Древо жизни - Бактерии, археи и эукариоты

Чарльз Дарвин сравнил эволюционные отношения между различными видами с ветвями дерева, происходящими от общего предка. Исторически, положение организма на дереве определялось на основании его наблюдаемых характеристик, или признаков фенотипа, таких, например, как наличие листьев, позвоночника или глаз. Вымершие виды могли быть расположены на дереве аналогичным образом с помощью фенотипических признаков, найденных у ископаемых останков.

Вскоре после того, как Дарвин опубликовал работу О происхождении видов"в 1866 году, Хеккель предложил концепцию трёх Царств живых организмов Растений, Животных, и Протистов, которые не являются ни растениями, ни животными на основании наблюдаемых фенотипов. В конечном счете, это различие между растениями и животными было признано менее важным чем предполагалось ранее. Таким образом, в 1937 году концепция Древа жизни эволюционировала и содержала уже две крупные группы, эукариотов с ядрами, окружёнными мембраной, и прокариотов без ядер.

Однако, эта парадигма в результате, создала проблемы когда дело дошло до размещения прокариотов на Древе. Одного микроба стержнеобразной формы фенотипически трудно отличить от другого микроба такого же типа. Достижения в