1. Подготовка системы анализа клеток в реальном времени, планшетов для инвазии и миграции клеток (CIM) и электропорированных клеток U-118MG для осаждения{{}}
- Поместите систему анализа клеток в реальном времени в инкубатор CO2} в условиях культивирования за 5–6 часов до Начало эксперимента по стабилизации системы к условиям культивирования.
- Для инвазионного анализа в каждую лунку верхней камеры планшета с инвазией помещают 50 μл DMEM (обычная среда), содержащую гель внеклеточного матрикса (ECM) в концентрации 0,1 μг/μл. Чтобы избежать образования пузырьков воздуха, используйте метод обратного пипетирования. Немедленно удалите 30 μL геля ECM, оставив 20 μL в лунке.
- После нанесения гелевого покрытия ЭХМ планшет следует подержать в инкубаторе в условиях культивирования в течение 4 ч с закрытой крышкой. Во время нанесения гелевого покрытия и сушки ЭХМ принимайте профилактические меры, чтобы избежать прямого контакта электродов верхней камеры пластин с руками, поверхностями бокса биобезопасности или инкубатором CO2.
- Чтобы настроить программу измерения импеданса, дважды щелкните соответствующий значок программного обеспечения (см. Таблица материалов), чтобы открыть приложение системного программного обеспечения (блок управления). Каждая люлька имеет индивидуальное окно с различными вкладками для установки условий эксперимента, временного интервала и продолжительности измерения импеданса, а также анализа данных.
- На вкладке Layout} установите четырехступенчатые лунки для каждого биологического состояния и установите двухступенчатые измерения импеданса ячейки на вкладке Schedule. Первый шаг — это однократное базовое измерение (один развертка с интервалом в 1 минуту), а второй шаг — измерение импеданса клеток в соответствующих отдельных подставках для реального эксперимента. Для миграции используйте 145 взмахов с интервалом 10 минут, а для инвазии 577 взмахов с интервалом 10 минут, индивидуально заданных) в соответствующих отдельных колыбелях.
- За час до начала измерения импеданса ячейки добавьте 160 мкл DMEM с 10% FBS в качестве хемоаттрактанта в лунки нижней камеры пластины. Соберите либо верхнюю камеру, содержащую лунки с гелевым покрытием ECM, либо лунки без покрытия с нижней камерой для измерения инвазии и миграции соответственно.
- Заполните лунки в верхней камере 50 мкл среды с низким содержанием сыворотки и поместите их в подставку системы. Проверьте, все ли скважины распознаются блоком управления, нажав на вкладку Message. Если сообщение отображается как OK, то планшет в люльке готов к эксперименту.
- {{}}Предварительно инкубируйте полностью упакованные планшеты в инкубаторе в условиях культивирования за 1 ч до измерений в подставке системы анализа клеток в реальном времени, что необходимо для акклиматизации упакованного планшета к условиям культивирования клеток.
- Для сбора клеток, обработанных средой с низким содержанием сыворотки, промойте клетки, растущие в культуральных чашках, 1x PBS и добавьте 2 мл 0,05% трипсина-ЭДТА (этилендиаминтетрауксусной кислоты). Поместите в инкубатор на 30 с и удалите трипсин-ЭДТА. Соберите клетки в с низким содержанием сыворотки в пробирку объемом 15 мл и подсчитайте клетки с помощью портативного автоматического счетчика клеток.
- После подсчета центрифугируйте ячейки при давлении 100 x g в течение 5 минут и выбросьте надосадочную жидкость.
- Ресуспендируйте 800 000 клеток в 800 мкл среды с низким содержанием сыворотки для анализов миграции и инвазии. Кроме того, ресуспендируйте 300 000 клеток в 2 мл питательной среды и семян в 35-миллиметровой чашке для анализа вестерн-блоттинга, чтобы подтвердить регулируемый нокдаун Crk и CrkL.
2. Исходное чтение, посев клеток, и измерение и визуализация импеданса ячейки
- }Измерьте базовое показание, нажав кнопку подставки Пуск{. Исходный уровень следует считывать после предварительной инкубации планшетов в течение 1 ч в подставке системы анализа клеток в реальном времени в условиях культивирования в инкубаторе с углекислым газом и перед посевом клеток в соответствующие лунки в верхней камере.
ПРИМЕЧАНИЕ:} Как только будет нажата кнопка , блок управления спросит, следует ли сохранить экспериментальный файл. После сохранения файла анализатор базовой станции измеряет базовый импеданс ячейки, установленный в программе изначально, и переходит в режим паузы до тех пор, пока кнопка Start} будет снова нажата для измерения импеданса ячейки на втором шаге. - Выньте обе пластины для миграции и инвазии из подставок после базового измерения и храните их в шкафу биобезопасности.
- Засейте 100 мкл клеток (100 000 клеток) в четыре раза для каждого биологического состояния в верхней камере планшета CIM в соответствующих лунках, как это запрограммировано в блоке управления люльки с помощью обратного пипетирования, чтобы избежать образования пузырьков воздуха.
- После посева подержите пластину под шкафом биобезопасности в течение 30 минут при комнатной температуре, чтобы клетки могли равномерно расположиться на дно. Перенесите пластину обратно в соответствующую подставку и нажмите кнопку запуска подставки, чтобы начать измерение импеданса ячейки, как запрограммировано на втором шаге 1.5.
- После последнего сканирования эксперимент завершается, а результаты сохраняются автоматически.
- На вкладке Анализ данных} визуализируйте изменения импеданса ячейки в виде индекса ячейки в зависимости от времени во время или после завершения эксперимента. Каждое из соответствующих условий квадрупликат может быть визуализировано либо по отдельности, либо в виде средних и/или стандартных отклонений, щелкнув поля Options} для среднего и стандартного отклонения.
- Чтобы экспортировать данные индекса ячеек в файл таблицы, откройте пустой файл таблицы, поместите курсор в центр окна ) и щелкните правой кнопкой мыши. В появившемся диалоговом окне выберите опцию Копировать данные в формат списка и вставьте данные в открытую таблицу.
- Отрегулируйте время в необработанных данных, чтобы оно представляло фактическое время начала измерения импеданса ячейки. Время начала второго шага устанавливается равным нулю.
ПРИМЕЧАНИЕ: Блок управления имеет возможность получить индекс ячейки с нормализацией или без нее (т.е. нормализованный индекс ячейки) и визуализировать результаты в виде графического представления в зависимости от времени. В этом примере данные индекса ячеек экспортируются без нормализации для обработки и графического представления. - Завершите эксперимент, нажав кнопку Release} в каждой подставке.