Мониторинг бактериальной колонизации корней Arabidopsis thaliana в безпочвенной системе

Аннотация

Источник: Харрис, С. Л. и др. Мониторинг колонизации бактерий и поддержания корней Arabidopsis thaliana в плавающей гидропонной системе. J. Vis. Exp . (2019)

В этом видео демонстрируется протокол мониторинга колонизации бактерий, связанных с корнями, на саженцах Arabidopsis thaliana , выращиваемых в безпочвенной системе. После колонизации бактерии вытесняются с помощью соникации, затем разбавляются, покрыты и инкубируются для формирования колоний, отражающих прикрепление и жизнеспособность бактерий.

Протокол

Сбор бактерий для жизнеспособного подсчёта клеток

ПРИМЕЧАНИЕ: Количество бактерий на корень саженца можно определить в любой момент инкубации. Колонизацию можно контролировать с 0 по 18 часов, а поддерживать — с 18 часов.

1. Удалите сеянцы из сетки (рисунок 1, шаг 5). Аккуратно положите простерилизованные пламенем щипцы под листьями (но со стороны сетки) и слегка прищипните стебель. Поднимите сеянцы вверх и отстраните от сетки, чтобы вытащить корень, не сломав его. Если корень сломается, аккуратно соскребите сетчатое дно, чтобы собрать всю длину.
2. Удаляйте бактерии с корней растений. Переместить бактерии в колодцы пластины с 24 лунками, содержащей 1 мл_{ddH 2}0. Соникизируйте образцы.
3. Измерите количество бактерий на корнях.
   1. Провести серийное 10-кратное разбавление соникированных образцов до ^10-6 разбавления в среде роста бактерий. Добавьте по 50 мкл каждого разбавления на отдельные агарные пластины и распределите стерильными стеклянными бусинами. Инкубировать пластины при оптимальной температуре для бактерий до тех пор, пока отдельные колонии не станут счётными.

Результаты

Рисунок 1: Анализ на бактериальную колонизацию и поддержание корней A. thaliana . Саженцы A. thaliana , выращенные на стерилизованной пластиковой сетке, были перенесены в среду для роста, оптимизированную для бактерий [здесь, 0,1 ...

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье

Имя	Компания	Каталожный номер	Комментарии
24-колодцевые пластины	BD Falcon	1801343
Пламя
Щипцы
Инкубатор			При оптимальной температуре для роста заданных бактерий
Стерильная вода
Ультразвуковой аппарат
Насадка ультразвукового аппарата с 24 контактами			Для соникации нескольких образцов одновременно. Это можно сделать индивидуально
Стеклянные бусины
Multipetter/Repetter
Стерильные пластины с 96 скважинами			Для серийных разбавлений. Можно заменить на лампы Эппендорфа
Семена Arabidopsis thaliana			Рекомендуем Центр биологических ресурсов Arabidopsis для набора семенных запасов
Pseudomonas simiae WCS417r