15.2: Выделение ДНК

Протоколы выделения ДНК могут быть быстрыми и простыми или сложными и трудоемкими в зависимости от типа и качества ДНК, необходимой для дальнейшей обработки. Например, экстракция плазмидной ДНК немного сложнее, чем экстракция геномной ДНК, из-за необходимости соответствующего метода лизиса для отделения плазмидной ДНК от гДНК во время выделения. Однако для конкретных применений, таких как секвенирование ДНК на большом расстоянии, требующее хорошего получения высококачественных образцов ДНК, нам необходимо следовать определенным протоколам даже для экстракции геномной ДНК.

Виды методов экстракции геномной ДНК

Основной целью методов экстракции геномной ДНК является отделение гДНК от белков, РНК и другого содержимого клеток. Он включает в себя четыре основных шага – 1. Нарушение структуры клетки механическим путем или с использованием химических реагентов для получения клеточного лизата 2. Защита ДНК от деградации в процессе обработки 3. Отделение растворимой ДНК от клеточных остатков 4. Элюирование очищенной ДНК.

Большинство протоколов выделения геномной ДНК представляют собой методы экстракции на основе раствора или твердофазной экстракции. Методы, основанные на растворе, основаны на стадиях осаждения и центрифугирования для отделения ДНК от другого клеточного материала с последующей органической экстракцией или «высаливанием» для отделения растворимой ДНК от клеточных белков. Окончательное осаждение ДНК производится с помощью этанола. В отличие от этого, методы твердофазной экстракции используют твердую основу, такую как кремнезем или целлюлозные матрицы, для связывания ДНК с последующей промывкой и элюированием ДНК из твердой основы. Он включает в себя центрифугирование, вакуум или магнитные методы для отделения связанной ДНК от других клеточных компонентов.

Выбор метода экстракции гДНК зависит от типа образца, количества образцов, которые должны быть обработаны одновременно, и последующего применения ДНК.