Внутриклеточный pH строго регулируется, и сообщалось о различиях в pH между цитоплазмой и органеллами1. Регуляция клеточного pH имеет решающее значение для гомеостатического контроля физиологических процессов, которые включают: синтез белка, ДНК и РНК, везикулярный транспорт, рост и деление клеток. Изменения в клеточном гомеостазе pH могут привести к вредным функциональным изменениям и способствовать прогрессированию различных заболеваний2. Существуют различные методы измерения внутриклеточного pH, но очень немногие из них позволяют одновременно измерять pH в цитоплазме и в органеллах. Здесь мы подробно опишем быстрый и точный метод одновременного измерения цитоплазматического и органеллярного pH с помощью конфокальной микроскопии живых клеток3. Эта цель достигается за счет использования двух рН-чувствительных ратиометрических красителей, обладающих селективным разделением клеточных компартментов. Например, SNARF-1 компартментализирован внутри цитоплазмы, в то время как HPTS компартментализирован внутри эндосомных/лизосомальных органелл. Хотя HPTS обычно используется в качестве цитоплазматического индикатора pH, этот краситель может специфически помечать везикулы вдоль эндосомально-лизосомального пути после того, как его захватывает пиноцитоз3,4. С помощью этих pH-чувствительных зондов можно одновременно измерять pH в эндоцитарном и цитоплазматическом компартментах. Оптимальная длина волны возбуждения HPTS изменяется в зависимости от pH, в то время как для SNARF-1 изменяется оптимальная длина волны излучения. После загрузки SNARF-1 и HPTS клетки культивируют в различных pH-калиброванных растворах для построения стандартной кривой pH для каждого зонда. Визуализация клеток с помощью конфокальной микроскопии позволяет устранить артефакты и фоновый шум. Благодаря спектральным свойствам HPTS этот зонд лучше подходит для измерения умеренно кислого эндосомального компартмента или для демонстрации ощелачивания эндосомных/лизосомальных органелл. Этот метод упрощает анализ данных, повышает точность измерений pH и может быть использован для решения фундаментальных вопросов, связанных с модуляцией pH во время реакции клеток на внешние вызовы.