Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Методическая статья

Выделение ядер из свежезамороженных тканей глиомы: метод получения интактных ядер из образцов опухоли глиомы

3.2K просмотров

⸱

30 апреля 2023 г.

В этой статье

Аннотация

Источник: Нараянан, А. и др. Выделение ядер из свежезамороженных опухолей головного мозга для одноядерных РНК-секвенирования и ATAC-секвенирования. J. Vis. Exp. (2020)

В этом видео описывается протокол выделения одиночных ядер из свежезамороженной ткани глиомы. Выделенные одноядерные образцы могут быть использованы в качестве образцов для таких методов секвенирования, как секвенирование одноядерной РНК (snRNA) и анализ одноядерных ядер для секвенирования транспозазы-доступного хроматина (snATAC) для получения более глубокого понимания меж- и внутриопухолевой гетерогенности, наблюдаемой при глиоме центральных нервных тканей.

Протокол

1. Рассечение и диссоциация тканей

  1. Переложите свежезамороженный образец ткани (10–60 мг) в предварительно охлажденную чашку Петри. Свежезамороженную ткань измельчить/нарезать бритвенным лезвием на мелкие кусочки на льду.
  2. Добавьте 500 мкл охлажденного буфера для лизиса ядер в предварительно охлажденную пробирку объемом 1,5 мл. Поместите кусочки ткани в пробирку объемом 1,5 мл, содержащую буфер для лизиса ядер, и перенесите в Douncer (Таблица материалов).
    заметка: Существует два пестика-гомогенизатора Dounce: «сыпучий» или «А» пестик для первоначального измельчения образца и....

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

Конфликт интересов не декларируется.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
2-Меркаптоэтанолсигма М6250
CaCl2 сигма 21115-100МЛ
ЭДТА (0,5 М) Термо Сайентиал Р1021
Falcon 15 мл Конические центрифужные пробирки Научный центр Фишера352096
Ситечки MACS SmartStrainers (100 мкм) Милтеньи Биотек Тел.: 130-098-463
Mg(Ac)2 сигма 63052-100МЛ
НП-40 Абкам АБ142227
Набор для выделения ядер: Nuclei EZ Prep сигма НУК101-1КТ
Безопасные замковые трубки 1,5 мл Эппендорф 30120086
Безопасные замковые трубки 2,0 мл Эппендорф 30120094
сахароза сигма С0389
Наконечники для пипеток с широким отверстием (1000 μл) Темо Фишер Сайентиал 2079ГПК

Больше статей

Выделение ядерсвежезамороженная тканьткань глиомыгомогенизатор Даунсафильтрация через клеточный стрейнернизкоскоростное центрифугированиебуфер для лизиса ядерсеквенирование РНК единичных ядер (snRNA-seq)секвенирование ATAC единичных ядер (snATAC-seq)осадок ядер опухоли