Иссечение основания длинной заплаткой

У млекопитающих наблюдается второй тип BER который часто пользуется приоритетом, в случае нехватки АТП BER-репарация длинными фрагментами. Вместо того, чтобы просто удалить единственное поврежденное основание, Длинно-фрагментная BER устраняет патч длиной в несколько нуклеотидов. Для достижения этой цели другая ДНК-полимераза, дельта-эпсилон, добавляет несколько нуклеотидов, которые вытесняют исходные нуклеотиды.

Это приводит к навесанию излишка олигонуклеотидов, назваемого клапаном, который содержит поврежденное основание. В присутствии фактора репликации, который называется распространяющимся ядерным антигеном клетки, или PCNA, специальная эндонуклеаза, называемая эндонуклеаза клапана, FEN, удаляет этот клапан перед тем, как ДНК лигаза запечатает разрез. Механизм длинно-фрагментной BER особенно полезен при устранении повреждений, возникших из-за ионизирующего излучения.