Система классификации микроорганизмов

Классификация — это процесс упорядочивания организмов в иерархически включённые группы на основе их фенотипического сходства или эволюционных связей. Вид включает один или несколько штаммов, а близкородственные виды объединяются в роды. Роды классифицируются в семейства, семейства — в отряды, отряды — в классы и так далее вплоть до домена, который является самым широким таксономическим уровнем и определяется на основе фенотипических и генотипических данных.

Номенклатура организмов следует биноминальной системе, разработанной Карлом Линнеем, согласно которой каждому организму присваивается название рода и видовой эпитет, записываемые курсивом. Наименование новых таксонов микроорганизмов регулируется Международным комитетом по систематике прокариот (ICSP), который контролирует Международный кодекс номенклатуры бактерий (также известный как Бактериологический кодекс). В нём изложены формальные процедуры, необходимые для валидации. Новое видовое название должно сопровождаться подробным описанием отличительных характеристик и депонированием жизнеспособных культур как минимум в двух международных депозитариях. Если организм не может быть получен в чистой культуре или выведен в лабораторных условиях, ему присваивается предварительное название с префиксом "Candidatus". Например: Candidatus Pelagibacter ubique (широко распространённый бактериальный вид, крайне трудно выращиваемый в лаборатории), Candidatus Heliomonas lunata (бактерия, которую невозможно вырастить в виде чистой культуры в лаборатории). Обновлённые и подтверждённые списки бактерий и архей доступны на сайтах Список прокариотических названий, признанных в номенклатуре (http://www.bacterio.net) и Актуальная номенклатура прокариот (http://www.dsmz.de).

Наиболее признанной системой классификации бактерий и архей является «Руководство по систематической бактериологии Берджи» (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology). С момента своего создания в 1923 году оно стало важнейшим ресурсом для микробиологов, предлагая подробную информацию, включая систематические таблицы, схемы и инструменты для идентификации. Ещё одним важным источником является серия «The Prokaryotes», предоставляющая обширные сведения о физиологии, экологии, филогении и культивировании прокариот.

Национальные коллекции микробных культур, такие как American Type Culture Collection, Belgian Coordinated Collection of Microorganisms, Коллекция Института Пастера и другие, играют важную роль в систематике микроорганизмов. Эти депозитарии хранят жизнеспособные культуры в условиях, сохраняющих их генетическую целостность, обеспечивая доступ для исследований и охраны биоразнообразия. В отличие от традиционных музейных экспонатов, эти культуры поддерживаются в живом состоянии, что позволяет продолжать их изучение и характеристику. Такие коллекции также хранят типовые штаммы, которые служат эталонами для будущих таксономических сравнений.