Это видео документов небольшого объема (~ 1 л) фильтрации микробной биомассы из толщи воды.
Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.
Методическая статья
Малого объема (1-3л) Фильтрация прибрежной морской воды Образцы
В этой статье
Краткое содержание
Аннотация
Рабочий процесс начинается со сбора прибрежные морские воды ниже по течению микробного сообщества, питательных веществ и следов анализ газа. Для демонстрации сегодня с образцы были собраны с палубы HMS Джон Стрикленд, работающих в Саанич входе. Это видео документов небольшого объема (~ 1 л) фильтрации микробной биомассы из толщи воды. Протокол является продолжением большой протокол объема выборки, описанных выше, с одним основным отличием: здесь нет никакой предварительной фильтрации шаг, поэтому все классы размеров биомассы собираются до 0,22 мкм среза фильтра. Пробы, взятые таким образом, идеально подходит для анализа нуклеиновых кислот. Настройки, фильтрации и очистки шагов каждая займет около 20-30 минут. Если с помощью двух перистальтических насосов одновременно до 8 проб могут быть отфильтрованы в то же время. Чтобы предотвратить образование биопленки между выборки поездки, все оборудование для фильтрации следует промыть разбавленным HCl и деионизированной воды и автоклавного сразу после использования.
Протокол
- Настройка фильтрации аппарата
- Перед фильтрации, во-первых стереть конденсат из полных бутылок и взвесьте
- Место автоклаве бен на одной стороне насоса и отходов колбу с другой.
- Затем положите полную бутылку образца в автоклаве бен, однако, не снимайте крышку бутылки еще.
- Пропустите через трубки перистальтического насоса так, чтобы Луер конец трубки в колбу.
- С помощью пинцета удалите хлопка из стерильной пипетки 25 мл, и приложить пипеткой на другом конце трубки.
- Фильтрация морской воды
- Для начала фильтрации морской воды, открыть бутылку и вставьте пипетки. Включите насос и набор скорости потока 1. Смотреть, чтобы вода закачивается в правильном направлении.
- Разрешить ~ 100 мл воды, чтобы пройти через все трубки.
- Выключите насос и прикрепить фильтр Sterivex к мужскому Луер установку на свободный конец трубки.
- Продолжить фильтрации пока вода не осталось в бутылках.
- Хранение фильтры
- Чтобы сохранить фильтры, сначала изгнать всю оставшуюся воду с 30-60 мл шприца.
- Уплотнение нижней части Sterivex фильтр с парафильмом. Используя пипетку, добавьте 1.8ml буфера для лизиса на фильтр, сохраняя ~ 200 мкл пространства в фильтр для последующего добавления реагентов.
- Потом, уплотнение верхней части Sterivex фильтр с небольшой кусочек парафильмом, и этикетки фильтры с датой и образец идентификации.
- Магазин фильтров в предварительно меченных 50 мл пробирки сокола при -80 ° C
- Убирать
- Вставьте 25 мл пипетки в колбу, содержащую 0,1% соляной кислоты, и включить насос.
- После мытья HCl, промыть трубы с автоклавного воды.
Наконец, измерения и учета массы теперь пустые бутылки 1л для расчета объема воды, пропущенной через фильтр.
Представитель Результаты: Каждый 1 л пробы воды дает одну Sterivix фильтр, который содержит биомассу более 0,22 мкм. Он сохраняется в буфере для лизиса для последующего выделения ДНК и анализа. Окончательный результат состоит из одного Sterivix фильтр в 1-литровую бутылку, хранящиеся в буфере для лизиса и готовы к экстракции ДНК. Фильтр содержит биомассу более 0,22 мкм. Фильтры могут храниться при температуре -80 ° C до извлечения EDNA.
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Обсуждение
Крайне важно, чтобы протереть скамейки и насосы с мокрым полотенцем после использования, чтобы удалить любые вялые следы соленой воды, которые могли бы коррозии оборудования. Хотя процедура проста, время требование может быть обширным в зависимости от концентрации биомассы или мусора в образце фильтруется.
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Раскрытие информации
Авторы не имеют конфликтов интересов, подлежащих раскрытию.
Благодарности
Мы хотели бы поблагодарить Канадский фонд инноваций, знаний британской Колумбии Фонд развития и Национального наукам и инженерным исследованиям Совета (NSERC) Канады за поддержку проводимых исследований на регионах с низким уровнем кислорода в прибрежных и открытых водах океана. ОУПЖ была поддержана стипендии NSERC, Киллам и ТУЛА основу финансируемого Центром микробного разнообразия и эволюции.
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Материалы
| Имя | Компания | Каталожный номер | Комментарии |
|---|---|---|---|
| Перистальтический насос | Masterflex (Cole Palmer) | 77913-20, 77200-62, 77200-04 | |
| Трубки Tygon LFL | Masterflex (Cole Palmer) | 06429-24 | Для аппарата для фильтрации |
| Хомуты для шлангов | Cole-Parmer | 0683204 | Для аппарата для фильтрации |
| Переходники для труб 1/4” x 3/16” | Cole-Parmer | 31702-20 | Для аппарата для фильтрации |
| Корпус полипропиленового фильтра предварительной очистки | ADVANTEC | 501200 | Для аппарата для фильтрации |
| Металлический разъем Люэра (от шланга к мужскому замку Люэра) | Cole-Parmer | 31507-27 | Для аппарата для фильтрации |
| Магниты 2“ | Для аппарата для фильтрации | ||
| Трехпортовые крышки для карбоя | Для аппарата для фильтрации | ||
| Фильтры GV 0.22 μm STERIVIX | EMD Millipore | SVGV01R5 | |
| Фильтры GF/D диаметром 47 mm и размером пор 2.7 μm | Whatman, GE Healthcare | 1823047 | |
| Буфер для лизиса | 0.75 M сахарозы, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3) | ||
| 0.1 % HCl | Для промывки после фильтрации | ||
| Автоклавированная вода | Для промывки после фильтрации |
Перепечатки и разрешения
