Многолуночный анализ на жидкостной основе для скрининга нокдаунов C. elegans

Abstract

Источник: Anderson, Q. L. et al. Высокопроизводительная система C. elegans на основе жидкой жидкости с высокой пропускной способностью. J. Vis. Exp. (2018)

В этом видео демонстрируется высокопроизводительный метод скрининга с использованием Caenorhabditis elegans для изучения нокдаунов генов во время взаимодействия хозяина и патогена. В нем описана процедура подготовки нокдаун-червей и переноса их на пробирные планшеты для оценки эффектов индуцированного патогенами уничтожения червей.

Protocol

1. Адаптация для скрининга множественных штаммов или нокдаунов Caenorhabditis elegans (настройка скрининга рибонуклеиновой интерференции (РНК-интерференции))

Заметка: Это экран РНК-интерференции, описанный для 24-луночного планшета.

1. Добавьте 1 мл S базала в лунку 24-луночного планшета, содержащего червей, засеянных РНК-интерференцией. Осторожно взбалтывайте червей, встряхивая пластину, затем переложите червей в пустую, стерильную 24 глубоколуночную пластину. Дайте червям осесть гравитационно (~5 минут).
2. Аспират надосадочная жидкость, оставляя примерно 1 мл. Добавьте в каждую лунку по 7 мл S базала.
3. Повторите шаги 1.1 - 1.2 минимум еще 2 раза. После окончательной промывки аспирируйте надосадочную жидкость, оставив примерно 400 μл.
4. Используя функцию Resampler сортировщика червячков, отсортируйте 22 червя из 24-луночной пластинчатой червячной суспензии в каждую лунку 384-луночного планшета (каждая лунка 24-луночного планшета дает 8 - 12 лунок из 384-луночного планшета).
   1. Чтобы избежать голодания, перед сортировкой пипетируйте бактерии в 384-луночные планшеты (либо штамм, который служит исключительно пищей, например, OP50, либо патогенный штамм).
5. После того, как черви были отсортированы в 384-луночный планшет, добавьте небольшие молекулы или другие материалы, специфичные для эксперимента.

Materials