de rRNA 16S do isolado com BLASTn34. Sequências com identidades de 99% a 97% devem ser usadas para construir um alinhamento de sequência múltipla usando CLUSTAL Ômega35. Construa uma árvore de junção de vizinhos usando a opção padrão de ClustalW2 (Simple Phylogeny).</li>
</ol>4. Suscetibilidade de metais pesados e antibióticos
<ol><li>Inocular o isolado de um estoque de glicerol (ver passo 2.5) e cultivá-lo em 200 mL de LB sob o pH ideal e condições de temperatura previamente determinadas.</li>
	<li>Diluir cada pré-cultura a 0,1 OD600 nm em 5 mL de meio LB (no pH apropriado) contendo concentrações crescentes de metais pesados. As concentrações variam de 0,01-120 mM para metais pesados [As(V), As(III), Cd(II), Co(III), Cr(VI), Cu(II), Hg(II), Ni(II), V(V)] ou 0,5-1 mg/mL para os antibióticos [Ampicillin, Bacitracina, Clorofilicol, Ciprofloxacina, Eritromicina, Kanamicina, Estreptomicina, Tetraciclina e Vancomicina].</li>
	<li>Realize tratamentos de metais pesados e antibióticos separadamente. Use um tubo de polipropileno de 50 mL e cresça as células em um agitador orbital controlado pela temperatura com uma taxa de agitação de 180 rpm a 55 °C ou 60°C para 16 h para cada condição/tratamento.</li>
	<li>Calcule a Concentração Inibitória Mínima (MIC) seja para antibióticos ou metais pesados, identificando os valores de concentração nos tubos onde o crescimento microbiano não ocorre, ou seja, determinando os valores que inibem completamente o crescimento celular após 16 h.</li>
	<li>Verifique se a concentração é inibitória e não letal para as células, emplacando 200 μL da cultura cultivada pelo valor que é considerado como MIC em placas lb-ágar (no pH e temperatura apropriados) e verificando a presença de colônias após a incubação ON. NOTA: Como a cultura na placa de ágar LB é viável a 4 °C apenas por algumas semanas, a fim de preservar os isolados por mais tempo, os estoques de glicerol foram preparados e armazenados a -80 °C. Para determinação mic, pelo menos três réplicas independentes utilizando culturas independentes foram realizadas. O desvio padrão foi calculado entre os experimentos triplicados.</li>
</ol>

Os autores declaram que não têm conflitos de interesse.

As fontes termais contêm uma diversidade inexplorada de microbiomas com capacidades metabólicas igualmente diversas12. O desenvolvimento de estratégias para o isolamento de microrganismos que possam converter eficientemente metais pesados em compostos menos tóxicos10 representa uma área de pesquisa de crescente interesse em todo o mundo. Este artigo tem como objetivo descrever uma abordagem simplificada para a triagem e isolamento de micróbios com a capacidade de resistir a...

Os ambientes extremos do nosso planeta são excelentes fontes de microrganismos capazes de tolerar condições severas (ou seja, temperatura, pH, salinidade, pressão e metais pesados)1,2, sendo Islândia, Itália, EUA, Nova Zelândia, Japão, África Central e Índia, as áreas vulcânicas mais reconhecidas e estudadas 3,4,5,6,7,8,9 . Os termófilos evoluíram em ambientes severos em uma faixa de temperaturas de 45 °C a 80 °C 10,11,12. Os microrganismos termofílicos, pertencentes aos reinos arqueais ou bacterianos, são um reservatório para o estudo da biodiversidade, filogênese e produção de biomoléculas exclusivas para aplicações industriais 13,14,15,16. De fato, nas últimas décadas, a contínua demanda industrial no mercado global tem incentivado a exploração de extremófilos e termozymes para suas aplicações diversificadas em diversos campos biotecnológicos 17,18,19.
As fontes termais, onde os organismos vivem em consórcios, são ricas fontes de biodiversidade, representando assim um habitat atraente para estudar a ecologia microbiana20,21. Além disso, essas áreas ricas em metais vulcânicos são comumente colonizadas por microrganismos que evoluíram sistemas de tolerância para sobreviver e se adaptar à presença de metais pesados22,23 e, portanto, estão ativamente envolvidos em seus ciclos biogeoquímicos. Atualmente, metais pesados são considerados poluentes prioritários para os seres humanos e para o meio ambiente. Os microrganismos resistentes ao metal pesado são capazes de solubilizar e precipitar metais transformando-os e remodelando seus ecossistemas24,25. A compreensão dos mecanismos moleculares da resistência ao metal pesado é um tema quente para a urgência de desenvolver novas abordagens verdes 26,27,28. Nesse contexto, a descoberta de novas bactérias tolerantes representa o ponto de partida para o desenvolvimento de novas estratégias de bioremediação ambiental24,29. Ao acompanhar os esforços para explorar ambientes hidrotérmicos através de procedimentos microbiológicos e aumentar o conhecimento sobre o papel dos genes que sustentam a tolerância ao metal pesado, foi realizada uma triagem microbiana na área de primavera quente de Campi Flegrei, na Itália. Este ambiente rico em metais pesados mostra uma poderosa atividade hidrotérmica, fumarole e piscinas de ebulição, variável em pH e temperatura em dependência de sazonalidade, chuvas e movimentos geológicos subterrâneos30. Nessa perspectiva, descrevemos uma maneira fácil de aplicar e eficaz de isolar bactérias resistentes a metais pesados, por exemplo, Geobacillus stearothermophilus GF1631 (nomeado como isolado 1) e Alicyclobacillus mali FL1832 (nomeado como isolado 2) da área de Pisciarelli de Campi Flegrei.

<table><tbody><tr><td>Ampicilina</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A9393</td><td></td></tr><tr><td>Aura Mini</td><td>bio air s.c.r.l.</td><td></td><td>Capuz biológico</td></tr><tr><td>Bacitracina</td><td>Sigma Aldrich</td><td>B0125</td><td></td></tr><tr><td>Cloreto de cádmio</td><td>Sigma Aldrich</td><td>202908</td><td></td></tr><tr><td>Cloranfenicol</td><td>Sigma Aldrich</td><td>C0378</td><td></td></tr><tr><td>Ciprofloxacina</td><td>Sigma Aldrich</td><td>17850</td><td></td></tr><tr><td>Cloreto de cobalto</td><td>Sigma Aldrich</td><td>C8661</td><td></td></tr><tr><td>Cloreto</td> <td>de cobreSigma Aldrich</td><td>224332</td><td></td></tr><tr><td>Eritromicina</td><td>Sigma Aldrich</td><td>E5389</td><td></td></tr><tr><td>Exernal Service</td><td>DSMZ</td><td></td><td>Leibniz Institute DSMZ-Coleção Alemã de Microrganismos e Culturas de Células GmbH</td></tr><tr><td>Kit de Purificação de DNA Genômico</td><td>Thermo Scientific</td><td>#K0721</td><td></td></tr><tr><td>Sulfato de canamicina</td><td>Sigma Aldrich</td><td>60615</td><td></td></tr><tr><td>MaxQTM 4000 Agitador orbital de bancada</td><td>Thermo Scientific</td><td>SHKE4000</td><td></td></tr><tr><td>Cloreto de mercúrio</td><td>Sigma Aldrich</td><td>215465</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop 1000 Espectrofotômetro</td><td>Thermo Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cloreto de níquel</td><td>Sigma Aldrich</td><td>654507</td><td></td></tr><tr><td>Medidor de pH portátil Orion Star A221</td><td>Thermo Scientific</td><td>STARA2218</td><td></td></tr><tr><td>Sódio (meta) arsenito</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S7400</td><td></td></tr><tr><td>Arseniato de sódio dibásico heptahidratado</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A6756</td><td></td></tr><tr><td>Cloreto de sódio</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S5886</td><td></td></tr><tr><td>Estreptomicina</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S6501</td><td></td></tr><tr><td>Tetraciclina</td><td>Sigma Aldrich</td><td>87128</td><td></td></tr><tr><td>Triptona BioChemica</td><td>Applichem Panreac</td><td>A1553</td><td></td></tr><tr><td>Vancomicina</td><td>Sigma Aldrich</td><td>PHR1732</td><td></td></tr><tr><td>Extrato de levedura para biologia molecular</td><td>Applichem Panreac</td><td>&nbsp; Resposta 3732</td><td></td></tr></tbody></table>

bioprospecção de microrganismos extreílicos para enfrentar a poluição ambiental

Bioprospecting of Extremophilic Microorganisms to Address Environmental Pollution

As nascentes geotérmicas são ricas em vários íons metálicos devido à interação entre rocha e água que ocorre no aquífero profundo. Além disso, devido à variação sazonalidade do pH e da temperatura, a flutuação na composição do elemento é observada periodicamente dentro desses ambientes extremos, influenciando as comunidades microbianas ambientais. Microrganismos extreílicos que prosperam em aberturas térmicas vulcânicas desenvolveram mecanismos de resistência para lidar com vários íons metálicos presentes no ambiente, participando assim de ciclos biogeoquímicos metálicos complexos. Além disso, os extremófilos e seus produtos têm encontrado uma ampla base no mercado, e isso vale especialmente para suas enzimas. Nesse contexto, sua caracterização é funcional para o desenvolvimento de biossistemas e bioprocessos para monitoramento ambiental e bioremediação. Até o momento, o isolamento e o cultivo em condições laboratoriais de microrganismos extreílicos ainda representam um gargalo para a exploração plena de seu potencial biotecnológico. Este trabalho descreve um protocolo simplificado para o isolamento de microrganismos termofílicos de fontes termais, bem como sua identificação genotípica e fenotípica através das seguintes etapas: (1) Amostragem de microrganismos de sítios geotérmicos ("Pisciarelli", uma área vulcânica de Campi Flegrei em Nápoles, Itália); (2) Isolamento de microrganismos resistentes ao metal pesado; (3) Identificação de isolados microbianos; (4) Caracterização fenotípica dos isolados. As metodologias descritas neste trabalho podem ser geralmente aplicadas também para o isolamento de microrganismos de outros ambientes extremos.

Local de amostragem Este protocolo ilustra um método para o isolamento de bactérias resistentes a metais pesados de uma fonte termal. Neste estudo, a área de Pisciarelli, um ambiente geotérmico ácido-sulfísico, foi utilizada como local de amostragem (Figura 1). Este ecossistema é caracterizado pelo fluxo de fluidos sulfúricos agressivos derivados de atividades vulcânicas. Foi demonstrado que as comunidades microbianas em sistemas geotérmicos ácido-sulfísi...

O isolamento de micróbios resistentes a metais pesados de fontes geotérmicas é um tema quente para o desenvolvimento de bioremediação e monitoramento ambiental de biossistemas. Este estudo fornece uma abordagem metodológica para isolar e identificar bactérias tolerantes a metais pesados a partir de fontes termais.

Bioprospecção de microrganismos extreílicos para enfrentar a poluição ambiental

Geothermal springs are rich in various metal ions due to the interaction between rock and water that takes place in the deep aquifer. Moreover, due to ...

O protocolo descreve uma abordagem simplificada para a triagem e isolamento de micróbios resistentes a metais pesados de Fontes geotérmicas. Essa abordagem representa uma área de pesquisa de crescente interesse mundial pela aplicação no campo da biosensação e bioremediação. O método descrito pode ser facilmente modificado para isolar micróbios de diversas fontes ambientais, como água, alimentos, solo ou sedimentos.A concentração inibitória mínima para identificar micróbios resistentes é uma estratégia rápida para caracterizar as novas espécies ou cepas. Este protocolo é fácil de executar e requer apenas habilidade manual e experiência com as técnicas básicas de microbiologia. Para começar, inocular dois gramas de amostra coletada em 50 microlitos de médium Luria-Bertani recém-preparado com um pH de quatro ou sete.Incubar esta amostra na temperatura do local de amostragem mais ou menos cinco graus Celsius. Placa 200 microliters da amostra em ágar Luria-Bertani com um pH de quatro ou sete e mantê-lo em uma condição estática a 55 ou 60 graus Celsius por 48 horas. Após a incubação, isole colônias únicas e repita este ciclo de chapeamento de raia pelo menos três vezes.Para preparar um mililitro de estoque celular congelado, adicione 20% de glicerol às células cultivadas durante a noite. Use uma mistura de acetona e gelo seco para congelamento rápido. Para preparar um inóculo de um estoque de glicerol, inocular 50 microliters em 50 mililitros de Luria-Bertani.Para obter um perfil de crescimento, dilui essa pré-cultura em 10 microliters de Luria-Bertani. Para ajustar a densidade óptica para 0,1 adicione 600 nanômetros. Cresça essas células por 16 horas a 55 ou 60 graus Celsius no agitador orbital.Meça a densidade óptica em 600 nanômetros em intervalos de 30 minutos. Curva a partir deste dado com tempo no eixo X e densidade óptica a 600 nanômetros no eixo Y. Traçar curvas de crescimento semelhantes com pH variado do meio de cultura, para determinar o pH ideal para condições laboratoriais, Inocular o isolado listrado do estoque de glicerol em 50 microlitres de luria-bertani médio e incubar durante a noite.Centrifugar essa cultura cultivada durante a noite por 10 minutos a 5.000 vezes G, em seguida, descartar o supernaspeuta e colher a paleta de cultura. Prepare 10 mililitros de tampão de lise bacteriana composto por 20 milimerlares Tris-HCL, dois milimônios EDTA, 1,2% Triton X-100 e 20 miligramas por mililitro lysosome imediatamente antes do uso. Suspenda a pelota em 180 microliters de tampão de bactérias.Extração genômica de DNA como instruído no kit de purificação e medir DNA genômico e sua pureza por UV-Vis. Para avaliar a pureza, determine as razões de densidade óptica de 260 a 280 e 260 a 230. Avalie a integridade do DNA genômico carregando 200 nanogramas de cada amostra em um gel de 0,8% de agarose e comparando a distribuição de tamanho a uma altura, marcador molecular de peso.Cresça o isolado do estoque de glicerol em 200 mililitros de Luria-Bertani para o pH ideal e condições de temperatura. Diluir cada pré-cultura em cinco mililitros de médium Luria-Bertani em 50 mililitros de tubos de polipropileno contendo concentrações crescentes de metais pesados e antibióticos para obter uma densidade óptica de 0,1 a 600 nanômetros. Cresça as células por 16 horas em um agitador orbital com 180 revoluções por minuto a 55 ou 60 graus Celsius.Calcule a concentração inibitória mínima para antibióticos ou metais pesados identificando os valores de concentração nos tubos onde o crescimento microbiano não ocorre. Verifique se a concentração é inibitória e não letal para as células, emplacando 200 microliters da cultura cultivadas em concentrações inibitórias mínimas em placas de ágar Luria-Bertani e verificando a presença de colônias após a incubação noturna. Este protocolo foi utilizado para testar amostras bacterianas da área de Piscarelli, um ambiente geotérmico sulfúrico ácido Caracterização fenoplica dos microrganismos isolados mostrou que o isolado tem maior tolerância ao arsenato e vanadate e é resistente ao cádmio.Dados comparativos sugerem que o isolado tem uma forte resistência ao arsênico pentavalente, enquanto o isolado dois tem resistência ao arsênico trivalente. Testes de resistência a antibióticos mostraram que o isolado é altamente sensível a todos os antibióticos testados, mesmo quando baixas concentrações foram usadas. Em contraste, o isolado dois é resistente a todos os antibióticos testados, exceto clorofenicol e tetraciclina.O microrganismo provavelmente adquiriu resistência a antibióticos devido a mutações aleatórias ou transferência de genes horizontais representando uma vantagem seletiva em condições ambientais extremas. Este estudo demonstra a utilidade desses métodos para selecionar microrganismos ambientais que podem inativar os poluentes e convertê-los em produtos inofensivos.

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Research

JoVE Journal

Environment

Ambiente

Eucariontes microbianos são tanto uma fonte de carbono fotossinteticamente derivado e espécies maiores predadores em lagos permanentemente cobertas de gelo da Antártida. Este relatório descreve uma abordagem cultura enriquecimento para o isolamento metabolicamente eucariontes microbianos versáteis do lago da Antártida, Lago Bonney, e avalia potencial de fixação de carbono inorgânico através de um ensaio de radioisótopos para a ribulose-1 carboxilase oxigenase atividade ,5-bisphophate (Rubisco).

Estabelecimento de Culturas Microbianas enriquecimento eucarióticas a partir de um quimicamente estratificada Antarctic Lake e Avaliação do Potencial de Fixação de Carbono

Fonte: Villela, H. D. M. , et al. Prospectação de Cepas Microbianas para Biorremediação e Desenvolvimento de Probióticos para Pesquisa e Preservação de Metaorganismos. J. Vis. Exp. (2019).Este vídeo demonstra o isolamento de bactérias marinhas degradadoras de poluentes por diluição em série, seleção de colônias e crescimento em meio contendo EE2. Ao usar EE2 como única fonte de carbono, o protocolo identifica cepas bacterianas capazes de metabolizar esse poluente ambiental.

Triagem de Bactérias Marinhas para o Isolamento de Cepas Degradantes de Poluentes

Fonte: Villela, H. D. M. , et al. Prospectação de Cepas Microbianas para Biorremediação e Desenvolvimento de Probióticos para Pesquisa e Preservação de Metaorganismos. J. Vis. Exp. (2019)Este vídeo demonstra o isolamento seletivo de bactérias marinhas degradadoras do petróleo ao enriquecer amostras de água do mar em meios à base de petróleo, possibilitando a recuperação de cepas puras com potencial de aplicações na biorremediação de petróleo bruto e limpeza ambiental.

Enriquecimento seletivo e isolamento de bactérias marinhas degradadoras de óleo a partir de amostras de água do mar

Técnicas de cultivo microbianas no local da enriquecimento ou em situ podem facilitar o isolamento dos táxons de difícil-para-cultura microbianos, especialmente de ambientes de baixa biomassa ou geoquímica extremas. Aqui, descrevemos um set-up eletroquímico sem usar uma fonte de alimentação externa para enriquecer cepas microbianas capazes de transporte de elétrons extracelular (EET).

Self-standing eletroquímica set-up para enriquecer o ânodo-proliferação de bactérias no local

Este protocolo descreve experimentos microbianos pressões elevadas para estudar processos de biomineração in situ. A aproximação experimental emprega um reator de alta pressão de balanço equipado com uma pilha da reação do ouro-titânio que contem uma cultura microbiana em um meio ácido, ferro-rico.

Usando células de reação de ouro-titânio flexíveis para simular atividade microbiana dependente de pressão no contexto da Biomineração subsuperficial

A poluição afeta todos os biomas. Os ambientes marinhos têm sido particularmente impactados, especialmente os recifes de corais, um dos ecossistemas mais sensíveis da Terra. A bioremediação é a capacidade dos organismos para degradar contaminantes. Aqui, descrevemos metodologias para isolar e testar micróbios que apresentam capacidade de bioremediação e potenciais características probióticas para corais.

Prospecção de cepas microbianas para desenvolvimento de bioremediação e probióticos para pesquisa e preservação de metaorganismos

Apresentamos o processo de isolamento, propagação e caracterização de bactérias degradadoras de hidrocarbonetos de habitats aquáticos. O protocolo descreve o isolamento bacteriano, a identificação pelo método 16S rRNA e o teste de seu potencial degradador de hidrocarbonetos. Este artigo ajudará os pesquisadores na caracterização da biodiversidade microbiana em amostras ambientais e, especificamente, na triagem de micróbios com potencial de biorremediação.

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O foco deste artigo é detalhar as melhores práticas para a fabricação de meios para microrganismos anaeróbios fastidiosos adquiridos de um ambiente. Esses métodos ajudam a gerenciar culturas anaeróbias e podem ser aplicados para apoiar o crescimento de microrganismos indescritíveis não cultivados, a "matéria escura microbiana".

Um conjunto de formatos de meios simulados informados in situ para cultivo de microrganismos anaeróbios ambientalmente adquiridos

Aqui, apresentamos um protocolo de evolução experimental para adaptação em termófilos utilizando termomisturadores de bancada de baixo custo e eficiência energética como incubadoras. A técnica é demonstrada através da caracterização da adaptação à temperatura em Sulfolobus acidocaldarius, um archaeon com temperatura ótima de crescimento de 75 °C.

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A técnica iChip faz uso de um dispositivo de isolamento in-situ simples e barato que aumenta as taxas de descoberta de novos microrganismos do solo. Novos microrganismos podem ser usados para estudos adicionais relativos ao microbioma do solo ou descoberta de produtos naturais, entre outras aplicações.

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