Проточная цитометрия широко используется для определения клеточных популяций в иммунологии, гематологии и онкологии. Здесь мы приводим подробное описание протоколов проточного цитометрического анализа кластера дифференцировочных (CD) поверхностных антигенов и внутриклеточных антигенов в типах нервных клеток. Наше пошаговое описание методических процедур включает в себя: сбор нейронных культур in vitro, необязательный этап мечения карбоксифлуоресцеином сукцинимидиловым эфиром (CFSE), за которым следует окрашивание поверхности антигена конъюгированными антителами к CD (например, CD24, CD54) и последующее внутриклеточное обнаружение антигена с помощью первичных/вторичных антител или флуоресцентно меченных Fab-фрагментов (мечение Зеноном). В видео демонстрируются наиболее важные шаги. Кроме того, кратко объясняются принципы планирования экспериментов, включения критических элементов управления и основы проточного цитометрического анализа (идентификация целевой популяции и исключение мусора; стратегия стробирования; компенсация спектрального перекрытия) для того, чтобы нейробиологи с ограниченными знаниями или специальной подготовкой в области проточной цитометрии могли оценить ее полезность и лучше использовать эту мощную методологию.