ПРИМЕЧАНИЕ: Исторически сложилось так, что кладограммы строились путем сравнения морфологии. Теперь генетические последовательности также могут быть сравнены между видами, представляющими интерес, для построения кладограмм. Последовательности ДНК обычно не сохраняются в окаменелостях, поэтому для этой лаборатории вы будете использовать базу данных BLAST для сравнения последовательностей ДНК живых видов, которые тесно связаны с окаменелостью, с тысячами других живых видов.
Перед началом этой лабораторной работы ваш инструктор загрузит три сохраненные последовательности генов в папку на вашем рабочем столе.
Перейдите на домашнюю страницу BLAST, которую инструктор должен был оставить открытой в вашем браузере, и нажмите на "Сохраненные стратегии" в меню в верхней части страницы.
Нажмите "Открыть" на Evolutionary_Relationships_Gene1.txt файле.
Затем нажмите "Просмотр", чтобы перейти на страницу поиска стандартного нуклеотида BLAST. Вы должны увидеть последовательность ДНК в поле «Последовательность запросов» в правом верхнем углу экрана.
Прокрутите экран вниз и нажмите кнопку BLAST. Примечание: На обработку и анализ данных уйдет несколько минут.
Когда данные будут обработаны, появится графическое резюме. ПРИМЕЧАНИЕ: Последовательность запросов представлена синей линией в верхней части поля. Каждая из строк под синей линией представляет другую последовательность в базе данных BLAST, которая соответствует вашему запросу. Длина и расположение этих столбцов показывают, где и в какой степени последовательность соответствует запросу. Цвет полосы отражает ее оценку или степень идентичности последовательности запроса. Под графической сводкой приведен список Последовательности, производящие значимые выравнивания, который содержит описания последовательностей ДНК, извлеченных из базы данных, которые наиболее точно соответствуют предложению запроса. Они перечислены в порядке убывания, от наиболее похожих вверху до наименее похожих внизу. Справа есть несколько статистических данных о том, насколько тесно каждая последовательность базы данных связана с экспериментальной последовательностью. Чем выше оценки Max, Total, Query Coverage и Identity, тем больше сходства между запросом и полученными последовательностями. Аналогичным образом, чем меньше число значения E, тем меньше вероятность совпадения последовательностей случайным образом и тем более важно точность выравнивания. Значение E 0 указывает на очень значимое совпадение.
Нажмите на название описания наиболее похожего выравнивания в списке. Это приведет вас дальше вниз по странице к точному выравниванию последовательности ДНК между полученной последовательностью и последовательностью запроса.
Нажмите на номер идентификатора последовательности. Откроется новая вкладка с более подробной информацией о полученной последовательности гена.
Определите и запишите научные и общепринятые названия организма, которые должны быть перечислены рядом с Источником.
Определите и запишите белок, который кодирует ген, который должен быть указан рядом с Определением.
Закройте вкладку и нажмите Назад, чтобы вернуться к списку последовательностей, производящих значительные выравнивания.
Затем повторите шаги 7–9 для следующих наиболее похожих последовательностей.
После сбора названий нескольких видов, вернитесь к списку Последовательности, производящие значимые выравнивания, и нажмите Выбрать: Все, чтобы отметить все поля рядом с названиями каждой перечисленной последовательности выравнивания.
Нажмите на Расстояние трех результатов, чтобы создать филограмму на основе сходства всех последовательностей генов результата BLAST с последовательностью запрашиваемого гена. Примечание: Относительная последовательность окаменелостей вашего запроса будет выделена желтым цветом.
Запишите местоположение вашей последовательности по отношению к другим группам таксонов, показанным в дереве.
Наконец, вернитесь на вкладку "Сохраненные стратегии" и загрузите следующую сохраненную последовательность гена.
Запросите оставшиеся две родственные последовательности ДНК окаменелостей, как было продемонстрировано ранее (шаги 1 – 16).
