RESEARCH
Peer reviewed scientific video journal
Video encyclopedia of advanced research methods
Visualizing science through experiment videos
EDUCATION
Video textbooks for undergraduate courses
Visual demonstrations of key scientific experiments
BUSINESS
Video textbooks for business education
OTHERS
Interactive video based quizzes for formative assessments
Products
RESEARCH
JoVE Journal
Peer reviewed scientific video journal
JoVE Encyclopedia of Experiments
Video encyclopedia of advanced research methods
EDUCATION
JoVE Core
Video textbooks for undergraduates
JoVE Science Education
Visual demonstrations of key scientific experiments
JoVE Lab Manual
Videos of experiments for undergraduate lab courses
BUSINESS
JoVE Business
Video textbooks for business education
Solutions
Language
ru_RU
Menu
Menu
Menu
Menu
A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Research Article
Sang-Hyuck Park1, Rebecca Garlock Ong2, Chuansheng Mei3, Mariam Sticklen4
1The School of Plant Sciences,University of Arizona, 2Department of Chemical Engineering and Materials Science, DOE Great Lakes Bioenergy Research Center,Michigan State University, 3The Institute for Sustainable and Renewable Resources,The Institute for Advanced Learning and Research, 4Department of Plant, Soil and Microbial Sciences,Michigan State University
Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.
Erratum Notice
Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice
Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Двухцепочечной РНК-интерференция (dsRNAi) метод используется для подавляют кукурузы циннамоил коэнзима А редуктазы (ZmCCR1) гена к более низким содержанием лигнина растений. Лигнин понижающая регуляция от клеточной стенки визуализируется с помощью микроскопических анализов и количественно методом Класона. Композиционные изменения в гемицеллюлозы и кристаллической целлюлозы анализируются.
Чтобы облегчить использование лигноцеллюлозной биомассы как альтернативного ресурса биоэнергии, во время биологических процессов конверсии, шаг предварительной обработки необходим, чтобы открыть структуру клеточной стенки растений, повышение доступности клеточной стенки углеводов. Лигнин, полифенольных материал присутствует во многих видах клеточной стенки, как известно, значительное препятствие для доступа фермента. Снижение содержания лигнина до уровня, который не мешает структурной целостности и оборонной системы растения может быть важным шагом для снижения затрат на производство биоэтанола. В этом исследовании, мы генетически подавляется один из биосинтеза связанных генов лигнина, циннамоил-КоА редуктазы (ZmCCR1) через мель техники РНК-интерференции двойной. ZmCCR1_RNAi конструкция была интегрирована в геном кукурузы с использованием метода бомбардировки частицами. Трансгенные растения кукурузы росли нормально по сравнению с контрольными растениями дикого типа, без вterfering с ростом биомассы или защитных механизмов, за исключением показа-коричневого окрашивания в трансгенных растений листовых середине ребра, шелухи, и стеблей. Микроскопические анализы, в сочетании с гистологическим анализом, показали, что лист склеренхимные волокна тоньше, но структура и размер других основных компонентов сосудистой системы не было изменено. Содержание лигнина в трансгенной кукурузы был уменьшен на 7-8.7%, содержание кристаллической целлюлозы был увеличен в ответ на сокращение лигнина и гемицеллюлозы осталась неизменной. Анализы может означать, что поток газа можно было бы сместился с биосинтезе лигнина в биосинтезе целлюлозы. Эта статья очерчивает процедуры, используемые для подавляют содержание лигнина в кукурузе через технологии РНК-интерференции, и анализы клеточной стенки композиционное используется для проверки эффекта изменений на структуру клеточной стенки.
Производство биотоплива из биомассы лигноцеллюлозы весьма желательно в связи с его нынешней изобилии в США 1, а в случае устойчивого урожая сельскохозяйственных и лесохозяйственных остатков, способность не конкурируют непосредственно для пахотных земель, используемых для пищевой и животного производства кормов. Однако, в отличие зерна кукурузы, которая является основным источником биотоплива в настоящее время, генерируемой в США, лигноцеллюлозные материалы являются значительно более сложными и трудно сломать. В дополнение к длинной цепью углеводов, целлюлозы и гемицеллюлозы, которые являются основными источниками сахара в процессе ферментации лигноцеллюлозных материалов, многих типов клеточных стенок растений также содержат лигнин, в фенилпропаноидного полимера, который обеспечивает прочность, защиту от атаки патогена, и гидрофобность на мобильные стены. В то время как необходимо для роста растений и выживания, лигнин также представляет существенный барьер для успешного ферментативного превращения целлюлозы и hemicelluпроиграть растворимых сахаров. Материалы с высоким содержанием лигнина, как правило, менее желательные материалы как для биотоплива (через пути биологической конверсии) и целлюлозно-бумажной промышленности в связи с негативным воздействием на технологические свойства и качество продукции. Таким образом, генетические манипуляции растительных материалов для сокращения лигнина на уровне, который не вмешивается в растениеводстве структурной прочности и ракетных комплексов может быть важным для снижения издержек производства как для лигноцеллюлозной биотоплива и целлюлозно-бумажной промышленности.
У кукурузы (Zea Mays), лигнин ковалентно сшиты с гемицеллюлозы в первичной клеточной стенки через ферулата и diferulate мостов 2. Лигнин-гемицеллюлоза комплекс связывается с микрофибрилл целлюлозы с помощью водородных связей, образуя сложную матрицу, которая придает целостность и прочность на вторичный клеточной стенки. Механическая прочность клеточных стенок растений во многом определяется типом Lignin субъединиц 3-5. В предыдущих исследованиях, изменяя пропорции лигнина субъединиц не проявляет четкую тенденцию по ферментативной усвояемости 6-11. Тем не менее, снижение содержания лигнина в целом свидетельствуют об улучшении преобразований 12,13 и может быть ключом к повышению усвояемости растительного материала гидролитических ферментов, включая endocellulases, целлобиогидролаз и β-глюкозидаз 14.
Генной инженерии, чтобы регулировать уровень экспрессии транскриптов широко практикуют для улучшения культур черты. Передовые технологии, в том числе анти-смысле 15 и косупрессии 16 технологий, позволяют эффективно понижающей регуляции генов-мишеней. Полный ген нокаут был также достигнут с помощью генных конструкций, кодирующих интронов-сращены РНК со структурой шпильки 17. Кроме того, двухцепочечной РНК-интерференция (dsRNAi) метод, т.е. это мощный и эффективный экспрессии генов СМИтор, который работает либо ориентации деградации транскриптов или перевод репрессии, обеспечивает сильнодействующим средством, чтобы вызвать широкий спектр эффектов подавления на мРНК-мишени 18. Методы молчание генов показать несколько ограничений. Эти методы не точно регулировать уровень транскрипции, и это может привести к неожиданным эффекты глушителей на других гомологичных генов.
В этом методе мы использовали бомбардировку частицами нести dsRNAi конструкции в геном кукурузы. На сегодняшний день, огромный массив видов растений были успешно трансформированы с использованием бомбардировки частицами, Agrobacterium опосредованной трансформации, электропорации и методы микроинъекции. В генетической трансформации кукурузы, метод бомбардировка частицами имеет преимущество перед всеми другими методами, поскольку он является наиболее эффективным. Бомбардировки частицами не зависит от бактерий, поэтому метод свободен от биологических ограничений, таких как размер гена, видов гена илиИгин или завод генотип. Физический трансген система доставки позволяет с высокой молекулярной массы и ДНК множественные гены, которые будут введены в геномов растений и в некоторых случаях в хлоропласты с высокой эффективностью преобразования 19. Снижение лигнин в сосудистой системе листовой середине ребра могут быть визуализированы с помощью сканирующей электронной микроскопии (СЭМ), который является полезным для изучения топографии и состав образцов.
В растений кукурузы, два из редуктазы циннамоил-КоА (ZmCCR1: X98083 и ZmCCR2: Y15069) генов были обнаружены в геном кукурузы 20. Циннамоил-КоА-редуктазы катализирует превращение сложных эфиров hydroxycinnamoyl-КоА в коричные альдегиды. Мы выбрали ген ZmCCR1 вниз-регулировать этот фермент, потому что ген экспрессируется во всех lignifying тканей. В 523 нуклеотиды в конце 3 'гена ZmCCR1 были выбраны для построения, поскольку dsRNAi последовательности, казалось,более разнообразным по сравнению с теми из ZmCCR2. Таким образом, конструкция dsRNAi бы точно связываться только с ZmCCR1, избегая мимо ворот глушителей 21. ZmCCR1_RNAi конструкт был разработан в цитоплазматической экспрессионной системы ImpactVector1.1 тега (IV 1.1), содержащий зеленой ткани специфический промотор, рибулозо-1, 5-бисфосфаткарбоксилазы оксигеназы (RuBisCO).
Для изучения влияния dsRNAi построить на трансгенных растений, содержание лигнина количественно. Класона (кислота нерастворимых в) измерение лигнин, как известно, более точным по сравнению с кислотными методами количественного моющее средство лигнин, который солюбилизации некоторых из лигнина 22. Таким образом, лигнин Класона была измерена в трансгенных стеблей кукурузы. Эта процедура состоит из кислотного гидролиза двухступенчатой который преобразует полимерные углеводы в растворимые моносахаридов 23. Гидролизованный биомасса была затем фракционировали в кислой растворимого и нерастворимого матеALS и кислота нерастворимый лигнин измеряли в соответствии с предыдущих исследований 23,24. В идеале, анализ лигнин должен включать экстракцию водой и этанолом перед стадией гидролиза, с тем, чтобы удалить растворимые материалы, которые могут повлиять на результаты, а также сгорания после гидролиза лигнина остатка с учетом максимального золы, присутствующих в остатке. Без этих шагов, содержание лигнина образца может быть искусственно завышена. Полный метод представлен здесь, однако для наших экспериментов мы не смогли выполнить оба из этих шагов из-за небольшого объема материала, доступного для тестирования
Два других компоненты клеточной стенки, целлюлоза и гемицеллюлоза были также проанализированы в лигнина вниз регулируется трансгенных линий кукурузы. Было сообщено, что трансгенные растения, которые были вниз регулируется в любом их фенилаланиновой аммиак-лиазы (PAL) 25, 4-coumarate: СоА-лигазы (4CL) 26, или коричный вlcohol дегидрогеназы (CAD) 27 показывают рост других структурных компонентов клеточных стенок. В качестве первого шага в наших исследованиях, кристаллическую целлюлозу измеряли с помощью метода Updegraff 28. Этот метод был первоначально разработан для определения целлюлозы в большом количестве клетчатку бактерий и грибков. Вкратце, молотые запасы кукурузы обрабатывали Updegraff реагента (уксусной кислоты: азотная кислота: вода), чтобы удалить гемицеллюлозы, лигнин и xylosans. Кристаллическая целлюлоза была полностью гидролизуется на глюкозу через Saeman гидролиза, добавив H 2 SO 4. Кристаллическую целлюлозу затем анализировали с помощью колориметрического метода, антрон 29. Чтобы проверить, не изменились содержание гемицеллюлозы, моносахаридные экстракты из измельченных стеблей гидролизуют с использованием трифторуксусной кислоты, производные использованием метода алдитол ацетатный, а затем анализировали с помощью газовой хроматографии (ГХ) 30. Подробные процедуры для кристаллического челанализы lulose контент и матричные полисахариды состав описаны в Фостер и др.. (2010) 31.
Здесь мы описываем процедуры, используемые для лигнина вниз регулирования в кукурузе через технологии РНК-интерференции, бомбардировки преобразования частиц и анализа лигнина для ускоренного деконструкции кукурузы лигноцеллюлозной биомассы в ферментации сахаров для биотоплива.
1. Подготовка dsRNAi конструкции, используемые для понижающей регуляции ZmCCR1
2. Кукуруза генетической трансформации
3. Гистологический Анализ
4. Класона Лигнин Измерение

M PRE = масса предварительно извлеченного биомассы
М POST = Масса после добытой биомассы
M VIAL = масса извлеченного биомассы в сосудик добавл
М ОСТАТКИ = Масса тигля и лигнина остаточныхие
М АШ = Масса тигля и золы
MC = Влажность предварительно извлеченного биомассы, полной массе
5. Анализ Углеводы
Мы показали снижение содержания лигнина в растений кукурузы через RNAi. Метод преобразования бомбардировка частицами дали около 30% эффективности trnasformation. Ген молчание ZmCCR1 последовательно наблюдается в Т0-Т2 поколений. Лигнина снижается трансгены вырос аналогично дикого типа растений кукурузы для отображения коричневый окраску в лист середине грудной, шелухи и стебель исключением. Гистологический анализ показал, что мутантные линии демонстрируют значительное снижение толщины клеточной стенки из Склеренхима волокон в листе кукурузы середине ребра 18. Несмотря на снижение толщины клеточной стенки, структура других крупных сосудистых систем, включая ксилемы судна, флоэмы и оболочки клеток не выявило каких-либо различий по сравнению с контролем дикого типа (рис. 2А) 18. Это означает, что нет никаких вредных эффектов для любой водного транспорта, передачи питательных веществ, или механическую прочность стеблей Iп мутантные линии ZmCCR1_RNAi.
Содержание лигнина измеряют, используя измерение lingin Класона. Рисунок 3 показывает количество кислотно-нерастворимого Класона лигнина (г / кг кон Стовер) в дикого типа кукурузы и ZmCCR1_RNAi трансгенных линий (T1). Три трансгенные линии (1c-4, -5 и -6) показали статистически значимое снижение лигнина (8,1%, 7,0% и 8,7% соответственно) по сравнению с дикого типа растений кукурузы 18. Чтобы определить, был ли поток углерода смещается от лигнина биосинтеза в клеточной стенке углеводные пути биосинтеза, целлюлоза была проанализирована с помощью метода Updegraff. 3А показывает, что две ZmCCR1_RNAi мутантные линии (1b-6 и 1c-6) содержится значительно возросшим числом кристаллического целлюлоза (1,5 и 1,8 раза соответственно) 18. Содержание гемицеллюлозы также был проанализирован. Фиг.4В показывает количество четырех основных компонентов гемицеллюлозы (arabionose, ксилоза, галактоза, глюкоза и). Ни один из четырех углеводных групп не выявлено никаких изменений в мутантных линий 18.

Рисунок 1 Клонирование стратегию dsRNAi плазмиды конструкций для понижающей регуляции в ZmCCR1 PRbcS1:.. Рибулозо бисфосфаткарбоксилазы промотор из хризантемы morifolium Рамат. Т-RbcS1: рибулозо бисфосфаткарбоксилазы небольшое подразделение терминатор из сложноцветных хризантемы. Эта цифра была изменена от Парк и др. (2012) 18.

Рисунок 2. Фенотипический анализ дикого типа кукурузы (Привет-II) и ZmCCR1_RNAiмутант жилки листа. A) коричневое окрашивание было видно в ZmCCR1 вниз регулируемых листьев кукурузы, стеблей кукурузы и шелуха. Б) разрезали поперек листа кукурузы средние жилки листьев дикого типа HI-II (слева) и ZmCCR1_RNAi мутантной линии (справа) окрашивали 0,05% толуидин синий O за 1 мин для визуализации вторичных ксилемы тканей. Красный наконечник указывает клеточные стенки Склеренхима волокон жилки листа. (C) Сканирующей электронной микроскопии (СЭМ) ZmCCR1 вниз регулируется трансгенной кукурузы жилки листа (справа) по сравнению с дикого типа не-трансгенного растения управления (влево). Красная стрелка указывает склеренхима волокна. Эта цифра была изменена от парка и соавт. (2012) 18.

Измерения лигнина Рисунок 3. Класона (ACIг нерастворимых лигнина содержание) дикого типа HI-II и ZmCCR1_RNAi мутанта. Эти три мутантных линий 1c, 1c-5 и 1c-6 было статистически более низкое содержание лигнина, 8,5%, 7,5% и 9,2% соответственно, как процент сухого вещества по сравнению с контрольными растениями дикого типа. Среднее значение ± стандартное отклонение (p <0,05, n = 3). Эта цифра была изменена от парка и соавт. (2012) 18.

Рисунок 4. Клеточная стенка композиционный анализ. Анализ) кристаллическая целлюлоза из ZmCCR1_RNAi линий (парных сравнений Тьюки, * Р <0,05, п = 3). Б) Гемицеллюлоза анализ состава дикого типа кукурузы и ZmCCR_RNAi трансгенных линий кукурузы (T1) с помощью газовой хроматографии (ГХ). Основные пики из хроматограмм Werэ интегрированы, определены на основе времени удерживания и фрагментов ионных подписей, и выражается в процентах моль (P> 0,05, п = 3) (парные сравнения Тьюки, Р> 0,05; п = 3). Эта цифра была повторно от парка и соавт. (2012) 18.

Рисунок 5 процентами сахара (глюкан и ксилана) преобразования для необработанных (UT) и AFEX ТМ-предобработанной (90 ° C, 5 мин) кукурузы Стовер на различных концентраций аммиака (1,0:. 1,0 г NH 3: г сухой биомассы 1.5: 1.5 г NH 3:. г сухой биомассы) Планки погрешностей представляют стандартное отклонение от среднего и основаны на двух повторах для необработанных образцов и четырех повторах (два предварительной обработки повторяет с двумя гидролиза повторяет каждый) для предварительно обработанных образцов. Предварительно обработанные сахара преобразования(24 ч или 72 ч) помеченные различными буквами, являются статистически различными на основе попарных сравнений Тьюки (P <0,05). Эта цифра была повторно от парка и соавт. (2012) 18.
| Средства массовой информации | Химические составы |
| N6OSM | 4 г / л N6 соли |
| (Осмотическое среда) | 1 мл / л N6 витамин складе |
| 2 мг / л 2,4-Д | |
| 100 мг / л мио-инозит | |
| 0,69 г / л пролина | |
| 30 г / л сахарозы | |
| 100 мг / л гидролизата казеина | |
| 36,4 г / л сорбит | |
| 36,4 г / л маннита | |
| 2,5 г / л Gelrite, рН 5,8 | |
| Добавить фильтр стерилизовать нитрат серебра (25 мкм) после автоклавирования | |
| N6E | 4 г / л N6 соли |
| (Каллусогенеза) | 1 мл / л (1000 х) N6 витамин складе |
| 2 мг / л 2,4-Д | |
| 100 мг / л мио-инозит | |
| 2,76 г / л пролина | |
| 30 г / л сахарозы | |
| 100 мг / л гидролизата казеина | |
| 2,5 г / л Gelrite, рН 5,8 | |
| Добавить фильтр стерилизовать нитрат серебра (25 мкм) после автоклавирования | |
| N6S СМИ | 4 г / л N6 соли |
| (СМИ Выбор) | 1 мл / л N6 витамин складе |
| 2 мг / л 2,4-Д | |
| 100 мг / л мио-инозит | |
| <TD> 0,69 г / л пролина | |
| 30 г / л сахарозы | |
| 100 мг / л гидролизата казеина | |
| 36,4 г / л сорбит | |
| 36,4 г / л маннита | |
| 2,5 г / л Gelrite, рН 5,8 | |
| Добавить фильтр стерилизовать нитрат серебра (25 мкм) после автоклавирования | |
| Регенерация среднего | 4,3 г / л MS соли |
| 1 мл / л (1000x) MS витамин складе | |
| 100 мг / л мио-инозит | |
| 60 г / л сахарозы | |
| 3 г / л Gelrite, рН 5,8 (100 х 25 мм чашках Петри) | |
| Добавить фильтр стерилизовать биалафос (3 мг / л) добавляется после обработки в автоклаве | |
| Укоренение среду | 4,3 г / л MS соли |
| 100 мг / л мио-инозит | |
| 30 г / л сахарозы | |
| 3 г / л Gelrite, рН 5,8 (100 х 25 мм чашках Петри) | |
| 10% нейтральный буферный формалин | 100 мл формалина |
| (1 литр) | 900 мл DDH 2 O |
| 4,0 г натрия дигидрофосфата, моногидрата (NaH 2 PO 4 · H 2 O) |
Таблица 1. Таблица специфических реагентов.
Нет конфликта интересов объявлены.
Двухцепочечной РНК-интерференция (dsRNAi) метод используется для подавляют кукурузы циннамоил коэнзима А редуктазы (ZmCCR1) гена к более низким содержанием лигнина растений. Лигнин понижающая регуляция от клеточной стенки визуализируется с помощью микроскопических анализов и количественно методом Класона. Композиционные изменения в гемицеллюлозы и кристаллической целлюлозы анализируются.
Микроскопическая изображений проводилось с помощью услуги в Мичиганском государственном университете Центра перспективных микроскопии. Кукуруза каллуса был приобретен у Transformation Center кукурузы из Университета штата Айова. Авторы хотели бы поблагодарить Джеффри Р. Weatherhead из Научно-исследовательской лаборатории МГУ завод для его технической помощи в области анализа углеводов. Это исследование было щедро финансируется Кукуруза маркетинговой программы Мичигана (CMPM) и Консорциумом по исследованию биотехнологии растений (CPBR).
| N6OSM (Осмотическая среда) | Изготовлено на собственном производстве | ||
| N6E (индукционная каллус) | Изготовлено на собственном производстве | ||
| N6S (Отборные среды) | Изготовлено на собственном производстве | ||
| Среда | для регенерации | Изготовлено на собственном производстве | |
| Среда | для укоренения | Изготовлено на производстве | |
| 10% нейтральный буферизованный формалин (1 л) | Изготовлено собственное | ||
| устройство доставки частиц Bio-Rad PSD-1000/He | Геркулес, Калифорния, США | ||
| Конфокальный лазерный сканирующий микроскоп Zeiss PASCAL | Carl Zeiss, Йена, Германия | Для светлопольной микроскопии изображения регистрировались с помощью конфокального лазерного сканирующего микроскопа Zeiss (Йена, Германия) PASCAL с возбуждающим зеркалом 488 нм, фильтром излучения 560 нм и фильтром излучения 505-530 нм. Анализ изображений проводился с помощью программного обеспечения лазерного сканирующего микроскопа PASCAL LSM версии 3.0 SP3. | |
| Excelsior ES Tissue Processor | Thermo Scientific, Питтсбург, Пенсильвания, США | ||
| HistoCentre III Embedding Station | Thermo Scientific, Питтсбург, Пенсильвания, США | ||
| Микротом Модель Reichert 2030 | Reichert, Депью, Нью-Йорк, США | ||
| Emscope Sputter Coater модель SC 500 | Эшфорд, Кент, Англия | ||
| JEOL JSM-6400V Сканирующий электронный микроскоп | JEOL Ltd., Токио, Япония | ||
| Fitzpatrick JT-6 Гомолоидная мельница | Continental Process Systems, Inc., Вестмонт, Иллинойс | ||
| MA35 Анализатор влажности | Sartorius | ||
| Осушитель критических точек, Balzers CPD | Leica Microsysstems Inc, Буффало Гроув, Иллинойс, США | ||
| Трубки | высокого давления с завинчивающейся крышкойAce Glass, Vineland, NJ | #8648-27 | |
| Заглушки для трубок высокого давления с завинчивающейся крышкой | Ace Glass, Vineland, NJ | #5845-47 |