Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Методическая статья

В Ситу отображение механических свойств биопленок частицей отслеживания микрореология

9.1K просмотров

⸱

DOI:

10.3791/53093

⸱

4 декабря 2015 г.

 ,  ,  , 
1Interdisciplinary Graduate School, Nanyang Technological University, 2Singapore Centre on Environmental Life Sciences Engineering, Nanyang Technological University, 3School of Biological Sciences, Nanyang Technological University, 4Centre for Marine Bio-Innovation, University of New South Wales, 5School of Biological, Earth and Environmental Sciences, University of New South Wales, 6School of Biotechnology and Biomolecular Sciences Sciences, University of New South Wales

В этой статье

Краткое содержание

Микрореология отслеживания частиц исследует вязкоупругость материалов. В данном случае этот метод используется для определения вязкоупругости, податливости ползучести и эффективных сшивающих ролей различных компонентов матрицы бактериальной биопленки. Матрица состоит из полимерных веществ, выделяемых бактериями, и ее компоненты определяют структуру биопленки и механические свойства.

Аннотация

Бактериальные клетки способны образовывать поверхностно прикрепленные биопленки сообщества, известные как биопленки, заключая себя во внеклеточные полимерные вещества (EPS). ЭПС служит физическим и защитным каркасом, в котором размещаются бактериальные клетки, и состоит из различных материалов, включая белки, экзополисахариды и ДНК. Состав EPS может изменяться, что приводит к изменению механических свойств биопленки для дальнейшего развития или поддержки альтернативных структур биопленки, таких как стримеры, в ответ на сигналы окружающей среды. Несмотря на это, существует мало количественных описаний того, как компоненты EPS влияют на механические свойства и функции биопленок. Реология, изучающая течение вещества, имеет особое значение для биопленок, поскольку многие биопленки растут в условиях потока и постоянно подвергаются напряжению сдвига. Он также обеспечивает измерение и понимание распространения биопленки по поверхности. В данном случае микрореология слежения за частицами используется для изучения вязкоупругости и эффективной сшивающей роли различных компонентов матрицы в различных частях биопленки во время развития. Этот подход позволяет исследователям измерять механические свойства биопленок на микроуровне, что может предоставить полезную информацию для контроля и проектирования биопленок.

Введение

Большинство бактериальных клеток способны использовать как планктонные (свободно) и гостиной поверхностно-прилагается (сидячие) режимы роста 1. В поверхностно-прикреплен режиме роста, бактериальные клетки секретируют и закрывать себя в больших количествах внеклеточных полимерных веществ (EPS) с образованием биопленок. САЭ в основном состоит из белков, экзополисахарида, внеклеточной ДНК и имеет важное значение для образования биопленки 2. Она служит в качестве физической эшафот, с помощью которых бактерии могут использовать для дифференциации пространственно и защищает бактерии от вредных условий окружающей среды и ответов хоста. Различные компоненты имеют различные EPS роли в формировании биопленки 3 и изменения в экспрессии EPS компонентов может резко переделывать биопленки структуры 4. EPS компоненты могут также функционировать в качестве сигнальных молекул 5, и недавние исследования показали, определенные EPS компоненты, взаимодействующие с микробными клетками, чтобы направлять их миграции и биопленки различийerentiation 6-8.

Исследования на акцию значительно продвинулся вперед на основе морфологических анализов биопленок, полученных мутантов, дефектных по конкретной составляющей EPS 9,10. Кроме того, EPS обычно характеризуется в макро-масштабе (основная характеристика) 11. Морфологического анализа, однако, может не хватает количественной деталь и навальный характеристику, которая возвращает средние значения, теряет детали, которая существует в неоднородности биопленки. Существует в настоящее время растет тенденция к прогрессу в режиме реального времени характеристике механических свойств пенополистирола на микро-масштабе. Этот протокол показывает, как частица отслеживания микрореология способен определить пространственно-временные эффекты матричные компоненты Пеле и PSL экзополисахариды на вязкоупругости и эффективного сшивания Синегнойной биопленок 4.

Пассивный микрореология простой и недорогой относительной влажностиМетод eology, что обеспечивает высокую пропускную способность пространственного микрореологических выборки материала на сегодняшний день 12,13. В пассивном микрореологии, зонд сферы размещаются в образце и их броуновское движение, движимый тепловых энергий (к Б Т) следует видео микроскопии. Несколько частицы могут быть отслежены одновременно, и зависящие от времени координаты частиц следовать обычной случайное блуждание. Таким образом, в среднем, частицы остаются в том же положении. Тем не менее, стандартное отклонение смещений или средний квадрат смещения (MSD) частиц, не равна нулю. Так поступать вязких жидкостей, частица МСД в вязкой жидкости линейно возрастает с течением времени. В противоположность этому, полимерный сшивающий найти в вязкоупругих или эластичные вещества помогают им противостоять поток, и частицы становятся ограничены в своих перемещений, что приводит к плато на кривой MSD (1А). Это наблюдение следует соотношение MSDαt a, где α является диффузная показатель, который соотношение упругих и вязких вкладов вещества связаны. Для частиц, движущихся в вязкой жидкости а = 1, в вязкоупругих веществ 0 <α <1, и в упругих веществ α = 0. МСД также могут быть использованы для вычисления соответствия ползучести, которая является тенденция материала деформироваться постоянно в течение Время и оценивает, насколько легко материальные распространяется.

Размер, плотность и химии поверхности частицы имеют решающее значение для правильного применения микрореологических эксперимента и выбраны по отношению к изучаемой системе (в данном случае полимеры по биопленки матрицы см Фигура 1В). Во-первых, частицы измеряет реологию вещества со структурами, которые намного меньше, чем самой частицы. Если структуры вещества являются подобного масштаба в частицы, движение от номиналачастица возмущается по форме и ориентации отдельных структур. Тем не менее, если структуры, окружающие частицы гораздо меньше, этот эффект мал и усреднены, представляя однородной среде с частицей (Фиг.1В). Во-вторых, плотность частицы должны быть аналогичны среды (1,05 г мл -1 для сред на основе воды), так что осаждение и избежать силы инерции можно пренебречь. Большинство частиц полистирола решеток соответствуют указанным выше критериям. В идеале, частица не взаимодействует с полимерами биопленки матрицы, как реологические толкование MSD частиц имеет место только при движении является случайным, что обусловлено тепловой энергии и столкновения с веществом структур. Это можно наблюдать, проверяя стремится ли зонд частиц, чтобы связать или отскакивать от поверхности предварительно выращенных биопленки. Тем не менее, несмотря на отсутствие притяжения к биопленки, частицы должны иметь возможность быть включены в матрицу.Кроме того, физико-химических неоднородность биопленки может привести к различные частицы быть более подходящим в качестве зондов в различных регионах биопленки. Таким образом, частицы различных размеров и поверхностной химии следует наносить на биопленки.

Таким образом, частица MSD может дать полезную информацию о том, как различные компоненты вносят вклад в реологические свойства и распространение биопленки. Кроме того, использование различных зондов позволяет извлекать информацию о пространственном физико-химической неоднородности биопленки. Этот метод может быть использован для тестирования эффекта антибактериальной терапии на механические свойства биопленки, или применительно к биопленок смешанных видов, чтобы исследовать, как механические свойства биопленки меняются от внедрения других видов. Частица паспорт безопасности также могут быть полезны для характеристики биопленки разгон. Такие исследования будут полезны в нашем понимании биопленок, потенциально улучшая биопленки процедуры вй инженерно биопленок для полезной деятельности.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

1. Выращивание биопленки

  1. Приготовление бактериальных штаммов
    1. 1 день до культивирования биопленки, подготовки планктонные бактериальные культуры путем посева 2 мл соответствующего ростовой среде из замороженных бактериальной культуры. Использование Лурии-среды с бульоном (10 г L -1 NaCl, 10 г л -1 дрожжевой экстракт и 10 г L -1) триптон для слизистой P. палочки и ее Δ Δ PEL и PSL дефектные мутанты. Инкубируют в течение ночи при 37 ° С и 200 об условиях тряски. Развести ночных культур с OD 600 0,40 использованием спектрофотометра.
    2. Сборка установки проточной ячейки, которая была описана ранее 14, предпочтительно от мобильной станции или тележки, которые могут быть приведены в микроскоп комнате для визуализации проточную ячейку без разборки.
    3. Подготовьте стерильную питательную среду в 2 л или 5 л бутылки для каждой ячейки потока. Используйте минимальное среду M9 (48 мм Na 2 HPO 4, 22 мМКН 2 РО 4, 19 мМ NH 4 Cl, 9 мМ NaCl, 2 мМ MgSO 4, 0,1 мМ и CaCl 2) с добавлением 0,04% глюкозы (вес / объем) и 0,2% (вес / объем) казаминокислот) для P. палочки Проточная ячейка биопленки.
    4. Алиготе флуоресцентные микросферы в микропробирок и спин вниз в стерильной H 2 O в течение 5 мин в центрифуге при 9,391.2 г. Удалить супернатант и ресуспендируют в 1 мл среды роста, чтобы удалить азида натрия (дезинфицирующее средство) перед добавлением среды роста в 2 л или 5 л средних бутылок.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Различные размеры микросфер бывают разных концентрациях и должны быть разбавлены соответственно с инструкциями. Например, разогнать 120 мкл микросфер диаметром 1,0 мкм, 15 мкл микросфер диаметром 0,5 мкм и 0,96 мкл микросфер диаметром 0,2 мкм в 2 л питательной среды, чтобы дать 2,18 × 10 6 мл микросфер -1 для каждого размера частиц.
    5. Прикрепите средний бутылку upstполосный ячейки потока и позволяют среднего роста течь через всей установки. Остановите поток и придать разводненной ночных культур в клеточных поток камер. Позволить бактериям прикрепиться к покровным субстрата в течение 1 часа, прежде чем продолжить поток ростовой среде при скорости потока приблизительно 5,5 × 10 -3 с -1 м или 8 оборотов в минуту с использованием перистальтического насоса.
      Примечание: биопленки обычно выращивают при комнатной температуре (25 ° С) в течение 3-7 дней.
    6. Кроме того, для статического установки культуры, разбавленной в течение ночи культуры в 100 раз в микроцентрифужных пробирках добавлением 10 мкл ночной культуры до 1 мл ростовой среды с частицами. Увеличьте концентрации частиц в среде роста для статического культуры примерно в 500 раз по сравнению с, что используется для биопленки потока (например, мыть и ресуспендируйте 600 мкл сфер диаметром 1,0 мкм в 10 мл ростовой среды,) как сотовые поток биопленки постоянно пополняется с частицы, а статические культуры не являются.
      1. Добавить 2001; л разбавленного ночной культуры с частицами в камерах 8 а горками. Инкубируют при 37 ° С в статических условиях. Биопленки обычно выращивают в течение 1 дня. Заменить истощенной средой роста ежедневно свежей средой роста с частицами, если биопленки выращивают в течение более 1 дня.

2. Микроскопия

  1. На 3-й день и 5, выключить поток от перистальтического насоса и привести установку потока клеток в микроскопии комнате. Зажим трубки возле входа и выхода из клеток поток камер, чтобы предотвратить дрейф (систематический причину ошибки по изменениям в окружающей среде) из потока. Поместите измерительную ячейку на столике микроскопа в вертикальном микроскопом.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Используйте инвертированный микроскоп для визуализации лунок.
  2. Используйте флуоресцентной микроскопии с 40X нефти целью принимать видео движения микросфер, встроенные в биопленки в различных местах (микроколоний и плоских слоев недифференцированных) и в разные дни (день 3 и 5) длявременные и пространственные исследования. Возьмите короткие видео с большей частотой кадров, чтобы исследовать события, происходящие в течение короткого времени весы (например, 1,5-3 мин видео на частоте кадров 25-50 кадров в секунду для быстрых динамики), и длинных видео с меньшим числом кадров для расследования событий в течение длительного времени весы (например 15-30 мин видео на скорости кадров 2,5-5 кадров / с для медленных динамики).
    ПРИМЕЧАНИЕ: видео обычно содержит 5-10 частиц, и, как правило, из 1,0-2,5 ГБ файлов. Большие микроколонии может провести больше частиц. Возьмите 5-10 видео для каждой категории (например, 5-10 видео различных микроколоний и различных местах в плоских слоев недифференцированных). Биопленка имеет гетерогенную архитектуру, который может состоять из микроколоний, каналов, полостей и плоских недифференцированных слоев.
  3. Сохранить видео в соответствующем формате, которые можно читать с помощью Фиджи / ImageJ (например, Ракоци, TIF).
  4. Проверьте видео для дрейфа, прокручивая готовой VIDEO и наблюдения, что частицы не перемещаются в одном направлении одновременно. Дрейф может быть вызван движения г стадии, токов в проточную кювету, дисбаланс таблицы анти-вибрации, давления воздуха или изменения температуры. Правильное незначительные дрейфующих использованием методов пост-обработки, как правило, предоставляемые с микроскопом программного обеспечения. Откажитесь от любых видео, в котором дрейф не может быть исправлено. Запишите следующие параметры, которые требуются в течение частиц отслеживания анализа: Разрешение (пикс / мкм), количество кадров, продолжительность.
  5. Удалить ячейку потока из стадии микроскопа и перезагрузите перистальтический насос, чтобы продолжить выращивание биопленки.

3. Отслеживание частиц Анализ

  1. Получить траектории частиц с помощью плагина TrackMate в программном обеспечении с открытым исходным кодом (ImageJ). Скачать Фиджи в http://fiji.sc/Fiji. Откройте видео с Фиджи и под меню Plugins, выберите Отслеживание и TrackMate.
  2. Проверьте настройки параметров или в гое окно с предложением начальные параметры калибровки, чтобы соответствовать видео параметры, как записано в шаге 2.4.
  3. Обнаружение частицы в TrackMate помощью ImageJ.
    1. Выбрать '' войти детектор, вход диаметр частиц и порогового значения (например, 1000). Прокрутите видео пока нажав на кнопку "Просмотр" для проверки, что фиолетовые круги следовать частиц по всему видео. Отрегулируйте значения диаметра и пороговые как надо: повысить пороговое значение, если фиолетовые круги появляются в пустом пространстве. Уменьшение порогового значения, если не хватает будут обнаружены частицы. Нажмите кнопку Далее, чтобы завершить Обнаружение частиц.
    2. Когда представлены с возможностью добавления или удаления частиц, обнаруженных в "Начальной пороговой», «Выбрать вид» и «выбрать фильтр 'окна, чтобы продолжить без регулировки, если начальная регистрации частиц удовлетворительным нажмите кнопку Далее.
    3. Выберите "Простой LAP трекер" в Optiна баре 'Выберите метод трекер «окно в виде частиц редко выйти из фокуса в биопленки и легко отслеживаются. Используйте значения Максимальное расстояние предложил или низкой связей и разрыв-закрытия, и нажмите кнопку Далее.
    4. Убедитесь, что отслеживание частиц удовлетворительным прокрутки видео, чтобы увидеть, что частицы по следу нарисованные TrackMate, и что нет нежелательных или отсутствующие треки. Перейти различные этапы фильтрации. Перейти к окончательному окне "Выберите действие". Выберите "Экспорт треков в формате XML файла" из выпадающего меню и нажмите кнопку "Выполнить". Выберите папку для сохранения треков.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Есть различные программы, доступные в общественном достоянии по анализу траекторий частиц и использования микрореологии. msdanalyzer и TrackArt примеры программ частиц отслеживания анализа, которые работают в среде Matlab в.
  4. Подготовка Matlab импортировать траектории частиц в XML файлов, выбрав в менюMatlab Файл> Установить путь ... и добавить папку сценарии доступны с пакетом Фиджи.
  5. Для анализа траекторий частиц с msdanalyzer, скачать ссылку на файл почтового или файла tar.gz at http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/40692-mean-square-displacement-analysis-of-particles-trajectories .
    1. Извлеките папкуmsdanalyzer 15 и поместите его в папку, которая принадлежит к пути Matlab (например, C: Documents и Settings <Имя пользователя> Мои документы Matlab). Начните Matlab и инициировать анализатор, набрав:
      MA = msdanalyzer (2, 'гм', 'сек')
      где мкм и сек физические пространства и времени единицы в видео.
      1. Импорт траектории частиц, набрав:
        [треки, MD] = importTrackMateTracks ('filename.xml', 'Clipz "; "Scalet ')
        MA = ma.addAll (треки);
        где 'Clipz "удаляет размерность г для 2D видео, и' 'Scalet.
      2. Участок траектории на графике с помощью:
        ma.plotTracks;
        ma.labelPlotTracks;
      3. Вычислить СМН частиц с использованием:
        MA = ma.computeMSD;
        ma.msd
      4. Изобразите СМН каждой частицы:
        фигура
        ma.plotMSD
      5. Комбинат частиц траектории из других видео того же categery (например частиц, внедренных в микроколоний дикого типа на 3-й день), повторяя 3.5.1.1 для 3.5.1.4).
      6. Участок ансамбль среднее или среднее по всем кривым:
        ma.plotMeanMSD
        Измените у и оси х от линейного к логарифмической шкале. При больших временах запаздывания, кривые MSD стать шумным из-за недостаточных статистических данных на более длительных временных рамок. Кривые MSD также может резко возрастать из-за динамической ошибки. Эти области кривой могут быть удалены при помощи функции кистивыбрать конец кривой и выбрав "Чистка"> "Удалить Unbrushed" в меню Сервис.
    2. Скачать Ezyfit на http://www.fast.u-psud.fr/ezyfit/ и добавить Ezyfit в папку, принадлежащего пути Matlab (например, C: Documents и Settings <Имя пользователя> Мои документы Matlab). Установите меню Ezyfit набрав в Matlab рабочей efmenu установки. Перезапуск MATLAB с меню Ezyfit в окне фигуры. Установите кривые MSD степенному закону, выбрав в меню Ezyfit "Показать Fit '>' Power '>' а * х ^ п 'были п по оценкам диффузная показатель α.
      ПРИМЕЧАНИЕ: msdanalyzer требует подгонки кривой Toolbox в Matlab для подгонки кривых MSD. Ezyfit является альтернативой и бесплатное программное обеспечение, которое может выполнять построения кривой.
    3. Очистить текущие траектории частиц и паспорт безопасности для расчета новых СМН частиц в других местах или времени:
      Чисто
    4. После расчета различных средних MSD кривых частиц в среде (контроль), и микроколоний и недифференцированных области различных штаммов, скопируйте и вставьте кривые в одном графике для сравнения. Образец жесткость и сшивания увеличение с низких значений MSD. Плоские кривые имеют более низкие альфа и образец более эластичен, чем круче кривых с высшим а.
    5. Выделите кривую и перейти к меню "Инструменты", чтобы посмотреть на данные статистики, такие как медиана и диапазон. Базе МСД борта пропорциональна соответствии ползучести, J (т) материала, в котором шарик встроенного в соответствии с соотношением,
      figure-protocol-1
      где J = ползучести соблюдение, д = диаметр частиц, к B = постоянная Больцмана, Т = температура и т = время.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

Исследованы местные вязкоупругих свойств биопленки в различных регионах биопленки, которая включала пустоты (средний выше биопленки), равнины (недифференцированные плоский слой клеток) и микроколонии (см этикетки на рисунке 2а). Временные изменения в вязко-упругих свойств биопленки во время созревания от дней от 3 до 5 были также определены. Базе МСД частиц в пустотах был использован в качестве контроля и сравнимы с МСД частиц в чистой среде. В противоположность этому, частицы, захваченные в биопленки в...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

Микрореология является полезным инструментом для местных реологических измерений в гетерогенных системах, таких как микробные биопленки. Это неразрушающий метод, позволяющий в режиме реального времени мониторинг реологических изменений в той же биологической пробы через различные моменты времени. В этом протоколе, частица отслеживания микрореология был применен к Пеле и PSL экзополисахарид мутантов, чтобы исследовать, как они влияют на эластичность и эффективное сшивание биопленки матрицы. PSL способствует развитию элас...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

Авторам нечего раскрывать.

Благодарности

Это исследование проводится при поддержке Национального исследовательского фонда и Министерства образования Сингапура под его научно-исследовательского центра Программы совершенства, СНВ-гранты (M4330002.C70) из Технологического университета Наньян, и ACRF Уровень 2 (MOE2014-T2-2-172) от Министерства образования, Сингапур. Авторы благодарят Джои Ям Куок Хун для участия в демонстрации этого протокола.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
ФлюосферыИнвитрогенF-88211.0 μ m красные флуоресцентные (580/605) микросферы с модификацией карбоксилатов
Zeiss Axio Imager M1Эпифлуоресцентный микроскопCarl Zeiss
Masterflex L/S Digital Drive 07523-80Cole-ParmerEW-07523-80Перистальтический насос
Проточные камеры камерТехнический университет Дании
Пузырьковая ловушкаТехнический университет Дании
Силиконовая трубкаDow Corning3 мм наружный диаметр, 1  мм внутренний диаметр
Прозрачные полипропиленовые пластиковые соединители Коул Пармер06365-831/16 дюйма. (1.588 мм)
Связующие зажимыдля зажима трубок
CoverslipsThermo Scientific™ Nunc™50 x 24 мм
Шприц 3 млTerumo
27   Игла GTerumo
2   L Бутылки для хранения/носителяVWR®
ТележкаДля хранения биопленки
:

Ссылки

  1. Costerton, J. W., Lewandowski, Z., Caldwell, D. E., Korber, D. R., Lappin-Scott, H. M. Microbial biofilms. Annu Rev Microbiol. 49, 711-745 (1995).
  2. Flemming, H. C., Wingender, J. The biofilm matrix. Nat Rev Microbiol. 8, 623-633 (2010).
  3. Yang, L., et al. Distinct roles of extracellular polymeric substances in Pseudomonas aeruginosa biofilm development. Environ Microbiol. 13, 1705-1717 (2011).
  4. Chew, S. C., et al. Dynamic Remodeling of Microbial Biofilms by Functionally Distinct Exopolysaccharides. mBio. 5 (4), (2014).
  5. Irie, Y., et al. Self-produced exopolysaccharide is a signal that stimulates biofilm formation in Pseudomonas aeruginosa. Proc Natl Acad Sci U S A. 109, 20632-20636 (2012).
  6. Zhao, K., et al. Psl trails guide exploration and microcolony formation in Pseudomonas aeruginosa biofilms. Nature. 497, 388-391 (2013).
  7. Yang, L., Nilsson, M., Gjermansen, M., Givskov, M., Tolker-Nielsen, T. Pyoverdine and PQS mediated subpopulation interactions involved in Pseudomonas aeruginosa biofilm formation. Mol Microbiol. 74, 1380-1392 (2009).
  8. Yang, L., et al. Pattern differentiation in co-culture biofilms formed by Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa. FEMS Immunol Med Microbiol. 62, 339-347 (2011).
  9. Friedman, L., Kolter, R. Genes involved in matrix formation in Pseudomonas aeruginosa PA14 biofilms. Mol Microbiol. 51, 675-690 (2004).
  10. Bokranz, W., Wang, X., Tschäpe, H., Römling, U. Expression of cellulose and curli fimbriae by Escherichia coli isolated from the gastrointestinal tract. J Med Microbiol. 54, 1171-1182 (2005).
  11. Denkhaus, E., Meisen, S., Telgheder, U., Wingender, J. Chemical and physical methods for characterisation of biofilms. Microchim Acta. 158, 1-27 (2007).
  12. Waigh, T. A. Microrheology of complex fluids. Rep Prog Phys. 68, 685-742 (2005).
  13. Wirtz, D. Particle-Tracking Microrheology of Living Cells: Principles and Applications. Annu Rev Biophys. 38, 301-326 (2009).
  14. Weiss Nielsen, M., Sternberg, C., Molin, S., Regenberg, B. Pseudomonas aeruginosa. and Saccharomyces cerevisiae. Biofilm in Flow Cells. J Vis Exp. , e2383(2011).
  15. Tarantino, N., et al. TNF and IL-1 exhibit distinct ubiquitin requirements for inducing NEMO-IKK supramolecular structures. Journal of Cell Biology. 204, 231-245 (2014).
  16. Yang, L., et al. Polysaccharides serve as scaffold of biofilms formed by mucoid Pseudomonas aeruginosa. FEMS Immunol Med Microbiol. 65, 366-376 (2012).
  17. Gjermansen, M., Nilsson, M., Yang, L., Tolker-Nielsen, T. Characterization of starvation-induced dispersion in Pseudomonas putida biofilms: genetic elements and molecular mechanisms. Mol Microbiol. 75, 815-826 (2010).
  18. Qin, Z., et al. Role of autolysin-mediated DNA release in biofilm formation of Staphylococcus epidermidis. Microbiology. 153, 2083-2092 (2007).
  19. Stoodley, P., et al. The influence of fluid shear and AlCl3 on the material properties of Pseudomonas aeruginosa. PAO1 and Desulfovibrio sp. EX265 biofilms. Water Science & Technology. 43, 113-120 (2001).
  20. Jäger-Zürn, I., Grubert, M. Podostemaceae depend on sticky biofilms with respect to attachment to rocks in waterfalls. International Journal of Plant Sciences. 161, 599-607 (2000).
  21. Matysik, A., Kraut, R. TrackArt: the user friendly interface for single molecule tracking data analysis and simulation applied to complex diffusion in mica supported lipid bilayers. BMC Research Notes. 7 (1), 274-283 (2014).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Теги

Fiji ImageJMATLAB
В Ситу отображение механических свойств биопленок частицей отслеживания микрореология
Свяжитесь с нами
Рекомендовать библиотеке

Конфиденциальность

Условия эксплуатации

Политика

Авторские права © 2026 MyJoVE Corporation. Все права защищены.