Method Article

Транскриптомных анализ человеческой сетчатки Хирургические образцы Использование Журнала

DOI:

10.3791/50375

⸱

August 14th, 2013

 ,  ,  ,  ,  ,  , 
1U968, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, 2UMR S 968, Université Pierre et Marie Curie, 3UMR 7210, Centre National de la Recherche Scientifique, 4Départment d'Ophtalmologie, Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Мы использовали образцы из сетчатки retinectomy для анализа транскриптомных отслойки сетчатки. Мы разработали процедуру, позволяющую РНК сохранения между хирургических блоков и лаборатории. Мы стандартизированный протокол для очистки РНК с помощью ультрацентрифугирования цезий хлорида чтобы гарантировать, что очищенный РНК пригодны для анализа микрочипов.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Отслойка сетчатки (RD) описывает разделение нейросенсорной сетчатки от пигментного эпителия сетчатки (RPE). НПП имеет важное значение для нормальной функции светочувствительных нейронов, фоторецепторов. Отряд сетчатку от НПП создает физический разрыв, который заполняется внеклеточной жидкости. RD инициирует клеточные и молекулярные неблагоприятных событий, которые влияют как на нейросенсорной сетчатки и ПЭС, так как физиологические обмена ионов и метаболитов резко нарушается. Следствием для зрения связана с длительностью отряда с быстрым reapposition из двух тканей приводит к восстановлению зрения 1. Лечение RD исключительно хирургическое. Удаление стекловидного тела (витрэктомия) сопровождается удалением несущественных часть сетчатки вокруг удаленные районы и в пользу отслойки сетчатки. Удалены сетчатки образцы ничейная вещь (ничего) и, следовательно, обычно уничтожается.Для восстановления РНК из этих хирургических образцах, мы разработали процедуру журнал, который позволяет РНК сохранение во время передачи из хирургического блока в лабораторию. Мы также стандартизированный протокол для очистки РНК цезием ультрацентрифугирование хлорида чтобы гарантировать, что очищенная РНК подходят для глобального анализа экспрессии генов. Качество РНК была подтверждена как ОТ-ПЦР и анализ микрочипов. Анализ полученных данных показывает одновременное участие воспаления и дегенерацию фоторецепторов в течение RD.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Основной терапевтической цели в отслойка сетчатки (RD), чтобы найти способ ограничить фоторецептора повреждения клеток и воспаление сетчатки в результате разделения фоторецепторов от сетчатки пигментированных эпителиальных клеток. Во RD, RPE клетки активируются, мигрируют, дедифференцироваться и размножаться на поверхности отслоение сетчатки, оказывая сократительной силы приводит к осложнениям. Транскриптомика анализ RD является способом для выявления целевых генов с измененной экспрессии после RD и, следовательно, будущих терапевтических молекул, которые могли бы улучшить конечный визуальный результат в сочетании с хирургией. Хорошо известно, рибонуклеиновая кислота....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Journal: Процедура восстановления Образцы из операционный блок

В лаборатории

  1. Получить контракты на импорт от компании экспресс-доставки.
  2. Заполнить 10 (или 25) отправка форм с почтовой адрес лаборатории с указанием контактного лица в лаборатории (Номер телефона и адрес электронной почты).
  3. Подготовка 10 (или 25) Образцы форм пронумерованы от 1 до 10 (или 25). Эти формы включают в себя выделенный пространства сообщить о) анонимная идентификация пациента, б) дата операции и в) любые дополнительные замечания хирург хотел бы добавить. Подготовьте 10 (или 25) конверты с окном (150 х 210 мм).
  4. Получали с ис....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Процедура журнала (рис. 1) позволяет восстановить образцы сетчатки от хирургического блока очищенной РНК, а также проанализировать транскриптома отслойки сетчатки. Сетчатки результаты отрядом в регуляция хемотаксиса моноцитов MCP1 CCL2 гена, а в уменьшение экспрессии стержня фоторецепторов трансдукции гена GNAT1, короткая волна конуса опсин OPN1SW и homeogene CRX (рис. 2). Индукция CCL2 в результате воспаления 9, тогда как сопутств.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Развитие процедуру ткани восстановление после хирургического блока была необходима для транскриптом анализа отслойки сетчатки. Следует заметить, что такого рода операции практикуется в чрезвычайной ситуации и о том, что операционная офтальмологи имеют мало времени для участия в программе биологических исследований, когда они работают. Это retinectomy также выполняется стохастически в каждой службе, так что простой способ достичь статистической номерами является работа с сетью. В такой сети, стандартизация коллекции ткан.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы не имеют ничего раскрывать.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Мы благодарим Сашу Райхман и Доминик Santiard-барона за помощь в редактировании протокола очистки РНК.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
ЦентрифугаBeckman CoulterAventi J-E
РоторBeckman CoulterJS-5.3
УльтрацентрифугаBeckman CoulterLE 80K
РоторBeckman CoulterSW41
Источник питанияBioradPac 3000
PolytronTMKinematicaPT 2100В комплекте с PT-DA 2105:2
Аппарат для электрофореза в агарозном гелеBioradMiniGel Cell GT
Imaging System BioradGelDoc-It Imager
5 мл стерильная полиэтиленовая пробиркаGreiner115261
Стерильная полиалломеровая центрифуга пробирка Beckman Coulter331372
Химические реактивыSigmaКласс молекулярной биологии (продукты без РНКазы и ДНКазы)
Чистящий раствор VWRRBS
микрочипAffymetrixHuman U133 плюс 2 матрицы

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Mitry, D., Charteris, D. G., et al. The epidemiology of rhegmatogenous retinal detachment: geographical variation and clinical associations. The British Journal of Ophthalmology. 94 (6), 678(2010).
  2. Green, R. E., Krause, J., et al. A d....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Retinal DetachmentRNA PurificationCesium Chloride UltracentrifugationTranscriptomic AnalysisJouRNAl ProcedureHuman Retinal SpecimensInflammation MarkersPhotoreceptor DegenerationGene Expression AnalysisGel Electrophoresis

Related Articles