Name: Imagens 3D de alta resolução e sem rótulos e análise de aprendizado de máquina de organoides intestinais por meio de holotomografia de baixa coerência (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-12T13:15:00.000+00:00
Duration: 10 min 40 s
Description: Aprenda a realizar imagens 3D sem rótulos de organoides intestinais usando holotomografia de baixa coerência com análise de aprendizado de máquina. Este método permite monitorar mudanças biofísicas em tempo real e testes de drogas não invasivos.

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<ol><li>Kim, J., Koo, B. K., Knoblich, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+organoids%3A+model+systems+for+human+biology+and+medicine%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Human organoids: model systems for human biology and medicine.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 21 (10), 571-584 (2020).</li>
<li>Schwank, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+repair+of+CFTR+by+CRISPR%2FCas9+in+intestinal+stem+cell+organoids+of+cystic+fibrosis+patients%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+stem+cell%22%5BJournal%5D)">Functional repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in intestinal stem cell organoids of cystic fibrosis patients.</a> Cell stem cell. 13 (6), 653-658 (2013).</li>
<li>Arjmand, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advancement+of+organoid+technology+in+regenerative+medicine%5BTitle%5D)+AND+%22Regen+Eng+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Advancement of organoid technology in regenerative medicine.</a> Regen Eng Transl Med. 9 (1), 83-96 (2023).</li>
<li>Zhang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Patch+grafting+of+organoids+of+stem%2Fprogenitors+into+solid+organs+can+correct+genetic-based+disease+states%5BTitle%5D)+AND+%22Biomaterials%22%5BJournal%5D)">Patch grafting of organoids of stem/progenitors into solid organs can correct genetic-based disease states.</a> Biomaterials. 288, 121647(2022).</li>
<li>Hofer, M., Lutolf, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Engineering+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mater%22%5BJournal%5D)">Engineering organoids.</a> Nat Rev Mater. 6 (5), 402-420 (2021).</li>
<li>Park, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Artificial+intelligence-enabled+quantitative+phase+imaging+methods+for+life+sciences%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">Artificial intelligence-enabled quantitative phase imaging methods for life sciences.</a> Nat Meth. 20 (11), 1645-1660 (2023).</li>
<li>Fei, K., Zhang, J., Yuan, J., Xiao, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Present+application+and+perspectives+of+organoid+imaging+technology%5BTitle%5D)+AND+%22Bioengineering%22%5BJournal%5D)">Present application and perspectives of organoid imaging technology.</a> Bioengineering. 9 (3), 121(2022).</li>
<li>Fujii, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+method+for+histopathological+evaluation+of+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22J+Toxicol+Pathol%22%5BJournal%5D)">A simple method for histopathological evaluation of organoids.</a> J Toxicol Pathol. 31 (1), 81-85 (2018).</li>
<li>Yoshimoto, S., Taguchi, M., Sumi, S., Oka, K., Okamura, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+of+a+novel+protocol+for+formalin-fixed+paraffin-embedded+organoids+and+spheroids%5BTitle%5D)+AND+%22Biol+Open%22%5BJournal%5D)">Establishment of a novel protocol for formalin-fixed paraffin-embedded organoids and spheroids.</a> Biol Open. 12 (5), bio059882(2023).</li>
<li>Badder, L. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D+imaging+of+colorectal+cancer+organoids+identifies+responses+to+Tankyrase+inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">3D imaging of colorectal cancer organoids identifies responses to Tankyrase inhibitors.</a> PLoS One. 15 (8), e0235319(2020).</li>
<li>Lacin, M. E., Yildirim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+multiphoton+microscopy+in+imaging+cerebral+and+retinal+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Applications of multiphoton microscopy in imaging cerebral and retinal organoids.</a> Front Neurosci. 18, 1360482(2024).</li>
<li>Brémond Martin, C., Simon Chane, C., Clouchoux, C., Histace, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+trends+and+perspectives+in+cerebral+organoids+imaging+and+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Fronti+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Recent trends and perspectives in cerebral organoids imaging and analysis.</a> Fronti Neurosci. 15, 629067(2021).</li>
<li>Smits, L. M., Schwamborn, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Midbrain+organoids%3A+a+new+tool+to+investigate+Parkinson%27s+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Midbrain organoids: a new tool to investigate Parkinson's disease.</a> Front Cell Dev Biol. 8, 359(2020).</li>
<li>Huisken, J., Swoger, J., Del Bene, F., Wittbrodt, J., Stelzer, E. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optical+sectioning+deep+inside+live+embryos+by+selective+plane+illumination+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Optical sectioning deep inside live embryos by selective plane illumination microscopy.</a> Science. 305 (5686), 1007-1009 (2004).</li>
<li>Delgado-Rodriguez, P., Brooks, C. J., Vaquero, J. J., Munoz-Barrutia, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innovations+in+ex+vivo+light+sheet+fluorescence+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Prog+Biophys+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Innovations in ex vivo light sheet fluorescence microscopy.</a> Prog Biophys Mol Biol. 168, 37-51 (2022).</li>
<li>Masson, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-resolution+in-depth+imaging+of+optically+cleared+thick+samples+using+an+adaptive+SPIM%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">High-resolution in-depth imaging of optically cleared thick samples using an adaptive SPIM.</a> Sci Rep. 5 (1), 16898(2015).</li>
<li>Kopper, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+organoid+platform+for+ovarian+cancer+captures+intra-and+interpatient+heterogeneity%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Med%22%5BJournal%5D)">An organoid platform for ovarian cancer captures intra-and interpatient heterogeneity.</a> Nat Med. 25 (5), 838-849 (2019).</li>
<li>Renner, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+fully+automated+high-throughput+workflow+for+3D-based+chemical+screening+in+human+midbrain+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22elife%22%5BJournal%5D)">A fully automated high-throughput workflow for 3D-based chemical screening in human midbrain organoids.</a> elife. 9, e52904(2020).</li>
<li>Laperrousaz, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+transfection+of+clonal+organoids+in+Matrigel+microbeads%3A+a+promising+approach+toward+organoid-based+genetic+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Nucl+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Direct transfection of clonal organoids in Matrigel microbeads: a promising approach toward organoid-based genetic screens.</a> Nucl Acids Res. 46 (12), e70-e70 (2018).</li>
<li>Susaki, E., Takasato, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perspective%3A+Extending+the+Utility+of+Three-Dimensional+Organoids+by+Tissue+Clearing+Technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Perspective: Extending the Utility of Three-Dimensional Organoids by Tissue Clearing Technologies.</a> Front Cell Dev Biol. 9, 1-12 (2021).</li>
<li>Park, Y., Depeursinge, C., Popescu, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+phase+imaging+in+biomedicine%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Photon%22%5BJournal%5D)">Quantitative phase imaging in biomedicine.</a> Nat Photon. 12 (10), 578-589 (2018).</li>
<li>Kim, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Holotomography%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Meth+Primers%22%5BJournal%5D)">Holotomography.</a> Nat Rev Meth Primers. 4 (1), 51(2024).</li>
<li>Wolf, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-dimensional+structure+determination+of+semi-transparent+objects+from+holographic+data%5BTitle%5D)+AND+%22Optics+Comm%22%5BJournal%5D)">Three-dimensional structure determination of semi-transparent objects from holographic data.</a> Optics Comm. 1 (4), 153-156 (1969).</li>
<li>Kim, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+holotomography+and+deep+learning+for+rapid+detection+of+NPM1+mutations+in+AML%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Integrating holotomography and deep learning for rapid detection of NPM1 mutations in AML.</a> Sci Rep. 14 (1), 23780(2024).</li>
<li>Kim, S. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Label-free+imaging+and+evaluation+of+characteristic+properties+of+asthma-derived+eosinophils+using+optical+diffraction+tomography%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+BiophysRes+Comm%22%5BJournal%5D)">Label-free imaging and evaluation of characteristic properties of asthma-derived eosinophils using optical diffraction tomography.</a> Biochem BiophysRes Comm. 587, 42-48 (2022).</li>
<li>Kim, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA-mediated+demixing+transition+of+low-density+condensates%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">RNA-mediated demixing transition of low-density condensates.</a> Nat Comm. 14 (1), 2425(2023).</li>
<li>Kim, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+species+identification+of+pathogenic+bacteria+from+a+minute+quantity+exploiting+three-dimensional+quantitative+phase+imaging+and+artificial+neural+network%5BTitle%5D)+AND+%22Light+Sci+Appl%22%5BJournal%5D)">Rapid species identification of pathogenic bacteria from a minute quantity exploiting three-dimensional quantitative phase imaging and artificial neural network.</a> Light Sci Appl. 11 (1), 190(2022).</li>
<li>Hugonnet, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiscale+label-free+volumetric+holographic+histopathology+of+thick-tissue+slides+with+subcellular+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Photon%22%5BJournal%5D)">Multiscale label-free volumetric holographic histopathology of thick-tissue slides with subcellular resolution.</a> Adv Photon. 3 (2), 026004-026004 (2021).</li>
<li>Lee, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-term+three-dimensional+high-resolution+imaging+of+live+unlabeled+small+intestinal+organoids+via+low-coherence+holotomography%5BTitle%5D)+AND+%22Exp+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Long-term three-dimensional high-resolution imaging of live unlabeled small intestinal organoids via low-coherence holotomography.</a> Exp Mol Med. 56 (10), 2162-2170 (2024).</li>
<li>Wang, D., Lippard, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellular+processing+of+platinum+anticancer+drugs%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Cellular processing of platinum anticancer drugs.</a> Nat Rev Drug Discov. 4 (4), 307-320 (2005).</li>
<li>Berg, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ilastik%3A+interactive+machine+learning+for+%28bio%29+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">Ilastik: interactive machine learning for (bio) image analysis.</a> Nat Meth. 16 (12), 1226-1232 (2019).</li>
<li>Sbrana, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Label-free+three-dimensional+imaging+and+quantitative+analysis+of+living+fibroblasts+and+myofibroblasts+by+holotomographic+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Microscopy+Res+Tech%22%5BJournal%5D)">Label-free three-dimensional imaging and quantitative analysis of living fibroblasts and myofibroblasts by holotomographic microscopy.</a> Microscopy Res Tech. 87 (11), 2757-2773 (2024).</li>
<li>Zhao, H., Brown, P. H., Schuck, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+the+distribution+of+protein+refractive+index+increments%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys+J%22%5BJournal%5D)">On the distribution of protein refractive index increments.</a> Biophys J. 100 (9), 2309-2317 (2011).</li>
<li>Wallaeys, C., Garcia-Gonzalez, N., Libert, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Paneth+cells+as+the+cornerstones+of+intestinal+and+organismal+health%3A+a+primer%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Paneth cells as the cornerstones of intestinal and organismal health: a primer.</a> EMBO Mol Med. 15 (2), e16427(2023).</li>
<li>Hooper, L. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epithelial+cell+contributions+to+intestinal+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Immunol%22%5BJournal%5D)">Epithelial cell contributions to intestinal immunity.</a> Adv Immunol. 126, 129-172 (2015).</li>
<li>Atanga, R., Singh, V., In, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intestinal+enteroendocrine+cells%3A+present+and+future+druggable+targets%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Intestinal enteroendocrine cells: present and future druggable targets.</a> Int J Mol Sci. 24 (10), 8836(2023).</li>
<li>Dicarlo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quercetin+exposure+suppresses+the+inflammatory+pathway+in+intestinal+organoids+from+winnie+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Quercetin exposure suppresses the inflammatory pathway in intestinal organoids from winnie mice.</a> Int J Mol Sci. 20 (22), 5771(2019).</li>
<li>Miura, S., Suzuki, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generation+of+mouse+and+human+organoid-forming+intestinal+progenitor+cells+by+direct+lineage+reprogramming%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Generation of mouse and human organoid-forming intestinal progenitor cells by direct lineage reprogramming.</a> Cell Stem Cell. 21 (4), 456-471.e5 (2017).</li>
<li>Barer, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+dry+mass%2C+thickness%2C+solid+and+water+concentration+in+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Determination of dry mass, thickness, solid and water concentration in living cells.</a> Nature. 172 (4389), 1097-1098 (1953).</li>
<li>Popescu, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optical+imaging+of+cell+mass+and+growth+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Optical imaging of cell mass and growth dynamics.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 295 (2), C538-C544 (2008).</li>
<li>Shin, S., Kim, D., Kim, K., Park, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+three-dimensional+fluorescence+and+optical+diffraction+tomography+of+live+cells+using+structured+illumination+generated+by+a+digital+micromirror+device%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Super-resolution three-dimensional fluorescence and optical diffraction tomography of live cells using structured illumination generated by a digital micromirror device.</a> Sci Rep. 8 (1), 9183(2018).</li>
<li>Kim, Y. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combining+three-dimensional+quantitative+phase+imaging+and+fluorescence+microscopy+for+the+study+of+cell+pathophysiology%5BTitle%5D)+AND+%22Yale+Biol+Med%22%5BJournal%5D)">Combining three-dimensional quantitative phase imaging and fluorescence microscopy for the study of cell pathophysiology.</a> Yale Biol Med. 91 (3), 267(2018).</li>
<li>Liu, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+dual-contrast+three-dimensional+imaging+in+live+cells+via+optical+diffraction+tomography+and+fluorescence%5BTitle%5D)+AND+%22Photonics+Res%22%5BJournal%5D)">Simultaneous dual-contrast three-dimensional imaging in live cells via optical diffraction tomography and fluorescence.</a> Photonics Res. 7 (9), 1042-1050 (2019).</li>
<li>Schlüßler, R., et al. Combined fluorescence, optical diffraction tomography and Brillouin microscopy. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchl%C3%BC%C3%9Fler%2C+R+%22bioRvix%22">bioRvix</a>. , (2020).</li>
<li>Chowdhury, S., Eldridge, W. J., Wax, A., Izatt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structured+illumination+multimodal+3D-resolved+quantitative+phase+and+fluorescence+sub-diffraction+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Biomed+Optics+Exp%22%5BJournal%5D)">Structured illumination multimodal 3D-resolved quantitative phase and fluorescence sub-diffraction microscopy.</a> Biomed Optics Exp. 8 (5), 2496-2518 (2017).</li>
<li>Jo, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Label-free+multiplexed+microtomography+of+endogenous+subcellular+dynamics+using+generalizable+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Label-free multiplexed microtomography of endogenous subcellular dynamics using generalizable deep learning.</a> Nat Cell Biol. 23 (12), 1329-1337 (2021).</li>
<li>Oh, C., Hugonnet, H., Lee, M., Park, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Digital+aberration+correction+for+enhanced+thick+tissue+imaging+exploiting+aberration+matrix+and+tilt-tilt+correlation+from+the+optical+memory+effect%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Digital aberration correction for enhanced thick tissue imaging exploiting aberration matrix and tilt-tilt correlation from the optical memory effect.</a> Nat Comm. 16 (1), 1685(2025).</li>
<li>Yasuhiko, O., Takeuchi, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In-silico+clearing+approach+for+deep+refractive+index+tomography+by+partial+reconstruction+and+wave-backpropagation%5BTitle%5D)+AND+%22Light+Sci+Appl%22%5BJournal%5D)">In-silico clearing approach for deep refractive index tomography by partial reconstruction and wave-backpropagation.</a> Light Sci Appl. 12 (1), 101(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Placa de 48 poços</td><td>Corning</td><td>3548</td><td>Prato de cultura</td></tr><tr><td>Solução de recuperação de células</td><td>Corning</td><td>354253</td><td>Degradação do matrigel&nbsp;</td></tr><tr><td>Cisplatina</td><td>supelco</td><td>PHR1624</td><td>N/A</td></tr><tr><td>Dimetilsulfóxido (DMSO)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D2650</td><td>Veículo</td></tr><tr><td>Tubo Eppendorf</td><td>Corning</td><td>MCT-175-C-S</td><td>N/A</td></tr><tr><td>Servidor de processamento HTX</td><td>Tomocube Inc., Coreia</td><td>N/A</td><td>Servidor de processamento de dados</td></tr><tr><td>HT-X1</td><td>Tomocube Inc., Coreia</td><td>N/A</td><td>Software operacional</td></tr><tr><td>Ilastik</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>Kit de ferramentas de segmentação baseado em aprendizado de máquina</td></tr><tr><td>Suporte para vaso de prato de imagem&nbsp;</td><td>Tomocube Inc., Coreia</td><td>N/A</td><td>Suporte para antena de imagem</td></tr><tr><td>Meio de Crescimento Organoide IntestiCult (Mouse)</td><td>Tecnologias STEMCELL</td><td>#06005</td><td>Meio de cultura pré-fabricado disponível comercialmente&nbsp;</td></tr><tr><td>Laboratório de Matemática</td><td>Obras de Matemática</td><td>Matlab 2024a</td><td>Software para processamento de imagens</td></tr><tr><td>Matrigel</td><td>Corning</td><td>356231</td><td>ECM para organoides 3D</td></tr><tr><td>Millipore&nbsp; Steritop&nbsp; Filtro superior de garrafa de vácuo</td><td>Merck</td><td>S2GPT05RE</td><td>0,22 &mu; Unidade de filtro M para esterilização média</td></tr><tr><td>Organoides intestinais de camundongos</td><td>Tecnologias STEMCELL</td><td>#70931</td><td>N/A</td></tr><tr><td>Refratômetro</td><td>ATAGO</td><td>R-5000</td><td>Calculadora de índice de refração</td></tr><tr><td>TomoDish</td><td>Tomocube Inc., Coreia</td><td>901002-02</td><td>#1.5 Prato de imagem com fundo de lamínula</td></tr><tr><td>TomoStudio X</td><td>Tomocube Inc., Coreia</td><td>N/A</td><td>Software de imagem</td></tr><tr><td>TrypLE</td><td>Gibco</td><td>12604</td><td>Dissociação de célula única</td></tr></tbody></table>

imagens 3d de alta resolução e sem rótulos e análise de aprendizado de máquina de organoides intestinais por meio de holotomografia de baixa coerência

Label-free, High-Resolution 3D Imaging and Machine Learning Analysis of Intestinal Organoids via Low-Coherence Holotomography

A Figura 1 ilustra o fluxo de trabalho esquemático para imagens 4D e análise quantitativa de sIOs. Este protocolo permite imagens contínuas ao vivo e avaliação abrangente de sIOs por meio de um processo de quatro etapas: Cultura, Imagem 4D, Processamento de Imagem e Análise Quantitativa (Figura 1D).
Após um período de incubação de 5 dias, os sIOs maduros foram transferidos para placas de imagem com fundo de lamínula para visualização ...

Imagens 3D de alta resolução e sem rótulos e análise de aprendizado de máquina de organoides intestinais por meio de holotomografia de baixa coerência

Accurate, label-free imaging of intestinal organoids is crucial for studying their morphology, growth dynamics, and responses to environmental stimuli. ...

label-free-high-resolution-3d-imaging-machine-learning-analysis

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Lensfree óptico tomografia é uma técnica de microscopia tridimensional que oferece uma resolução espacial de menos de 1 uM × menos de 1 uM × menos de 3 M em X, Y e dimensões Z, respectivamente, ao longo de um grande volume de imagiologia de 15-100...

Lensfree On-chip microscopia tomográfica Empregando Multi-ângulo de iluminação e Pixel Super-resolução

Tomografia de coerência óptica (OCT), uma tecnologia de imagem tridimensional, foi usada para monitorar e caracterizar a cinética de crescimento de esferoides tumor multicelulares. Precisa quantificação volumétrica de esferoides tumor usando um voxel contando a abordagem e deteção de tecido livre de rótulo morto nos esferoides baseado no contraste intrínseco atenuação óptica, foram demonstradas.

Longitudinal de morfológicas e fisiológicas, monitoramento de esferoides Tumor tridimensional usando a tomografia de coerência óptica

Toda a estrutura 3D e o conteúdo celular dos organoides, bem como sua semelhança fenotípica com o tecido original podem ser capturados usando o protocolo de imagem 3D de resolução unicelular descrito aqui. Este protocolo pode ser aplicado a uma ampla gama de organoides variando em origem, tamanho e forma.

Resolução unicelular imagens tridimensionais de organoides intactos

Descrevemos a preparação de fitas de seções seriais e sua coleção em grande suporte de transferência para uso como amostras de tomografia de array, juntamente com procedimentos automatizados de imagem em um microscópio eletrônico de varredura. O protocolo permite a triagem, recuperação e imagens direcionadas de eventos locais, raros e a aquisição de grandes volumes de dados.

Fluxo de trabalho de tomografia de array para a aquisição direcionada de informações de volume usando microscopia eletrônica de varredura

Aqui, fornecemos protocolos detalhados, robustos e complementares para realizar imagens de coloração e resolução subcelular de modelos de cultura celular tridimensional fixa que variam de 100 μm a vários milímetros, permitindo assim a visualização de sua morfologia, composição do tipo celular e interações.

Coloração e Imagem de Alta Resolução de Modelos Organoides e Esferoides Tridimensionais

Este trabalho apresenta um protocolo de fabricação para um novo tipo de substrato de cultura com centenas de microrecipientes por mm2, no qual organoides podem ser cultivados e observados por microscopia de alta resolução. Os protocolos de semeadura celular e imunocoloração também são detalhados.

Uma plataforma de alto rendimento para cultura e imagem 3D de organoides

Este protocolo descreve um método semi-automatizado para rastreios de drogas organoides de médio a alto rendimento e software de análise de imagem automatizado e agnóstico ao microscópio para quantificar e visualizar respostas multiparamétricas de drogas organoides únicas para capturar a heterogeneidade intratumoral.

Triagem de Drogas Organoides Tumorais Multiparamétricas Usando Imagem de Células Vivas de Campo Amplo para Análise a Granel e Organoide Único

Aqui, descrevemos um procedimento que permite a detecção de bactérias patogênicas em todo o órgão durante a infecção e a quantificação das atividades do repórter fluorescente.

Tomografia tridimensional de órgãos inteiros de alta resolução de infecções microbianas

Este protocolo combina limpeza óptica e imunomarcação para imagens confocais de volume total de organoides retinianos de montagem total. Ele preserva a estrutura 3D, permitindo a visualização detalhada das principais vias neuronais, melhorando o estudo da maturação da retina, organização espacial e suas potenciais aplicações na modelagem de doenças e medicina personalizada.

Visualização de organoides retinianos de montagem completa com resolução celular

Um método baseado em microscopia confocal Raman é apresentado que proporciona rótulo sem visualização de lignina na parede celular das plantas e comparação de lignificação em diferentes tecidos, amostras ou espécies.

Label-free In situ Imaging de lignificação na parede celular das plantas

Aprenda a realizar imagens 3D sem rótulos de organoides intestinais usando holotomografia de baixa coerência com análise de aprendizado de máquina. Este método permite monitorar mudanças biofísicas em tempo real e testes de drogas não invasivos.

Imagens 3D de alta resolução e sem rótulos e análise de aprendizado de máquina de organoides intestinais por meio de holotomografia de baixa coerência (Vídeo) | JoVE Journal

Imagens 3D de alta resolução e sem rótulos e análise de aprendizado de máquina de organoides intestinais por meio de holotomografia de baixa coerência

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