Phylogenetic Species Concept in Microbiology

Филогенетическая концепция вида определяет вид как наименьшую группу организмов, имеющих общего предка и обладающих уникальными генетическими признаками.

Микробы размножаются бесполым путём, демонстрируют ограниченное морфологическое разнообразие и занимаются горизонтальным переносом генов. Поэтому традиционные определения видов нельзя использовать.

Концепция филогенетического вида подходит для микробной классификации, поскольку она сравнивает генные последовательности или целые геномы, чтобы показать эволюционные взаимосвязи.

Например, если две последовательности ДНК имеют примерно 98,7% сходства в последовательности гена 16S рРНК, они обычно считаются принадлежащими к одному виду.

Средняя нуклеотидная идентичность, или АНИ, сравнивает целые геномы и считается более точным методом.

Порог 95–96% ANI, указывающий на геномное сходство 95–96%, широко признан для идентификации на уровне вида.

Концепция филогенетического вида обычно сочетается с экологическими признаками и метаболическими особенностями для более точного определения микробного вида.