Электронный язык Генерация непрерывные узоры признание за анализа белков

Summary

Описан новый подход к созданию электронного язычка (eT), который значительно упрощает проектирование и производство чувствительных материалов и позволяет eT генерировать непрерывные профили эволюции и ландшафты для образцов в жидкости. Полученный eT эффективен для общего анализа белков, такого как дискриминация.

Abstract

В текущем протоколе был разработан комбинаторный подход для упрощения проектирования и производства чувствительных материалов для создания электронных языков (eT) для анализа белков. Смешивая небольшое количество простых и легкодоступных молекул с различными физико-химическими свойствами, используемых в качестве строительных блоков (BB), в различных и контролируемых пропорциях и позволяя смесям самособираться на золотой поверхности призмы, был создан массив комбинаторных поверхностей с соответствующими свойствами для восприятия белка. Таким образом, можно быстро и эффективно получить большое количество перекрестно-реактивных рецепторов. Комбинируя такой массив комбинаторных кросс-реактивных рецепторов (CoCRR) с оптической системой детектирования, такой как поверхностная плазмонная резонансная томография (SPRi), полученный eT может отслеживать события связывания в режиме реального времени и генерировать непрерывные шаблоны распознавания, включая 2D-профиль непрерывной эволюции (CEP) и 3D-ландшафт непрерывной эволюции (CEL) для образцов в жидкости. Такая система eT эффективна для различения общих очищенных белков.

Introduction

Точные и быстрые методы белок датчиков очень важно в медицинской диагностике и протеомики. Классические белковые обнаружения массивы, такие как биочипов, основаны на "заблокировать-и-ключа" принципом признания и требуют специфические рецепторы, такие как аптамеров, антитела, или имитаторов.

В последние годы, дифференциал зондирования вдохновлен человеческого обоняния и gustation стала альтернативной ^1. Это электронный нос / язык (EN / ET) подход основан на дифференциальных связывания анализируемых на массив перекрестно реагирующих рецепторов (CRRs), которые не должны быть очень специфичными или селективными для молекул-мишеней,....

Protocol

1 Подготовка различные решения и белковых проб

1. Приготовьте 100 мл фосфатного буферного раствора (PBS-G), содержащем 50 мМ NaH ₂ PO _4, 50 мМ NaCl, 10% глицерина при рН 6,8.
2. Приготовьте 250 мл буферного раствора HEPES, содержащего 10 мМ HEPES, 150 мМ NaCl, 0,005% Tween 20 при рН 7,4.
3. Подготовка исходного раствора строительного блока 1 (BB1) лактозы и строительный блок 2 (BB2) сульфатной лактозы (Рисунок 1) на 0,2 мм в PBS-G.
4. Подготовить 1 мл белковых растворов в HEPES: рахис hypogaea лектин (АХЛ) при 500 нм, миоглобина при 1 мкм, и лизоцим при 500 нМ.
5. Подготовка 20 мл 1% ....

Results

Чтобы исследовать возможность электронного языка для общего анализа белка, были использованы три белка: AHL, миоглобина и лизоцим. Для каждого белка, особым 2D постоянная эволюция профиль, CEP, было сгенерировано ET, как показано на рисунке 6.

Кроме того, благодаря SPRI, который способен контролировать в режиме реального времени адсорбции и десорбции кинетики, для каждого белка время зависит шаблон непрерывное признание, называется 3D постоянная эволюция ландшафта (КВЖД), бы.......

Discussion

Наиболее важные шаги для построения этой ET посвящены обеспечить хорошую воспроизводимость системы. Например, очистка золотую поверхность призмы с стандартизированной процедуры перед использованием, добавляя 10% глицерина в одиннадцати чистых и смешанных растворов ВВ1 и ВВ2, чтобы исключить испарение растворителя при ББ самосборки на золотой поверхности призмы, хранение нескольких повторов для каждого [BB1] / ([BB1] + [BB2]) соотношение, и т.д.. Что касается белка зондирования по SPRI, выбор рабочего угла.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Аппарат SPRi	Аппарат Horiba Scientific-GenOptics		SPRi помещается в инкубатор с регулируемой температурой при температуре 25 °C.
Инкубатор	Memmert
Шприцевой насос	Научные приборы Cavro	Cavro XLP 6000
Micro Elite Degasser	Alltech	AT590507
6-линейный инжекторный клапан среднего давления	Upchurch Scientific		Объем используемого контура впрыска составляет 500 мкл.
Фемтоплазменный очиститель (версия 7)	Diener Electronic		On-line система дегазации с 2 каналами.
Споттер	Siliflow		представляет собой бесконтактный пьезоэлектрический споттер.
SPRi-Biochip	Horiba Scientific-GenOptics	36000067	Призма изготовлена из стеклянной призмы с высоким коэффициентом преломления, покрытой тонкой золотой пленкой (45 нм) и специально разработанной для целей визуализации.
Erythrina cristagalli lectin	Sigma-Aldrich	L5390
Arachis hypogaea lectin	Сигма-Олдрич	L0881
Миоглобин	Сигма-Олдрич	M1882
Лизоцим	Сигма-Олдрич	L6876
CXCL12&альфа;			Предоставлено д-ром Хьюгом Лорта-Жакобом; подробную информацию о подготовке см. в ссылке 9
CXCL12γ			Предоставлено д-ром Хьюгом Лорта-Жакобом; подробности приготовления см. в ссылке 9
Лактоза			предоставлена профессором Дэвидом Боннаффом; подробности приготовления см. в ссылке 9
Сульфатированная лактоза			предоставлена профессором Дэвидом Боннаффом; подробности приготовления см. в ссылке 9
Глицерин	Sigma-Aldrich	G5150
SDS	Sigma-Aldrich	L4509
Tween 20	Sigma-Aldrich	274348
HEPES	Sigma-Aldrich	H3375
Одноосновной фосфат натрия	Sigma-Aldrich	S0751
Хлорид натрия	Sigma-Aldrich	S3014