Name: Perfilamento Multiômico Integrado de Célula Única Espacialmente Resolvido do Transcriptoma e Alvos Epigenômicos em Seções de Tecido Congelado (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-06-12T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 6 s
Description: Aprenda a integrar perfilamento multiômico espacial de célula única para analisar modificações de histona H3K27ac e expressão gênica em seções de tecido congelado. Este método revela programas regulatórios organizados espacialmente.

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	<li>St&#229;hl, P. L., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualization+and+analysis+of+gene+expression+in+tissue+sections+by+spatial+transcriptomics.">Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics.</a> Science. 353 (6294), 78-82 (2016).</li><li>Asp, M., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+detection+of+fetal+marker+genes+expressed+at+low+level+in+adult+human+heart+tissue.">Spatial detection of fetal marker genes expressed at low level in adult human heart tissue.</a> Sci Rep. 7 (1), 12941 (2017).</li><li>Larsson, L., Fris&#233;n, J., Lundeberg, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatially+resolved+transcriptomics+adds+a+new+dimension+to+genomics.">Spatially resolved transcriptomics adds a new dimension to genomics.</a> Nat Methods. 18 (1), 15-18 (2021).</li><li>Rodriques, S. G., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Slide-seq:+A+scalable+technology+for+measuring+genome-wide+expression+at+high+spatial+resolution.">Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution.</a> Science. 363 (6434), 1463-1467 (2019).</li><li>Moffitt, J. R., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular,+spatial,+and+functional+single-cell+profiling+of+the+hypothalamic+preoptic+region.">Molecular, spatial, and functional single-cell profiling of the hypothalamic preoptic region.</a> Science. 362 (6416), eaau5324 (2018).</li><li>Kleshchevnikov, V., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell2location+maps+fine-grained+cell+types+in+spatial+transcriptomics.">Cell2location maps fine-grained cell types in spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 40 (5), 661-671 (2022).</li><li>Liu, X., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+multi-omics:+deciphering+technological+landscape+of+integration+of+multi-omics+and+its+applications.">Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications.</a> J Hematol Oncol. 17 (1), 72 (2024).</li><li>Marx, V. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Method+of+the+Year:+spatially+resolved+transcriptomics.">Method of the Year: spatially resolved transcriptomics.</a> Nat Methods. 18 (1), 9-14 (2021).</li><li>Zhu, C., Preissl, S., Ren, B. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+multimodal+omics:+the+power+of+many.">Single-cell multimodal omics: the power of many.</a> Nat Methods. 17 (1), 11-14 (2020).</li><li>Klemm, S. L., Shipony, Z., Greenleaf, W. J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+accessibility+and+the+regulatory+epigenome.">Chromatin accessibility and the regulatory epigenome.</a> Nat Rev Genet. 20 (4), 207-220 (2019).</li><li>Mimitou, E. P., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scalable,+multimodal+profiling+of+chromatin+accessibility,+gene+expression,+and+protein+levels+in+single+cells.">Scalable, multimodal profiling of chromatin accessibility, gene expression, and protein levels in single cells.</a> Nat Biotechnol. 39 (10), 1246-1258 (2021).</li><li>Deng, Y., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial-CUT&amp;Tag:+Spatially+resolved+chromatin+modification+profiling+at+the+cellular+level.">Spatial-CUT&amp;Tag: Spatially resolved chromatin modification profiling at the cellular level.</a> Science. 375 (6581), 681-686 (2022).</li><li>Liu, Y., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-Spatial-Resolution+Multi-Omics+Sequencing+via+Deterministic+Barcoding+in+Tissue.">High-Spatial-Resolution Multi-Omics Sequencing via Deterministic Barcoding in Tissue.</a> Cell. 183 (6), 1665-1681.e18 (2020).</li><li>Zhang, D., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+epigenome-transcriptome+co-profiling+of+mammalian+tissues.">Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues.</a> Nature. 616 (7955), 113-122 (2023).</li><li>Lee, C. N., Fu, H., Cardilla, A., Zhou, W., Deng, Y. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+joint+profiling+of+DNA+methylome+and+transcriptome+in+tissues.">Spatial joint profiling of DNA methylome and transcriptome in tissues.</a> Nature. 646 (8087), 1261-1271 (2025).</li><li>Russell, A. J. C., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Slide-tags+enable+single-nucleus+barcoding+for+multimodal+spatial+genomics.">Slide-tags enable single-nucleus barcoding for multimodal spatial genomics.</a> Nature. 625 (7993), 101-109 (2024).</li><li>Huang, Y. H., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unified+molecular+approach+for+spatial+epigenome,+transcriptome,+and+cell+lineages.">Unified molecular approach for spatial epigenome, transcriptome, and cell lineages.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (16), e2424070122 (2025).</li><li>Kaya-Okur, H. S., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CUT&amp;Tag+for+efficient+epigenomic+profiling+of+small+samples+and+single+cells.">CUT&amp;Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells.</a> Nat Commun. 10 (1), 1930 (2019).</li><li>Xie, Y., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Droplet-based+single-cell+joint+profiling+of+histone+modifications+and+transcriptomes.">Droplet-based single-cell joint profiling of histone modifications and transcriptomes.</a> Nat Struct Mol Biol. 30 (10), 1428-1433 (2023).</li><li>Caride, A., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Titration-based+normalization+of+antibody+amount+improves+consistency+of+ChIP-seq+experiments.">Titration-based normalization of antibody amount improves consistency of ChIP-seq experiments.</a> BMC Genomics. 24 (1), 171 (2023).</li><li>Zhong, J., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+and+controlled+chromatin+extraction+from+FFPE+tissues+and+the+application+to+ChIP-seq.">Enhanced and controlled chromatin extraction from FFPE tissues and the application to ChIP-seq.</a> BMC Genomics. 20 (1), 249 (2019).</li><li>Stuart, T., Srivastava, A., Madad, S., Lareau, C. A., Satija, R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+chromatin+state+analysis+with+Signac.">Single-cell chromatin state analysis with Signac.</a> Nat Methods. 18 (11), 1333-1341 (2021).</li><li>Germain, P. L., Lun, A., Garcia Meixide, C., Macnair, W., Robinson, M. D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Doublet+identification+in+single-cell+sequencing+data+using+scDblFinder.">Doublet identification in single-cell sequencing data using scDblFinder.</a> F1000Res. 10, 979 (2021).</li><li>Thibodeau, A., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AMULET:+a+novel+read+count-based+method+for+effective+multiplet+detection+from+single+nucleus+ATAC-seq+data.">AMULET: a novel read count-based method for effective multiplet detection from single nucleus ATAC-seq data.</a> Genome Biol. 22 (1), 252 (2021).</li><li>Butler, A., Hoffman, P., Smibert, P., Papalexi, E., Satija, R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integrating+single-cell+transcriptomic+data+across+different+conditions,+technologies,+and+species.">Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species.</a> Nat Biotechnol. 36 (5), 411-420 (2018).</li><li>Yao, Z., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-resolution+transcriptomic+and+spatial+atlas+of+cell+types+in+the+whole+mouse+brain.">A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain.</a> Nature. 624 (7991), 317-332 (2023).</li><li>Wang, Q., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Allen+Mouse+Brain+Common+Coordinate+Framework:+A+3D+Reference+Atlas.">The Allen Mouse Brain Common Coordinate Framework: A 3D Reference Atlas.</a> Cell. 181 (4), 936-953.e20 (2020).</li></ol>

<table><tbody><tr><td>0,4% Azul de Tripano</td><td>Invitrogen</td><td>T10282</td><td>Diluído a partir da solução de Azul de Tripano 4% (Invitrogen, T10282)</td></tr><tr><td>10% Tween 20</td><td>Bio-Rad</td><td>1662404</td><td></td></tr><tr><td>10X Genomics Chromium X instrument</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>1000331</td><td>RRID:SCR_024537</td></tr><tr><td>Placas de 12 poços</td><td>Thermo Fisher</td><td>150200</td><td></td></tr><tr><td>1X CUT&amp;Tag Nuclei Buffer&nbsp;</td><td>10x Genomics</td><td>Prepared using 20X Nuclei buffer</td><td>Para fazer um total de 110 &micro;L, misture 5,5 &micro;L de 20X Nuclei Buffer (10X Genomics) + 8,25 &micro;L de inibidor de RNAse + 1,1 &micro;L de 100 mM DTT + 95,15 &micro;L de água livre de nucleases&nbsp;</td></tr><tr><td>20X Nuclei Buffer</td><td>10x Genomics</td><td>2000207</td><td></td></tr><tr><td>Solução de Azul de Tripano 4%</td><td>Invitrogen</td><td>T10282</td><td></td></tr><tr><td>5200 Fragment Analyzer</td><td>Advanced Analytical</td><td>M5310AA</td><td></td></tr><tr><td>ABC atlas&nbsp;</td><td>open-source&nbsp;</td><td>N/A</td><td>Desenvolvedor: Allen Institute for Brain Science (Seattle, WA) RRID:SCR_024440</td></tr><tr><td>Activator</td><td>Epigenome Technology</td><td>CF1006</td><td></td></tr><tr><td>Adaptor Ligation Mix&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>Prepared using Ligation buffer, Enzyme, Oligos</td><td>Para fazer um total de 50 ul Adaptor ligation mix, misture 20 uL de Ligation buffer + 10 uL de DNA ligase + 20 uL de Adaptor oligos&nbsp;</td></tr><tr><td>Adaptor Oligos</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000094</td><td></td></tr><tr><td>Amp Mix</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000047</td><td></td></tr><tr><td>Amulet&nbsp;</td><td>open-source&nbsp;</td><td>N/A</td><td>Desenvolvedores: Ucar Lab (The Jackson Laboratory) RRID: N/A</td></tr><tr><td>Anti-H3K27ac antibody</td><td>EpiCypher</td><td>13-0059</td><td>O lote do anticorpo é validado para ensaio CUT&amp;Tag in-situ e em massa RRID:AB_3712075</td></tr><tr><td>ATAC Buffer B&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-2000193</td><td></td></tr><tr><td>Buffer EB</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>Reação de Amplificação de cDNA</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>prepared using Pre-Amp Mix and Primers 2</td><td>Para fazer um total de 65 uL de mistura de amplificação de cDNA, misture 50 uL de Amp Mix + 15 uL de Feature cDNA Primers 2</td></tr><tr><td>Cell Ranger Arc v2.0.2&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>N/A</td><td>RRID:SCR_023897</td></tr><tr><td>Sistema de PCR em Tempo Real CFX Opus&nbsp;</td><td>Bio-Rad&nbsp;</td><td>12011319</td><td></td></tr><tr><td>Chromium Next GEM Chip J&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN 2000264</td><td></td></tr><tr><td>Kit Chromium Next GEM Single Cell Multiome Gel Bead</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-1000231</td><td></td></tr><tr><td>Chromium Next GEM Single Cell Multiome GEM Kit</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-1000232</td><td>O kit inclui os seguintes itens: Barcoding Reagent Mix, Barcoding Enzyme Mix, Template Switch Oligo, Reducing Agent B, Cleanup Buffer e Quenching Agent</td></tr><tr><td>Chromium Recovery Agent</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>220016</td><td></td></tr><tr><td>Cleanup Buffer</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000088</td><td></td></tr><tr><td>Criostato</td><td>Leica Biosystem</td><td>CM1860</td><td></td></tr><tr><td>DNA Ligase</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>220110</td><td></td></tr><tr><td>Tubos DNA LoBind 1,5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>22431021</td><td></td></tr><tr><td>Dual Index TT Set A&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-3000431</td><td></td></tr><tr><td>Dynabeads&trade; MyOne&trade; SILANE para fazer Dynabeads Cleanup Mix</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-2000048</td><td>Para fazer um total de 200 uL de Dynabead Cleanup mix, misture 182 uL de Cleanup buffer + 13 uL de Dynabeads Myone SILANE + 5 uL de Reducing Agent B</td></tr><tr><td>Solução de Eluição I</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>Prepared using Buffer EB</td><td>Para fazer um total de 100 uL de Solução de Eluição I, misture 98 uL de Buffer EB + 1 uL de 10% Tween 20 + 1 uL de Reducing Agent B&nbsp;</td></tr><tr><td>Feature cDNA Primers 2</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000097</td><td></td></tr><tr><td>Buffer de Fragmentação</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000091</td><td></td></tr><tr><td>Enzima de Fragmentação</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000090</td><td></td></tr><tr><td>Mistura de Fragmentação</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>Prepared using Fragemntation Buffer and Enzyme</td><td>Para fazer um total de 15 uL de mistura de fragmentação, misture 5 uL de Fragamentação buffer + 10 uL de Fragmentação enzyme</td></tr><tr><td>Gaxetas, 6-pack</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>370017</td><td></td></tr><tr><td>GEM Master Mix</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-1000232</td><td>Do kit Chromium Next GEM Single Cell Multiome GEM Kit (PN-1000232). Para fazer um total de 60 &micro;L de GEM Mater Mix, misture 49,5 &micro;L de Barcoding Reagent Mix + 1,1 &micro;L de Template Switch Oligo + 1,9 &micro;L de Reducing Agent B&nbsp; + 7,5 &micro;L de Barcoding Enzyme Mix</td></tr><tr><td>GEM-X Single-Cell 3' Feature Barcode Kit</td><td>&nbsp;10X Genomics</td><td>PN 2000047</td><td></td></tr><tr><td>Kit de Análise de Fragmentos NGS de Alta Sensibilidade</td><td>Advanced Analytical</td><td>DNF-474</td><td></td></tr><tr><td>Buffer de Incubação</td><td>Epigenome Technology</td><td>CF1001</td><td>Para preparar um total de 100 &micro;L de CUT&amp;Tag incubation buffer I, misture 90,5 &micro;L de Buffer de Incubação (CF1001, Epigenome Technology) com 1,5 &micro;L permeabilizador, 0,5 &micro;L estabilizador e 7,5 &micro;L de inibidor de RNAse</td></tr><tr><td>Invent Minute buffer A&nbsp;</td><td>Invent Biotechnologies, Inc</td><td>BN-020</td><td>Do kit Minute Single Nucleus Isolation Kit&nbsp; ( Cat. BN-020). Para fazer um total de 800 &micro;L de Minute buffer A, misture 786,4

perfilamento multiômico integrado de célula Única espacialmente resolvido do transcriptoma e alvos epigenômicos em seções de tecido congelado

Spatially Resolved, Integrated Single-Cell Multiomic Profiling of the Transcriptome and Epigenomic Targets in Frozen Tissue Sections

Perfilamento Multiômico Integrado de Célula Única Espacialmente Resolvido do Transcriptoma e Alvos Epigenômicos em Seções de Tecido Congelado

Spatial multiomic technologies combined with single-cell profiling offer unprecedented opportunities to elucidate the molecular and cellular architecture ...

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Genetics

Genética

Consecutivos crio-secções são recolhidas para permitir que aplicações histológicas e enriquecimento do RNA para medições de expressão de genes usando regiões adjacentes a partir de um músculo esquelético único rato. RNA de alta qualidade é obtida a partir de 20 - 30 mg de criosecções e medições agrupados serão comparadas diretamente entre aplicativos.

Cryosectioning da contíguos Regiões de um músculo esquelético único mouse para expressão do gene e análises histológicas

Descrevemos um método de coloração rápida para realizar imagens multiespectrais em tecidos congelados.

Um método rápido para imagem de fluorescência multiespectral de seções de tecido congelado

A heterogeneidade intra-tumoral é uma característica inerente aos tumores, incluindo gliomas. Desenvolvemos um protocolo simples e eficiente que utiliza uma combinação de buffers e centrífugas gradientes para isolar núcleos únicos de tecidos glioma congelados frescos para estudos de sequenciamento de núcleo único RNA e ATAC.

Isolamento de núcleos de tumores cerebrais congelados frescos para RNA-seq de núcleo único e ATAC-seq

Aqui, descrevemos um protocolo para ajuste fino de regiões de interesse (ROIs) para tecnologias de Ômica Espacial para melhor caracterizar o microambiente tumoral e identificar populações celulares específicas. Para ensaios proteômicos, protocolos personalizados automatizados podem orientar a seleção de ROI, enquanto os ensaios transcriptômicos podem ser ajustados utilizando ROIs tão pequenos quanto 50 μm.

Perfil espacial da expressão de proteínas e RNA em tecidos: uma abordagem para ajustar a microdissecção virtual

Aqui, apresentamos um protocolo para isolar núcleos de tecidos hepáticos arquivados congelados por flash para RNA-seq, ATAC-seq de núcleo único e multiômica articular (RNA-seq e ATAC-seq).

Isolamento de núcleos de tecido hepático congelado por flash para multiômica unicelular

O estudo descreve um protocolo simples, rápido e parcialmente automatizado para isolar núcleos de alta qualidade de tecidos congelados de mamíferos para sequenciamento de RNA de núcleo único a jusante.

Um Protocolo Simples, Rápido e Parcialmente Automatizado para o Isolamento de Núcleos Únicos de Tecidos Congelados de Mamíferos para Sequenciamento de Núcleo Único

O protocolo fornece uma abordagem confiável e otimizada para o isolamento de núcleos de espécimes tumorais sólidos para sequenciamento de multioma usando a plataforma 10x Genomics, incluindo recomendações para condições de dissociação tecidual, criopreservação de suspensões unicelulares e avaliação de núcleos isolados.

Isolamento Otimizado de Núcleos de Espécimes Sólidos Documentais e Congelados para Sequenciamento Multioma

A retina exibe uma organização espacial complexa em toda a sua estrutura laminar. As técnicas modernas de transcriptômica espacial e sequenciamento requerem seções de tecido &lt; 20 μm de espessura, limitando sua aplicabilidade na pesquisa da retina. Este método de crioseccionamento recém-congelado produz seções finas na face da retina do camundongo, preservando as relações espaciais planares, permitindo um mapeamento molecular abrangente entre as lâminas.

En face Crioseccionamento de retina de camundongo para análise molecular espacial de alta dimensão

Este artigo apresenta um protocolo para realizar um perfil transcriptômico espacial abrangente do RNA do hospedeiro, viral, fúngico e microbioma a partir de seções de tecido embebidas em parafina fixadas em formalina usando Stereo-seq, que permite o mapeamento de alta resolução de diversos transcriptomas, preservando a arquitetura do tecido.

Perfil espacial abrangente de transcriptomas agnósticos de espécies via Stereo-seq

sequenciamento de uma única célula é uma ferramenta cada vez mais popular e acessível para lidar com alterações genômicas em alta resolução. Nós fornecemos um protocolo que utiliza a sequenciação de célula única para identificar alterações no número de cópias em células individuais.

Detecção de Copy Number Alterações Usando Sequencing única célula

Aprenda a integrar perfilamento multiômico espacial de célula única para analisar modificações de histona H3K27ac e expressão gênica em seções de tecido congelado. Este método revela programas regulatórios organizados espacialmente.

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