Мы демонстрируем наш подход к поиску потенциальных элементов усилителя от умственно регулируемых генов и оценки их функции через мозаику трансгенез рыбок данио.
Abstract
Завершение геноме человека, а также многих других видов, высветил проблемы приписывая определенную функцию, не кодирующих последовательностей. Один известный функция осуществляется без кодирования долю генома состоит в регулировании транскрипции генов, однако, Есть нет эффективных методов широко предсказать цис-регуляторных элементов от первичной последовательности ДНК. Мы разработали эффективный протокол функционально оценки потенциальных цис-регуляторных элементов через данио трансгенез. Наш подход дает значительные преимущества по сравнению с клеточной культуры, основанной методы развивающих важные гены, так как он содержит информацию о пространственной и временной регуляции генов. С другой стороны, это быстрее и дешевле, чем аналогичные опыты на трансгенных мышах, и мы регулярно применять ее к последовательности изолированы от человеческого генома. Здесь мы показываем, наш подход к выбору элементов для тестирования на основе сохранения последовательности и наш протокол для клонирования последовательностей и microinjecting их в данио эмбрионов.
протокол
1. Выбор и клонирования сохраняется последовательностей для тестирования Сначала нужно определить потенциальные регуляторные последовательности для функционального тестирования. Мы полагаемся на эволюционной сохранения последовательности в качестве критерия для выбора пос?…
Discussion
Мы показали, подход, используемый в нашей лаборатории для эффективного анализа потенциальных усилителей использованием данио трансгенез. Чаще всего мы используем этот подход, чтобы искать тканеспецифические усилители связанные с человеческими генами. Несмотря на отсутствие очевидн…
Acknowledgements
Мы благодарим г-жа Паула Рой за отличную хозяйства рыба, и Стив Ekker для рода даром pDB600 плазмиды. Эти исследования были профинансированы за счет гранта в СФ от NHGRI.