Methods to Assess Microbial Communities

Микробное сообщество — это консорциум бактерий, архей и микробных эукариот, которые сосуществуют и взаимодействуют в общей среде обитания.

Структура микробного сообщества часто описывается с помощью богатства, относительной численности и равномерности.

В выборке богатство — это количество обнаруженных таксонов, а относительная численность — долю каждого таксона. Чётность описывает, насколько равномерно индивиди распределены по таксонам.

В настоящее время для профилирования микробных сообществ используются молекулярные подходы, независимые от культуры.

Метагеномика изучает ДНК из образцов окружающей среды, таких как почва, и в значительной степени используется для профилирования состава микробных сообществ.

Метатранскриптомика позволяет оценивать экспрессию мРНК, давая снимок активных микробных функций, таких как производство ферментов или деградация масел.

Метапротеомика и метаболомика выявляют белки и метаболиты в окружающей среде, показывая, как микробы участвуют в процессах, таких как расщепление питательных веществ и биогеохимическое циклирование.