Существует множество методов мониторинга внеклеточной активности отдельных нейронных единиц. Тем не менее, мониторинг этой активности из глубоких структур мозга у ведущих себя животных остается технической проблемой, особенно если структуры должны быть нацелены на стереотаксически. Этот протокол описывает удобные хирургические и электрофизиологические методы, которые поддерживают голову животного в стереотаксической плоскости и однозначно изолируют спайковую активность отдельных нейронов. Протокол сочетает в себе подкрепление головы бдительных грызунов, юкстацеллюлярный мониторинг с помощью микропипеточных электродов и инъекцию ионтофоретического красителя для определения местоположения нейронов в апостериорной гистологии. Хотя каждый из этих методов сам по себе хорошо зарекомендовал себя, протокол фокусируется на специфике их совместного использования в одном эксперименте. Эти нейрофизиологические и нейроанатомические методы сочетаются с поведенческим мониторингом. В настоящем примере комбинированные методы используются для определения того, как самостоятельно генерируемые движения вибриссы кодируются в активности нейронов в соматосенсорном таламусе. В более общем плане, этот протокол легко адаптировать для мониторинга активности нейронов в сочетании с различными поведенческими задачами у крыс, мышей и других животных. Важно отметить, что комбинация этих методов позволяет экспериментатору напрямую связывать анатомически идентифицированные нейрофизиологические сигналы с поведением.