Name: Metagenômica da fração do tamanho viral do DNA para amostras de fezes humanas (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-03-24T13:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 15 s
Description: Aprenda metagenômica viral de amostras fecais humanas usando filtração, ultracentrifugação e extração de DNA. Este método flexível gera viromas de alta qualidade para análise da composição viral.

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<ol><li>Breitbart, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+Analyses+of+an+Uncultured+Viral+Community+from+Human+Feces%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Metagenomic Analyses of an Uncultured Viral Community from Human Feces.</a> J Bacteriol. 185 (20), 6220-6223 (2003).</li>
<li>Liang, G., Bushman, F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+human+virome%3A+assembly%2C+composition+and+host+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The human virome: assembly, composition and host interactions.</a> Nat Rev Microbiol. 19 (8), 514-527 (2021).</li>
<li>Callanan, J., Stockdale, S. R., Shkoporov, A., Draper, L. A., Ross, R. P., Hill, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biases+in+Viral+Metagenomics-Based+Detection%2C+Cataloguing+and+Quantification+of+Bacteriophage+Genomes+in+Human+Faeces%2C+a+Review%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Biases in Viral Metagenomics-Based Detection, Cataloguing and Quantification of Bacteriophage Genomes in Human Faeces, a Review.</a> Microorganisms. 9 (3), 524(2021).</li>
<li>Garmaeva, S., Sinha, T., Kurilshikov, A., Fu, J., Wijmenga, C., Zhernakova, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Studying+the+gut+virome+in+the+metagenomic+era%3A+challenges+and+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biol%22%5BJournal%5D)">Studying the gut virome in the metagenomic era: challenges and perspectives.</a> BMC Biol. 17 (1), 84(2019).</li>
<li>Lewandowska, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+and+validation+of+sample+preparation+for+metagenomic+sequencing+of+viruses+in+clinical+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Optimization and validation of sample preparation for metagenomic sequencing of viruses in clinical samples.</a> Microbiome. 5 (1), 94(2017).</li>
<li>Conceição-Neto, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modular+approach+to+customise+sample+preparation+procedures+for+viral+metagenomics%3A+a+reproducible+protocol+for+virome+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Modular approach to customise sample preparation procedures for viral metagenomics: a reproducible protocol for virome analysis.</a> Sci Rep. 5 (1), 16532(2015).</li>
<li>Palermo, C. N., Shea, D. W., Short, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+Different+Size+Fractions+Provides+a+More+Complete+Perspective+of+Viral+Diversity+in+a+Freshwater+Embayment%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Analysis of Different Size Fractions Provides a More Complete Perspective of Viral Diversity in a Freshwater Embayment.</a> Appl Environ Microbiol. 87 (11), e00197-e00221 (2021).</li>
<li>Kleiner, M., Hooper, L. V., Duerkop, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+methods+to+purify+virus-like+particles+for+metagenomic+sequencing+of+intestinal+viromes%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Evaluation of methods to purify virus-like particles for metagenomic sequencing of intestinal viromes.</a> BMC Genomics. 16 (1), 7(2015).</li>
<li>Fudyma, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+viral+particle%2C+soil%2C+and+extraction+buffer+physicochemical+characteristics+and+their+impacts+on+extractable+viral+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Exploring viral particle, soil, and extraction buffer physicochemical characteristics and their impacts on extractable viral communities.</a> Soil Biol Biochem. 194, 109419(2024).</li>
<li>Zhai, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+impact+of+storage+buffer+and+storage+conditions+on+fecal+samples+for+bacteriophage+infectivity+and+metavirome+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The impact of storage buffer and storage conditions on fecal samples for bacteriophage infectivity and metavirome analyses.</a> Microbiome. 11 (1), 193(2023).</li>
<li>Trubl, G., Solonenko, N., Chittick, L., Solonenko, S. A., Rich, V. I., Sullivan, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+of+viral+resuspension+methods+for+carbon-rich+soils+along+a+permafrost+thaw+gradient%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Optimization of viral resuspension methods for carbon-rich soils along a permafrost thaw gradient.</a> PeerJ. 4, e1999(2016).</li>
<li>Roux, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+quantitative+viromics+for+both+double-stranded+and+single-stranded+DNA+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Towards quantitative viromics for both double-stranded and single-stranded DNA viruses.</a> PeerJ. 4, e2777(2016).</li>
<li>Kim, K. H., Bae, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amplification+methods+bias+metagenomic+libraries+of+uncultured+single-stranded+and+double-stranded+DNA+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Amplification methods bias metagenomic libraries of uncultured single-stranded and double-stranded DNA viruses.</a> Appl Environ Microbiol. 77 (21), 7668(2011).</li>
<li>ter Horst, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Minnesota+peat+viromes+reveal+terrestrial+and+aquatic+niche+partitioning+for+local+and+global+viral+populations+%28vol+9%2C+233%2C+2021%29%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Minnesota peat viromes reveal terrestrial and aquatic niche partitioning for local and global viral populations (vol 9, 233, 2021).</a> Microbiome. 9 (1), (2021).</li>
<li>Sorensen, J., Zinke, L., ter Horst, A., Santos-Medellín, C., Schroeder, A., Emerson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNase+Treatment+Improves+Viral+Enrichment+in+Agricultural+Soil+Viromes%5BTitle%5D)+AND+%22mSystems%22%5BJournal%5D)">DNase Treatment Improves Viral Enrichment in Agricultural Soil Viromes.</a> mSystems. 6 (5), e00614-e00621 (2021).</li>
<li>Santos-Medellín, C., Estera-Molina, K., Yuan, M., Pett-Ridge, J., Firestone, M. K., Emerson, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+turnover+of+soil+viral+populations+and+genotypes+overlain+by+cohesive+responses+to+moisture+in+grasslands%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Spatial turnover of soil viral populations and genotypes overlain by cohesive responses to moisture in grasslands.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 119 (45), e2209132119(2022).</li>
<li>Emerson, J. B., Geonczy, S. E., Santos-Medellín, C., ter Horst, A. M., Fudyma, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Soil+Viromics+Protocol+-+Emerson+Lab+v1%5BTitle%5D)+AND+%22Protocols.io%22%5BJournal%5D)">Soil Viromics Protocol - Emerson Lab v1.</a> Protocols.io. , https://protocols.io/view/soil-viromics-protocol-emerson-lab-v1-b7nyrmfw/v1 (2022).</li>
<li>Göller, P. C., Haro-Moreno, J. M., Rodriguez-Valera, F., Loessner, M. J., Gómez-Sanz, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Uncovering+a+hidden+diversity%3A+optimized+protocols+for+the+extraction+of+dsDNA+bacteriophages+from+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Uncovering a hidden diversity: optimized protocols for the extraction of dsDNA bacteriophages from soil.</a> Microbiome. 8 (1), 17(2020).</li>
<li>Larsen, F. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLarsen%2C+F+%22SM+buffer%22">SM buffer</a>. , Protocols.io. https://www.protocols.io/view/sm-buffer-8epv5967jg1b/v1 (2021).</li>
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<li>Santos-Medellín, C., Blazewicz, S. J., Pett-Ridge, J., Firestone, M. K., Emerson, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viral+but+not+bacterial+community+successional+patterns+reflect+extreme+turnover+shortly+after+rewetting+dry+soils%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Ecol+Evol%22%5BJournal%5D)">Viral but not bacterial community successional patterns reflect extreme turnover shortly after rewetting dry soils.</a> Nat Ecol Evol. 7 (11), 1809-1822 (2023).</li>
<li>Halary, S., Temmam, S., Raoult, D., Desnues, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viral+metagenomics%3A+are+we+missing+the+giants%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Viral metagenomics: are we missing the giants.</a> Curr Opin Microbiol. 31, 34-43 (2016).</li>
<li>Williamson, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+exploration+of+viruses+throughout+the+Indian+Ocean%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Metagenomic exploration of viruses throughout the Indian Ocean.</a> PLoS One. 7 (10), e42047(2012).</li>
<li>Liang, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+stepwise+assembly+of+the+neonatal+virome+is+modulated+by+breastfeeding%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The stepwise assembly of the neonatal virome is modulated by breastfeeding.</a> Nature. 581 (7809), 470-474 (2020).</li>
<li>Hillary, L. S., Knotts, T. A., Adams, S. H., Ali, M. R., Olm, M. R., Emerson, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+extraction+and+virome+processing+methods+strongly+influence+recovered+human+gut+viral+community+characteristics%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">DNA extraction and virome processing methods strongly influence recovered human gut viral community characteristics.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
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<li>Gregory, A. C., Zablocki, O., Zayed, A. A., Howell, A., Bolduc, B., Sullivan, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Gut+Virome+Database+Reveals+Age-Dependent+Patterns+of+Virome+Diversity+in+the+Human+Gut%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+Microbe%22%5BJournal%5D)">The Gut Virome Database Reveals Age-Dependent Patterns of Virome Diversity in the Human Gut.</a> Cell Host Microbe. 28 (5), 724-740 (2020).</li>
<li>Yilmaz, S., Allgaier, M., Hugenholtz, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiple+displacement+amplification+compromises+quantitative+analysis+of+metagenomes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Multiple displacement amplification compromises quantitative analysis of metagenomes.</a> Nat Methods. 7 (12), 943-944 (2010).</li>
<li>Kosmopoulos, J. C., Klier, K. M., Langwig, M. V., Tran, P. Q., Anantharaman, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viromes+vs.+mixed+community+metagenomes%3A+choice+of+method+dictates+interpretation+of+viral+community+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Viromes vs. mixed community metagenomes: choice of method dictates interpretation of viral community ecology.</a> Microbiome. 12 (1), 195(2024).</li>
<li>Zhai, X., Gobbi, A., Kot, W., Krych, L., Nielsen, D. S., Deng, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+single-stranded+based+library+preparation+method+for+virome+characterization%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">A single-stranded based library preparation method for virome characterization.</a> Microbiome. 12 (1), 219(2024).</li>
<li>Hillary, L. S., Adriaenssens, E. M., Jones, D. L., McDonald, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA-viromics+reveals+diverse+communities+of+soil+RNA+viruses+with+the+potential+to+affect+grassland+ecosystems+across+multiple+trophic+levels%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">RNA-viromics reveals diverse communities of soil RNA viruses with the potential to affect grassland ecosystems across multiple trophic levels.</a> ISME Commun. 2, 34(2022).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Pó Sérico de Albumina Bovina (BSA) Livre de DNase e Protease</td><td>Biorreagentes Fisher</td><td>BP9706100</td><td>Para receita PPBS (Passo 1.1)</td></tr><tr><td>DNeasy PowerSoil Pro Kit</td><td>QIAGEN</td><td>47016</td><td>Kit de extração de DNA (Passo 4.1)</td></tr><tr><td>Kit de biblioteca KAPA DNA HyperPrep</td><td>Roche</td><td>N/A</td><td>As bibliotecas geradas por esse kit foram sequenciadas usando a plataforma Illumina NovaSeq 6000 (2 x 150 bp).</td></tr><tr><td>Sulfato de magnésio (MgSO4), anidro, &ge; 99.5%</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M7506</td><td>Para receita PPBS (Passo 1.1)</td></tr><tr><td>Soro Tamponado com Fosfato (PBS), 10x, pH 7,4, Livre de RNase</td><td>Invitrogen</td><td>AM9624</td><td>Para receita PPBS (Passo 1.1)</td></tr><tr><td>Filtros de seringa de membrana de polietersulfona (PES), estéreis, 28 mm, 0,2 e mu; m</td><td>Corning</td><td>431229</td><td>Para filtração por seringa (Passo 2.9)</td></tr><tr><td>Tubos centrífugos cônicos de polipropileno, estéreis, 50 mL</td><td>Olympus Plastics</td><td>28-108</td><td></td></tr><tr><td>Citrato de potássio monohidratado (Cristalino/Certificado)</td><td>Fisher Chemical</td><td>P222</td><td>Para receita PPBS (Passo 1.1)</td></tr><tr><td>Qubit&nbsp; Tubos de ensaio</td><td>Invitrogen</td><td>Q32856</td><td>Para quantificação do DNA (Passo 5.1)</td></tr><tr><td>Fluorômetro Qubit 4</td><td>Invitrogen</td><td>P33238</td><td>Para quantificação do DNA (Passo 5.1)</td></tr><tr><td>Kits de Quantificação de Quantificação de DNA dsDNA de Qubit</td><td>Invitrogen</td><td>Q32850</td><td>Para quantificação do DNA (Passo 5.1)</td></tr><tr><td>RNase RNase RQ1 DNase Livre</td><td>Promega</td><td>PR-M6101</td><td>Inclui o buffer de reação, DNase e solução de parada</td></tr><tr><td>Filtros de seringa de membrana de polietersulfona hidrofílica (PES), estéreis, 32 mm, 5,00 & micro; m&nbsp;</td><td>Cytiva (anteriormente Pall Lab)</td><td>28150-956</td><td>Para filtração por seringa (Passo 2.9)</td></tr><tr><td>Rotor de ultracentrífuga: Rotor de ângulo fixo Tipo 50.2 Ti, 50.000 rpm, 302.000 x g, 12 x 39 m</td><td>Beckman Coulter</td><td>337901</td><td>Também usamos o Beckman Coulter Type 70 Ti Fixed Angle Titanium Rotor (Cat. 337922). Centrifuge por 3 horas se estiver usando a 70 Ti.</td></tr><tr><td>Tubos de ultracentrífuga: Garrafa de policarbonato de 26,3 mL com conjunto de tampon, 25 x 89mm</td><td>Beckman Coulter</td><td>355618</td><td>Compatível com os rotores Beckman Coulter Tipo 50.2 Ti (Cat. 337901) e Tipo 70 Ti (Cat. 337922)</td></tr><tr><td>Ultracentrífuga: Beckman Instruments Optima LE-80K Ultracentrífuga de piso</td><td>Beckman Coulter</td><td>365668</td><td>Também usamos a Ultracentrífuga Refrigerada Beckman Coulter L8-70M (Cat. 344196)</td></tr></tbody></table>

metagenômica da fração do tamanho viral do dna para amostras de fezes humanas

DNA Viral Size Fraction Metagenomics for Human Stool Samples

Metagenômica da fração do tamanho viral do DNA para amostras de fezes humanas

Understanding the healthy human virosphere (the viral component of the microbiome) requires accurate measurements of viral community composition across a ...

dna-viral-size-fraction-metagenomics-for-human-stool-samples

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Um Um passo-ensaio de RT-PCR para a detecção e identificação genogrupo de isolados Norovirus a partir de fezes de crianças, que utiliza iniciadores e sondas de TaqMan específicos para o quadro de leitura aberta 1 (ORF1)-ORF2 região de junção, a região mais conservada do genoma norovírus é descrito. A não-comercial, custo-efetivo método de extração de RNA é detalhado.

Detecção e Genogrouping de norovírus a partir de fezes das crianças, Taqman Um passo-RT-PCR

Genomics vírus individuais (SVG) é um método para isolar e amplificar os genomas de virons individuais. Suspensões virais de uma assembléia mista são classificados usando citometria de fluxo em uma lâmina de microscópio com poços discretos contendo agarose, capturando assim, o virion e reduzindo corte genoma durante o processamento downstream. Amplificação do genoma inteiro é conseguida usando vários amplificação por deslocamento (MDA), resultando em material genómico que é adequado para a...

Isolamento e Análise do Genoma do vírus da única usando &#39;Genomics vírus simples&#39;

Este vídeo descreve o protocolo de isolamento de DNA de amostras de fezes de camundongos portadores de tumor de cólon. O DNA extraído é amplificado usando PCR e o produto é posteriormente limpo usando uma abordagem baseada em esferas magnéticas. Este método pode ser usado para determinar o efeito do enriquecimento ambiental na microbiota do cólon e na mortalidade animal.

Isolamento de DNA microbiano de fezes: estudando o efeito do enriquecimento ambiental na diversidade do microbioma em modelo de tumor murino

Utilizando a via aérea fibrose cística como um exemplo, o manuscrito apresenta um fluxo de trabalho global que compreende uma combinação de abordagens metagenômicas metatranscriptomic e caracterizar a comunidades microbianas e virais em amostras associado a animais.

Purificando o Impure: Sequenciação metagenomes e metatranscriptomas do Complexo amostras associadas a animais

Aqui, apresentamos um protocolo abrangente para avaliar a disponibilidade de nutrientes orgânicos e inorgânicos e a abundância e estrutura das comunidades microbianas e virais em ambientes marinhos remotos.

Desvendando os jogadores invisíveis no Oceano - Um Guia de Campo para Química da Água e Microbiologia Marinha

Aqui, apresentamos abordagens fenômicas para a caracterização funcional de genes de fagos putativos. As técnicas incluem um ensaio desenvolvido capaz de monitorar o metabolismo anabólico do hospedeiro, as Placas de Ensaio Multi-fenótipo (MAPs), além do método consagrado de metabolômica, capaz de medir efeitos ao metabolismo catabólico.

Phenomics fago: Abordagens fisiológicas para Caracterizar Novel Proteínas Virais

Nós descrevemos um método eficiente, robusto e de baixo custo para extração de ácidos nucleicos de cotonetes para a caracterização das comunidades bacterianas usando 16S rRNA amplicon gene seqüenciamento. O método permite uma abordagem comum para processamento de múltiplos tipos de amostras e acomoda uma série de processos analíticos jusante.

Eficiente de Ácido Nucleico Extração e sequenciamento genético 16S rRNA para Bacteriana Comunidade Caracterização

Este manuscrito descreve um protocolo padronizado detalhado de arranjar em sequência do elevado-throughput 16S rRNA-amplicon. O protocolo apresenta um protocolo integrado, uniformizado, viável e barato a partir de coleta de amostra fecal através de análises de dados. Este protocolo permite a análise de um grande número de amostras com padrões rigorosos e vários controles.

Protocolo guiado para caracterização microbiana Fecal de 16S rRNA-Amplicon sequenciação

Este protocolo isola RNA total de alta qualidade de amostras fecais de animais e seres humanos. Um kit comercial de isolamento de miRNA é usado com adaptação significativa para isolar o RNA puro com quantidade e qualidade otimizadas. Os isolados de RNA são bons para a maioria dos ensaios de RNA a jusante, como sequenciamento, micro-array e RT-PCR.

Isolamento de RNA fecal (micro)

A quantificação precisa das cópias do genoma do vetor do vírus adeno-associado (AAV) é crítica, mas um protocolo padronizado ainda não foi estabelecido. Este protocolo descreve um método validado para preparar amostras de AAV purificadas e conduzir a reação em cadeia da polimerase de gotículas digitais (dd_PCR) para quantificar de forma confiável o título do genoma viral.

Quantificação de genomas virais adeno-associados em amostras de vetores purificados por reação em cadeia da polimerase por gotículas digitais

Aprenda metagenômica viral de amostras fecais humanas usando filtração, ultracentrifugação e extração de DNA. Este método flexível gera viromas de alta qualidade para análise da composição viral.

Metagenômica da fração do tamanho viral do DNA para amostras de fezes humanas

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