Методическая статья

Комплексная Протокол о ручном Сегментация медиальных отделов височных долей структур

DOI:

10.3791/50991

⸱

2 июля 2014 г.

 ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Psychology Department, University of Illinois Urbana-Champaign, 2Neuroscience Program, University of Illinois Urbana-Champaign, 3Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois Urbana-Champaign

* These authors contributed equally

В этой статье

Уведомление об исправлении

Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice

Краткое содержание

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Текущая работа предоставляет комплексный набор рекомендаций по ручному отслеживанию структур медиальной височной доли (MTL). Этот протокол может применяться к исследованиям, включающим структурные и/или комбинированные структурно-функциональные магнитно-резонансные томографические исследования (МРТ) как в здоровых, так и в клинических группах.

Аннотация

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

В настоящем документе описывается комплексный протокол для ручного отслеживания множества областей мозга, состоящий медиальных отделов височных долей (MTL): миндалины, гиппокамп, и связанные с парагиппокампальной регионы (околоносовой, энторинальной и парагиппокампальной собственно). В отличие от большинства других трассировки протоколов, доступных, как правило, сосредоточив внимание на определенных областях MTL (например, миндалины и / или гиппокампа), интегративная перспектива принята руководящих принципов, присутствующих трассировки позволяет четко локализации всех MTL субрегионов. Благодаря интеграции информации из различных источников, в том числе сохранившиеся протоколы трассировки отдельно целенаправленного воздействия на различные MTL структуры, гистологические отчеты и атласы мозга, и с дополнением иллюстративных визуальных материалов, настоящее протокол обеспечивает точное, интуитивное и удобное руководство для понимания MTL анатомия. Потребность в таких принципов трассировкиКроме того, подчеркивается, иллюстрируя возможные различия между автоматическим и ручным протоколов сегментации. Эти знания могут быть применены к исследований с участием не только структурные исследования МРТ, но и структурно-функциональный колокализация и сигнал МРТ извлечение из анатомически определенных трансформирования, у здоровых и клинических групп, так.

Введение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Медиальных отделов височных долей (MTL), предполагаемый район самом высоком уровне интеграции сенсорной информации 1, был частым предметом целевых анализов. Например, гиппокамп и связанные с ними области парагиппокампальной были широко изучены в исследованиях памяти 2-5. Кроме того, роль миндалевидного тела неоднократно подчеркивается в исследования в области изучения обработку эмоций и эмоций-познания взаимодействия 6-11. В последнее время различные MTL регионы также получили внимание в новой области личности неврологии, которая связывает структуру и функции этих и других областях мозга, чтобы индивидуальные вариации в личностных черт 12. Оценивая анатомию и функцию MTL структур может быть важно для облегчения диагностики дегенеративных заболеваний, где конкретные структурные и функциональные аномалии могут происходить в разных структурах MTL. Например, при болезни Альцгеймера (AD), значительноетрофей энторинальной коре и гиппокампе можно наблюдать 13,14, и атрофия гиппокампа может предсказать переход от легкого когнитивного расстройства до 15 г. н. Автоматические алгоритмы сегментации последнее время стали популярны для сегментации корковых и подкорковых структур, но, как и любой инструмент, эти программы неизбежно возникают ошибки в некоторых случаях. В таких случаях исследователь должен быть оборудован как знания и руководящих принципов, признавших анатомические границы в MTL структур. Тенденция в существующих литературы в том, чтобы против отдельных субрегионов MTL 16-21, со многими протоколами, стремящихся сосредоточиться на гиппокампе 16-19.

В отличие от большинства имеющихся опубликованных принципов для MTL трассировки, Настоящий Протокол предоставляет полный набор руководящих принципов, которые позволяют четкой локализации всех MTL субрегионов. Трассировка руководящие принципы для следующих MTL структур описаны: миндалина (МОЙ), гиппокамп (НС), околоносовых кора (КНР), энторинальной коры (ERC), и парагиппокампальной коры (ПМСП). Эми и ХК прослеживаются сначала, и затем следуют парагиппокампальной извилины (PHG) структур. Обратите внимание, что общий термин ХК используется здесь для обозначения формирования HC, которая охватывает НС надлежащего, в подлежащая ткань, и заднего сегмента ункуса 22-24. Кроме того, обратите внимание, что ПХГ можно разделить на два сегмента, части передней и задней части. В передней части ПХГ, он может быть разделен на боковой и медиальной передней PHG, чьи областях коры соответствуют КНР и ERC, соответственно. ПМСП, кортикальная область задней части ПХГ, соответствует парагиппокампальной коры правильной. По соображениям простоты, мы будем использовать термины КНР и ERC, чтобы обратиться к боковой и медиальной передней PHG, и ПМСП для обозначения задней ПХГ. Segmentation для каждой структуры начинается с грубой локализации передней и задней границ, наряду с другими соответствующими памятников, который затем следуют фактического отслеживания выполненных ломтик-на-ломтик во фронтальной плоскости, в anterior-posterior/rostro-caudal направление. Во всех случаях, сагиттальной и осевые секции внимательно следить, чтобы помочь локализацию анатомических границ и ориентиров.

Потребность в таких принципов розыска также показано на рисунках, отображающих возможные различия между выходе автоматическом и ручном протоколов сегментации. Преимущество протокола, который описывает все MTL структур в текущем визуальном формате, что вариации в анатомии (например, обеспечение борозда [CS] глубина), которые могут повлиять определения границ могут быть описаны в контексте с окружающим анатомия (например, , КНР и ERC медиальной и латеральной границы варьироваться в зависимости от местоположения глубины CS 25 ). Это может быть не ясно, или понятной для неопытного индикатора или опытный индикатора, которые только следы одного или отдельные структуры, и, насколько нам известно, такой визуально комплексное руководство не существует.

Настоящий протокол является явной представление руководящих принципов, используемых для MTL трассировки в прежнее расследование выявления дифференциальных взносов от MTL субрегионов к памяти повышения эффекта эмоций 26, адаптированы к более высокое разрешение изображения мозга, разрешенных последних событиях в структурной магнитного резонанса (МРТ) . Трассировка показано на сканов, полученных из здоровых добровольцев (женского, в возрасте 24), с помощью сканера 3T MR. Анатомические изображения были приобретены в 3D MPRAGE (TR = 1800 мс; TE = 2,26 мс; FOV = 256 х 256 мм, размер воксел = 1 х 0,5 х 0,5 мм) с углом, параллельно приобретения до AC-ПК. Если данные изображения получены с другой точки зрения приобретения, например, косой ориентации, данные должны быть регridded к параллельно или перпендикулярно ориентации на AC-ПК, так что анатомические описания ориентир перевести соответствующим образом. Изображения были затем переведены в формат NIFTI и вклад в сегментации программного обеспечения 27 для ручного отслеживания. Данные сканирования, используемые в текущем протоколе была собрана в рамках исследования, которое было одобрено Institutional Review Board в и волонтера, предоставленной письменное согласие.

Привлекая информацию из различных отдельными протоколами трассировки для этих структур 18-22,28-31, а также от анатомических анализов и атласов 23,32,33, Настоящий Протокол представляет собой комплексный набор руководящих принципов, которые касаются несоответствия в существующих литературы. Дополненный сопроводительных визуальных материалов, эта работа, как ожидается, способствовать четкое понимание MTL структур, и расшевелить интерес для дальнейших исследований в принятии ручной сегментации, либо в качестве основного метода MTL трассировки или как supplementaМетод ры для автоматической сегментации. Предоставляя точную, интуитивно понятный и удобный путеводитель для понимания MTL анатомию, этот протокол поможет исследователям определить местоположение всех MTL субрегионов, относительно соседних структур, даже если только некоторые MTL структуры специально предназначены для анализа. Это позволит не только повысить точность локализации, но также поможет трейсеры принимать обоснованные решения в случаях морфологической изменчивости, что весьма вероятно, в MTL. Эти руководящие принципы могут быть применены к исследованию с участием структурных и / или функциональных МРТ исследования в MTL, в том числе объемных анализов и мозга обнаружения аномалий, а также локализующих процедур функциональной, анатомических и tractographic анализов, у здоровых групп. В настоящем протокол также может быть использован для информирования сегментацию MTL структур для пациентов (например, больных с атрофией), если основные анатомические ориентиры относительно сохраняется. Трассировка клиническую темуДанные s'-может занять дополнительное время и усилия, в зависимости от тяжести атрофии и / или анатомических изменений.

Это важно учитывать различия между извилин и коры при определении рентабельности инвестиций. Анатомически извилины здесь относится как белого вещества и серого вещества, в то время как кора относится к серое вещество только. В зависимости от предполагаемого использования ROI, сегментация может включать белое вещество или исключить его.

Мы рекомендуем трассировку, которые должны выполняться последовательно, подструктуры по подструктуры, одно полушарие за один раз. Некоторые программные пакеты 34 позволяют для отслеживания границы, описанные на один ломтик для вставки на последующих ломтиками, особенность, которая ускоряет процесс. Это всегда целесообразно, чтобы сослаться на противоположную полушарие по мере необходимости, с целью проверки на соответствие через двух сторон (например, в выявлении анатомические ориентиры). Кроме того, параллельно отслеживание тех же структур в двух полушариис также может быть выполнена. Независимо от того, трассировка последовательный или параллельный, как только процесс будет завершен, трассеры надо проверить и перепроверить конечный результат и внести коррективы по мере необходимости, ссылаясь оба полушария и несколько представлений на самолет. В зависимости от опыта индикатора и разрешения данных изображений, ручная сегментация MTL для здоровых данных, подлежащих может занять от 8-10 часов и более, в случае начинающего трейсера, до 3-4 часов, в Случай опытных один.

figure-introduction-1
Рисунок 1. 3D обзор MTL, прослеживается с использованием настоящего протокола. Структуры, показанные здесь, ЭМИ (красный), ХК (синий), КНР (желтый), ERC (розовый), а ПМСП (зеленый) .

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Миндалевидного

  1. Передние Ломтики на AMY
    1. Определить первый кусочек AMY, в котором изначально появляется Лимен островок, где связь белое вещество между лобной и височной долей непрерывна и видны 30. В корональной зрения, использовать угловую расслоение как нижнебоковой границе Эми.
    2. Найдите зрительный перекрест в качестве ориентира для появления Эми. Используйте осевые и сагиттальной вид отличить AMY на ранних ломтиками от окружающего ункуса. Следуйте белого вещества тракт вокруг AMY в осевом целью исключить энторинальной область 32.
    3. Перемещение кзади, определите первый кусочек, в котором передняя спайка непрерывна на протяжении обоих полушариях 28, где Эми видны в его типичной форме. Проследите AMY против часовой стрелки с помощью энторинальной борозды как superomedial границы, воображаемой линии от дна на semianular sulcuс вдоль белого вещества с нижней оконечности AMY как inferomedial границы, временной ствола, как боковой границы и обратно к энторинальной борозды, чтобы завершить трассировку 31.
  2. Задние Ломтики на AMY
    1. Следует отметить, что на этом уровне, как и AMY HC могут видеть в том же среза (ов).
    2. Тем не менее в корональной зрения, определить последний кусочек AMY где структура превосходит медиальной продлении временной рога бокового желудочка 36 (или Алвойсе если желудочек нет) и сбоку от крючковой извилины, выступа главы НС. Проверьте сагиттальной и осевые представления для точного и последовательного отслеживания.
    3. Нарисуйте воображаемую линию от дна в нижней круговой борозде островка зрительного тракта в верхней границе AMY 31, который также отличает его от серого вещества бледного шара и путамен.
    4. Обведитеполулунных извилина как superomedial границы и исключить крючковидный извилины 32. Используйте уступает рог бокового желудочка и временную стебель для боковой разграничения.
  3. Последовательные Ломтики на AMY в передне-заднем направлении
    1. Систематически проследить AMY ломтик-на-кусочек использовании соответствующих руководящих принципов выше. На переднем части Эми, использовать те же границы, что и для переднего-большей ломтик; наоборот, на заднем части Эми, использовать те же границы, что и для задне-самых среза.
    2. Продолжайте использовать осевые и сагиттальной вид, чтобы помочь определить и доработать Эми границы.

2. Гиппокамп

  1. Локализация HC
    1. Начать отслеживание HC когда временное рог бокового желудочка появляется вдоль нижнебоковой границе Эми. Если временная рог бокового желудочка уже присутствует на предыдущих ломтиками, обратите внимание, что еэ начало ХК Затем указывается височной рога бокового желудочка расширения и растяжения superolaterally.
    2. End отслеживание НС с его последнего появления inferomedial на треугольник бокового желудочка 31. Всегда использовать альтернативные взгляды, чтобы помочь локализовать НС и свои границы.
  2. Пограничные Определения НС
    1. Очертить боковое HC против височной рога. В случаях, когда временная рог бокового желудочка не достаточно ощутимо, и исключить один ряд объемных элементов из сегментации для обозначения его.
    2. Книзу, используйте угловую расслоение (или его мнимую его имени) в полости желудочковой отделить углеводородов из ПХГ. Используйте ALVEUS вместе с бахромки как верхней границы. Трассировка HC с использованием тех же определения повсюду.
    3. Кроме того, включать подлежащая ткань в сегментации, так что он медиально граничит с белого вещества связку в ПХГ, сверху выравниваетс кривая ункуса и проходит в основном горизонтально от HC 37. Трассировка кзади, поддерживать эти определения, пока шпорной борозда не вмешивается.
  3. Отмечая Подразделения HC
    1. Обратите внимание, что ХК можно разделить на три сегмента: голова, тело и хвост.
    2. Используйте внешний вид UNCAL вершине, чтобы отметить переход от головы ХК к телу HC, и быстрое возрастания и расширение в размере, который обычно совпадает с появлением голени свода, для обозначения появление хвоста HC 23,30,38.
  4. Обратите особое внимание при трассировке следующие структуры.
    1. Включите заднюю ункуса в сегментации.
    2. Пропустить сосудистое сплетение над Алвойсе от сегментации по корональных ломтиками, хотя это не может быть возможно картинки с низким разрешением.
    3. Обратитесь к двум альтернативным видом, чтобы избежать включения в хвост сaudate и pulvinar на верхней стороны хвоста HC.
    4. Избегайте включение пучковой извилины, отметив его появление на уровне голени свода, где изначально она отделена от гиппокампа хвостом по Fasciola стегеа и более кзади становится серое вещество превосходит шпорной борозды 32.

figure-protocol-1
Рисунок 2. Представитель сагиттальной кусочек MTL прослеживается с использованием настоящего протокола, показывая его фактическое положение в мозге, и относительных положений среди его основных структур, т. е. ЭМИ (красный), ХК (синий), КНР (желтый), ERC (розовый), а ПМСП (зеленый).

3. Парагиппокампальной Gyrus

  1. Отмечая Подразделения ПХГ
    1. Обратите внимание, что около PHGн разделить на два основных сегмента: передняя PHG (т.е. КНР и ERC), а задняя PHG (т.е. ПМСП).
    2. Отметим, что в переднем сегменте, КНР появляется раньше, чем ERC, и фланги его сбоку через весь ее ход.
    3. После того, как ERC исчезает, обратите внимание, что КНР включает в категорию свое место на ПХГ и продолжает на 3 мм.
    4. Помимо этого сегмента, проследить задней PHG, где PHC берет на себя ширины PHG до ее конца 30.
  2. Передние Кусочки в ПХГ
    1. Определите первую кусочек КНР с появлением CS 25,39. Перед наступлением ERC, проследить КНР от медиального края боковой берегу CS к боковой дна в извилине Швальбе, или, что медиальной единицу, если две извилины из Швальбе присутствуют, или середина спинной temporopolar поверхность в отсутствие этой извилины 25,39.
    2. Начните проследить ERC 5 мм вnterior к Лимен теплоизоляцию 40,41.
    3. Продолжить прослеживая ERC помощью глазного дна медиальной temporopolar борозды как высшего конце 40 и глазного дна в полукольцевой борозды после появления ЭМИ, или точку, где мнимая расширение углового пучка соответствует полости желудочковой если полукольцевой борозда неотличимы 25. Обратите внимание, что она распространяется книзу, чтобы встретить желудочка полость или пиальных поверхность непосредственно.
    4. Граница между КНР и ERC может варьироваться от среза нарезать.
      1. Когда CS глубока (≥ 1,5 см), следовые КНР от медиального края медиальной берегу этой борозды, в средней точке его боковой банка 25.
      2. В случаях с регулярной CS (глубиной 1-1,5 см), следовые КНР как на участке от средней точки берегу медиальной коллатеральной борозды на медиальной конца боковой берегу борозды 25.
      3. С мелкой CS (<1 см), проследить КНР от дна этого борозды к середине короне веретенообразной извилине 25.
    5. Когда CS прерывается, как правило, на уровне UNCAL вершине, от небольшого извилины, выходящих из его дна, проследить КНР в глазном дне латеральной борозды 25. Включение или исключение белого вещества в соответствии с цели на ROI.
    6. Трассировка не ЕСНИ до 1,5 мм кзади от UNCAL вершине, или к концу извилины intralimbicus 42.
    7. Продлить отслеживание КНР медиально занять место ERC после его окончания, где определения для последнего продолжать применяться до 4,5 мм кзади от UNCAL вершине, или к концу извилины intralimbicus 42. КНР затем заменяется на ПМСП 25,30.
  3. Задние Кусочки в ПХГ
    1. Начните проследить ПМСП на срез задней до конца КНР, до 4 мм кзади не тон в конечном из ХК хвоста 32. Альтернативные определения из литературы описаны в разделе обсуждения. Опять же, включать или исключать белое вещество в зависимости от цели.
    2. Очертить PHC, используя тот же метод, описанный в задней части КНР после исчезновения ERC. Кроме того, использование белого вещества поясного как верхний край, как только он появляется. Продолжайте отслеживание таким образом до появления шпорной борозды, которая ограничивает ПМСП superomedially к нижнему краю борозды 30.
    3. Если мини-борозда предстать перед появлением шпорной борозды, включить его в сегментации, но будьте осторожны в дифференциации его от шпорной борозды.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Иллюстрация возможные различия между ручной и автоматической сегментации

3D модель ручной сегментации для Эми, HC, КНР, ERC и ПМСП показано на рисунке 1, и сагиттальном разрезе сегментации показано на рисунке 2. Для целей иллюстрации крайние возможные различия между ручной и автоматический обводка, ломтики AMY от представителя субъекта с ошибочного автоматизированной сегментации были сопоставлены с ручным трассировки (см. рисунок 3

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Традиционно руководство сегментация была считается золотым стандартом многими исследователями. Тем не менее, точное разграничение отдельных структур осложняется весьма переменной морфологии MTL структур, и по обычно слабых МРТ контрастов этих структур против окружающих нервной ткани и не нейронных областей. Исторически, были противоречивые описания в литературе для некоторых MTL структур. В некоторых случаях сегментации КНР, например, залог борозда была описана как прервал 40,41, но это было ранее описано в д...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

У авторов нет конфликта интересов, которые можно было бы заявлять.

Благодарности

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Это исследование было поддержано финансированием FD. MM получила поддержку стипендии IGERT в рамках гранта Национального научного фонда No 0903622. Авторы выражают благодарность членам лаборатории Dolcos за помощь в сборе и подготовке данных.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
ITK-SNAPКоманда ITK-SNAP в Университете Пенсильвании и Университете ЮтыITK-SNAP версии 2.2
FSLГруппа анализа функциональной магнитно-резонансной томографии мозга (FMRIB)FSL v4.1
МР-сканер Siemens Magnetom Trio 3TSiemensMagnetom Trio 3T

Ссылки

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Amaral, D. G. Introduction: what is where in the medial temporal lobe. Hippocampus. 9, 1-6 (1999).
  2. Squire, L. R., Zola-Morgan, S. The medial temporal lobe memory system. Science. 253 (5026), 1380-1386 (1991).
  3. Eichenbaum, H., Otto, T., Cohen, N. J. The hippocampus: what does it do. Behavioral & Neural Biology. 57 (1), 2-36 (1992).
  4. Henke, K., Buck, A., Weber, B., Wieser, H. G. Human hippocampus establishes associations in memory. Hippocampus. 7 (3), 249-256 (1997).
  5. Tulving, E., Markowitsch, H. J. Episodic and declarative memory: role of the hippocampus. Hippocampus. 8 (3), 198-204 (1998).
  6. Dolcos, F., Iordan, A. D., Dolcos, S. Neural correlates of emotion–cognition interactions: a review of evidence from brain imaging investigations. Journal of Cognitive Psychology. 23 (6), 669-694 (2011).
  7. Davidson, R. J., Irwin, W. The functional neuroanatomy of emotion and affective style. Trends in Cognitive Sciences. 3 (1), 11-21 (1999).
  8. Lindquist, K. A., Wager, T. D., Kober, H., Bliss-Moreau, E., Barrett, L. F. The brain basis of emotion: a meta-analytic review. The Behavioral and Brain Sciences. 35 (3), 121-143 (2012).
  9. Phan, K. L., Wager, T., Taylor, S. F., Liberzon, I. Functional neuroanatomy of emotion: a meta-analysis of emotion activation studies in PET and fMRI. Neuroimage. 16 (2), 331-348 (2002).
  10. Wager, T. D., Phan, K. L., Liberzon, I., Taylor, S. F. Valence, gender, and lateralization of functional brain anatomy in emotion: a meta-analysis of findings from neuroimaging. Neuroimage. 19, 513-531 (2003).
  11. Zald, D. H. The human amygdala and the emotional evaluation of sensory stimuli. Brain Research Reviews. 41, 88-123 (2003).
  12. DeYoung, C. G., Hirsh, J. B., Shane, M. S., Papademetris, X., Rajeevan, N., Gray, J. R. Testing predictions from personality neuroscience: brain structure and the big five. Psychological Science. 21 (6), 820-828 (2010).
  13. Visser, P. J., Verhey, F. R., Hofman, P. A., Scheltens, P., Jolles, J. Medial temporal lobe atrophy predicts Alzheimer’s disease in patients with minor cognitive impairment. Journal of Neurology, Neurosurgery, & Psychiatry. 72 (4), 491-497 (2002).
  14. Ezekiel, F., et al. Comparisons between global and focal brain atrophy rates in normal aging and Alzheimer disease. Alzheimer Disease & Associated Disorders. 18 (4), 196-201 (2004).
  15. de Leon, M. J., et al. Imaging and CSF studies in the preclinical diagnosis of Alzheimer’s disease. Annals of the New York Academy of Sciences. 1097, 114-145 (2007).
  16. Boccardi, M., et al. Survey of protocols for the manual segmentation of the hippocampus: preparatory steps towards a joint EADC-ADNI harmonized protocol. Journal of Alzheimer's Disease. 26, 61-75 (2011).
  17. Konrad, C., Ukas, T., Nebel, C., Arolt, V., Toga, A. W., Narr, K. L. Defining the human hippocampus in cerebral magnetic resonance images-an overview of current segmentation protocols. Neuroimage. 47 (4), 1185-1195 (2009).
  18. Hasboun, D., et al. MR determination of hippocampal volume: comparison of three methods. American Journal of Neuroradiology. 17 (6), 1091-1098 (1996).
  19. Pantel, J., et al. A new method for the in vivo volumetric measurement of the human hippocampus with high neuroanatomical accuracy. Hippocampus. 10, 752-758 (2000).
  20. Entis, J. J., Doerga, P., Barrett, L. F., Dickerson, B. C. A reliable protocol for the manual segmentation of the human amygdala and its subregions using ultra-high resolution MRI. Neuroimage. 60 (2), 1226-1235 (2012).
  21. Goncharova, I. I., Dickerson, B. C., Stoub, T. R., deToledo-Morrell, L. MRI of human entorhinal cortex: a reliable protocol for volumetric measurement. Neurobiology of Aging. 22, 737-745 (2001).
  22. Watson, C., et al. Anatomic basis of amygdaloid and hippocampal volume measurement by magnetic resonance imaging. Neurology. 42 (9), 1743-1750 (1992).
  23. Duvernoy, H. The human hippocampus: functional anatomy, vascularization, and serial sections with MRI. Third Edition. , Springer-Verlag Berlin Heidelberg. (2005).
  24. Amaral, D. G., Witter, M. P. The three-dimensional organization of the hippocampal formation: a review of anatomical data. Neuroscience. 31 (3), 571-591 (1989).
  25. Insausti, R., et al. MR volumetric analysis of the human entorhinal, perirhinal, and temporopolar cortices. American Journal of Neuroradiology. 19 (4), 659-671 (1998).
  26. Dolcos, F., LaBar, K. S., Cabeza, R. Interaction between the amygdala and the medial temporal lobe memory system predicts better memory for emotional events. Neuron. 42 (5), 855-863 (2004).
  27. Yushkevich, P. A., et al. User-guided 3D active contour segmentation of anatomical structures: significantly improved efficiency and reliability. Neuroimage. 31 (3), 1116-1128 (2006).
  28. Bonilha, L., Kobayashi, E., Cendes, F., Li, M. L. Protocol for volumetric segmentation of medial temporal structures using high-resolution 3-D magnetic resonance imaging. Human Brain Mapping. 22 (2), 145-154 (2004).
  29. Bronen, R. A., Cheung, G. Relationship of hippocampus and amygdala to coronal MRI landmarks. Magnetic Resonance Imaging. 9 (3), 449-457 (1991).
  30. Pruessner, J. C., et al. Volumetry of temporopolar, perirhinal, entorhinal and parahippocampal cortex from high-resolution MR images: considering the variability of the collateral sulcus. Cerebral Cortex. 12 (12), 1342-1353 (2002).
  31. Pruessner, J. C., et al. Volumetry of hippocampus and amygdala with high-resolution MRI and three-dimensional analysis software: minimizing the discrepancies between laboratories. Cerebral Cortex. 10 (4), 433-442 (2000).
  32. Duvernoy, H. The human brain: surface, three-dimensional sectional anatomy with MRI, and blood supply. Second Edition. , Springer-Verlag Wien. (1999).
  33. Amaral, D. G., Lavenex, P., et al. in The hippocampus book. Hippocampal neuroanatomy. , Oxford University Press. (2006).
  34. Blaizot, X., et al. The human parahippocampal region: I. temporal pole cytoarchitectonic and MRI correlation. Cerebral Cortex. 20 (9), 2198-2212 (2010).
  35. Ding, S. -L., Van Hoesen, G. W. Borders, extent, and topography of human perirhinal cortex as revealed using multiple modern neuroanatomical and pathological markers. Human Brain Mapping. 31 (9), 1359-1379 (2010).
  36. Ding, S. -L., Van Hoesen, G. W., Cassell, M. D., Poremba, A. Parcellation of human temporal polar cortex: a combined analysis of multiple cytoarchitectonic, chemoarchitectonic, and pathological markers. The Journal of Comparative Neurology. 514 (6), 595-623 (2009).
  37. Frankó, E., Insausti, A. M., Artacho-Pérula, E., Insausti, R., Chavoix, C. Identification of the human medial temporal lobe regions on magnetic resonance images. Human Brain Mapping. 35 (1), 248-256 (2014).
  38. Lehmann, M., et al. Atrophy patterns in Alzheimer's disease and semantic dementia: a comparison of FreeSurfer and manual volumetric measurements. Neuroimage. 49 (3), 2264-2274 (2010).
  39. Winterburn, J. L., et al. A novel in vivo atlas of human hippocampal subfields using high-resolution 3T magnetic resonance imaging. Neuroimage. 74, 254-265 (2013).
  40. Malykhin, N. V., Bouchard, T. P., Ogilvie, C. J., Coupland, N. J., Seres, P., Camicioli, R. Three-dimensional volumetric analysis and reconstruction of amygdala and hippocampal head, body and tail. Psychiatry research. Neuroimaging. 155 (2), 155-165 (2007).
  41. Patenaude, B., Smith, S. M., Kennedy, D. N., Jenkinson, M. A Bayesian model of shape and appearance for subcortical brain segmentation. Neuroimage. 56 (3), 907-922 (2011).
  42. Smith, S. M., et al. Advances in functional and structural MR image analysis and implementation as FSL. Neuroimage. 23, (2004).
  43. Woolrich, M. W., et al. Bayesian analysis of neuroimaging data in FSL. Neuroimage. 45, (2009).
  44. Smith, S. M. Fast robust automated brain extraction. Human Brain Mapping. 17 (3), 143-155 (2002).
  45. Morey, R. A., et al. A comparison of automated segmentation and manual tracing for quantifying hippocampal and amygdala volumes. Neuroimage. 45 (3), 855-866 (2009).
  46. Baldassano, C., Beck, D. M., Fei-Fei, L. Differential connectivity within the parahippocampal place area. Neuroimage. 75, 228-237 (2013).
  47. Shrout, P. E., Fleiss, J. L. Intraclass correlations: uses in assessing rater reliability. Psychological Bulletin. 86 (2), 420-428 (1979).
  48. Bland, J. M., Altman, D. G. A note on the use of the intraclass correlation coefficient in the evaluation of agreement between two methods of measurement. Computers in Biology and Medicine. 20, 337-340 (1990).
  49. Yushkevich, P. A., et al. A high-resolution computational atlas of the human hippocampus from postmortem magnetic resonance imaging at 9.4 T. Neuroimage. 44 (2), 385-398 (2009).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Исправление

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Formal Correction: Erratum: A Comprehensive Protocol for Manual Segmentation of the Medial Temporal Lobe Structures
Posted by JoVE Editors on 9/01/2014. Citeable Link.

A correction was made to A Comprehensive Protocol for Manual Segmentation of the Medial Temporal Lobe Structures. Table 1 and its legend were updated. References 10 and 14 were also updated.

The references were updated from:

  1. Wager, T. D. & Smith, E. E. Neuroimaging studies of working memory: a meta-analysis. Cognitive, Affective & Behavioral Neuroscience. 3(4), 255-274 (2003).
  1. Scheltens, Ph, et al. Atrophyofmedialtemporallobeson MRIin 'probable' Alzheimer's disease and normal ageing: diagnostic value and neuropsychological correlates. Journal of Neurology, Neurosurgery, and Psychiatry. 55(10), 967-972, (1992).

to:

  1. Wager, T. D., Phan, K. L., Liberzon, I., & Taylor, S. F. Valence, gender, and lateralization of functional brain anatomy in emotion: a meta-analysis of findings from neuroimaging. Neuroimage. 19 (3), 513-31, doi:10.1016/S1053-8119(03)00078-8 (2003).
  1. de Leon, M. J. et al. Imaging and CSF studies in the preclinical diagnosis of Alzheimer's disease. Annals of the New York Academy of Sciences. 1097, 114-145, doi:10.1196/annals.1379.012 (2007).

Table 1 had its legend updated from:

Table 1. Representative volumetric results of the bilateral AMY and the HC of a single subject, from manual tracing using the present protocol and automatic segmentation. Automatic segmentation has underestimated the volume of each of the four structures compared. Corrected volume was calculated as the ratio between Voxel volume and Intracranial volume (ICV). For this subject, ICV = 1446616.73 mm3.

to:

Table 1. Representative volumetric results of the bilateral AMY and the HC of a single subject, from manual tracing using the present protocol and automatic segmentation. Automatic segmentation has misestimated the volume of each of the four structures compared. Corrected volume was calculated as the ratio between Voxel volume and ICV. For this subject, ICV = 1599482.11 mm3. Please click here to view a larger version of this figure.

Теги

3D

Похожие статьи