Рост бактерий и методы исследования

Источник: Cian, M. B. et al., Разделение клеточной оболочки для грамотрицательных бактерий на внутреннюю и внешнюю мембранные фракции с техническими корректировками для Acinetobacter baumannii. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео показано разделение внутренней и внешней мембранных фракций грамотрицательных бактерий с помощью ультрацентрифугирования градиента сахарозы. Мембранные фракции очищаются и хранятся при низких температурах для целенаправленного анализа мембраноспецифических компонентов.

Источник: Mercier, N., et al. Аффинная очистка MS2 в сочетании с секвенированием РНК у грамположительных бактерий. (2021)В этом видео демонстрируется пошаговая процедура сбора бактериальных клеток и их механического лизиса для высвобождения внутриклеточного содержимого.

Источник: Mercier, N., et. al., MS2-affinity Purification Coupled with RNA Sequencing in Gram-Positive Bacteria. J. Vis. Exp. (2021)В этом видео показано выделение меченой MS2 малой регуляторной РНК (мРНК), связанной с ее бактериальной целевой РНК с помощью аффинной очистки с помощью слияния белка мальтозосвязывающего белка (MBP)–MS2, иммобилизованного на амилозной смоле.

Источник: Feltwell, T., et.al. Разделение бактерий по количеству капсул с помощью прерывистого градиента плотности. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео демонстрируется использование прерывистого градиента плотности для разделения бактериальных штаммов в зависимости от количества капсулы. Центрифугируя библиотеку транспозонных мутантов через градиент, бактерии с разной плотностью капсул локализуются в различных слоях. Затем отделенные фракции могут быть собраны для последующего анализа.

Источник: Гупта, С., Марсела Родригес, Г. Выделение и характеристика внеклеточных везикул, продуцируемых микобактериями с ограничением железа. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео показано поэтапное выделение внеклеточных везикул (ВВ) из Mycobacterium tuberculosis , культивируемых в железоограничивающих условиях, имитирующих среду хозяина. В нем описывается использование ультрафильтрации, дифференциального центрифугирования и разделения по градиенту плотности для обогащения и идентификации фракций,...

Источник: Watson, D. C., et.al. Масштабируемая изоляция и очистка внеклеточных везикул от кишечной палочки и других бактерий. J. Vis. Exp. (2021)В этом видео показано выделение и концентрация внеклеточных везикул (ВВ), полученных из внешней мембраны генетически модифицированных бактерий. Процесс включает в себя культивирование бактерий для высвобождения EV, за которым следуют последовательные этапы центрифугирования и фильтрации для удаления клеток и мусора. Наконец, ультрафильтрация...

Источник: Watson, D.C., et al. Масштабируемая изоляция и очистка внеклеточных везикул от кишечной палочки и других бактерий. J. Vis. Exp. (2021)В этом видео демонстрируется использование эксклюзионной хроматографии с шариками пористой смолы для выделения бактериальных внеклеточных везикул (ВВ) из фильтрата бактериальной культуры. Более крупные EV элюируются рано, минуя смоляные поры, в то время как более мелкие белки проникают в поры и элюируются позже.

Источник: Fattahi, N., et al. Фоторазлагаемые гидрогелевые интерфейсы для скрининга, отбора и изоляции бактерий. J. Vis. Exp. (2021).В этом видео демонстрируется экстракция бактериальных колоний из фоторазлагаемого гидрогеля с помощью ультрафиолетового излучения. Выбирается конкретная колония, и разрабатывается структурированное воздействие света, чтобы инициировать локализованное разложение гидрогеля. После регулировки интенсивности и продолжительности света подается ультрафиолетовый свет,...

Источник: Гадигаонкар, Д. и Рат, А. Выделение и идентификация устойчивых к антибиотикам бактерий, переносимых через воду, и молекулярная характеристика их генов устойчивости к антибиотикам. J. Vis. Exp. (2023)В этом видео демонстрируется выделение и подготовка устойчивых к антибиотикам бактерий из пробы воды с использованием селективных сред. ДНК извлекается из устойчивых к антибиотикам бактерий и амплифицируется для идентификации бактериальных генов, устойчивых к антибиотикам.

Источник: Kazi, M. I., et al., Generating Transposon Insertion Libraries in gram-negative bacteria for high-Throughput Sequencing. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео демонстрируется отбор, количественное определение и сохранение грамотрицательных бактерий-реципиентов, несущих транспозонные вставки, на основе резистентности к канамицину.

Источник: Фернандес-Колл, Л. и Кашель, М. Использование радиометки с помощью микротитровой чашки для многократных измерений in vivo Escherichia coli (p)ppGpp с последующей тонкослойной хроматографией. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео представлен высокопроизводительный протокол измерения уровней и динамики нуклеотидов бактериального стресс-реакции ppGpp и pppGpp с помощью тонкослойной хроматографии (TLC). Этот метод обеспечивает мощный, быстрый и экономически эффективный подход к количественному...

Источник: Streather, B.R., et al. Оптимизированное производство и анализ рекомбинантных белковых везикул из кишечной палочки. J. Vis. Exp. (2023)В этом видео демонстрируется производство и выделение рекомбинантных белков, меченных везикулярным нуклеативным пептидом (VNp), из бактериальных везикул. Индуктор запускает экспрессию белка, меченного VNp, стимулируя образование везикул и инкапсуляцию, с последующим центрифугированием и ультразвуком для эффективного восстановления белка без лизиса...

Источник: Шивайя, К., и др. Выделение липидных капель пластоглобула из тканей листьев растений и цианобактерий. J. Vis. Exp. (2022).В этом видео демонстрируется выделение пластоглобуль из цианобактерий с помощью центрифугирования градиента плотности сахарозы, что подчеркивает их богатую липидами природу низкой плотности и обеспечивает их структурную сохранность для последующего анализа.

Источник: Армбрустер, К. М., Мередит, Т. С. Обогащение бактериальными липопротеинами и получение N-концевых липопептидов для структурного определения методом масс-спектрометрии. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео показано обогащение бактериальными липопротеинами с помощью неионогенного детергента, который подвергается фазовому разделению при нагревании. С помощью последовательных температурных сдвигов и этапов центрифугирования липопротеины избирательно разделяются на детергентную фазу, в то время...

Источник: Leuthold, M. M., et al. Получение выступающих доменов норовируса человека в кишечной палочке для рентгеновской кристаллографии. J. Vis. Exp. (2016).В этом видео демонстрируется очистка рекомбинантного домена норовируса человека P с помощью эксклюзионной хроматографии, подчеркивающей отделение целевого белка от примесей с более высокой и низкой молекулярной массой на основе дифференциальной доступности пор. Процесс контролируется с помощью поглощения ультрафиолета и подтверждается с...

Источник: Kuo, T., et al. Одномоментная негативная хроматографическая очистка белка, активирующего нейтрофилы Helicobacter pylori , сверхэкспрессирующегося в Escherichia coli в периодическом режиме. J. Vis. Exp. (2016)В видео демонстрируется метод негативной хроматографии для очистки белка, связанного с вирулентностью, из бактериального лизата. При использовании положительно заряженной смолы в буферизованном растворе белки клетки-хозяина избирательно сохраняются, в то время как почти...

Источник: Мурата, Т., и др. Очистка белка с высокой молекулярной массой у Streptococcus mutans. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео показана пошаговая процедура очистки белка, меченного полигистидином, секретируемого из Streptococcus mutans.

Источник: Venuprasad, K., et al. Внутритрахеальное введение Haemophilus influenzae на мышиных моделях для изучения воспаления дыхательных путей. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео демонстрируется сбор и обработка бронхоальвеолярной лаважной жидкости от усыпленной мыши, инфицированной нетипируемым Haemophilus influenzae , для последующего анализа.

Источник: Ginies, C., et al. Идентификация жирных кислот в Bacillus cereus. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео показан процесс получения метиловых эфиров жирных кислот (FAME) из образцов бактерий путем обработки биомассы щелочным раствором с последующим разделением фаз и выпариванием растворителя для последующего анализа.

Источник: Шивайя, К., и др. Выделение липидных капель пластоглобула из тканей листьев растений и цианобактерий. J. Vis. Exp. (2022)На видео демонстрируется выделение пластоглобул из цианобактерий. Он начинается с культивирования цианобактерий и проходит через разрушение клеток с помощью механической силы. Высвобождение фотосинтетических пигментов свидетельствует об успешном лизисе. Затем используется ступенчатый градиент сахарозы для разделения клеточных компонентов по плотности, что позволяет...

Начните с культур грамотрицательных видов Yersinia и не-Yersinia Enterobacteriaceae.Используя стерильные игольчатые инокуляторы, нанесите культуры как на традиционный агар Цефсулодин-Иргасан-Новобиоцин или CIN, так и на модифицированный агар CIN.Инкубируйте пластины, чтобы стимулировать рост бактерий.Как традиционные, так и модифицированные агары CIN поддерживают рост Yersinia и не-Yersinia Enterobacteriaceae , которые ферментируют маннит с образованием кислых побочных продуктов.Выработка...

Начните с обогащения почвы водно-болотных угодий, содержащей бактериальные сообщества.Культура проявляет активность феаммокса, окисление аммония в сочетании с восстановлением трехвалентного железа, что указывает на обогащение бактерией, способной к этому метаболическому процессу.Серийно разводят культуру с помощью сред.Разведенные образцы нанесите на тестовые агаровые пластины с добавлением трехвалентного железа и аммония.Используйте контрольные пластины, в которых отсутствует трехвалентное...

Источник: Becker, B. и др. Простой репортерный анализ на основе флуоресценции для выявления клеточных компонентов, необходимых для цепочного трафика токсина рицина (RTA) в дрожжах. J. Vis. Exp . (2017).В этом видео демонстрируется очистка полигистидин-метированного рекомбинантного белка с помощью никелевой аффинной хроматографии. В нём описываются ключевые этапы, включая бактериальный лизис с помощью соникации, очистку и фильтрацию лизата, а также селективное связывание и элюжию целевого белка...

Источник: Wunderlin, T. и др. Физическая изоляция эндоспор из образцов окружающей среды путём целенаправленного лизиса вегетативных клеток. J. Vis. Exp . (2016)В этом видео демонстрируется метод выделения эндоспор из образца окружающей среды, содержащего как вегетативные клетки, так и различные бактерии. Процедура включает фильтрацию, механические нарушения и селективную химическую обработку для ослабления и лизации растительных клеток при сохранении эндоспор. Последний этап — изоляция...

Источник: Гулла, С. и др. Мультилокус с переменным числом тандем-повторный анализ рыбопатогенной бактерии Yersinia ruckeri с помощью мультиплексной ПЦР и капиллярного электрофореза. J. Vis. Exp . (2019).Этот протокол извлекает геномную ДНК из Yersinia ruckeri , подвешивая изолированные колонии в сверхчистой воде и нагревая клетки. Центрифугирование отделяет ДНК-содержащий супернатант от клеточного мусора, создавая шаблонную ДНК, подходящую для генотипирования и эпидемиологического анализа с...

Источник: Гулла, С. и др. Мультилокус с переменным числом тандем-повторный анализ рыбопатогенной бактерии Yersinia ruckeri с помощью мультиплексной ПЦР и капиллярного электрофореза. J. Vis. Exp . (2019).Этот протокол извлекает геномную ДНК из Yersinia ruckeri , подвешивая изолированные колонии в сверхчистой воде и нагревая клетки. Центрифугирование отделяет ДНК-содержащий супернатант от клеточного мусора, создавая шаблонную ДНК, подходящую для генотипирования и эпидемиологического анализа с...

Источник: Stones, D. H., et al. Биомиметические материалы для характеристики взаимодействия бактерий и хозяина. J. Vis. Exp. (2015)В этом видео демонстрируется использование бактериомиметических гранул для количественной оценки адгезии бактерий к эпителиальным клеткам хозяина в конкурентных условиях. В нем описываются этапы, связанные с обработкой клеток, их лизисом и нанесением серийных разведений для измерения колониеобразующих единиц.

Источник: Jung, A. L. et al., Внешние мембранные везикулы Legionella pneumophila: выделение и анализ их провоспалительного потенциала на макрофагах. J. Vis. Exp. (2017)В этом видео показана предварительная обработка макрофагов везикулами внешней мембраны (OMV) Legionella pneumophila для изучения их влияния на репликацию бактерий. Изменяя иммунную сигнализацию хозяина, OMV делают макрофаги более восприимчивыми к инфекции. Более высокое количество колоний в обработанных клетках по сравнению с...

Источник: Jagau, H. et al. Пневмококковая инфекция первичных эндотелиальных клеток человека в постоянном потоке. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео в режиме реального времени демонстрируется визуализация присоединения пневмококка к нитям фактора Виллебранда (VWF) на эндотелиальных клетках в условиях постоянного потока среды. В нем изложены шаги по стимулированию высвобождения VWF, маркировке строк и количественной оценке бактериального связывания.

Источник: Morrill, S. R., et al. Модели колонизации влагалища мышей анаэробно выращенными бактериями. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео демонстрируется протокол моделирования вагинальной колонизации у мышей с использованием устойчивых к антибиотикам анаэробных бактерий. Он начинается с гормонального лечения для повышения восприимчивости эпителия, за которым следует вагинальная инокуляция и совместная инокуляция в анаэробных условиях. Процедура завершается забором проб и культивированием после...

Источник: Li, J. et al. Разработка модели инфекции личинок рыбок данио для Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео показана доставка с помощью микроинъекций меченого флуоресцентно меченного Clostridioides difficile в просвет кишечника личинки данио-рерио, находящейся под наркозом. В нем описаны этапы, связанные с подготовкой личинок, бактериальной инъекцией и подтверждением локализации бактерий в кишечнике с помощью флуоресцентной микроскопии.

Источник: Cruz-Adalia, A., et al. Т-клетки захватывают бактерии путем трансинфекции из дендритных клеток. J. Vis. Exp. (2016).В этом видео демонстрируется бактериальная трансинфекция через антиген-специфические взаимодействия Т-клеток с дендритными клетками. Инфицированные бактериями дендритные клетки, представляющие пептид овальбумина, инкубируются с Т-клетками либо непосредственно, либо разделены мембраной. Прямой контакт позволяет формировать иммунологические синапсы, способствуя передаче...

Источник: Balczon, R., et al. Методы обнаружения цитотоксических амилоидов после инфицирования эндотелиальных клеток легких Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео показана процедура получения цитотоксического надосадочной жидкости из эндотелиальных клеток легких после инфицирования Pseudomonas aeruginosa. В нем описывается, как бактериальные эффекторные белки нарушают структуру клетки-хозяина и индуцируют высвобождение цитотоксических амилоидных олигомеров в надосадочную...

Источник: Lee, H. et al., Split Green Fluorescent Protein System для визуализации эффекторов, доставляемых бактериями во время инфекции. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео показан метод мониторинга бактериальной инфекции и доставки эффекторных белков в растительные клетки с использованием комплементации зеленого флуоресцентного белка (sfGFP) в сочетании с конфокальной микроскопией. Этот подход позволяет точно визуализировать транслокацию эффектора в цитозоль клетки-хозяина.

Источник: Ислам, А., и др., Оценка кишечного трансцитоза изолятов бактериемии новорожденных Escherichia coli . J. Vis. Exp. (2023)В этом видео показана процедура оценки трансцитоза кишечной кишечной палочки у новорожденных через монослои эпителия кишечника с использованием трансвелловых вставок, измерения электрического сопротивления и количественного определения бактерий.

Источник: Anderson, Q. L., et al. Высокопроизводительная система C. elegans на основе жидкой жидкости с высокой пропускной способностью. J. Vis. Exp. (2018)В видеоролике показан анализ на жидкой основе, в котором генетически модифицированные личинки C. elegans подвергаются воздействию патогенных бактерий в микропланшете. Бактериальные токсины, выделяемые в среду, вызывают стресс и смерть хозяина. Флуоресцентный краситель окрашивает мертвых червей, позволяя количественно оценить смертность на...

Источник: Yarringto, K.D., et al. Кинетическая визуализация межвидовых бактериальных взаимодействий между отдельными клетками. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео показано приготовление кокультурной системы с использованием подвижных и неподвижных бактерий под агарозной прокладкой для визуализации живых клеток. Он показывает, как подвижные бактерии обнаруживают химические аттрактанты и вторгаются в неподвижные колонии, выявляя бактериальные взаимодействия.

Источник: Сорокулова И., и др. Профилактика неблагоприятных последствий теплового стресса у крыс штаммом Bacillus subtilis . J. Vis. Exp. (2016)В этом видео показано, как крысы были предварительно обработаны полезными бактериями или фосфатно-солевым буфером (PBS) и подвергнуты тепловому стрессу для оценки целостности кишечного барьера. Меньшее количество колоний бактерий из печени обработанных крыс, в отличие от многочисленных колоний у контрольных крыс, указывает на неповрежденный...

Источник: Yi, Y., et al. Взаимодействие растений и микробов: транскрипционная реакция Bacillus mycoides на экссудаты корней картофеля. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется приготовление и обработка культур Bacillus mycoides для изучения взаимодействия растений и микробов. В нем описаны этапы от нарезки скотоводческой культуры и ее инкубации в жидкой среде до воздействия на бактерии корневых выделений растений при перемешивании. Процесс завершается сбором и мгновенной заморозкой...

Источник: Venuprasad, K., et al. Внутритрахеальное введение Haemophilus influenzae на мышиных моделях для изучения воспаления дыхательных путей. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео демонстрируется внутритрахеальная доставка легочно-патогенного бактериального инокулята мыши, находящейся под наркозом, для моделирования инфекции нижних дыхательных путей.

Источник: Taylor, M. N., et.al. Использование данных по одному червю для количественной оценки гетерогенности взаимодействий Caenorhabditis elegans и бактерий. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео показано воздействие на бесмикробных, соответствующих по возрасту червей Caenorhabditis elegans бактериальному штамму для колонизации кишечника. Он объясняет избирательное удаление неадгезивных и внешних бактерий, оставляя только жизнеспособные бактерии, прилипшие к эпителию кишечника для количественного...

Источник: Taylor, M.N. et al. Использование данных по одному червю для количественной оценки гетерогенности взаимодействий Caenorhabditis elegans и бактерий. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео показана количественная оценка вариабельности кишечной бактериальной нагрузки у отдельных Caenorhabditis elegans за счет механических нарушений. В нем описаны этапы подготовки образцов, механического разрушения, серийного разведения и подсчета колоний для оценки различий в бактериальной нагрузке кишечника...

Эндофитные бактерии колонизируют ткани растений и способствуют росту растений.Чтобы изучить их влияние на рост растений томатов в условиях солевого стресса, начните со стерильной рассады с развивающимися листьями и корнями.Погрузить корни экспериментального саженца во взвесь эндофитных бактерий; Оставьте контроль невакцинированным.Перенесите обе группы в стерилизованную почву, чтобы предотвратить внешнее микробное вмешательство, и инкубируйте в камере выращивания.Из почвы бактерии проникают...

Возьмите инокулюмную смесь фосфатно-растворяющих бактерий или PSB и фиолетовых несерных бактерий или PNSB.Распылите смесь на почву, смешанную с удобрением и коровьим навозом.Посейте посевной материал и засыпьте его почвой.Дайте растению разрастись.Бактерии локализуются возле корня в зоне, называемой ризосферой.PSB преобразует нерастворимые фосфаты почвы в растворимые формы.Между тем, PNSB фиксирует азот путем преобразования газообразного атмосферного азота в аммиак.Растение поглощает...

Начните с рассады риса, предварительно пророщенной в темных асептических условиях, чтобы обеспечить равномерное прорастание.Переложите эту рассаду в колбу, содержащую богатую питательными веществами полутвердую среду, предварительно инокулированную исследуемой бактерией.По мере роста растения корни выделяют хемотаксические соединения в окружающую среду.Эти соединения стимулируют размножение бактерий, что приводит к адгезии, размножению и образованию колоний на поверхности корня.По мере развития...

Источник:Оушен Э. Кларк1, Роми А. Доп1, Том Хаселл1, Джоан Л. Фотергилл1, Дэниел Р. Нил21Ливерпульский университет, 2 Университет ДандиВ этом видео демонстрируется использование напечатанного на 3D-принтере устройства с силиконовым покрытием, которое имитирует внутреннюю поверхность мочевых катетеров для имитации инфекции мочевыводящих путей, связанной с катетером.

Источник: Arroyo, M. C. и др. Оценка жизнеспособности синтетического бактериального консорциума на интерфейсе кишечника-хозяина in vitro . J. Vis. Exp . (2018)Это видео демонстрирует оценку жизнеспособности синтетического перорального микробного сообщества во время имитации орального, желудочного и кишечного пищеварения. Выживаемость бактерий измеряется после каждой фазы, показывая постепенное снижение из-за пищеварительного стресса.

Источник: Окамото, А. , и др. Самостоятельная электрохимическая установка для обогащения бактерий, дышащих анодами, на месте. J. Vis. Exp . (2018)В этом видео демонстрируется использование электрохимической системы на месте для обогащения анод-дышащих бактерий (ARB) из природных резервуаров. Редокислительный градиент устанавливается путём размещения анода в безкислородной глубокой воде, а катода — в кислородно богатую поверхностную воду. ARB образуют биопленки и переносят электроны на анод,...

Источник: Ахмади, С. и др. Модель партийной культуры in vitro для оценки влияния интервенционных схем на микробиоту фекалов человека. J. Vis. Exp .(2019).В этом видео демонстрируется метод моделирования микробной ферментации кишечника путём инкубации образцов калов с пищевыми ферментируемыми волокнами в анаэробных условиях для изучения производства метаболитов микробиотой кишечника.

Источник: Biller, S. J., et al. Выделение и характеристика внеклеточных везикул цианобактерий. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео демонстрируется подготовка внеклеточных везикул цианобактерий к просвечивающей электронной микроскопии путем негативного окрашивания, что позволяет визуализировать морфологию, размер и чистоту везикул с высоким разрешением для структурного и сравнительного анализа.

Источник: Zhang, Y., et al. Применение флуоресцентных наночастиц для изучения ремоделирования эндолизосомальной системы внутриклеточными бактериями. J. Vis. Exp. (2015)В этом видео демонстрируется использование флуоресцентных наночастиц для визуализации эндолизосомального ремоделирования в эпителиальных клетках человека, инфицированных внутриклеточными бактериями. После бактериальной инвазии патогены манипулируют цитоскелетом хозяина и эндолизосомальной системой, образуя вакуоли с трубчатыми...

Источник: Valentine, M. E., et al. Генерация мутантов делеции гена в кадре у Pseudomonas aeruginosa и тестирование на ослабление вирулентности в простой мышиной модели инфекции. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео демонстрируется использование биолюминесценции для визуализации и сравнения in vivo поведения вирулентных и ослабленных бактериальных штаммов у мышей. В ней описан процесс приготовления биолюминесцентных бактериальных суспензий и их внутрибрюшинного введения мышам. Вирулентный штамм...

Источник: Guo, S., et al. Количественная оценка подвижности роения бактериальной поверхности на индукторных градиентных пластинах. J. Vis. Exp. (2022).В этом видео демонстрируется использование двухслойной градиентной роевой пластины для изучения поведения бактериального роения при различных концентрациях ингибиторов. Пластину с градиентобразующим ингибитором в нижнем слое заражают бактериями и инкубируют. Изображения делаются через равные промежутки времени для анализа влияния концентрации...

Источник: Zhang, X., et al. Модель эмбриона рыбки данио для визуализации in vivo и прижизненного анализа инфекции Staphylococcus aureus , ассоциированной с биоматериалом. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео демонстрируется флуоресцентная визуализация эмбрионов рыбок данио, которым был введен золотистый стафилококк, что позволяет количественно оценить прогрессирование инфекции и распределение бактерий для оценки влияния микросфер биоматериала на взаимодействие хозяина и патогена in vivo.

Источник: Шлимперт, С. и др. Флуоресцентная покадровая визуализация полного жизненного цикла S. venezuelae с использованием микрофлюидного устройства. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео демонстрируется флуоресцентная покадровая визуализация полного жизненного цикла бактерий Streptomyces venezuelae с использованием микрофлюидного устройства для визуализации прорастания, роста гиф и спороношения в режиме реального времени.

Источник: Bru, J., et.al. Покадровая визуализация бактериальных роев и коллективной реакции на стресс. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео показано, как визуализировать и измерить поведение Pseudomonas aeruginosa по избеганию роя с помощью анализа роящихся агаровых пластин. В нем показана настройка для покадровой визуализации в контролируемых условиях и объясняется, как стрессовые сигналы, вызванные антибиотиками, перенаправляют движение бактерий, которое количественно оценивается с помощью анализа...

Источник: Heering, J., et al., индукция клеточной дифференцировки и визуализация одиночных клеток Vibrio parahaemolyticus Swimmer и Swarmer. J. Vis. Exp. (2017).В этом видео демонстрируется подготовка клеток роя из колонии Vibrio parahaemolyticus к флуоресцентной визуализации. Бактерии генетически модифицированы для экспрессии белка, меченного флуорофором, который локализуется униполярно в клетках пловцов и биполярно в удлиненных клетках роя, что позволяет осуществлять их визуальную...

Источник: Bennett, J. A. et al. Визуальная и микроскопическая оценка мутантов развития Streptomyces . J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется использование фазово-контрастной микроскопии для изучения фенотипических различий между Streptomyces coelicolor дикого типа и мутантным Streptomyces coelicolor. В нем описаны этапы, связанные с подготовкой и визуализацией воздушных нитей для обнаружения дефектов развития в образовании спор.

Источник: Чу, В., и Чжуан, Х. Визуализация бактериальной подвижности на основе цветовой реакции. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео демонстрируется анализ полутвердого агара на основе окислительно-восстановительного красителя для оценки подвижности бактерий путем визуального различения подвижных и неподвижных штаммов.

Источник: Пиоли, Р., и др., Структурирование микроорганизмов и микрочастиц с помощью последовательной капиллярной сборки. J. Vis. Exp. (2021)В этом видео демонстрируется метод захвата одиночных флуоресцентно меченых клеток Escherichia coli (E. coli) в микрофлюидных ловушках с использованием безуглеродной суспензии и контролируемого потока с последующим добавлением питательных веществ для запуска роста и флуоресцентной визуализацией микроколоний.

Источник: Wen, J., Pasman, et al., Visualization of Germinosomas and the Inner Membrane in Bacillus subtilis Spores. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео демонстрируется использование микроскопии структурированного освещения для получения трехмерных флуоресцентных изображений, которые выявляют организацию белков прорастания в бактериальной споре.

Источник: Oms, T., et al. Популяционный и одноклеточный анализ персистенции антибиотиков у Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2023)В этом видео представлен протокол мониторинга отдельных бактериальных клеток, экспрессирующих флуоресцентно меченный ДНК-связывающий белок в микрофлюидной системе. Это иллюстрирует, как антибиотики подавляют большинство клеток, в то время как субпопуляция персистирующих клеток выживает после лечения и восстанавливается после удаления антибиотиков.

Источник: Мурата, К. и др., Визуализация уплотнения ДНК у цианобактерий с помощью высоковольтной криоэлектронной томографии. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется синхронное культивирование цианобактерий в циклах «свет-темнота» для изучения циркадного уплотнения ДНК. Флуоресцентная микроскопия выявляет конденсированную ДНК в определенные моменты времени, подтверждая выравнивание клеточного цикла в популяции.

Источник: Chetrit, D., et al. Применение визуализации живых клеток и криоэлектронной томографии для определения пространственно-временных особенностей системы секреции Legionella pneumophila dot/icm. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео демонстрируется использование флуоресцентной визуализации живых клеток для количественной оценки полярности и динамики компонентов системы секреции у Legionella pneumophila, что позволяет анализировать пространственное рекрутирование и цитозольное перераспределение,...

Источник: Chetrit, D., et al. Применение визуализации живых клеток и криоэлектронной томографии для определения пространственно-временных особенностей системы секреции Legionella pneumophila dot/icm. J. Vis. Exp. (2020)В видеоролике рассказывается о том, как подготовить образцы Legionella pneumophila к криоэлектронной томографии, сочетая методы бактериальной культуры, маркировки наночастицами золота и методов витрификации. Этот процесс сохраняет нативные клеточные структуры и позволяет получать...

Источник: Weber, N., et al., Natural Transformation, Protein Expression, and Cryoconservation of the Filamentous Cyanobacterium Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео показана процедура оценки подвижности скольжения в Phormidium lacuna путем гомогенизации филаментных культур для создания однородной суспензии, подготовки установки для анализа на пластине Петри на предметном стекле микроскопа и визуализации движения филамента.

Источник: Сорокулова, И., и др. Профилактика побочных эффектов теплового стресса у крыс со стороны штамма Bacillus subtilis. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео представлены гистологические и микроскопические анализы крови, используемые для оценки защитного эффекта Bacillus subtilis у крыс, подвергшихся тепловому стрессу.

Источник: Chaimovitz, E. A. и др. Непрерывное измерение биологического шума у Escherichia coli с помощью таймлапс-микроскопии. J. Vis. Exp. (2021)Это видео демонстрирует визуализацию биологического шума в E. coli в реальном времени, отслеживая флуктуации флуоресценции GFP во время роста и деления бактерий с помощью таймлапс-микроскопии.

Источник: Fattahi, N., et al. Фоторазлагаемые гидрогелевые интерфейсы для скрининга, отбора и изоляции бактерий. J. Vis. Exp. (2021)В этом видео демонстрируется использование фоторазлагаемых гидрогелей для выделения колоний бактерий в кремниевых микролуночных массивах. Бактериальные клетки сначала загружаются в микролунки, инкапсулируются в сшитый гидрогель и культивируются в отдельные колонии. При воздействии ультрафиолетового излучения целенаправленное разложение гидрогеля позволяет...

Источник: Feltwell, T., et.al. Разделение бактерий по количеству капсул с помощью прерывистого градиента плотности. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео демонстрируется приготовление и характеристика бактериальных штаммов с различной продукцией капсул. Патогенные штаммы, несущие различные мутации в генах, связанных с капсулами, культивируют, выращивают в жидких средах и подвергают центрифугированию для различения фенотипов капсул на основе плотности гранул. Буферная обработка используется для...

Источник: Le Nagard, L., et al. Выращивание магнитотаксических бактерий рода Magnetospirillum: штаммы MSR-1, AMB-1 и MS-1. J. Vis. Exp. (2018).В этом видео показано, как культивировать бактерии Magnetospirillum в микроаэробных условиях с использованием как жидких, так и полутвердых сред. Он подчеркивает образование видимой бактериальной полосы на кислородно-бескислородной границе раздела и ее миграцию вверх по мере истощения кислорода. В видео также показано, как оценить магнитотаксическое...

Источник: Valentine, M. E., et al. Генерация мутантов делеции гена в кадре у Pseudomonas aeruginosa и тестирование на ослабление вирулентности в простой мышиной модели инфекции. J. Vis. Exp. (2020).В этом видео демонстрируется генерация рекомбинантов с двойным кроссинговером у Pseudomonas aeruginosa с использованием стратегии делеции генов на основе плазмид. Процесс включает в себя отбор бактерий, которые содержат нерепликативную плазмиду, интегрированную в геном посредством одного...

Источник: Schlimpert, S., et al. Флуоресцентная покадровая визуализация полного жизненного цикла S. venezuelae с использованием микрофлюидного устройства. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео показано выращивание и выделение спор из Streptomyces venezuelae. Споры, спящие клетки, которые помогают бактериям пережить стресс, образуются во время ограничения питательных веществ и собираются с помощью центрифугирования. Этот метод обеспечивает получение чистой суспензии спор холодного хранения для...

Источник: Heering, J., et al. Индукция клеточной дифференцировки и визуализация отдельных клеток Vibrio parahaemolyticus Swimmer и Swarmer. J. Vis. Exp. (2017)В этом видео показана индукция дифференцировки клеток Swarmer в Vibrio parahaemolyticus с использованием специально приготовленной агаровой среды. Манипулируя сигналами окружающей среды, такими как истощение железа, добавки кальция и поверхностный контакт, бактерии стимулируются к переходу от своей пловцовой формы к удлиненным клеткам роя...

Источник: Li, J., et al., Разработка модели инфекции личинок рыбок данио для Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео показано выделение и культивирование бактерий Clostridioides difficile из кишечника личинок рыбок данио. Инфицированный кишечник препарируют, гомогенизируют и инкубируют в селективных анаэробных средах, содержащих антибиотики. Эти условия подавляют конкурирующие микробы и способствуют росту жизнеспособных клеток.

Источник: Айиви, Р. и др., Культивирование, рост и жизнеспособность молочнокислых бактерий: перспектива контроля качества. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео демонстрируется метод восстановления молочнокислых бактерий, подвергшихся холодовому стрессу, из замороженного глицеринового запаса, восстановления жизнеспособности бактерий с помощью анаэробной инкубации и выделения активных колоний для расширения культуры.

Источник: Kuo, C., et al. Обнаружение колонизации энтерогеморрагической кишечной палочки мышиным хозяином с помощью неинвазивной биолюминесцентной системы in vivo . J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется приготовление экспрессирующей люциферазу энтерогеморрагической суспензии Escherichia coli из замороженного сырья для использования в качестве перорального инокулята на животных моделях. Это позволяет в режиме реального времени биолюминесцентно отслеживать колонизацию кишечника во время...

Источник: Nathoo, N., et al. Гидропонная система совместного культивирования для одновременного и систематического анализа молекулярных взаимодействий растений и микробов и передачи сигналов. J. Vis. Exp. (2017).В этом видео демонстрируется гидропонная система совместного культивирования для изучения взаимодействия растений и бактерий в стерильных условиях. Рассаду растений пересаживают в стерильную, кислую среду для выращивания, инкубируют и проверяют на загрязнение перед инокуляцией...

Источник: Figueroa, D.M., et al. Получение и визуализация бактериальных сферопластов и протопластов для характеристики локализации антимикробных пептидов. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео показана пошаговая процедура получения протопластов из грамположительной бактерии Bacillus megaterium.

Источник: Эггерс, К. Х. Фаг-опосредованная генетическая манипуляция спирохетой при болезни Лайма Borrelia burgdorferi. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео демонстрируется получение генетически модифицированной культуры Borrelia burgdorferi, сконструированной с использованием ДНК спящего бактериофага, несущей ген устойчивости к антибиотикам. После выбора антибиотика и инкубации химический индуктор вызывает повреждение ДНК, что приводит к эксцизии, репликации и сборке новых вирионов, содержащих ген...

Источник: Моралес-Сото, Н. и др., Подготовка, визуализация и количественная оценка анализов подвижности поверхности бактерий. J. Vis. Exp. (2015)В этом видео показан роевой анализ с использованием бактерий, экспрессирующих зеленый флуоресцентный белок, для наблюдения за подвижностью поверхности мягкого агара. Покадровая съемка фиксирует скоординированное расширение и образование усиков, подчеркивая подвижность поверхности бактерий.

Источник: Anwar, Z., et al. Обогащение и обнаружение токсинотипов Clostridium perfringens в образцах розничных продуктов питания. J. Vis. Exp. (2019).В этом видео сульфитредуцирующие бактерии культивируются в сульфитсодержащей среде агара, где они растут анаэробно и восстанавливают сульфит до сероводорода, образуя черные осадки с ионами железа. Черные колонии выделяют из глубины агара с помощью асептических методов и переносят в свежую среду для продолжения анаэробной инкубации.

Источник: Morita, M., et al. Бактериальная клеточная культура на уровне одной клетки внутри гигантских везикул. J. Vis. Exp. (2019).В этом видео демонстрируется метод культивирования и наблюдения за отдельными бактериальными клетками, инкапсулированными в гигантские везикулы, закрепленные на поддерживаемом липидном бислое. Система обеспечивает стабильную, долгосрочную визуализацию динамики роста одиночных клеток в ограниченной, физиологически значимой микросреде.

Источник: Tomás, J.M., et al. Генерация нулевых мутантов для выяснения роли бактериальных гликозилтрансфераз в бактериальной подвижности. J. Vis. Exp. (2022).В этом видео показана инициирующая амплификация плазмиды самоубийцы в E. coli. Плазмида, несущая ген устойчивости к антибиотикам, реплицируется только в присутствии белка-инициатора, кодируемого хозяином. После электропорации и инкубации в восстановительной среде смесь наносится на антибиотиксодержащий агар. Бактерии с плазмидой выживают,...

Источник: Cafini, F., et.al. Методология изучения горизонтального переноса генов у золотистого стафилококка. J. Vis. Exp. (2017)В этом видео демонстрируется индуцированное компетенцией поглощение ДНК у золотистого стафилококка посредством естественной трансформации. Чувствительный к хлорамфениколу штамм, сконструированный для конститутивной экспрессии сигма-фактора, культивируют в условиях, ограничивающих питательные вещества, для повышения компетентности, а затем инкубируют с донорской ДНК,...

Источник: Андерсон, К. Л., и др., Высокопроизводительная система с высоким содержанием жидкости C. elegans Pathosystem. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется получение РНК-интерференции (РНК-интерференции) бактерий, несущих плазмиды, для подавления экспрессии генов-мишеней. В нем описаны этапы отбора, роста и индукции бактерий РНК-интерференции для производства пластин, экспрессирующих дцРНК, для последующих анализов.

Источник: Brodl, E., et al. На месте Измерение и корреляция плотности клеток и светового излучения биолюминесцентных бактерий. J. Vis. Exp. 1 (2018)В этом видео демонстрируется культивирование морских биолюминесцентных бактерий для наблюдения за активацией люминесцентного оперона, опосредованной чувством кворума, что позволяет в режиме реального времени отслеживать экспрессию генов и световое излучение для исследований микробной коммуникации и регуляции генов.

Источник: Gilmore, S.F., et al. Бесклеточное масштабированное производство и адъювантное дополнение к рекомбинантному основному белку наружной мембраны из Chlamydia muridarum для разработки вакцин. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео демонстрируется бесклеточный синтез антигенов мембранных белков, стабилизированных нанодисками, с использованием двухкомпартментной системы. Устройство поддерживает оптимальные условия для эффективного синтеза белка, правильного сворачивания и стабильной интеграции в...

Источник: Бру, Д., и др., Покадровая визуализация бактериальных роев и коллективная реакция на стресс. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео показана процедура анализа роевого поведения Pseudomonas aeruginosa путем наблюдения за ростом бактерий от центральной культуры к сателлитным пятнам, содержащим ту же культуру, смешанную с антибиотиком, с использованием агаровой пластины и покадровой визуализации.

Источник: Liu, P.C., et al. Разработка и использование недорогого автоматизированного морбиостата для адаптивной эволюции бактерий при подборе антибиотиков. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео демонстрируется использование микрофлюидного чипа для визуализации и сравнения роста и морфологии штаммов E. coli дикого типа и устойчивых к триметоприму штаммов кишечной палочки в условиях стресса антибиотиком триметоприма.

Источник: Bhaduri, S., et al., Микробиологически индуцированное осаждение кальцита, опосредованное Sporosarcina pasteurii. J. vis. Exp. (2016)В этом видео показан метод обогащения Sporosarcina pasteurii мочевиной и хлоридом кальция для запуска активности уреазы, что приводит к образованию видимых кристаллов кальцита с помощью микробиологически индуцированного осаждения кальцита, или MICP.

Источник: Figueroa, D. M., et.al. Получение и визуализация бактериальных сферопластов и протопластов для характеристики локализации антимикробных пептидов. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется производство сферопластов Escherichia coli путем сначала ингибирования деления клеток для индуцирования филаментации, а затем ферментативного расщепления клеточной стенки. Процесс включает в себя контролируемое добавление хелатирующего агента, ДНКазы и осмотического стабилизатора для...

Источник: Collins, A. J., et al., Setting Stable Binary Cultures of Symbiotic Saccharibacteria from the Oral Cavity. J . Vis. Exp. (2021)В этом видео показано создание и поддержание бинарной культуры сахарибактерий и их бактерии-хозяина путем их последовательной совместной инкубации в питательной среде, специфичной для хозяина.

Источник: Эрдоган, Ф., и др., Конъюгативные брачные анализы для последовательно-специфического анализа транспортных белков, участвующих в бактериальной конъюгации. J. Vis. Exp. (2017)В этом видео показана процедура переноса F-плазмиды от донорских к реципиентным клеткам E. coli с использованием спасательной плазмиды и выбора трансконъюгантов с помощью двойной устойчивости к антибиотикам. Процесс включает в себя смешивание бактериальных культур, инкубацию без встряхивания, разрушение...

Источник: Cheng, C., et al. Инактивация патогенов посредством фотолиза рибофлавин-5'-фосфата в видимом свете. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео демонстрируется метод оценки фототоксического действия флавинмононуклеотида (ФМН) на патогенные бактерии. Бактериальные культуры подвергаются воздействию возрастающих концентраций ФМН и освещаются видимым светом для получения активных форм кислорода (АФК), которые повреждают клеточные компоненты. Затем выжившие бактерии количественно оценивают для оценки...

Источник: Gupta, S., et al. Выделение и характеристика внеклеточных везикул, продуцируемых микобактериями с ограниченным содержанием железа. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео показана процедура культивирования Mycobacterium tuberculosis в условиях с ограниченным содержанием железа для индуцирования железного стресса и стимуляции секреции сидерофоров, поддерживающих выживание бактерий.

Источник: Ню, Л., и др., Визуализация гибели литических клеток макрофагов во время микобактериальной инфекции у эмбрионов рыбок данио-рерио с помощью прижизненной микроскопии. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео демонстрируется приготовление суспензии одиночных клеток Mycobacterium marinum из культуры поздней логарифмической фазы для последовательного использования в анализах на инфекции и последующем применении.

Источник: Paschke, P., et al. Генная инженерия клеток Dictyostelium discoideum на основе отбора и роста бактерий. J. Vis. Exp. (2019).В этом видео показана процедура введения плазмиды, несущей ген-мишень, в клетки амебы с помощью электропорации с последующим восстановлением в бактериальной добавке для обеспечения эффективной доставки генов у амеб дикого типа.

Источник: Gutiérrez, S., et al., Выделение фагосом, содержащих Salmonella typhimurium, из макрофагов. J. Vis. Exp. (2017)В этом видео показано культивирование и подготовка Salmonella typhimurium для получения чистой, метаболически активной бактериальной суспензии, пригодной для экспериментального использования.

Источник: Lin, P., et al. Синтез микрокапсул вольфрамата натрия и молибдата натрия путем экскреции бактериальных минералов. J. Vis. Exp. (2018).В этом видео демонстрируется приготовление моноклональной бактериальной культуры для производства минералов путем серийного разведения и выделения колоний на агаровой пластине. Встряхивая пластину стеклянными шариками, отдельные клетки пространственно разделяются, образуя генетически однородные колонии, которые затем переносятся в жидкие среды для роста.

Источник: Lin, P., et al. Синтез микрокапсул вольфрамата натрия и молибдата натрия путем экскреции бактериальных минералов. J. Vis. Exp. (2018).В этом видео показана процедура синтеза жестких микрокапсул оксида металла путем культивирования металлоредуцирующих бактерий с ионами металлов с последующей последовательной очисткой с помощью ультразвука, центрифугирования и промывки этанолом.

Источник: Fuchs, F.M., et al. Исследование вредного влияния стерилизации плазмы низкого давления на выживаемость спор Bacillus subtilis с помощью микроскопии живых клеток. J. Vis. Exp. (2017)В этом видеоролике демонстрируется производство, очистка и осаждение спор Bacillus subtilis с помощью аэрозолей для создания однородного монослоя, что позволяет использовать его для анализа прорастания спор, жизнеспособности или реакции на стресс с помощью микроскопии.

Источник: Vieira, J., et al. Проектирование и разработка модели для изучения влияния дополнительного кислорода на микробиом дыхательных путей при муковисцидозе. J. Vis. Exp. (2021).В этом видео демонстрируется приготовление искусственной среды мокроты, которая имитирует вязкость, питательный состав и pH мокроты легких при муковисцидозе. Полученная среда обеспечивает физиологически значимую платформу для исследований ex vivo.

Источник: Мауракис, С., и Корнелиссен, К. Н. Ограниченный металлами рост Neisseria gonorrhoeae для характеристики генов, чувствительных к металлу, и приобретения металлов из лигандов хозяина. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео показана процедура выращивания Neisseria gonorrhoeae в условиях ограниченного количества металлов с использованием определенной, обедненной металлами среды.

Источник: Naji, A., et al. Изучение окислительного стресса, вызванного стрептококками группы mitis у Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019).В этом видео демонстрируется метод культивирования Streptococcus mitis в микроаэрофильных условиях с использованием дрожжевого экстракта Тодда-Хьюитта, или агаровой среды THY, для подготовки бактериальных культур к исследованиям взаимодействия хозяина и патогена.

Источник: Венупрасад, К. и др., Внутритрахеальное введение Haemophilus influenzae на мышиных моделях для изучения воспаления дыхательных путей. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео показано культивирование нетипируемого Haemophilus influenzae и приготовление стандартизированного по дозе инокулюма для последующих колонизационных или инфекционных исследований.

Источник: Стефан, А., и др., Многогранные преимущества коэкспрессии белка в кишечной палочке. J. Vis. Exp. (2015)В этом видео показана процедура трансформации Escherichia coli в плазмиду, несущую ген устойчивости к антибиотикам, включая подготовку клеток, электропорацию, восстановление и выбор трансформантов.

Источник: Цзян, Х., Хо, М. Выделение и характеристика интактной фикобилисомы у цианобактерий. J. vis. Exp.(2021).В этом видео показана процедура культивирования цианобактерий для получения биомассы путем выращивания клеток при непрерывном освещении с подачей углекислого газа и в условиях, богатых питательными веществами, с последующим сбором с помощью центрифугирования.

Источник: Виганд, Д. Дж., Ли и др., Экспрессия бесклеточного белка с использованием быстро растущей бактерии Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео показано выращивание и сбор Vibrio natriegens, быстрорастущей бактерии, в условиях аэрации для приготовления бактериальных гранул для производства сырого экстракта.

Источник: Wiegand, D.J., et al. Экспрессия внеклеточного белка с помощью быстрорастущей бактерии Vibrio natriegens. J. vis. Exp. (2019).В этом видео демонстрируется приготовление клеточного экстракта из Vibrio natriegens, быстро растущей бактерии, известной своей высокой скоростью синтеза белка. Бактериальная гранула промывается и ресуспендируется в буфере для лизиса перед ультразвуком на льду для предотвращения клеточной деградации. Лизат центрифугируется для отделения нерастворимого...

Источник: Wiegand, D.J., et al. Экспрессия внеклеточного белка с использованием быстрорастущей бактерии Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019).В этом видео демонстрируется использование бактериальной системы экспрессии внеклеточного белка на основе сырого лизата Vibrio natriegens для выполнения сопряженной транскрипции и трансляции in vitro. В нем особое внимание уделяется приготовлению мастер-микса с необходимыми компонентами и поэтапному синтезу функциональных белков из матрицы ДНК.

Источник: Jian, X., et al., Автоматизированное микробное культивирование и адаптивная эволюция с использованием микробной системы культивирования микрокапель (MMC). J. Vis. Exp. (2022).В этом видео демонстрируется использование микробной системы культивирования микрокапель для стимулирования адаптивной эволюции бактерий в направлении толерантности к метанолу. Смешивая модифицированные бактериальные культуры со средой с высоким содержанием метанола и разделяя их на микрокапли, система отбирает...

Источник: Weber, N., et al., Natural Transformation, Protein Expression, and Cryoconservation of the Filamentous Cyanobacterium Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео описана процедура выполнения естественной трансформации нитевидных цианобактерий с использованием плазмидной ДНК для достижения стабильной экспрессии GFP и устойчивости к антибиотикам за счет гомологичной рекомбинации.

Источник: Вагнер, А. О., и др., Препарат среды для культивирования микроорганизмов в строго анаэробных/бескислородных условиях. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео демонстрируется приготовление и инокуляция анаэробных культур с использованием бескислородного ила в строго контролируемых, дезоксигенированных условиях.

Источник: Lea-Smith, D. J., et al. Генерация меченых и безмаркерных мутантов у модельных видов цианобактерий. J. Vis. Exp. (2016)В видеоролике демонстрируется метод получения меченых антибиотиками мутантов у цианобактерий. Протокол начинается с культивирования цианобактерий, за которыми следуют этапы центрифугирования и промывки, которые сохраняют поверхностные пили. Затем вводится плазмида, несущая ген устойчивости к антибиотикам, окруженная гомологичными последовательностями. Во время...

Начните с анаэробного реактора, герметичного бескислородного реактора, засеянного синтетическим илом, который имитирует осевшие твердые частицы из сточных вод.Осадок содержит мезофильные анаэробные микробы, смешанное микробное сообщество.Эти микробы процветают при умеренных температурах и стимулируют переваривание органических веществ осадка.Непрерывно перемешивайте осадок, чтобы поддерживать активность бактерий и способствовать пищеварению.Позже добавьте в осадок биопластики, которые являются...

Начнем с турбидостата — устройства, которое поддерживает постоянную плотность клеток в культуре.Устройство содержит сосуд с бактериальной культурой, который непрерывно аэрируется путем перемешивания и поддерживается при постоянной температуре.Лазерный диод излучает световой луч, который разделяется на два пути.Один путь направляется к эталонному датчику для контроля колебаний интенсивности лазера, в то время как другой проходит через культуру.Бактериальные клетки рассеиваются и поглощают свет,...

Начните со штамма бактерий Pseudomonas aeruginosa, выделенного из загрязненной нефтью почвы в среде, содержащей источник азота и избыток пищевого масла в качестве источника углерода.Этот штамм синтезирует полигидроксиалканоат (PHA), длинноцепочечный полимер, используемый в производстве биопластиков.Инкубируйте при перемешивании, чтобы облегчить аэрацию и стимулировать рост бактерий.Первоначально среда поставляет источники углерода и азота для поддержки размножения бактерий и создания большого...

Начните с культуры Alishewanella, грамотрицательной, солеустойчивой бактерии.Затем нанесите культуру на агаровые пластины, содержащие увеличивающиеся концентрации хлорида натрия, чтобы смоделировать различные уровни солевого стресса.Покройте каждую пластину слоем незатвердевшей среды, чтобы предотвратить диффузию кислорода и сохранить культуру в среде с ограниченным содержанием кислорода.Запечатайте и инкубируйте планшеты при оптимальной температуре, чтобы поддержать рост бактерий.Во время...

Источник: Ариас, С. Л. и др. Изготовление функционализированной магнитной бактериальной наноцеллюлозы с использованием наночастиц оксида железа. J. Vis. Exp. (2016).В этом видео демонстрируется производство наноцеллюлозы путём культивирования бактерий, производящих целлюлозу, в питательной среде, содержащей маннитол. Бактерии метаболизируют маннитол в глюкозу, которая затем полимеризуется и экструдируется в виде цепей глюкана, кристаллизующихся в слои целлюлозы, образуя трёхмерную матрицу на...

Источник: Brumfield, K. D. и др., Лабораторные методы, используемые для поддержания и дифференцирования биотипов клинических и экологических изолятов Vibrio cholerae . J. Vis. Exp . (2017)В этом видео демонстрируется рост бактериальных культур в жидкой среде. Встряхивание способствует аэрации и равномерно распределяет питательные вещества, поддерживая экспоненциальный рост и создавая равномерную, метаболически активную суспензию, подходящую для последующих применений.

Источник: Шумахер, Д. и др. Флуоресцентное живоклеточное изображение полного вегетативного клеточного цикла медленнорастущей социальной бактерии Myxococcus xanthus. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется подготовка и визуализация Myxococcus xanthus — медленнорастущей почвенной бактерии. Культура выращивается в окружающей среде, наносится на покрытие с флуоресцентными микросферами и накладывается на заранее подогретую агарозную подушечку для поддержки гидратации и питательных веществ.

Источник: Янг, З. и др. Высокапроизводительная платформа для скрининга видов сальмонеллы /Shigella spp.. J. Vis. Exp . (2018)В этом видео демонстрируется селективное обогащение и идентификация сальмонеллы с помощью ксилозного лизиндезоксихолата (XLD) и хромогенного агара. Бульон селенита способствует росту сальмонеллы , тогда как агар XLD выявляет колонии с чёрным центром через образование сероводорода. Хромогенный агар подтверждает идентичность через образование пигмента, опосредованного...

Источник: Jeong, H., и др. Процедура адаптивной лабораторной эволюции микроорганизмов с использованием хемостата. J. Vis. Exp. (2016).В этом видео демонстрируется селективная изоляция и рост бактерий, адаптированных к стрессу, из культуры, подвергшейся длительному стрессу. Культура покрывается на агаре, содержащем стрессоры, и выбирается одна колония для инокуляции жидкой среды этим стрессом. Поглощение измеряется с регулярными интервалами для мониторинга роста и подтверждения успешной изоляции...

Источник: Виллела, Х. Д. М . и др .Поиск микробных штаммов для биоремедиации и разработки пробиотиков для исследований и сохранения метаорганизмов. J. Vis. Exp .(2019).Это видео демонстрирует выделение морских бактерий, разрушающих загрязняющие вещества, посредством серийного разбавления, отбора колоний и роста в среде, содержащей EE2. Используя EE2 как единственный источник углерода, протокол выявляет бактериальные штаммы, способные метаболизировать этот загрязнитель окружающей среды.

Источник: Виллела, Х. Д. М . и др. Поиск микробных штаммов для биоремедиации и разработки пробиотиков для исследований и сохранения метаорганизмов. J. Vis. Exp . (2019)В этом видео демонстрируется селективная изоляция морских бактерий, разрушающих нефть, путём обогащения образцов морской воды на нефтяной среде, что позволяет извлекать чистые штаммы с потенциальным применением в биоремедиации сырой нефти и очистке окружающей среды.

Источник: Berens, C. и др. Применение индуцируемой системы экспрессии для изучения интерференции бактериальных факторов вирулентности внутриклеточной сигнализации. J. Vis. Exp . (2015)В этом видео демонстрируется использование индуцируемой экспрессионной системы для определения места, где бактериальный эффекторный белок CaeB нарушает апоптотический каскад хозяина. В нём описываются шаги трансфекции клеток, экспрессирующих CaeB, с помощью тетрациклин-реагирующей системы, чтобы индуцировать...

Источник: Wei, D. и др., Производство химикатов Klebsiella pneumoniae с использованием бамбукового гидролисата в качестве сырья. J. Vis. Exp .(2017)В этом видео демонстрируется микробное превращение бамбуковых сахаров в 2,3-бутандиол путём культивирования Klebsiella pneumoniae в гидролизатной среде в микроаэробных и слабо кислых условиях.

Источник: Хеммерих, Дж. и др. Протокол оптимизации производства гетерологичного белка с использованием технологии автоматизированных микробиореакторов. J. Vis. Exp. (2017).В этом видео демонстрируется использование автоматизированного микробиореактора для мониторинга роста бактерий и секреции флуоресцентного белка в ответ на различные формулы среды. Генетически модифицированная бактерия, экспрессирующая секреторный флуоресцентный белок, культивируется в ходе антибиотикового отбора и инокуляется...

Источник: Lea-Smith, D. J. и др. Генерация отмеченных и безмаркерных мутантов в модельных видах цианобактерий. J. Vis. Exp . (2016)В этом видео демонстрируется криоконсервация штаммов цианобактерий путём сочетания концентрированных клеточных суспензий с глицерилом или DMSO и их хранения при низких температурах, что позволяет долгосрочно поддерживать жизнеспособные культуры для фотосинтеза и генетических исследований.

Источник: Ариас, С. Л. и др. Изготовление функционализированной магнитной бактериальной наноцеллюлозы с использованием наночастиц оксида железа. J. Vis. Exp . (2016)В этом видео демонстрируется in situ синтез наночастиц магнетита внутри бактериального наноцеллюлозного пелликула, образуемого Gluconacetobacter xylinus. В ней объясняется, как магнитная бактериальная наноцеллюлоза образуется посредством инфузии ионов железа, щелочного осадка и очистки.

Источник: Руфиан, Ж. С. и др., Одноклеточный анализ экспрессии генов сирингов Pseudomonas в ткани растений. J. Vis. Exp . (2022)В этом видео демонстрируется метод давления на основе шприца для извлечения апопластических бактерий, которые размножаются и образуют микроколонии внутри апопласта — межклеточного пространства между растительными клетками. Метод позволяет получить образцы бактерий без мусора, подходящие для дальнейшего одноклеточного анализа.

Источник: Becker, B. и др. Простой репортерный анализ на основе флуоресценции для выявления клеточных компонентов, необходимых для цепочного трафика токсина рицина (RTA) в дрожжах. J. Vis. Exp . (2017)Это видео демонстрирует индуцируемую экспрессию цепи рицинового токсина A (RTA) с His-меткой в Escherichia coli. В нём описываются этапы селективного культивирования бактерий, трансформированных с помощью рекомбинантной экспрессионной плазмиды, индукции экспрессии RTA с меткой His, а также...

Источник: Pokhrel, A., et al. Определение неорганических полифосфатов в бактериях. J. Vis. Exp. (2019).В этом видео демонстрируется колориметрический анализ для измерения неорганического полифосфата (полиП) в образцах бактерий. Процедура включает в себя ферментативное превращение полиП в свободный фосфат, который затем вступает в реакцию с молибдатом и аскорбиновой кислотой с образованием комплекса синего цвета. Сравнивая поглощение этого комплекса со стандартной кривой известных концентраций...

Источник: Choi, H. J., et al. Микрофлюидный акустофорез для проточного разделения грамотрицательных бактерий с использованием аффинных гранул аптамера. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео демонстрируется метод селективного отделения грамотрицательных бактерий от смешанного бактериального образца с использованием микрогранул, покрытых аптамером, и акустических сил внутри микрофлюидного чипа.

Источник: Brodl, E., et al. Измерение in situ и корреляция плотности клеток и светового излучения биолюминесцентных бактерий. J. Vis. Exp. (2018).В этом видео показано измерение и корреляция биолюминесценции с плотностью клеток у трансформированных бактерий. Одна колония бактерий используется для инициации жидкой культуры. Культуру помещают в лунку при нужной концентрации клеток. Антибиотик и индуктор добавляются для экспрессии гена, необходимого для бактериальной биолюминесценции. Показания...

Источник: Koeth, L. M., et al., Эталонный метод микроразведения бульона для тестирования чувствительности к дальбаванцину in vitro бактерий, которые растут аэробно. J. Vis. Exp. (2015).В данном видео показан метод микроразведения бульона для определения минимальной ингибирующей концентрации (МИК) липогликопептидного антибиотика в отношении грамположительных бактерий. Он охватывает выделение бактериальных колоний, разведение, инокуляцию лунок микропланшетов с различными концентрациями...

Источник: Zhang, X. et al., Модель эмбриона данио-рерио для визуализации in vivo и прижизненного анализа инфекции Staphylococcus aureus , ассоциированной с биоматериалом. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео демонстрируется модель эмбриона рыбки данио для изучения инфекций, связанных с имплантированными биоматериалами. Инъекции Staphylococcus aureus микросфер из полистирола повышают выживаемость бактерий, подтверждая роль имплантируемых материалов в продвижении инфекций.

Источник: Yeung, M., et al. Разработка более чувствительной и специфичной хромогенной агаровой среды для обнаружения Vibrio parahaemolyticus и других видов вибрионов . J. Vis. Exp. (2016)В этом видео демонстрируется культуральный метод идентификации видов вибрионов , при этом выделяется хромогенный агар как более точная альтернатива широко используемому тиосульфат-цитрат-желчным солям-сахарозе или агару TCBS. Хромогенный агар обеспечивает превосходную дифференцировку штаммов вибрионов за счет...

Источник: Al Ahmar, R., et al. Культура мелкого колониального варианта Pseudomonas aeruginosa и количественное определение его альгината. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео демонстрируется колориметрический анализ для количественного определения альгината, продуцируемого Pseudomonas aeruginosa, с использованием карбазола для обнаружения уроновых кислот после кислотного гидролиза. Метод позволяет проводить сравнительный анализ производства альгината, нормализованного по бактериальной биомассе, в...

Источник: Al Ahmar, R., et al. Культура мелкого колониального варианта Pseudomonas aeruginosa и количественное определение его альгината. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео демонстрируется колориметрический иммуноферментный анализ для количественного определения альгината, защитного экзополисахарида, продуцируемого Pseudomonas aeruginosa. Процедура включает в себя покрытие микропланшета образцом, нанесение определенных антител и использование реакции фермент-субстрат для получения измеримого...

Источник: Hassan, J.A., et al. Высокопроизводительная идентификация резистентности к Pseudomonas syringae pv. Томат в томате с использованием пробирного анализа рассады. J. Vis. Exp. (2020).В этом видео демонстрируется метод скрининга бактериальной резистентности у различных сортов томатов с использованием десятидневной рассады, инокулированной бактериальной суспензией. В ней объясняется, как бактерии проникают через устьица, доставляют эффекторные белки для подавления иммунитета растений и как...

Источник: Anderson, Q. L. et al. Высокопроизводительная система C. elegans на основе жидкой жидкости с высокой пропускной способностью. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется высокопроизводительный метод скрининга с использованием Caenorhabditis elegans для изучения нокдаунов генов во время взаимодействия хозяина и патогена. В нем описана процедура подготовки нокдаун-червей и переноса их на пробирные планшеты для оценки эффектов индуцированного патогенами уничтожения червей.

Источник: Кайрон, Д., и Лестерлин, К. Многомасштабный анализ роста бактерий при лечении стрессом. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео показана процедура оценки филаментации E. coli и репликации ДНК при лечении антибиотиками, ингибирующими деление клеток, с использованием гальванического покрытия для измерения жизнеспособности и проточной цитометрии для анализа размера клеток и содержания ДНК.

Источник: Cheng, C., et al. Инактивация патогенов посредством фотолиза рибофлавин-5'-фосфата в видимом свете. J. Vis. Exp. (2022).В этом видео буферизованная реакционная смесь, содержащая L-метионин, нитросиний тетразолий (NBT) и флавинмононуклеотид (FMN), облучается фиолетовым светом для индуцирования образования активных форм кислорода (АФК). Это приводит к бактериальной инактивации и образованию спектрометрически детектируемого формазана.

Источник: Weber, N. et al., Natural Transformation, Protein Expression, and Cryoconservation of the Filamentous Cyanobacterium Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео демонстрируется целенаправленный анализ на основе светодиодов для изучения фототаксиса у нитевидных цианобактерий. Бактерии мигрируют к источнику света, образуя плотное скопление в освещенном центре, которое визуализируется и количественно оценивается с помощью анализа интенсивности пикселей захваченного изображения.

Источник: Balczon, R., et al. Методы обнаружения цитотоксических амилоидов после инфицирования эндотелиальных клеток легких Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется протокол количественного определения амилоидов в надосадочной жидкости культур из эндотелиальных клеток легких, инфицированных вирулентными бактериями, с использованием тиофлавина Т, флуоресцентного красителя, который связывается со структурами бета-листьев амилоида. Увеличение флуоресценции по...

Источник: Speare, L., et al. Коинкубационный анализ для количественной оценки конкурентных взаимодействий между изолятами Vibrio fischeri . J. Vis. Exp. (2019)В этом видео демонстрируется анализ совместной инкубации, используемый для изучения того, как штаммы бактерий конкурируют в общей среде. Он широко применяется в микробиологии для выявления механизмов, таких как контактно-зависимое или контактно-независимое убийство, которые управляют этими взаимодействиями.

Источник: Venkateswaran, S., et al. Высокопроизводительная идентификация полимеров, отталкивающих бактерии, для медицинских изделий. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео демонстрируется высокопроизводительный метод идентификации полимеров, отпугивающих бактерии, с помощью предметного стекла микрочипа, подвергнутого воздействию смешанных бактериальных культур. Связывание бактерий оценивается с помощью флуоресценции DAPI, где пониженный сигнал указывает на полимеры с минимальным поверхностным...

Источник: Barber, A. E., et al. Подготовка и применение нового бактериального биосенсора для предполагаемого обнаружения следов огнестрельного оружия. J. Vis. Exp. (2019).В этом видео демонстрируется обнаружение конкретных аналитов с помощью бактериального биосенсора. Берется бактериальная культура, несущая плазмиду с геном красного флуоресцентного белка (RFP) под промотором, чувствительным к аналиту. После тщательного протирания тестовой поверхности небольшой участок салфетки погружают в...

Источник: Augimeri, R. V. et al., Использование этилен-рилизинг-соединения, 2-хлорэтилфосфоновой кислоты, в качестве инструмента для изучения этиленовой реакции у бактерий. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео демонстрируется влияние этилена, образующегося 2-хлорэтилфосфоновой кислотой (CEPA), на рост бактерий и производство целлюлозы. Этилен активирует сигнальные пути, которые стимулируют синтез целлюлозы, что приводит к усиленному образованию пленки. Эти результаты подчеркивают бактериальную...

Источник: Cayron, J., et al. Многомасштабный анализ роста бактерий при стрессовой терапии. J. Vis. Exp. (2019).В этом видео показано, как подготовить и использовать микрофлюидную пластину для визуализации бактериальных клеток в условиях стресса. В нем описан процесс введения бактериальной культуры и стресс-индуцированной антибиотической среды, за которой следует загрузка клеток и микроскопическая установка. Затем используется покадровая визуализация в фазово-контрастном режиме для наблюдения за...

Источник: Sekar, A., et al., Новый метод определения продольной антибактериальной активности материалов, выделяющих лекарственные средства. J. Vis. Exp. (2023)В этом видео демонстрируется анализ на основе люминесценции для оценки антибактериальной эффективности полимерной полоски, загруженной антибиотиками, путем количественного определения люминесценции, вызванной АТФ, которая снижается в бактериальных культурах, подвергшихся воздействию антибиотика.

Источник: Чжу, В., и Чу, В. Чувствительный визуальный метод для обнаружения бактерий, продуцирующих сероводород. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео демонстрируется чувствительный визуальный метод для быстрого обнаружения бактерий, продуцирующих сероводород. Изменение цвета с желтого на черный указывает на активность бактерий за счет образования сульфида висмута.

Источник: Bennett, J. A., et al. Визуальная и микроскопическая оценка мутантов развития Streptomyces. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео показано выращивание и фенотипическое сравнение диких и мутантных штаммов Streptomyces coelicolor . В нем изложены процедуры для минимизации спонтанных мутаций, предотвращения перекрестного загрязнения и стимулирования роста бактерий с помощью надлежащих методов нанесения покрытий. Наконец, в видео подчеркиваются визуальные различия в морфологии колоний, чтобы...

Источник: Francis, M. B., et al. Обнаружение фрагментов коры головного мозга при проращивании бактериальных спор. J. Vis. Exp. (2016).В этом видео демонстрируется колориметрический метод обнаружения деградации коры головного мозга во время прорастания бактериальных спор путем измерения высвобождения редуцирующих сахаров с течением времени. Используя стандарты N-ацетилглюкозамина и временные пробы, анализ количественно определяет концентрацию сахара с помощью фиолетовой хромогенной реакции,...

Источник: Stenzler, B. R. et al., Анаэробный биосенсорный анализ для обнаружения ртути и кадмия. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется использование генетически модифицированных бактериальных биосенсоров для точного измерения биодоступной фракции ионов ртути в анаэробных условиях. Варьируя концентрацию сульфата магния, анализ гарантирует, что биосенсор избирательно реагирует на свободные ионы ртути, о чем свидетельствуют изменения интенсивности флуоресценции.

Источник: Vidilaseris, K., et al. Скрининг на наличие мембраносвязанных ингибиторов пирофсфатазы Thermotoga maritima . J. Vis. Exp. (2019)В этом видео демонстрируется колориметрический анализ для скрининга ингибиторов бактериальной мембранной пирофосфатазы (mPPase) путем количественного определения высвобождения ортофосфата. Метод позволяет идентифицировать соединения, которые ингибируют mPPase из Thermotoga maritima, потенциальную мишень для антимикробных препаратов.

Источник: Sarathy, J. P. et al. Анализ связывания казеума in vitro , который прогнозирует проникновение лекарственных препаратов при поражениях туберкулезом. J. Vis. Exp. (2017)В этом видео демонстрируется анализ in vitro для измерения связывания лекарственного средства с казеумом из пораженных туберкулезом с использованием быстрого равновесного диализа. В нем описаны этапы приготовления казеумных суспензий, проведения диализа и расчета несвязанной фракции лекарственного средства для...

Источник: Rugjee, K. N. et al., Создание высокопроизводительной установки для скрининга малых молекул, которые модулируют передачу сигналов c-di-GMP у Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео показано создание чувствительного к циклическому ди-GMP репортерного штамма у Pseudomonas aeruginosa с помощью электропорации. Успешная трансформация подтверждается подбором антибиотиков и флуоресцентным...

Источник: Rugjee, K.N., et al. Создание высокопроизводительной установки для скрининга малых молекул, которые модулируют передачу сигналов c-di-GMP у Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2016).В этом видео демонстрируется скрининг циклических модуляторов di-GMP с использованием генетически модифицированных бактерий, экспрессирующих зеленый флуоресцентный белок (GFP) под контролем c-di-GMP-чувствительного промотора. Флуоресценция измеряется в многолуночном планшете, содержащем различные...

Источник: Чепмен, И. Д., и др., Оптимизация молекулярного зонда для определения смертности клеток в фотосинтезирующем организме (Microcystis aeruginosa) с использованием проточной цитометрии. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео демонстрируется метод различения живых и мертвых клеток Microcystis aeruginosa путем сочетания флуоресцентного зондового мечения с проточным цитометрическим анализом фикоцианиновой автофлуоресценции и сигнала зонда.

Источник: Никлинг, Д. Х., et.al. Антимикробные пептиды, полученные путем селективного включения под давлением неканонических аминокислот. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется агаровый хорошо диффузионный анализ, используемый для оценки антимикробной активности вариантов низина. Он показывает, как Lactococcus lactis , экспрессирующий мембраносвязанную пептидазу NisP, активирует предшественники низина, вырабатываемые в E. coli, что приводит к гало ингибирования роста. Размер этих...

Источник: Токуноу, Ю., и др., Электрохимическое обнаружение влияния кинетического изотопа дейтерия на внеклеточный транспорт электронов в Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется электрохимический метод для оценки того, как перенос протонов влияет на внеклеточный транспорт электронов (ЭЭТ) у электроактивных бактерий. Заменяя протоны дейтронами с использованием оксида дейтерия, метод измеряет изменения тока, чтобы выявить кинетический изотопный эффект,...

Источник: Dodge, R., et al. Быстрый подсчет колониеобразующих единиц в формате 96-луночного планшета применен к микробиому дрозофилы . J. Vis. Exp. (2023)В этом видео демонстрируется количественная оценка колониеобразующих единиц (КОЕ) кишечно-ассоциированных бактерий у мух дрозофилы с использованием метода серийного разведения и осаждения. Гомогенизированные образцы мух, содержащие кишечные бактерии, последовательно разбавляют, наносят на агар и инкубируют для обеспечения роста колонии. Затем...

Источник: Maurakis, S., et al. Metal-Limited Growth of Neisseria gonorrhoeae для характеристики металлочувствительных генов и приобретения металлов из лигандов хозяина. J. Vis. Exp. (2020).В этом видео демонстрируется анализ роста бактерий с ограничением металлов для изучения роли генов, чувствительных к металлу. Бактерии дикого типа и мутантные бактерии, выращенные в среде с обедненным металлами, инкубируют с металл-лигандом, а их рост контролируют с помощью планшетного ридера. В условиях...

Источник: Мауракис, С., и Корнелиссен, К. Н. Ограниченный металлами рост Neisseria gonorrhoeae для характеристики генов, чувствительных к металлу, и приобретения металлов из лигандов хозяина. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео показана процедура обнаружения поверхностных транспортеров металлов у Neisseria gonorrhoeae , выращенных в условиях ограниченного содержания металлов, с использованием метода дот-блоттинга, включающего связывание лигандов, обнаружение антител и колориметрическую визуализацию.

Источник: Chen, Y., et al., Измерение скорости специфической неправильной трансляции микобактерий с помощью репортерных систем с усилением функции. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео демонстрируется метод количественной оценки неправильной трансляции у Mycobacterium smegmatis с использованием индуцируемой GFP и репортерной системы секретируемой мутантной люциферазы. Он показывает, как измеряется люминесценция, возникающая в результате неправильной трансляции, и сравнивается с флуоресценцией GFP...

Источник: Gilmore, S.F. et al. Бесклеточное масштабированное производство и адъювантное дополнение к рекомбинантному основному белку наружной мембраны из Chlamydia muridarum для разработки вакцин. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео демонстрируется использование вестерн-блоттинга для оценки структурной целостности основного белка внешней мембраны (MOMP) в вакцинных комплексах на основе наночастиц. В нем описаны ключевые этапы, связанные с переносом белка, мечением антител и флуоресцентной...

Источник: Stefan, A., et al. Многогранные преимущества совместной экспрессии белка в кишечной палочке. J. Vis. Exp. (96), (2015).В этом видео показана оценка частоты мутаций у бактерий с помощью анализа бета-глюкозидазы. Бактериальные культуры, экспрессирующие ДНК-полимеразу, испытывающую дефицит корректуры, собираются в течение последующих поколений. Ошибки репликации, вызванные сокращением корректуры, могут активировать подавленный ген бета-глюкозидазы. После центрифугирования и...

Источник: Jian, X. et al., Автоматизированное микробное культивирование и адаптивная эволюция с использованием микробной системы микрокапельного культивирования (MMC). J. Vis. Exp. (2022)В этом видео демонстрируется использование микрофлюидной платформы на основе капель для мониторинга роста бактерий в режиме реального времени. Генерируя однородные капли, содержащие бактериальные суспензии, и направляя их по пути обнаружения, система позволяет непрерывно измерять плотность клеток для построения...

Возьмем культуру Corynebacterium glutamicum, преобразованную с помощью плазмиды, несущей флуоресцентный репортерный ген ниже антитерминатора рибонуклеиновой кислоты или последовательности RAT, в многолуночном планшете.Во время транскрипции RAT-РНК образует структуру стволовой петли, которая блокирует РНК-полимеразу, останавливая экспрессию репортерных генов.Плазмида также конститутивно экспрессирует LicV, гибридный белок, содержащий RAT-РНК-связывающий белок, LicT, и чувствительный к синему...

Начните с суспензии, содержащей бактериальные клетки, обработанные наночастицами серебра, взвешенными в экзополисахаридной матрице.Добавьте фосфатный буфер в суспензию для поддержания стабильного pH.Далее вводят раствор, содержащий глюкозу и растворимый окислительно-восстановительный индикатор, после чего инкубируют смесь. Окислительно-восстановительный индикатор действует как акцептор электронов.Во время инкубации глюкоза и окислительно-восстановительный индикатор попадают в метаболически...

Возьмите серийные разведения бактериальной культуры и добавьте аликвоты в калориметрические флаконы, содержащие питательную среду.Загрузите герметичные флаконы в многолуночный планшет изотермического микрокалориметра для измерения выработки метаболического тепла.Устройство поддерживается при постоянной температуре, чтобы гарантировать, что обнаруженное тепло происходит исключительно в результате бактериального метаболизма.По мере того, как бактерии усваивают питательные вещества и размножаются,...

Источник: Али, И. и др. Высокопроизводительный скрининг микробных изолятов с влиянием на здоровье Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp . (2022)В этом видео демонстрируется высококачественный флуоресцентный анализ для оценки того, как бактерии кишечника влияют на стрессоустойчивость у Caenorhabditis elegans. Отслеживая синюю флуоресценцию из разорванных кишечных гранул, анализ выявляет более ранние сигналы смерти у червей, подвергшихся эксперименту бактериям.

Источник: Сатлиф, А. Л . и др. Анализ живых клеток сдвигового напряжения на Pseudomonas aeruginosa с использованием автоматизированной высокопроизводительной микрофлюидической системы. J. Vis. Exp. (2019).В этом видео демонстрируется подготовка микрофлюидной пластины для исследований сдвигового напряжения в бактериальных культурах. После примывания каналов средой бактериальные клетки вводятся в экспериментальный канал и инкубируются для прикрепления. Остаточные среды и культура удаляются для...

Источник: Brumfield, K. D. и др. Лабораторные методы, используемые для поддержания и дифференцировки биотипов клинических и экологических изолятов Vibrio cholerae . J. Vis. Exp . (2017)В этом видео демонстрируется мягкий агарный анализ с использованием хлорида трифенилтетразолия для оценки и сравнения подвижности штаммов Vibrio cholerae , визуализируя метаболическую активность через формирование красной зоны вокруг активно мигрирующих клеток.

Источник: Brumfield, K. D. и др., Лабораторные методы, используемые для поддержания и дифференцирования биотипов клинических и экологических изолятов Vibrio cholerae . J. Vis. Exp .(2017).В этом видео демонстрируется тест Вогеса-Проскауэра (VP) для различия между тремя биотипами холеры Vibrio: классический, дикий тип Эль Тор и вариант Эль Тор. Каждая культура инокуляется в глюкозосодержащую среду, инкубируется и обрабатывается α-нафтолом и гидроксидом калия для обнаружения наличия ацетоина.

Источник: Меттрик, К. А., Лоуренс и др., Индуцирование локально-специфичной блокировки репликации в E. coli с помощью системы операторов флуоресцентного репрессора. J. Vis. Exp . (2016)В этом видео демонстрируется сайт-специфическая блокировка вилки репликации у Escherichia coli с помощью арабиндуцированной экспрессии желтого флуоресцентного белкового TetR, который связывает хромосомные teTO-массивы.

Источник: Домесле, К. Дж . и др. Петля-опосредованная изотермическая амплификация для скрининга сальмонеллы в животном продукте и подтверждения сальмонеллы при выделении культуры. J. Vis. Exp. (2020).В этом видео демонстрируется метод изотермической амплификации с петлевой опосредованностью (LAMP) для обнаружения гена-мишени бактерий путём амплификации ДНК при постоянной температуре. Реакционная смесь готовится путём добавления изотермической мастер-смеси, специфических праймеров для целевого...

Источник: Айгрейн, Л. и др. Интернализация и наблюдение флуоресцентных биомолекул в живых микроорганизмах с помощью электропорации. J. Vis. Exp .(2015)Видео демонстрирует доставку флуоресцентных биомолекул в электрокомпетентные микробные клетки с помощью электропорации. Процесс начинается с внедрения фторофорной ДНК или белков в охлаждённую клеточную суспензию. Затем применяется высоковольтный импульс для создания временных пор мембраны, позволяющих биомолекуле проникнуть в цитоплазму. После...

Источник: Курокава, М. , и др. Точный и высокопроизводительный анализ роста бактерий. J. Vis. Exp . (2017)Это видео демонстрирует высокопроизводительную количественную оценку роста бактерий с помощью считывателя микропластин. В нём описываются этапы подготовки культуры, измерения оптической плотности и анализа динамики роста.

Источник: Dahl, J. и др. Обнаружение pH-зависимой активности Escherichia coli Chaperone HdeB in vitro и in vivo. J. Vis. Exp . (2016)В этом видео демонстрируется анализ на основе флуоресцентного спектрофотометра для оценки активности шаперонов на белке субстрата под кислотным и тепловым стрессом. В нём изложены этапы мониторинга разворачивания и агрегации субстрата с помощью рассеяния света, сравнивая условия с и без сопровождающего.

Источник: Даль, Дж. и др. Обнаружение pH-зависимой активности Escherichia coli Chaperone HdeB in vitro и in vivo. J. Vis. Exp . (2016)В этом видео демонстрируется использование рекомбинантных культур E. coli для оценки защитного эффекта кислотно-активированного шаперона во время кислотного стресса. Мониторинг роста бактерий показывает повышенную выживаемость в культурах, экспрессирующих шапероны, по сравнению с контролем, что подчёркивает роль шаперонов в стабилизации белка при стрессовых...

Источник: Стенум, Т. С. и др. Количественная оценка количества и уровня заряда трансферных РНК в Escherichia coli. J. Vis. Exp . (2017)В этом видео демонстрируется использование гель-электрофореза и северного блотинга для обнаружения и сравнения уровней зарядки трансферных РНК в E. coli путём разделения аминоацилированных и деацилированных форм.

Источник: Гулла, С. и др. Мультилокус с переменным числом тандем-повторный анализ рыбопатогенной бактерии Yersinia ruckeri с помощью мультиплексной ПЦР и капиллярного электрофореза. J. Vis. Exp. (2019).В этом видео демонстрируется процедура разделения флуоресцентно маркированных тандемных повторов с переменным числом (VNTR), полученных из патогенной бактерии рыб, с использованием капиллярного электрофореза для создания профилей электроферограммы, специфичных по размеру, для идентификации...

Источник: Хокетт, К. Л., и Балтрус, Д. А. Использование техники мягкого наложения агаром для скрининга бактериально продуцируемых ингибирующих соединений. J. Vis. Exp .(2017)В этом видео демонстрируется процедура обнаружения убийства, опосредованного бактериоцином, путем выделения супернатанда из антибиотико-индуцированного донорского штамма на мягкий агар, содержащий тестовый штамм. Прозрачные зоны, образующиеся после инкубации, указывают на торможение бактерий.

Источник: Кабин, М. Т. и др. Одноклеточный микрофлюидный анализ Bacillus subtilis. J. Vis. Exp. (2018)В видео демонстрируется использование микрофлюидного устройства для наблюдения за ростом бактерий на уровне одной клетки. В ней показано, как неподвижные бактериальные клетки, заключённые в микромасштабных окопах, постоянно питаются и визуализируются под флуоресцентным микроскопом. Система позволяет визуализировать деление клеток и отслеживание родословной в реальном времени в нескольких...

Источник: Scheidweiler, D. и др. Сочетание жидких устройств с микроскопией и потоковой цитометрией для изучения микробного транспорта в пористых средах на разных пространственных масштабах. J. Vis. Exp. (2020).В этом видео демонстрируется использование микрофлюидного устройства для количественной оценки подвижности бактерий через пористую матрицу, состоящую из случайно расположенных столбов. Флуоресцентно маркированные бактерии вводятся в устройство, визуализируются с помощью микроскопии по...

Источник: Kim, H. и др., Мультиферментный скрининг с использованием высокопроизводительной системы генетического ферментного скрининга. J. Vis. Exp .(2016)В этом видео демонстрируется метод генетического скрининга для обнаружения экспрессии ферментов с использованием метагеномных фосмидных библиотек и хромогенных субстратов. Потоковая цитометрия выявляет и изолирует отдельные клетки, образующие цветные продукты, что позволяет проводить высокопроизводительный отбор активных ферментных клеток.

Источник: Samuels, D. J. и др. Подход на основе тандемной жидкой хроматографии и масс-спектрометрии для анализа метаболитов Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp . (2017)В этом видео демонстрируется использование жидкой хроматографии-масс-спектрометрии для идентификации и количественной оценки внутриклеточных метаболитов S. aureus. В нём изложены этапы экстракции метаболитов, нормализации пептидов, жидкой хроматографии и масс-спектрометрического анализа.