$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Многие клеточные процессы были тщательно изучены в двух измерениях, тем самым формируя коллективные знания об основных клеточных сигнальных механизмах. Эти исследования, однако, пренебрегают важными клеточными сигналами, полученными из структурных и механических свойств локального клеточного микроокружения и внеклеточного матрикса (ВКМ). Чтобы лучше понять, как клетки взаимодействуют в физиологическом контексте, важно изучить их в трехмерных (3D) анализах. ВКМ для этих 3D-анализов может быть либо получена из клеток, либо восстановлена из очищенных белков. Независимо от источника ВКМ, 3D-матричные анализы оказались бесценными для понимания того, как клетки ориентируются и взаимодействуют в физиологическом мире. Например, клетки, выращенные в 3D-матрицах, демонстрируют различные режимы передвижения, которые зависят от механической природы окружающей их ЭВМ, но не наблюдаются в 2D-экспериментах4-6. Кроме того, клетки, культивируемые в 3D, также имеют меньше и менее выраженные стрессовые волокна и фокальные адгезии, чем их аналоги, выращенные на твердых поверхностях, таких как стеклоили пластик.
Однако важность контекстуальных 3D-анализов не ограничивается миграцией клеток. Некоторые другие клеточные сигнальные события могут быть исследованы только с помощью 3D-анализов. Во время дифференцировки тканей и клеток жесткость внеклеточной среды и ВКМ дает сигналы, которые могут влиять на морфогенные события. Например, тубулогенез эпителия молочной железы происходит только в 3D матрицах с низкой жесткостью, но не в жестких матрицах и не на 2D субстратах8,9. При культивировании в жестких 3D-матрицах эти же эпителиальные клетки приобретают аберрантный фенотип с повышенной пролиферацией и выступами клеточных мембран, вызванными измененной сигнализацией FAK и ERK10. Известно, что многие другие сигнальные пути и клеточные процессы аналогичным образом подвержены влиянию жесткости локальной клеточной среды, и эти сигнальные каскады подчеркивают важность исследования сигнальных событий и клеточного фенотипа в контексте соответствующих локальных механических свойств 3D ECM.
Коллаген I является особенно актуальным белком для использования в исследованиях in vitro, поскольку он является наиболее распространенным компонентом ВКМ и отвечает за многие механические свойства клеточного микроокружения. Хотя первоначально он считался просто структурным белком, теперь известно, что его роль гораздо более сложна. Состав, архитектура, ориентация, плотность и жесткость коллагеновых волокон обеспечивают концентрированную среду передачи сигнальной информации5. Во время прогрессирования некоторых заболеваний, таких как хроническое воспаление и онкогенез, коллагеновая сеть резко ремоделируется2,11. В частности, при раке молочной железы повышенное отложение коллагена и жесткость тканей сопровождают и, вероятно, способствуют прогрессированию опухоли. При этих ранних опухолях жесткая коллагеновая сеть выглядит напряженной и более выровненной, так что большая часть волокон инкапсулирует растущую опухоль2. По мере прогрессирования опухоли коллаген продолжает реорганизоваться, и участки фибриллярной сети становятся ориентированными перпендикулярно границе опухоли2,12. Перпендикулярное выравнивание служит прогностическим биомаркером при более низком прогрессировании заболевания без заболевания и общей выживаемости1. Одно из объяснений этой корреляции заключается в том, что плохие результаты являются следствием повышенной диссеминации опухолевых клеток через постоянную миграцию клеток в выровненныхколлагеновых сетях.
Чтобы понять, как клетки конкретно реагируют на выравнивание и организацию, которые наблюдаются при прогрессировании опухоли, необходимо генерировать как случайные, так и выровненные 3D коллагеновые матрицы для экспериментов. Существует три основные методологии для индуцирования выравнивания в фибриллярных сетях. В первом методе используется устройство, вызывающее деформацию, при котором коллаген между двумя точками сокращается или растягивается для создания выравнивания. Волокна, параллельные оси силы, натягиваются натянуто, в то время как волокна, перпендикулярные оси, сжимаются и сгибаются. В то время как методы, вызванные деформацией, обычно обеспечивают превосходную юстировку, этот подход требует громоздкого оборудования, которое нелегко адаптировать ко многим платформам3,13. В качестве альтернативы, индуцированный клетками штамм может быть создан путем размещения локализованных пробок клеток, которые впоследствии сокращаются и выравнивают коллаген13. Этот метод имеет проблему вариативности, так как многие параметры могут быть изменены. Второй метод использует магнитные шарики и магнитное поле во время полимеризации для индуцирования выравнивания коллагена13,14. Хорошие результаты могут быть получены с помощью этого метода с помощью несложного оборудования, но он требует использования антител или какого-либо другого метода для намагничивания полимера. Таким образом, его использование может быть несколько дорогим, а жесткость коллагенового геля потенциально изменяется из-за увеличения связей в сети. Более того, магнитные шарики, используемые в этом процессе, часто являются автофлуоресцентными, что проблематично для экспериментов с визуализацией. Наконец, выравнивание может быть обеспечено микрофлюидными каналами PDMS3,15,16. В этом методе выравнивание коллагена достигается путем протекания полимеризующегося коллагена через небольшие микрофлюидные каналы. Эти микрофлюидные каналы могут быть выполнены в различных конструкциях и легко адаптируются ко многим платформам. Кроме того, они очень экономичны, так как из-за их миниатюрных размеров используются очень малые количества коллагена и других реагентов.
Здесь представлен простой протокол для встраивания клеток в трехмерный фибриллярный коллагеновый гидрогель. Кроме того, предусмотрена более совершенная методика, при которой микрофлюидные каналы PDMS используются для контроля организации и выравнивания коллагенового матрикса. Этот протокол легко адаптируется ко многим платформам и может воспроизводимо генерировать как выровненные, так и случайные коллагеновые матрицы для исследования миграции клеток, деления клеток и других клеточных процессов в трехмерном физиологическом микроокружении.