Triagem de modificação de histona usando cromatografia líquida, espectrometria de mobilidade iônica aprisionada e espectrometria de massa por tempo de voo

Um fluxo de trabalho analítico baseado em cromatografia líquida, espectrometria de mobilidade iônica aprisionada e espectrometria de massa por tempo de voo (LC-TIMS-ToF MS/MS) para alta confiança e análise "bottom-up" altamente reprodutível de modificações e identificação de histonas com base em parâmetros principais (tempo de retenção [TR], seção transversal de colisão [CCS] e relação massa-carga [m/z] precisa).

Um método é proposto usando protocolo de extração de histonas com 95% de eficiência. Juntamente com LC-TIMS-ToF MS/MS, em um curto espaço de tempo, é possível obter uma triagem para as MPTs presentes na histona. E, sobretudo, a possibilidade de separar isômeros.

A separação de peptídeos isoméricos, embora possível usando espectrometria de massa em tandem sozinha, é muitas vezes difícil. Ao incorporar o TIMS, introduzimos uma dimensão extra de separação, simplificando muitas identificações de isômeros posicionais. Além disso, a tecnologia passiva aumenta a sensibilidade desses experimentos, melhorando ainda mais nossa capacidade de analisar variações epigenéticas.

Com o aumento da capacidade de identificar posições de PTM, vem a capacidade de determinar ainda mais a correlação entre vários fatores ambientais ou biológicos, e seus efeitos sobre o epigenoma. Métodos que melhoram e facilitam a análise de histonas podem ser aplicados a diversas áreas de pesquisa, incluindo química médica e ambiental. A dinâmica de confirmação de proteínas em estados nativos ou lesados será estabelecida a partir da implementação do TIMS MS/MS com HDX.

Através de LC-TIMS-ToF MS/MS e Nano LC-TIMS-ToF MS/MS, as diferenças de PTM existentes em várias amostras biológicas serão mapeadas.