Иссечение основания длинной заплаткой

С момента открытия двух путей BER ведутся споры о том, как клетка выбирает один путь вместо другого, и о факторах, определяющих этот выбор. Многочисленные эксперименты “in vitro” выявили множество факторов, определяющих выбор подпути. Ими являются:

1. Тип повреждения: В зависимости от типа повреждения основания к поврежденному участку привлекается определенная ДНК-гликозилаза - моно- или бифункциональная. В то время как последовательное действие монофункциональной гликозилазы благоприятствует восстановлению длинных участков, бифункциональная гликозилаза управляет BER с короткими участками.

2. Состояние клеточного цикла. Основными белками-участниками, которые отличают BER с длинными участками от альтернативного пути BER с короткими участками, являются ядерный антиген пролиферирующих клеток (PCNA), фактор репликации белка C (RF-C) и лоскутная структура. специфическая эндонуклеаза 1 (FEN1). PCNA особенно признан стержнем этого пути. Он действует как каркас для закрепления полимеразы в поврежденном участке и связывается с FEN-1, облегчая его нуклеазную активность. Более того, RF-C необходим для загрузки PCNA в ДНК. Все эти белки также необходимы во время репликации ДНК, что позволяет предположить, что BER с длинными участками устраняет повреждения реплицирующейся ДНК, тогда как короткие участки используются для восстановления покоящейся ДНК.

3. Нехватка АТФ: также было замечено, что, хотя в нормальных физиологических условиях преобладает однонуклеотидный или короткий участок BER, в условиях нехватки АТФ предпочтение смещается в сторону BER с длинными участками. Это связано с тем, что поли(АДФ-рибоза) может служить уникальным источником АТФ на этапе лигирования при BER.