Бактериальный патогенез и взаимодействия с организмом хозяина

Источник: Юнг, А. Л. и др. Наружные мембранные пузырьки Legionella pneumophila: выделение и анализ их провоспалительного потенциала на макрофагах. J. Vis. Exp. (2017)В этом видео демонстрируется выделение внешних мембранных пузырьков (ОМВ) из Legionella pneumophila с помощью последовательной центрифугирования, стерильной фильтрации и ультрацентрифугирования. Очищенные ОМВ, обогащённые мембранными белками и липополисахаридами, подходят для исследований взаимодействия хозяина и патогена.

Начните с трубок, содержащих нереплицирующуюся персистентную, или NRP-стадию Mycobacterium tuberculosis, которая имеет утолщённый внешний слой.Добавьте стеклянные шарики в одну трубку и встряхните, чтобы механически разрушить внешний слой микобактерии и повысить проницаемость.Далее перенесите микобактериальную суспензию, выбитую в бусинке, в свежую трубку.Добавьте флуоресцентно маркированный рифампицин — противотуберкулёзный антибиотик — как к необработанным, так и в суспензии клеточных...

Начните с суспензии воздействия патогенного азота для птиц. coli или APEC в средах роста.APEC — грамотрицательная бактерия, которая заражает птицу, проникая через дыхательные пути.После прорыва слизистого слоя APEC прилипают к эпителиальным клеткам, размножаются локально и нарушают эпителиальный барьер, чтобы попасть в кровоток. Затем бактерии распространяются по нескольким органам, вызывая системную инфекцию.Добавляйте равный объём бактериальной суспензии в каждую яме многоколодной пластины,...

Источник: Spiesz, E. M. и др., Трёхмерное накопление инженерных биопленок с помощью биопринтера самостоятельно. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео демонстрируется метод сравнения 3D-печатных альгинатных узоров, содержащих либо контрольные, либо генетически модифицированные бактериальные штаммы. Тестовая формация при индукции образует волокна curli, которые усиливают структуру гидрогеля из альгината. После обработки кальцие-хелатирующего раствора остаётся нетронутой только тестовая схема, что...

Источник: Tay, S. B. и др. Антивирулентное нарушение патогенных биопленок с использованием инженерных лактоназ, погасящих кворум. J. Vis. Exp . (2016)В видео демонстрируется метод количественной оценки биопленки в патогенной бактерии, сравнивая необработанные контрольные группы с образцами, обработанными ферментом, утискающим кворум. Фермент нарушает бактериальную сигнализацию во время ранней инкубации, снижая клеточную адгезию. После промывки и дальнейшей инкубации контрольные скважины...

Источник: Schlafer, S, и Frost Kristensen, M. Мониторинг внеклеточного pH в биопленках Cross-Kingdom с использованием конфокальной микроскопии. J. Vis. Exp . (2020)В этом видео демонстрируется культивирование биопленок Streptococcus mutans mutans и Candida albicans в межцарственных биопленках в условиях, подобных пероральным, для моделирования бактериально-грибковых взаимодействий, что позволяет изучать микробную синергию, адгезию, опосредованную глюканом, и ацидогенную вирулентность в оральной...

Источник: Kurz, D. L. и др. Микрофлюидическая платформа для изучения биозакупорки в пористых средах. J. Vis. Exp . (2022)Видео демонстрирует использование микрофлюидного устройства для изучения формирования биопленки. В микроканал вводится бактериальная суспензия, за которой следует инкубация для развития биопленки. Затем возобновляется поток, а также используется мониторинг давления вместе с визуализацией для выявления образования биопленки и закупорки пор со временем.

Источник: Перинбам, К., и Сириапорн, А. Быстрый анализ вирулентности бактерий на основе изображения с использованием амёбы. J. Vis. Exp .(2018)В этом видео демонстрируется быстрый метод оценки вирулентности бактерий, основанный на изображениях, путём инкубации амёб с поверхностно прикреплёнными или планктонными бактериями, применением агарозной прокладки кальцеина-ацетоксиметилэфира (кальцеин-AM) и визуализации флуоресценции для обнаружения повреждения клеток хозяина.

Источник: Bucher, T. и др. Методологии изучения биопленок B. subtilis как модели характеристики ингибиторов маломолекулярных биопленок. J. Vis. Exp . (2016)В этом видео демонстрируется анализ формирования пелликулов с использованием Bacillus subtilis для оценки ингибиторов мелких молекул, нарушающих синтез матрицы и развитие биопленки, предоставляя модель для скрининга соединений, избирательно подавляющих поверхностный рост без воздействия на свободно плавающие клетки.

Источник: Bucher, T. и др. Методологии изучения биопленок B. subtilis как модели характеристики ингибиторов маломолекулярных биопленок. J. Vis. Exp .(2016).Это видео демонстрирует, как целостность матрицы биопленки влияет на устойчивость бактерий к этанолу, сравнивая колониообразующие единицы в необработанных и нарушений ингибиторами биопленок. Снижение CFU в образцах, обработанных ингибиторами, демонстрирует, что внеклеточный матрикс необходим для защиты клеток, встроенных в биопленку, от...

Источник: Beaudoin, T. и др. Визуализация влияния мокроты на развитие биопленки с помощью модели с камерным стеклом. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео демонстрируется использование камерного крышного стекла для изучения влияния факторов мокроты, полученных пациентами при муковисцидозе, на развитие бактериальной биоплёнки.

Начните с бактериальной суспензии в питательной среде.Добавьте подвеску к многоположенной пластине и инкубируете.Питательные вещества в среде способствуют росту и прикреплению бактерий.Приклеенные бактерии выделяют внеклеточные полимерные вещества, состоящие из полисахаридов, белков и ДНК, образуя слой биопленки.Промывайте несколько раз буфером, чтобы удалить несвязанные бактерии.Переверните пластину, чтобы обеспечить удаление остаточной жидкости из скважины и дайте биопленке высохнуть.Лечите...

Источник: Ху, Й. и др. Анализ взаимодействий между эндобиотиками и микробиотой кишечника человека с использованием систем ферментации в ваннах in vitro. J. Vis. Exp . (2019)В этом видео демонстрируется использование тонкослойной хроматографии (TLC) для оценки деградации экзополисахаридов (EPS) человеческой фекальной микробиотой. Фрагменты EPS в ферментационных супернатантах разделяются по размеру и полярности с помощью TLC, а затем визуализируются в виде цветных полос после окрашивания,...

Источник: Шумахер, Д., и Согаард-Андерсен, Л. Флуоресцентное живоклеточное изображение полного вегетативного клеточного цикла медленнорастущей социальной бактерии Myxococcus xanthus. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется использование живых клеток для отслеживания происхождения флуоресцентно помеченных хромосом во время деления бактериальных клеток. Он фиксирует динамику сегрегации хромосом с помощью таймлапс-фазового контраста и флуоресцентной микроскопии.

Источник: Tokunou, Y. и др., Электрохимическое обнаружение эффекта кинетического изотопа дейтерия на внеклеточный транспорт электронов у Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Exp . (2018)В этом видео демонстрируется сборка и работа модели электрохимического реактора, предназначенной для имитации образования биопленки на поверхностях электродов. Контролируемая электрохимическая стимуляция способствует микробной адгезии, что приводит к постепенному образованию биопленки из бактериального монослоя.

Источник: Naji, A. и др. Изучение окислительного стресса, вызванного стрептококками группы Mitis у Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp . (2019)В этом видео демонстрируется использование зелёного флуоресцентного белка SKN-1 у C. elegans для мониторинга окислительного стресса путем отслеживания зелёной флуоресценции. Черви, подвергшиеся воздействию S. gordonii , демонстрируют сильную ядерную флуоресценцию, что подтверждает стресс, вызванный патогеном, в то время как у тех, кто питается E. coli ,...

Источник: Nielsen, T. B. и др., Мышиная орофарингеальная аспирационная модель бактериальной пневмонии, связанной с вентилятором и приобретённой в больнице. J. Vis. Exp . (2018)В этом видео демонстрируется процедура доставки бактерий через рохотку в лёгкие анестезированной мыши с целью индуцирования инфекции лёгких и запуска иммунного ответа.

Источник: Чжао, К. и др. Модель in vitro для изучения эффекта фотодинамической терапии, опосредованной 5-аминолевулиновой кислотой, на биопленку Staphylococcus aureus . J. Vis. Exp . (2018)Видео демонстрирует фотодинамический протокол терапии для оценки антибактериального эффекта на грамположительные бактериальные биопленки. Биопленки делятся на четыре группы: две получают фотосенсибилизаторный прекурсор, две — буфер. Все они инкубируются в темноте, после чего следуют воздействие красного света...

Source: Escudero, J. A., et.al. Testing the Role of Multicopy Plasmids in the Evolution of Antibiotic Resistance. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates how escalating cefazidime exposure is used to compare the survival of three E. coli strains with different copies of the ampicillin resistance gene. It shows that only the strain with a multicopy plasmid survives at higher drug levels, highlighting how increased gene copy number accelerates resistance evolution.

Source: Saragliadis, A., et al. Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the phage-mediated transfer of donor DNA carrying an excisable antibiotic resistance cassette into Escherichia coli. The integrated cassette replaces the target gene via homologous recombination, resulting in a stable gene deletion.

Source: Claes, J., et al, In Vitro and In Vivo Model to Study Bacterial Adhesion to the Vessel Wall Under Flow Conditions. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates a method for studying host-pathogen interactions using a micro-parallel plate flow chamber seeded with human primary endothelial cells. Following endothelial cell activation by an ionophore and perfusion with fluorescently labeled bacteria, the cells release von Willebrand factor (VWF), which binds bacterial adhesins under shear...

Source: Holt-Torres, P. S. et al. Evaluation of Antimicrobial Activities of Nanoparticles and Nanostructured Surfaces In Vitro. J. Vis. Exp. (2023)This video demonstrates the use of the focused-contact exposure method to evaluate the antibacterial activity of nanostructured surfaces. It outlines the steps involved in establishing direct contact between bacteria and the nanostructured surface, incubation, bacterial collection, and colony counting to assess viability.

Source: Dubois, V., et al. Identification of Virulence Markers of Mycobacterium abscessus for Intracellular Replication in Phagocytes. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the procedure of co-culturing amoebae with mutant bacterial strains to evaluate their intracellular survival and identify virulence markers through differences in colony counts.

Источник: Nagre, N. и др. Фагоцитоз альвеолярных макрофагов и очищение бактерий у мышей. J. Vis. Exp. (2019).В этом видео демонстрируется оценка фагоцитоза, опосредованного рецептором комплемента, с использованием овечьих эритроцитов, опсонизированных с IgM и комплементом, а затем их поглощение макрофагами мышей. Степень фагоцитоза количественно определяется путем измерения синего хромогенного продукта, образованного в результате окисления диаминофторена, катализируемого гемоглобином.

Источник: Zhang, S. , и др. Внутричерепный субарахноидальный путь инфекции для изучения роли биопленок Streptococcus suis при менингите в модели инфекции мышей. J. Vis. Exp . (2018).Это видео демонстрирует обнаружение экспрессии целевых генов в мозге мыши, инфицированного бактериями. РНК извлекается, обрабатывается ферментом, разлагающим ДНК, и обратно транскрибируется в кДНК. cДНК амплифицируется через термический цикл с геноспецифическими праймерами, в то время как краситель, связывающий ДНК,...

Источник: Радулович, К. и др. Инъекции липополисахарида мышам для имитации появления микробных продуктов после прорыва кишечного барьера. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется пошаговая процедура инъекции липополисахарида (ЛПС) мышам внутрибрюшинного пути для индуцирования системного воспаления.

Возьмём культуры почечных клеток свиньи, при этом одна культура предварительно обработана ингибитором, повышающим pH лизосомы, ухудшая аутофагично-лизосомное разложение.Добавьте патогенные бактерии и центрифугу для усиления контакта между хозяином и патогеном.Инкубировать для обеспечения бактериального вторжения и внутренней интернации в эндоцитарные пузырьки.Внутренние бактерии потребляют питательные вещества хозяина для репликации, вызывая метаболический стресс.Этот стресс активирует...

Возьмём культуру мышиных макрофагов.Хорошо обрабатывайте тест буфером, содержащим Wnt5A, сигнальную молекулу, а управляющий элемент — только буфером.Заразиться бактериальным патогеном и инкубироваться.В тестовых клетках Wnt5A активирует сигнальный каскад, который усиливает реорганизацию цитоскелета для стимулирования поглощения бактерий фагосомами, тогда как контрольные клетки, не имеющие этой сигнализации, внутрьют меньше бактерий.Промывайте для удаления неинтернированных бактерий, затем...

Источник: Ин, Дж. Г. и др. Монослои колоноидов человека для изучения взаимодействий между патогенами, коммензалами и эпителием кишечника хозяина. J. Vis. Exp . (2019).В этом видео демонстрируется процедура культивирования эпителиальных клеток, полученных из толстой кишки, на системе Трансвелла, покрытой коллагеном, с целью создания монослоя, образующего слизь, который моделирует кишечный барьер и позволяет исследовать взаимодействие хозяина с патогеном.

Источник: Luukinen, H. и др. Моделирование туберкулёза у взрослых данио-реришей, инфицированных Mycobacterium marinum . J. Vis. Exp . (2018).

Источник: Сигал, Н. и др. Очистка РНК из внутриклеточно выращенной Listeria monocytogenes в макрофаговых клетках. J. Vis. Exp. (2016)В этом видео демонстрируется экстракция РНК из Listeria monocytogenes, выделенной из инфицированных мышиных макрофагов. Протокол сохраняет РНК, лизирует клетки с помощью фенол-хлороформ и тепла, а также отделяет РНК центрифугированием. Соль и этанол в сочетании с холодной инкубацией способствуют образованию РНК-осадков. Полученная РНК фиксирует экспрессию генов,...

Источник: Vonaesch, P. и др., Иммунофлуоресцентный анализ образования стресс-гранул после бактериального испытания клеток млекопитающих. J. Vis. Exp . (2017)В этом видео демонстрируется заражение эпителиальных клеток патогенной бактерией Shigella flexneri и возникающий ответ клеток хозяина. Бактериальные эффекторные белки нарушают трансляцию хозяина, вызывая образование органелл без мембраны, называемых стресс-гранулами, которые отражают адаптивный ответ клетки на инфекцию.

Начните с культуры иммунных клеток, инфицированных патогенными бактериями, образующими внутриклеточные инклюзивные тела.Бактериальная инфекция нарушает путь презентации антигена в иммунных клетках.Возьмите неинфицированную культуру как контроль.Далее добавьте модельный белковый антиген и инкубируете.Иммунные клетки интернализируют, перерабатывают и представляют модельные антигенные пептиды на молекулах MHC-I.После инкубации промыйте клетки, чтобы удалить необработанный антиген.Зафиксируйте...

Источник: Четрит, Д. и др. Применение живой клеточной визуализации и криоэлектронной томографии для выявления пространственно-временных особенностей системы секреции Legionella pneumophila dot/ICM. J. Vis. Exp. (2020).В этом видео демонстрируется подготовка и визуализация флуоресцентно маркированных патогенных бактерий. Агазонные подушки сначала готовят и помещают в клеящуюся рамку. Суспензия генетически модифицированных бактерий, экспрессирующих флуоресцентный белок, наносится на прокладку для...

Источник: Уинстон, Дж. А. и др. Модель клинически значимого штамма Clostridium difficile Clostridium difficile с помощью цефоперозона, обработанная с помощью цефоперазона, R20291. J. Vis. Exp . (2016)В этом видео демонстрируется процедура инокуляции мышей, обработанных антибиотиками, спорами Clostridium difficile для создания мышиной модели инфекции для изучения патогенеза и реакций хозяина.

Источник: Уинстон, Дж. А. и др. Модель клинически значимого штамма Clostridium difficile Clostridium difficile с помощью цефоперозона, обработанная с помощью цефоперазона, R20291. J. Vis. Exp . (2016)В этом видео демонстрируется количественное определение Clostridium difficile в образцах фекалий из инфицированной мышиной модели с использованием методов селективной культуры. В нём изложены процедуры сбора образцов, анаэробной обработки, серийного разведения и переписи колоний для оценки...

Source: Berens, C. et al. Applying an Inducible Expression System to Study Interference of Bacterial Virulence Factors with Intracellular Signaling. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates the use of immunoblotting to assess apoptosis inhibition by the bacterial effector protein CaeB in human cells. It outlines the steps for detecting apoptotic markers following doxycycline-induced expression of pro-apoptotic proteins in host cells expressing the effector.

Source: Yuan, Z., et al. Bronchoalveolar Lavage Exosomes in Lipopolysaccharide-induced Septic Lung Injury. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates an in vivo mouse model for inducing and analyzing acute lung injury (ALI) using intraperitoneal administration of bacterial lipopolysaccharide. The inflammatory cascade triggered by alveolar macrophages and neutrophils leads to epithelial and endothelial barrier disruption, allowing fluid and immune cells to accumulate in the alveoli. Alveolar...

Source: Li, T., et al. Studying Effects of Cigarette Smoke on Pseudomonas Infection in Lung Epithelial Cells. J. Vis. Exp. (2020).This video demonstrates how cigarette smoke extract weakens antimicrobial defense in lung epithelial cells by reducing AMP production, leading to increased bacterial invasion. The procedure measures intracellular bacterial load to assess the impact of smoke exposure on host-pathogen interactions.

Source: Ahn, J. J., et al., Experimental Infection with Listeria monocytogenes as a Model for Studying Host Interferon-γ Responses. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the preparation of mouse splenocyte cultures from Listeria monocytogenes-infected mice for downstream cytokine analysis. It includes ex vivo bacteria-derived antigen stimulation and sample processing to study T cell responses.

Source: Barbero, A. M., et al. Fluorescence Assays for the Study of Mycobacterium tuberculosis Interaction with the Immune Receptor SLAMF1. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates the procedure for labeling host immune receptors that bind bacterial surface antigens, enabling their detection through flow cytometry.

Source: Zhang, C. et al. Development and Assessment of Intracellular Infection Models for Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates the quantification of intracellular survival of a methicillin-resistant bacterial pathogen in mouse peritoneal macrophages. It outlines the steps involved in infection, extracellular bacterial clearance, host cell lysis, and colony enumeration to assess bacterial survival within host macrophages.

Source: Gutiérrez, S., et al., Isolation of Salmonella typhimurium-containing Phagosomes from Macrophages. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the magnetic isolation of phagosomes containing biotin–streptavidin bead–coated bacteria from infected macrophages. The protocol includes buffer treatments, cell disruption, magnetic separation, and washing to yield purified phagosomes for analysis.

Источник: Миллс, Б. и др., Оптический скрининг новых бактериоспецифических зондов на ткани легких человека экс виво с помощью конфокальной лазерной эндомикроскопии. J. Vis. Exp .(2017)В этом видео демонстрируется изображение в реальном времени флуоресцентно меченого Staphylococcus aureus в суспензии и лёгких тканях с помощью фибрированной конфокальной флуоресцентной микроскопии.

Источник: Ng, K. M., Tropini, C. Визуализация взаимодействий микробиоты кишечника с хозяином посредством флуоресценции in situ гибридизации, окрашивания лектина и визуализации. J. Vis. Exp . (2021).В этом видео демонстрируется процедура флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) для окрашивания микробиоты кишечника в тканях кишечника мышей путём гибридизации флуоресцентных зондов с бактериальной рРНК (рибосомной рибонуклеиновой кислоты) и контрокрашивания структур хозяина для микроскопического...

Источник: Siva-Jothy, J. A. и др., Бактериальная инфекция и выпадение у Drosophila melanogaster. J. Vis. Exp. (2018)В этом видео демонстрируется процедура мониторинга выпадения бактерий у Drosophila путём перемещения инфицированной мухи через несколько пробирок с пищевыми трубками, восстановления выброшенных бактерий и количественного определения жизнеспособных колоний посредством серийного разведения и покрытия.

Источник: de Vries, C. R. и др., Модель отложенной инокуляции хронической инфекции раны Pseudomonas aeruginosa . J. Vis. Exp. (2020).В этом видео демонстрируется метод биолюминесцентной визуализации для мониторинга прогрессирования бактериальной инфекции в модели живой мыши. Патогенные бактерии, сконструированные с помощью репортерской системы luxABCDE , излучают свет в месте заражения, позволяя визуализировать метаболически активные бактерии. Снимая мышь со временем, исследователи могут...

Источник: Ши, Дж . и др. Скрининг и идентификация РНК-подавляющих супрессоров из секретируемых эффекторов патогенов растений. J. Vis. Exp . (2020)В этом видео демонстрируется коинфильтрационный анализ для выявления эффекторных белков патогена, подавляющих заглушание РНК у Nicotiana benthamiana 16c. Флуоресцентный репортер и кандидат-эффекторный ген вводятся в листья растений с помощью Agrobacterium. Обычно заглушание РНК разрушает репортерные транскрипты, снижая флуоресценцию. Супрессорные...

Источник: Niu, L. и др. Визуализация гибели макрофагов литических клеток во время микобактериальной инфекции в эмбрионах данио-рерио, с помощью интравитальной микроскопии. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео демонстрируется использование интравитальной конфокальной микроскопии для визуализации гибели макрофагов литических клеток в эмбрионах данио-рерио, последовавшей за инфекцией Mycobacterium marinum .

Источник: Семан, Б. Г., et.al. Неонатальная модель визуализации грамотрицательного бактериального сепсиса. J. Vis. Exp . (2020)В этом видео демонстрируется выделение нейтрофилов и воспалительных моноцитов из селезёнки новорождённых мышей и их применение в люминесцентном бактериальном тесте на уничтожение. Он охватывает механическую диссоциацию, лизис эритроцитов, обогащение клеток на основе магнитных шариков, бактериальную инкубацию и защиту от антибиотиков. Временные показатели люминесценции...

Источник: Choi, Y. S. и др. Обнаружение бактерий в тканях, вложенных в парафин, на месте с помощью дигоксин-зонда ДНК, направленного на 16S рРНК. J. Vis. Exp. (2015).В этом видео демонстрируется обнаружение бактерий in situ в срезах десневой ткани мышей с помощью ДНК-зондов, маркированных дигоксином, направленных на бактериальную ДНК. Срез инкубируется с помощью зонда. Добавляются антитела, конъюгированные с щелочной фосфатазой, специфичные к дигоксину. Эндогенные фосфаты инактивированы, а...

Источник: Valentine, M. E. и др., Генерация мутантов с удалением генов в системе в Pseudomonas aeruginosa и тестирование ослабления вирулентности в простой модели инфекции на мыши. J . Vis. Exp. (2020)В этом видео демонстрируется использование биолюминесцентного метода визуализации для мониторинга бактериальной инфекции в модели живой мыши. Последовательная биолюминесцентная и рентгеновская визуализация позволяет в реальном времени визуализировать и анатомически локализовать инфекцию,...

Источник: Luyts, N. и др. Продольное наблюдение за инфекциями мочевыводящих путей и их лечение у мышей с использованием биолюминесцентной визуализации. J. Vis. Exp. (2021).Это видео демонстрирует индукцию и отслеживание инфекций мочевыводящих путей в мышиной модели с использованием биолюминесцентной E. coli , введённой в мочевой пузырь, где происходит бактериальная адгезия, инвазия и внутриклеточная репликация. Излучаемый свет от биолюминесцентного оперона служит маркером бактериальной нагрузки...

Источник: O'Brien, V. P. и др., Рецидивирующая инфекция мочевыводящих путей Escherichia coli, вызванная воздействием мочевого пузыря Gardnerella vaginalis у мышей. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео демонстрируется использование сканирующей электронной микроскопии для визуализации колонизации бактерий и взаимодействия хозяина с патогеном в эпителии мочевого пузыря в модели мышей до инфицирования.

Источник: Bernut, A. и др., Расшифровка и визуализация патогенеза и связки Mycobacterium abscessus в эмбрионах данио-рерио. J. Vis. Exp. (2015).В этом видео демонстрируется протокол выделения и количественной оценки Mycobacterium abscessus из заражённого эмбриона данио-рерио. Процедура включает эвтаназию эмбриона, лизис тканей и гомогенизацию для освобождения бактерий, затем центрифугирование и ресуспензирование в буфере поверхностно-активного вещества. Наконец, бактериальная суспензия серийно...

Источник: Bernut , A. и др. Расшифровка и визуализация патогенеза и связки Mycobacterium abscessus в эмбрионах данио-рерио. J. Vis. Exp . (2015)В этом видео демонстрируется протокол, использующий трансгенные эмбрионы данио-рерио, экспрессирующие флуоресцентные макрофаги и инфицированные грубым штаммом Mycobacterium abscessus , для визуализации взаимодействий хозяина и патогена. Она показывает, как внеклеточная связь способствует избеганию иммунитета, способствуя выживанию бактерий и повреждению...

Начните с загрязнённой воды, в которой, вероятно, содержатся фекальные колиформы, включая E. coli.Проведите последовательное разбавление дистиллированной воды для снижения мутности и микробной нагрузки.Смешайте нужный разбавленный образец с питательной средой и загрузите его в микрофлюидный чип.Используйте вакуумную фильтрацию для захвата бактерий на мембране внутри серпантинного канала чипа.Добавьте питательную среду в верхнюю камеру и инкубировать для улучшения восстановления...

Источник: Makowski, Ł., и др. Живоклеточная визуализация жизненного цикла бактериального хищника Bdellovibrio bacteriovorus с использованием временной флуоресцентной микроскопии. J. Vis. Exp . (2020)В этом видео демонстрируется временная флуоресцентная визуализация Bdellovibrio bacteriovorus , охотящегося на обездвиженный E. coli под агарозной подушечкой, что позволяет в реальном времени визуализировать внутриклеточную репликацию и высвобождение потомства для изучения бактериального хищничества...

Источник: Тэй, С. Б., et.al. Антивирулентное нарушение патогенных биопленок с использованием инженерных лактоназ, погасящих кворум. J. Vis. Exp . (2016)В этом видео демонстрируется процесс ингибирования образования биопленки путём введения фермента, нарушающего сигнализацию бактериальных клеток. Фермент препятствует бактериям вырабатыванию внеклеточных полимерных веществ, тем самым снижая образование биопленки на микротарелке с стеклянным дном. Наконец, структура биопленки визуализируется с...

Источник: Коллинз, А. Дж. и др., Установление стабильных бинарных культур симбиотических сахарибактерий из полости рта. J. Vis. Exp . (2021)В этом видео демонстрируется использование полимеразной цепной реакции (ПЦР) для обнаружения сахаробактерий в бинарной культуре с актиномицесами. Протокол описывает амплификация ДНК и гель-электрофорез для подтверждения стабильного взаимодействия хозяина и паразита.

Источник: Маттисс, А. Г. Прикрепление бактерий к поверхностям растений, измеряемое в лаборатории. J. Vis. Exp . (2018).В этом видео демонстрируется оценка прикрепления бактерий к корням растений с помощью фазово-контрастной микроскопии. Для проверки свободных бактерий сначала устанавливают образцы корней из саженцев, высиживаемых бактериями. Затем образцы промываются для удаления слабо прикреплённых бактерий и устанавливаются с помощью подходящего накладного слоя для предотвращения повреждений.

Источник: Маттисс, А. Г. Прикрепление бактерий к поверхностям растений, измеряемое в лаборатории. J. Vis. Exp., (2018)В этом видео демонстрируется протокол измерения колонизации корней всходов томатов дикими патогенными бактериями с дефицитом целлюлозы. Жизнеспособные подсчёты плотно прилипших бактерий показывают большую адгезию и формирование микроколоний у дикого штамма, что подчёркивает роль целлюлозы в стабильной колонизации корней.

Источник: Браун, А. О., и Ориуэла, К. Дж. Визуализация пневмонии Streptococcus pneumoniae в микропоражениях сердца и последующая ремоделирование сердца. J. Vis. Exp . (2015)Видео демонстрирует иммунное окрашивание химически фиксированных срезов сердечной ткани мыши для визуализации патогенных бактерий, локализованных внутри микропоражений, вызванных инфекцией. Процесс включает промывку тканей, проницаемость мембран, блокировку неспецифических участков, маркировку антител, ядерное...

Источник: Спекер, Дж. Т . и др. Исследование микробной кооперации с помощью масс-спектрометрического анализа бактериальных колоний, выращиваемых на агаре и тканях во время инфекции. J. Vis. Exp .(2022)В этом видео демонстрируется использование масс-спектрометрии с использованием матрикс-асистированной лазерной десорбции/ионизации (MALDI) для визуализации распределения аминокислот в кишечных тканях у мышей, инфицированных Clostridioides difficile, как самостоятельно, так и в сочетании с...

Источник: Bucher, T. и др., Методологии изучения биопленок B. subtilis как модели характеристики ингибиторов биопленки малых молекул. J. Vis. Exp.(2016)В этом видео демонстрируется подготовка зрелых колоний бактериальной биопленки для высокоразрешающей визуализации. Он охватывает этапы фиксации, обезвоживания, монтажа и нанесения металлического покрытия для сохранения и визуализации морфологии биопленки.

Источник: Beaudoin, T. и др. Визуализация влияния мокроты на развитие биопленки с помощью модели с камерным стеклом. J. Vis. Exp . (2016)В этом видео демонстрируется метод in vitro для оценки того, как мокрота, полученная пациентом, влияет на формирование бактериальной биопленки. Используя камерные стеклы, флуоресцентное окрашивание и конфокальную микроскопию, он выявляет увеличенную толщину, изменённую архитектуру и более высокую жизнеспособную биомассу в биопленках, выращенных с мокротой, что...

Возьмём трубки с средой, содержащей композит наночастиц, созданный из комбинации переходных металлов и углерода.Вводите устойчивые к антибиотикам грамположительные и грамотрицательные патогенные бактерии в отдельные пробирки в качестве тестовых образцов.Включайте необработанные бактерии как отрицательный контроль, а бактерии, обработанные антибиотиками, как положительный контроль.Инкубировать образцы с помощью встряхивания.У грамотрицательных бактерий пористая внешняя мембрана и тонкий слой...

Источник: Bratton, B. P. и др., Трёхмерная визуализация бактериальных клеток для точного представления клеток и точной локализации белка. J. Vis. Exp .(2019)В этом видео демонстрируется метод получения и анализа трёхмерных флуоресцентных изображений бактериальных клеток для изучения организации белков на уровне одной клетки.

Источник: Le, T. A. N . и др., Измерение влияния бактерий и химических веществ на кишечную проницаемость Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp . (2019)В этом видео демонстрируется флуоресцентный анализ для количественной оценки кишечной проницаемости у C. elegans, подвергшихся воздействию Pseudomonas aeruginosa. По сравнению с контролем, получавшими Escherichia coli, у червей, обработанных патогенами, наблюдается повышенная утечка флюорофоров в полость тела, что указывает на повреждение...

Источник: O'Brien, V.P. и др . Рецидивирующая инфекция мочевыводящих путей Escherichia coli, вызванная воздействием мочевого пузыря Gardnerella vaginalis у мышей. J. Vis. Exp. (2020)В этом видео демонстрируется подготовка инокулюма Gardnerella vaginalis для установления мышиной модели рецидивирующей инфекции мочевыводящих путей.

Источник: Ленхард, А. и др. Мышиная модель перехода Streptococcus pneumoniae из колонизатора в патоген при вирусной коинфекции повторяет возрастное обострение заболевания. J. Vis. Exp . (2022)В этом видео демонстрируется модель коинфекции у мышей, при которой вирус гриппа запускает переход Streptococcus pneumoniae из колонизатора в патоген. В нём описываются этапы, связанные с колонизацией бактерий, вирусной инфекцией и прогрессированием заболевания.

Источник: Ленхард, А. , и др .Мышиная модель перехода Streptococcus pneumoniae из колонизатора в патоген при вирусной коинфекции повторяет возрастное обострение заболевания. J. Vis. Exp . (2022)Это видео демонстрирует обработку лёгких мыши, соинфицированной патогенной бактерией и вирусом. Помельчение, гомогенизация и покрытие легкой ткани позволяют количественно оценить нагрузку бактерий, указывая на распространение бактерий в лёгкие и степень тяжести заболевания.

Источник: Кросс, Т. и др., Оптимизированная техника обогащения для выделения видов бактериофагов Arthrobacter из изолированных образцов почвы. J. Vis. Exp.(2015)В этом видео демонстрируется подготовка бактериальной культуры для производства бактериофагов. Он охватывает этапы инокуляции почвенной бактерии в запутанную колбу, способствуя равномерному росту через аэрацию и встряхивание, а также мониторинг плотности клеток с помощью оптических измерений плотности. Когда культура достигает...

Источник: Conover, M. S. и др., Установление и характеристика ИМП и CAUTI в мышиной модели. J. Vis. Exp . (2015)В этом видео демонстрируется обнаружение внутриклеточных бактериальных сообществ (IBC) в ткани мочевого пузыря мышей, инфицированной β-галактозидазой Escherichia coli. После фиксации тканей, проницаемости и окрашивания X-gal IBC проявляются в виде синих пункт под диссекционным микроскопом, что подтверждает бактериальное вторжение во время инфекции мочевыводящих путей.

Источник: Wang, Y. и др. In vivo Исследование антимикробной терапии синим светом при мультирезистентных ожоговых инфекциях Acinetobacter baumannii с использованием биолюминесцентной визуализации. J. Vis. Exp . (2017)В этом видео демонстрируется, как установить ожоговую инфекцию в модели мыши, применяя нагретый латунный блок, а затем патогенный бактериальный инокулум. Бактерии колонизируют открытый внеклеточный матрикс и образуют биопленку, что позволяет in vivo изучать взаимодействия хозяина и...

Источник: Wang, Y. и др. In vivo Исследование антимикробной терапии синим светом при мультирезистентных ожоговых инфекциях Acinetobacter baumannii с использованием биолюминесцентной визуализации. J. Vis. Exp . (2017)В этом видео демонстрируется процедура визуализации ожоговых ран у мышей, вакцинированных Acinetobacter baumannii с биолюминесцентным опероном. В ней показано, как окисление субстрата, катализируемое люциферазой, производит свет, пропорциональный нагрузке бактерий, что позволяет...

Источник: Барберо, А. М., et.al. Флуоресцентные анализы для изучения взаимодействия Mycobacterium tuberculosis с иммунным рецептором SLAMF1. J. Vis. Exp . ( (2025)В этом видео демонстрируется флуоресцентный анализ для изучения взаимодействия макрофагового рецептора и антигенов Mycobacterium tuberculosis . Флуоресцентно меченые антигены на coverslip инкубируются экстрактами макрофагов, сшиваются, маркируются антителами и визуализируются с помощью перекрывающихся флуоресцентных сигналов.

Источник: Ли, Дж . и др. Разработка модели заражения личинками данио-рериба для Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020).В этом видео демонстрируется процедура микрогаважа, при которой анестезированная личинка данио-рерио обездвиживается агарозой и внутрь, вводя патогенную бактерию с помощью игли, управляемой трассером. Неинвазивная доставка имитирует естественную инфекцию, позволяя анализировать размножение бактерий, высвобождение токсинов и повреждение эпителия кишечника.

Источник: Руфиан, Й. С., et.al. Одноклеточный анализ экспрессии генов Pseudomonas syringae в тканях растений. J. Vis. Exp . (2022)В этом видео демонстрируется метод вакуумной инфильтрации для внесения бактериального патогена в листья растений Arabidopsis . Метод использует подготовленную бактериальную суспензию и вакуумные импульсы для равномерного проникновения через устьицы, что приводит к контролируемой инфекции листьев.

Источник: Casanova, A. и др. Микроскопические анализы для высокопроизводительного скрининга факторов хозяина, участвующих в инфекции клеток гела бруцеллой . J. Vis. Exp . (2016)Это видео демонстрирует высокопроизводительную визуализацию инфекции Brucella abortus в эпителиальных клетках с помощью сиРНК-опосредованного STING knockdown, чтобы изучить роль цитозольного сенсора ДНК в внутриклеточной бактериальной репликации и врожденном иммунном ответе хозяина.

Источник: Miquel Guennoc, C. и др. Новый метод качественного многомасштабного анализа бактериальных биопленок на ниточных грибковых колониях с использованием конфокальной и электронной микроскопии. J. Vis. Exp .(2017)В этом видео демонстрируется подготовка грибковой культуры на обработанных целлофановых мембранах для поддержки формирования колоний и радиального роста. Далее показывается культивация и подготовка бактериальных клеток почвы для взаимодействия. Наконец, он иллюстрирует, как...

Источник: Харрис, С. Л. и др. Мониторинг колонизации бактерий и поддержания корней Arabidopsis thaliana в плавающей гидропонной системе. J. Vis. Exp . (2019)В этом видео демонстрируется протокол мониторинга колонизации бактерий, связанных с корнями, на саженцах Arabidopsis thaliana , выращиваемых в безпочвенной системе. После колонизации бактерии вытесняются с помощью соникации, затем разбавляются, покрыты и инкубируются для формирования колоний, отражающих прикрепление и жизнеспособность...

Source: Calatayud Arroyo, M., et al. Assessing the Viability of a Synthetic Bacterial Consortium on the In Vitro Gut Host-microbe Interface. J. Vis. Exp. (2018)The video demonstrates a method to evaluate the viability of anaerobic oral bacteria using fluorescent dyes and flow cytometry. It begins with culturing bacteria in oxygen-free broth, followed by resuspending a single colony from a blood agar plate. After incubation and dilution, the culture is stained with membrane-permeable and...

Source: Jackson, L., et al. Visualization of Pseudomonas aeruginosa within the Sputum of Cystic Fibrosis Patients. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the in situ visualization of Pseudomonas aeruginosa within chemically cleared cystic fibrosis sputum using fluorescent labeling and confocal microscopy to reveal bacterial localization and biofilm structure.

Source: Hunt, A. M. A., et al. Come to the Light Side: In Vivo Monitoring of Pseudomonas aeruginosa Biofilm Infections in Chronic Wounds in a Diabetic Hairless Murine Model. J. Vis. Exp.(2017).This video demonstrates the procedure for assessing infection clearance and healing progression in a wounded diabetic mouse using bioluminescent and microscopic images.

Source: Liu, X., et al. Bacterial Leaf Infiltration Assay for Fine Characterization of Plant Defense Responses using the Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae Pathosystem. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates a method to assess the bacterial load in Arabidopsis thaliana leaves infected with Pseudomonas syringae. Leaf discs from infected leaves are homogenized, serially diluted, and plated onto nutrient-rich agar to promote bacterial colony formation. Colony counts are then used to...

Source: Ahn, J. J., et al. Experimental Infection with Listeria monocytogenes as a Model for Studying Host Interferon-γ Responses. J. Vis. Exp. (2016)The video demonstrates bacterial load measurement in spleen and liver tissues isolated from mice infected with an intracellular bacterial pathogen. Bacteria, accumulated within tissue-resident phagocytes during systemic infection, are released using detergent-based lysis and mechanical disruption. Serial dilutions of the homogenates are plated on...

Источник: Siva-Jothy, J. A. и др. Пероральная бактериальная инфекция и выделение у Drosophila melanogaster. J. Vis. Exp. (2018)В видео демонстрируется инфекция Drosophila melanogaster патогенными бактериями. Он включает приготовление флаконов с инфекцией и перенос голодающих мух для обеспечения бактериального проглатывания. Процедура захватывает колонизацию кишечника, затем поверхностную стерилизацию и гомогенизацию мух. Наконец, он показывает количественную оценку внутренней бактериальной...

Источник: Мюллер, А. и др. Экспериментальная модель для изучения коинфекции туберкулёза и малярии при естественной передаче Mycobacterium tuberculosis и Plasmodium berghei. J. Vis. Exp . (2014)В этом видео демонстрируется аэрозольная доставка Mycobacterium tuberculosis (Mtb ) мышам с помощью системы камер на основе небулайзера для индуцирования легочной инфекции, предоставляя контролируемую и воспроизводимую модель для изучения воздушно-капельной передачи туберкулёза и взаимодействия хозяина и...

Источник: де Врис, К. Р., et.al. Отсроченная модель прививки при хронической инфекции раны Pseudomonas aeruginosa . J. Vis. Exp . (2020)В этом видео демонстрируется задержка инокуляции люминесцентной Pseudomonas aeruginosa мыши с двумя полноразмерными спинными ранами на коже, покрытыми прозрачной плёнкой. Это способствует формированию биоплёнки и формированию хронической инфекции. Регулярный мониторинг биолюминесценции позволяет количественно оценивать нагрузку бактерий и отслеживать...

Источник: Liu, X. и др. Бактериальный пероральный тест питания с помощью комаров, обработанных антибиотиками. J. Vis. Exp . (2020)В этом видео демонстрируется истощение родной кишечной микробиоты у комаров с помощью антибиотикосодержащего сахарозного раствора. Затем следует контролируемая реколонизация с помощью бактериальной суспензии, подаваемой через мембранную систему питания для формирования определённой популяции бактерий в кишечнике комаров.

Источник: Seman, B. G. и др. Неонатальная модель визуализации грамотрицательного бактериального сепсиса. J. Vis. Exp . (2020)В видео демонстрируется неонатальная мышиная модель для изучения системных инфекций с использованием инкапсулированных биолюминесцентных бактерий. Новорожденным детям вводят высоко- или низкие бактериальные суспензии и возвращают матери для послеродового ухода. Инкапсулированные бактерии избегают раннего иммунного обнаружения, распространяются системно и визуализируются...

Источник: Ши, Дж. и др., Скрининг и идентификация супрессоров заглушания РНК из секретируемых эффекторов патогенов растений. J. Vis. Exp .(2020)В этом видео демонстрируется процедура подготовки культуры Agrobacterium tumefaciens путём индуцирования экспрессии генов вирулентности с помощью ацетосирингона, затем удаления антибиотиков через промывку и повторное суспензирование для создания готовой к трансформации суспензии для передачи генов в растительные ткани.

Источник: Behera, R.K. и др., Метод на основе флуоресценции для изучения регуляции бактериальных генов в инфицированных тканях. J. Vis. Exp . (2019)В этом видео демонстрируется подготовка гемолитических культур Staphylococcus aureus для стандартизации роста бактерий и достижения метаболической синхронизации для исследований взаимодействия хозяина и патогена.

Источник: Ши, Дж. и др., Скрининг и идентификация супрессоров заглушания РНК из секретируемых эффекторов патогенов растений. J. Vis. Exp .(2020)В этом видео демонстрируется процедура подготовки культуры Agrobacterium tumefaciens путём индуцирования экспрессии генов вирулентности с помощью ацетосирингона, затем удаления антибиотиков через промывку и повторное суспензирование для создания готовой к трансформации суспензии для передачи генов в растительные ткани.

Источник: Чен, Й. и др. Оценка вирулентности и патогенезу инфекции Aeromonas в модели Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp . (2018)В этом видео демонстрируется тест на выживаемость с использованием C. elegans для моделирования патогенеза Aeromonas , при котором пероральное употребление бактерии приводит к кишечной инфекции и смертности, позволяя количественно оценивать вирулентность бактерий в живой системе хозяина.

Начинайте с иммунодефицитных мышей с подкожными ксенотрансплантатными опухолями, полученными из человеческих колоректальных раковых клеток.Перорально вводите Pediococcus pentosaceus — молочнокислую бактерию, безопасную для употребления и инженерно разработанную для выделения противоракового белка — леченной мыши.Введите физраствор на контрольную мышь.Будучи устойчивыми к кислоте, бактерии выживают в кислой среде желудка и попадают в кишечник.Там они заселяют кишечный просвет и выделяют...

Начните с мышей с твердыми опухолями, имплантированными подкожно в бедро.Вводите мышам через хвостовую вену невирулентный, инженерно выведенный штамм Salmonella typhimurium.Бактерии циркулируют в кровотоке и избирательно накапливаются в гипоксической, иммуносупрессированной микросреде опухоли.Они несут плазмиду, кодирующую терапевтический пептид слияния, состоящий из пептида, проникающего в клетки, и митохондриального домена-мишени проапоптотического белка, а также белки лизис, полученные из...

Источник: Чен, Й. и др. Оценка вирулентности и патогенезу инфекции Aeromonas в модели Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp . (2018).В этом видео демонстрируется жидкий токсичный анализ C. elegans с помощью Aeromonas — метод, используемый для оценки вирулентности бактерий путём измерения выживаемости червей в жидкой среде с ограничением питательных веществ. Анализ выявляет специфическую патогенность штамма на основе степени повреждений, вызванных токсинами, и смертности у C. elegans.

Источник: Наг, Д. и др. Количественная оценка колонизации и диареи Vibrio cholerae в модели взрослой данио-рерио. J. Vis. Exp . (2018)В этом видео демонстрируется протокол количественной оценки кишечной бактериальной нагрузки у взрослых данио-рерио, инфицированных антибиотикорезистентным штаммом Vibrio cholerae. После эвтаназии и вскрытия кишечник изолируется, гомогенизируется стеклянными бусинами и обрабатывается для высвобождения бактерий. Полученный гомогенат наносится на селективную среду,...

Источник: Наг, Д., et.al. Количественная оценка колонизации и диареи Vibrio cholerae в модели взрослой данио-рерио. J. Vis. Exp . (2018)В этом видео демонстрируется прививка взрослой данио-рерио патогенным штаммом Vibrio cholerae для изучения колонизации кишечника и исходов заболеваний. Показано, как бактериальные токсины нарушают целостность кишечника, что приводит к протеканию жидкости, выделению слизи и водянистой диарее до того, как рыбы готовятся к дальнейшему анализу.

Источник: Патрас, К. А., Доран, К. С. Мышиная модель колонизации группы B стрептококка вагинальной колонизации. J. Vis. Exp . (2016)В этом видео демонстрируется подготовка и вагинальная прививка самок мыши, обработанной гормонами, стрептококком группы B, для моделирования инфекции. В ней объясняется, как культивировать и готовить бактерии, вводить прививку во влагалищный просвет и обеспечивать успешное заражение.

Источник: Патрас, К. А. и Доран, К. С. Мышиная модель колонизации группы B стрептококка вагинальной колонизации. J. Vis. Exp . (2016)В этом видео демонстрируется количественное определение вагинной нагрузки группы B Streptococcus (GBS) в мышиной модели с использованием мазков и хромогенной культуры. В нём описываются этапы сбора образцов, нанесения пластин и подсчёта колоний для количественного определения нагрузки GBS в просвете мыши во влагалище.

Источник: Conover, M. S. и др., J. Установление и характеристика ИМП и CAUTI в мышиной модели. J. Vis. Exp .(2015)В этом видео демонстрируется процедура сборки и имплантации трансуретрального катетера у самки мыши, затем бактериальной инокуляции для установления инфекции мочевыводящих путей, ассоциированных с катетером, и изучения взаимодействий хозяина и патогена, опосредованных через биопленку.

Источник: Флорес, Э. и др. Использование простейшего Paramecium caudatum как средство для заражения, передающихся пищей, у личинок данио-рерио. J. Vis. Exp. (2019).В этом видео демонстрируется метод установления пищевой модели бактериальной кишечной инфекции у личинок данио-рерио, кормя их парамециями, инфицированными флуоресцентной кишечной палочкой.

Источник: Wang, Y. и др. Исследование in vivo антимикробной терапии синим светом при многорезистентных ожоговых инфекциях Acinetobacter baumannii с использованием биолюминесцентной визуализации. J. Vis. Exp .(2017)В этом видео демонстрируется процедура лечения ожоговых ран, вызванных биолюминесцентными, лекарственно-устойчивыми бактериями у мышей с помощью терапии синим светом, а затем биолюминесцентной визуализации для мониторинга эффективности лечения.

Источник: Дитковски, Б. и др. Модель in vitro параллельной пластинной перфузионной системы для изучения прикрепления бактерий к пересадившимся тканям. J. Vis. Exp . (2019).В этом видео демонстрируется метод использования параллельной пластинчатой камеры для проникновения флуоресцентно маркированных бактерий на ткани сосудистого трансплантата, что позволяет проводить контролируемый анализ бактериальной адгезии и раннего патогенеза в условиях сдвига потока.

Источник: Бирнинк, Б. М . и др. Прямая агроинокуляция сеянцев кукурузы путём инъекции рекомбинантных вирусов мозаики лисохвоста и вируса мозаики сахарного тростника. J. Vis. Exp . (2021)В этом видео демонстрируется передача рекомбинантных вирусных клонов через Agrobacterium в сеянцы кукурузы для заглушания генов. В ней описывается процесс заражения агробактериями , системного распространения вирусов и фенотипических изменений, вызванных интерференцией РНК.

Источник: Гупта, К. и др. Внутрипочечная инъекция Escherichia coli у крысиной модели пиелонефрита. J. Vis. Exp . (2017).В этом видео демонстрируется внутрипочечная инъекция E. coli в таз почки у анестезированной крысы с целью вызвать локализованную инфекцию почек, моделируя острый пиелонефрит. В ней выделяются ключевые хирургические этапы и асептические методы, необходимые для создания воспроизводимой модели инфекции in vivo для дальнейшего анализа.

Источник: Бехера, Р. К. и др. Метод на основе флуоресценции для изучения регуляции бактериальных генов в инфицированных тканях. J. Vis. Exp .(2019)В этом видео демонстрируется метод подготовки ткани почек инфицированных мышей, окрашивания ДНК и обнаружения экспрессии бактериальных генов с помощью двойных флуоресцентных репортёров. Красный цвет отмечает все бактерии, а зелёный — клетки, чувствительные к инфекции.

Источник: Brzozowski, R. S. и др. Микроскопия флуоресценции живых клеток для изучения локализации субклеточного белка и изменений морфологии клеток у бактерий. J. Vis. Exp . (2019)В этом видео демонстрируется флуоресцентная микроскопия живых клеток для визуализации морфологических изменений бактерий в реальном времени. В нём изложены этапы визуализации, таймлапс-сбора и деконволюции для получения высококачественных изображений в реальном времени.

Источник: McMullen, P. D., Freitag, N. E. Оценка бактериального вторжения сердечных клеток в культуре и колонизации сердца у инфицированных мышей с использованием Listeria monocytogenes. J. Vis. Exp . (2015)В этом видео демонстрируется введение Listeria monocytogenes в хвостовую вену мыши с целью установления системной инфекции. Он показывает бактериальное кровообращение, колонизацию органов и количественное измерение бактериальной нагрузки в сердце путём гомогенизации тканей, проведения...

Источник: Zhan, Y. , и др. Фотоотбеливание позволяет проводить сверхразрешающую визуализацию кольца FtsZ у цианобактерии Prochlorococcus. J. Vis. Exp. (2018).В этом видео демонстрируется процедура фотоотбеливания пигментов в цианобактериальных клетках с использованием ксенонового света в холодных условиях для улучшения флуоресцентной визуализации белков, регулирующих рост.

Источник: Zhang, M. и др., Быстрое тестирование на антимикробную восприимчивость с помощью стимулированной рамановской рассеяющей визуализации инкорпорирования дейтерия в одной бактерии. J. Vis. Exp. (2022)В этом видео демонстрируется применение стимулированной рамановской рассеяющей микроскопии для оценки восприимчивости к антибиотикам путём отслеживания метаболической активности, маркированной дейтерием. Отслеживая сигналы углерод-дейтерий, метод позволяет быстро обнаруживать устойчивые и...

Источник: Hiroyasu, A., D и др., Извлечение гемоцитов из личинок Drosophila melanogaster для микробной инфекции и анализа. J. Vis. Exp .(2018)В этом видео демонстрируется процедура установления бактериальной инфекции у личинок дрозофилы , помещая их в бактериальную каплю и прокалывая вольфрамовой иглой. Личинки затем инкубируются на борозенной, богатой питательными веществами агаровой пластине для изучения взаимодействий хозяина и патогена.

Источник: Хироясу, А. и др. Экстракция гемоцитов из личинок Drosophila melanogaster для микробной инфекции и анализа. J. Vis. Exp . (2018)В этом видео демонстрируется высококачественная конфокальная визуализация гемоцитов Drosophila melanogaster , инфицированных Coxiella burnetii , для визуализации локализации патогена в 3D, что позволяет подробно анализировать динамику внутриклеточной инфекции и взаимодействия между хозяином и патогеном.

Источник: Руфиан, Х. С. и др. Одноклеточный анализ экспрессии генов Pseudomonas syringae в тканях растений. J. Vis. Exp . (2022).В этом видео демонстрируется метод анализа экспрессии генов у патогенных бактерий, экстракцированных из растений, на уровне одной клетки с использованием флуоресцентно маркированного транскрипционного фактора. Конфокальная визуализация выявляет гетерогенность экспрессии генов вирулентности, подчёркивая функциональное разнообразие внутри клональной бактериальной...

Source: Montefusco-Pereira, C. V. et al. P. aeruginosa Infected 3D Co-Culture of Bronchial Epithelial Cells and Macrophages at Air-Liquid Interface for Preclinical Evaluation of Anti-Infectives. J. Vis. Exp.(2020)This video demonstrates a co-culture model of bronchial epithelial cells and macrophage-like cells at the air-liquid interface to study host-pathogen interactions. Pathogenic bacterial infection compromises epithelial membrane integrity, triggering macrophage-like cell activation and...

Source: Nguyen, J. Q., et. al. Intratracheal Inoculation of Fischer 344 Rats with Francisella tularensis. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the procedure of intratracheal inoculation in an anesthetized rat, involving catheter placement, bacterial delivery into the trachea, and subsequent lung infection establishment for studying host-pathogen interactions.

Source: Claes, J., et al, In Vitro and In Vivo Model to Study Bacterial Adhesion to the Vessel Wall Under Flow Conditions. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates an in vivo method for analyzing shear-dependent bacterial adhesion in a live mouse model. Following surgical preparation and catheterization, the mesenteric vasculature is exposed for real-time imaging under a fluorescence microscope. Perfusion with an ionophore and fluorescently labeled bacteria reveals how shear stress triggers...

Source: Poore, K., et al. Epithelial Cell Infection Analyses with Shigella. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates an in vitro assay to assess Shigella invasion and intracellular replication in human colonic epithelial monolayers. It highlights steps for infection, antibiotic selection, host cell lysis, and recovery of intracellular bacteria for downstream analysis.

Source: Zhang, C., et al., Development and Assessment of Intracellular Infection Models for Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2025)The video demonstrates the isolation of kidneys containing Staphylococcus aureus-infected macrophages, followed by tissue homogenization to release intracellular bacteria. It quantifies bacterial persistence within macrophages in control and antibiotic-treated groups by counting colony-forming units.

Source: Berthold, A., et al. Cultivation Methods of Spirochetes from Borrelia burgdorferi Sensu Lato Complex and Relapsing Fever Borrelia. J. Vis. Exp.(2022)This video demonstrates the cultivation of pathogenic spirochetes from infected skin tissue to model dermal infection. It highlights their localization in the dermis, interaction with the extracellular matrix, and survival during selective culture conditions.

Источник: Morgan, E. и др. Селективная очистка нематод дикой кенорхабдита для обогащения бактерий кишечного микробиома. J. Vis. Exp. (2021)В этом видео демонстрируется протокол выделения интересных кишечных бактерий от диких червей Caenorhabditis . Сначала червей морят голодом и промывают, чтобы устранить остаточные бактерии, питающиеся с их поверхности и просвета кишечника, сохраняя при этом целевые микробы. После очистки поверхности и множества этапов ползания червей вскрывают для извлечения...

Источник: Петерсен, К. и др., Выделение и характеристика естественной микробиоты модельного нематода Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp . (2022)В этом видео демонстрируется выделение и культивирование бактериальных видов, связанных с Caenorhabditis elegans. Лизис C . elegans на основе бусин, а затем селективное культивирование позволяет выделить различные микробные штамы для дальнейшего анализа.

Источник: Liu, X. и др. Бактериальный пероральный тест питания с помощью комаров, обработанных антибиотиками. J. Vis. Exp . (2020)В этом видео демонстрируется вскрытие среднего кишечника комара для выделения бактерий кишечника. Средний кишечник извлекается из пищеварительного тракта, гомогенизируется для выделения бактерий и помещается на питательный агар для культивирования бактериальных колоний.

Возьмите контрольную мышь с нормальной микробиотой кишечника и экспериментальную мышь с ослабленной микробиотой. Истощение нарушает целостность барьера кишечника.Это позволяет бактериям проникать через кровеносный сосуд в ткань печени.Введите обеим мышам вирус гепатита B или плазмид HBV, чтобы вызвать инфекцию HBV в тканях печени.У контрольной мыши Т-клетка обнаруживает инфицированную печёночную клетку через взаимодействие своих рецепторов с вирусными антигенами и вырабатывает цитотоксины для...

Начните с бактериальной биосенсорной культуры, подвешенной в определённой среде.Эти модифицированные бактерии производят транскрипционный фактор, который при связывании с определённым фекальным метаболитом активирует промотор, связанный с флуоресцентным репортерным геном.К этой культуре добавьте фильтрованный образец фекалий человека, содержащий метаболиты, такие как лактат, которые участвуют во взаимодействии хозяина и микробиома.Разведите эту смесь свежей средой, чтобы поддерживать...

Начните с модели крысы с швами, завязанными вокруг верхних моляров, чтобы поддерживать колонизацию бактерий.Многократно намазывайте швы патогенной бактерией, вызывающей заболевания десен, с помощью гелеобразного раствора.Бактерии колонизируют десну вокруг швов.Колонизация вызывает воспаление и повреждает ткани.Бактерии выделяют токсины, которые распространяются через повреждённые ткани и попадают в кровоток.Эти циркулирующие токсины попадают в кишечник, вызывают воспаление, нарушают...

Источник: Янг, Э. и др. Выделение отдельных внутриклеточных бактериальных сообществ, полученных из мышиной модели инфекции мочевыводящих путей, для дальнейшего одноклеточного анализа. J. Vis. Exp . (2019)В этом видео демонстрируется ручное выделение отдельных эпителиальных клеток, содержащих внутриклеточные бактериальные сообщества, из инфицированного мышиного мочевого пузыря с помощью микропипетации рта, что позволяет анализировать жизнеспособные популяции E. coli, ассоциированных с хозяином,...

Источник: Chen, Y. и др., Оценка вирулентности и патогенезу инфекции Aeromonas в модели Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp .(2018)В этом видео демонстрируется мышечный некроз у C. elegans (Caenorhabditis elegans) с использованием патогенных штаммов Aeromonas . Подавая зелёных флуоресцентных белков (GFP) червей, экспрессирующих ГФП, на пластинах с семенами Aeromonas, анализ моделирует бактериальную инфекцию и выявляет повреждение тканей с помощью флуоресцентной визуализации. Постепенная потеря...

Источник: Hu, Y. et.al., Анализ взаимодействий между эндобиотиками и микробиотой кишечника человека с использованием систем ферментации в ваннах in vitro. J. Vis. Exp .(2019)В этом видео демонстрируется анализ образования короткоцепочечных жирных кислот микробиотой кишечника человека в ответ на экзополисахариды. Это подчёркивает разделение и количественное определение продуктов микробной ферментации с помощью газовой хроматографии. Результаты показывают, что экзополисахариды модулируют...

Источник: Lo, B. C. и др. Хроническая инфекция сальмонеллезы вызывает кишечный фиброз. J. Vis. Exp .(2019)Видео демонстрирует количественную оценку бактериальной нагрузки в модели хронической инфекции стрептомицин-резистентной Salmonella typhimurium . После эвтаназии и стерильной вскрытия ткани целейной и селезёнки собираются, гомогенизируются стальными бусинами для выделения бактерий и серийно разбавляются. Разбавления наносятся на селективный агар, а видимые колонии подсчитываются для оценки...

Источник: Figueroa, D. и др. Производство и визуализация бактериальных сферопластов и протопластов для характеристики локализации антимикробных пептидов. J. Vis. Exp . (2018).В этом видео демонстрируется приготовление сферопластов из палочкообразных, грамотрицательных бактерий. Бактерии выращиваются в присутствии антибиотика для образования удлинённых нитей. Их промывают гипертоническим раствором и обрабатывают буфером для удаления внешней клеточной стенки. Гипотоническое лечение образует...

Источник: Сигал, Н. и др. Очистка РНК из внутриклеточно выращенной Listeria monocytogenes в макрофаговых клетках. J. Vis. Exp. (2016).В этом видео демонстрируется выделение внутренне патогенных бактерий из инфицированных макрофагов, полученных из костного мозга (BMDM). Бактерии могут прикрепиться к клеткам хозяина, а не прикреплённые бактерии смываются. После интернализации добавляется антибиотик для уничтожения неинтернализированных бактерий. Клетки-хозяины лизуются, центрифугуют, а...

Источник: Temkin, M. I. и др. Высококачественные кокультурные анализы для изучения микробных взаимодействий. J. Vis. Exp. (2019)В этом видео демонстрируется in vitro анализ микробных взаимодействий между Corynebacterium propinquum и Staphylococcus в совместной культуре.

Источник: Маденспахер, Дж. Х. и Фесслер, М. Б. Неинвазивный и технически неинтенсивный метод индукции и фенотипизации экспериментальной бактериальной пневмонии у мышей. J. Vis. Exp .(2016)В этом видео демонстрируется процесс количественной оценки бактериальной нагрузки в селезёнке инфицированной мыши для оценки тяжести инфекции. Гомогенизированная селезёнка серийно разбавляется и покрывается для определения общего бактериального бремени. Полученные данные дают представление о взаимодействиях...

Возьмите культуры эпителиальных клеток человеческого мочевого пузыря в мультиколодящей пластине.Инкубировать контрольную культуру с дикой типом Enterobacter cloacae — патогенной бактерией с пили — волоскообразными структурами на поверхности бактерий.Субъединица пили FimH связывается с рецептором клетки-хозяина, закрепляя бактерии дикого типа к клетке-хозяину.Инкубировать экспериментальную культуру с мутативной клоакой Enterobacter без FimH.Без FimH мутантные бактерии не прилипают к клеткам...

Возьмём суспензии антибиотикоустойчивого штамма патогенной бактерии.Обрабатывайте одну суспензию коротким, нарушающим мембрану антибиотиком, а другую — как коротким, так и более длинным, интеркалирующим мембрану.Инкубировать обе подвески с помощью агитации. Эти соединения имитируют структуру липидного бислоя, что позволяет им спонтанно внедряться в бактериальные мембраны.Короткое соединение охватывает только часть толщины мембраны, создавая структурное несоответствие. Это несоответствие...

Источник: Браун, А. О. и др. Визуализация Streptococcus pneumoniae в сердечных микропоражениях и последующая ремоделирование сердца. J. Vis. Exp. (2015).Это видео демонстрирует микроскопическую визуализацию бактериальных микропоражений в ткани сердца мышей. Сердце мыши, инфицированной Streptococcus pneumoniae , собирают, промываются и фиксируются перед обработкой для получения корональных сечений. Эти срезы окрашиваются гематоксилином и эозином и исследуются под микроскопом, чтобы...

Источник: Pava-Ripoll и др. Обнаружение пищевых бактериальных патогенов от отдельных грязных мух. J. Vis. Exp . (2015)В этом видео демонстрируется метод на основе ПЦР, который усиливает целевой бактериальный ДНК из обогащённых образцов мух с помощью специфических для патогена таблеток, позволяя в реальном времени обнаруживать флуоресценцию и анализировать кривую плавления для подтверждения наличия пищевых патогенов у отдельных насекомых.

Источник: Calatayud Arroyo, M. , и др. Оценка жизнеспособности синтетического бактериального консорциума на интерфейсе кишечника-хозяина in vitro. J. Vis. Exp. (2018).В этом видео демонстрируется модель in vitro хозяина кишечника и микроба для изучения жизнеспособности бактерий. Кокультура клеток Caco-2 и HT29-MTX инкубируется с помощью бактерий, предварительно обработанных при имитации пищеварительных состояний. Целостность эпителиального барьера оценивается с помощью трансэпителиального...

Источник: Чен, Х. и др. Специфическое и точное обнаружение патогена цитрусовых озеленения Candidatus liberibacter spp. с использованием обычной ПЦР на образцах тканей листьев цитрусовых. J. Vis. Exp .(2018)В этом видео демонстрируется извлечение полной геномной ДНК из ткани цитрусовых листьев, инфицированной патогенной бактерией. Протокол обеспечивает надёжное извлечение ДНК для дальнейшего обнаружения патогена с ограниченным содержанием флоэмы с помощью ПЦР.

Source: Pett, N., et al. T4 Bacteriophage and E. coli Interaction in the Murine Intestine: A Prototypical Model for Studying Host-Bacteriophage Dynamics In Vivo. J. Vis. Exp. (2024).This video demonstrates the in vivo interaction between T4 bacteriophage and E. coli in the murine intestine, and the fecal spot plating method to quantify their coexistence by measuring bacterial colonies and phage plaques.

Source: Alshehri, M. et. al., Organotypic Tissue Model Systems for Investigating Host-Pathogen Interactions In Vitro. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates a co-culture model using multi-species oral biofilms and human oral epithelium. It highlights epithelial immune activation and enables the downstream analysis of host-pathogen interaction.