Этот протокол извлекает геномную ДНК из Yersinia ruckeri , подвешивая изолированные колонии в сверхчистой воде и нагревая клетки. Центрифугирование отделяет ДНК-содержащий супернатант от клеточного мусора, создавая шаблонную ДНК, подходящую для генотипирования и эпидемиологического анализа с помощью ПЦР.
Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.
Методическая статья
Извлечение геномной ДНК из тканей листьев растений, инфицированных патогенными бактериями
713 просмотров
⸱
28 ноября 2025 г.
В этой статье
Аннотация
Протокол
1. Бактериальное культивирование и экстракция геномной ДНК
- Посевайте чистые культуры Y. ruckeri на любом подходящем типе агара (авторы использовали 5% агара из бычьей крыви) и инкубируют при 22 °C в течение 1-2 дней или 15 °C в течение 3-4 дней.
- Из каждой агарной пластины выберите одну представительную колонию с инокуляционной петлей и перенесите её в центрифугные трубки объемом 1,5 мл с 50 мкл ультраочищенной воды. Подвесить, кратковременно закрутить вихрь и инкубировать 7 минут на нагревательном блоке при 100 °C.
- Центрифугуйте при 16 000 x g в течение 3 минут и аккуратно переместите супернатант пипеткой в пустую трубку на 1,5 мл. Переходите к следующему этапу, используя супернатант в качестве шаблонной ДНК или храните при -20 °C до этого времени.
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Материалы
| Имя | Компания | Каталожный номер | Комментарии |
|---|---|---|---|
| Набор для очистки геномной ДНК Wizard | Promega | A1120 | Источник растворов для лизисирования ядер, РНаз, белковой преципитации и растворов для регидратации ДНК |
| Жидкий азот | Воздушные продукты | Н/Д | |
| Mastercycler pro с панелью управления | Эппендорф | 6321000019 | |
| 1250 Вт микроволновая волна | Panasonic | Н/Д | |
| Настольная центрифуга 5424 | Эппендорф | 05-403-93 | |
| Цифровая водяная баня Isotemp 215 | Фишер Сайентифик | 15-462-15Q | |
| Металлическая лопатка | Сигма-Олдрич | Z283274 | |
| Ступка с пестиком | Сигма-Олдрич | Z247464 | |
| LSE Vortex Mixer | Корнинг | 6775 | |
| 2-пропанол | Сигма-Олдрич | I9516 | |
| Стерильные наконечники 10 мкл | TipOne | 1161-3730 | |
| Стерильные наконечники на 200 мкл | TipOne | 1163-1730 | |
| Стерильные наконечники 1250 мкл | TipOne | 1161-1750 | |
| Набор для пипетторов с переменным объёмом | VWR | 75788-460 | |
| Этидий бромид | Сигма-Олдрич | E1510 | |
| Агароза | IBI Scientific | IB70041 | |
| ЭДТА | Термо Фишер Сайентифик | 17892 | |
| Уксусная кислота | Фишер Кемикал | A38-212 | |
| База Трис | Сигма-Олдрич | 10708976001 | |
| μcuvette | Эппендорф | 6138000018 | |
| Базис биоспектрометра | Эппендорф | 6135000009 |
