Все процедуры, связанные со сбором образцов, были выполнены в соответствии с рекомендациями института IRB.
Приготовьте раствор для центрифугирования плотной среды, поместив 90 мл 10x PBS в 264 мл сверхчистой деионизированной воды (3,93x) в стерильный пластиковый контейнер. Титровать до pH 7,0-7,2 с помощью HCl и стерилизовать фильтром через фильтр 0,22 мкм. Хранить при температуре 4 °C.
Приготовьте центрифугирующую среду плотностью 70%, соединив 18 мл раствора для центрифугирования плотности с 30 мл центрифугирующей среды плотности (подробнее см. список материалов) в полипропиленовой центрифужной пробирке объемом 50 мл. Хранить при температуре 4 °C, но перед использованием довести до RT
.
Приготовьте центрифугирующую среду плотностью 37%, соединив 9,6 мл DPBS с центрифугирующей средой 70% плотностью 10,4 мл в центрифужной пробирке объемом 50 мл. Хранить при температуре 4 °C, но перед использованием довести до RT
.
1. Изоляция глиом-инфильтрирующих PBMC
- Используя чистое лезвие бритвы с одним лезвием, изолируйте область мозга, содержащую опухоль, сделав сагиттальный разрез в центре мозга, чтобы разделить два полушария пополам. Поверните ипсилатеральное полушарие медиальной стороной вниз и сделайте два корональных разреза на уровнях мозжечка и обонятельной луковицы, чтобы изолировать ткань-мишень, содержащую опухолевый имплантат (рис. 1А). Эквивалентная часть контралатерального полушария также может быть изолирована и использована в качестве отрицательного контроля.
- Поместите целевую ткань в соответствующую маркированную стеклянную кофемолку Dounce, содержащую 1 мл DPBS, нажмите на поршень до упора и поверните 7 раз, чтобы первоначально разрушить ткань. Поднимите поршень, чтобы жидкость осела обратно на дно измельчителя салфеток. Повторите этот шаг трижды; Однако поворачивайте поршень только 4 раза во время следующих двух повторов и 3 раза во время последнего повтора, чтобы избежать чрезмерного растирания ткани.
- С помощью микропипетки P-1000 последовательно нанесите три объема 1 мл ледяного DPBS по бокам поршня для полоскания в измельчитель тканей.
- Восстановите суспендию растиранного мозгового вещества путем пипетирования вверх и вниз и поместив его в пробирку с маркировкой объемом 15 мл на льду. Промойте боковые стороны измельчителя тканей Dounce 1 мл ледяного DPBS и добавьте в ту же центрифужную пробирку объемом 15 мл. Держите все пробирки с растиранным мозговым веществом на льду до тех пор, пока все образцы не будут обработаны.
- После обработки всех образцов растертое мозговое вещество в центрифужных пробирках объемом 15 мл при давлении 740 x g (макс. RCF) в течение 20 минут при 4 °C.
- Удалите надосадочную жидкость с помощью серологической пипетки объемом 10 мл и дозатора и ресуспендируйте гранулированное вещество мозга в 1 мл предварительно приготовленных пищеварительных ферментов коллагеназы/ДНКазы-I с помощью P-1000. Поместите центрифужные пробирки объемом 15 мл в штатив для пробирок и поставьте на водяную баню при температуре 37 °C на 15 минут.
- Осторожно перемешивайте образцы дважды в течение инкубационного периода, переворачивая пробирки, чтобы облегчить дезагрегацию тканей.
- Добавьте 6 мл ледяного DPBS с помощью серологической пипетки объемом 10 мл в каждую пробирку, чтобы разбавить пищеварительные ферменты. Проводите пипетку вверх и вниз для повторного подпитки и фильтруйте общий объем через стерильные нейлоновые сетчатые фильтры 70 мкм в новые пробирки для центрифуг объемом 15 мл с маркировкой на льду.
- Вращайте суспензию клеток мозга при 740 x g (max RCF) в течение 20 минут при 4 °C, чтобы получить гранулу из одной клетки (рис. 1B). После извлечения пробирок объемом 15 мл из центрифуги поместите их на лед и увеличьте температуру на центрифуге примерно до 21 °C для подготовки к следующему этапу.
- Полностью удалите надосадочную жидкость из каждой пробирки, содержащей клетки мозга, и первоначально повторно суспендируйте гранулы в 1 мл центрифугирующей среды 70% плотности с помощью микропипетки P-1000. Затем добавьте в каждую пробирку еще 4 миллилитра центрифугирующей среды 70% плотности с помощью серологической пипетки объемом 10 мл. Надежно закрутите крышки и гомогенизируйте клеточную суспензию, аккуратно перевернув ее в пробирки несколько раз.
- Извлеките изо льда центрифужные пробирки объемом 15 мл, содержащие клетки мозга, ресуспендированные в центрифужной среде с плотностью 70%, и поместите их в штатив для пробирок в режиме RT. По очереди аккуратно нанесите 2 мл раствора центрифугирующего фильтрующего материала плотностью 37% на 5 мл центрифугирующего фильтрующего материала плотностью 70% с помощью микропипетки P-1000, чтобы образовалась чистая граница раздела между двумя слоями центрифугирующего материала (рис. 1C).
- Используйте маркер с тонким наконечником для обозначения положения интерфейса, чтобы его можно было легко идентифицировать после центрифугирования, когда различие становится менее заметным.
- Поворачивайте центрифужные пробирки объемом 15 мл при давлении 740 x g (макс. RCF) в течение 20 минут при RT без перерыва, чтобы не нарушить работу интерфейса.
- После центрифугирования соберите PBMC, скопившиеся на границе между двумя слоями центрифугирующей среды плотности (рисунок 1D), введя микропипетку P-200 в пробирку вдоль ее стороны, осторожно обходя липидный слой.
- Оказавшись на уровне полосы PBMC, медленно извлеките 200 мкл с поверхности слоя центрифугирующего материала плотностью 70% и поместите его в соответствующую маркированную полипропиленовую пробирку FACS на льду. Повторите один раз для общего объема 400 мкл на образец.
- Добавьте 3 мл проточного буфера в каждую пробирку FACS, содержащую 400 μл PBMC, чтобы в достаточной степени разбавить плотность центрифугирующей среды, затем открутите ячейки при 660 x g (max RCF) в течение 20 минут при 4 °C.