Важным шагом этого бактериального протокола видов конкуренции , что отличает его от других, является инкубация в течение ночи ингибитора изолирует перед добавлением конкурента изолята. Штамм ингибитор требует этот период роста производить ингибирующие соединения. По мере того как штамм конкурент накладывается на той же среде, этот метод позволяет исследователю наблюдать весь потенциал штамма ингибитора препятствовать росту штамма конкурента. В результате, этот анализ отражает то, что происходит с природой; один изолят полностью установлена в нише, а другой должен быть в состоянии противодействовать любым ингибирующие переменные, чтобы иметь возможность успешно вторгаются в нишу.
Есть две части к этому протоколу, которые, скорее всего, привести к ошибочным результатам, если выполняется неправильно. Во-первых, неполная стерилизация испарителем бутылки могут ввести загрязняют бактерии в анализе. INCUbation бульона, используемого для ополаскивания бутылки распылительного на этапе 3.6 в стерильный сосуд можно использовать для подтверждения бутылки были полностью стерилизовать. Дополнительные смывки в дезинфицирующих растворов, таких как Virkon, могут быть использованы до промывки в поверхностно-активным чистящее средство, которое, описанного в пункте 3.2, если требуется дополнительной стерилизации.
Второй шаг, который может привести к ошибочным результатам является разбавление штамма конкурента (этап 6.1). Если разбавление не является оптимальным, четкие измерения ингибирования может не быть легко определена. Этот анализ был оптимизирован с помощью различных назальных изолятов в качестве ингибитора штаммы , продуцирующие в широком диапазоне грамположительных и грамотрицательных видов по сравнению с S. стафилококк SH1000 как конкурент штамма 7,8. Впоследствии она была протестирована с использованием различных коагулазонегативные и коагулазную-положительных стафилококков в качестве конкурента и ингибитора штаммов, продуцирующих. При тестировании, кроме описанных выше, в качестве конкурента родовШтамм, некоторые оптимизации разбавления для посевного материала может быть необходимым.
Если ясность оценки существенно различаются между повторами, это может быть необходимо, чтобы стандартизировать конкурент штамма инокулята, установив его к определенной оптической плотности. Тем не менее, это приведет к увеличению времени анализ требуется, чтобы установить, и, вероятно, сократить число штаммов, можно обрабатывать на эксперимент. Визуально регулируя культуру к соответствующему OD с использованием стандарта McFarland может обеспечить быструю альтернативу.
Одним из недостатков этого метода является то, что оно может быть применено только к культивируемых бактерий. Именно поэтому многие исследования используют 16S рРНК последовательности для прогнозирования конкурентного исключения взаимодействий 3,4,13. Тем не менее, генетические и метагеномной методы могут только различать членов сообщества на уровне видов, и / или не учитывают конкретной внутривидовой изменчивости признака. Можно экран для ассоциации с particulген , который кодирует А.Р. черта с наличием или отсутствием видов бактерий 5, однако это требует предварительного знания гена , вероятно, связано с исключением вида.
Безопасна рассмотрение этого метода состоит в том, что, из-за образования аэрозолей бактерий, он может быть использован только в лабораторных условиях с кабинетом безопасности 2, или с подобными мерами безопасности. Есть альтернативные методы тестирования для конкуренции между изолятов, которые составляют внутривидовой изменчивости признака и не производят аэрозоли бактерий. Одним из таких способов является одновременное анализ антагонизма 2. В этом методе, инокулят одного изолята высевали на чашки с агаром, и второй изолят инокулят пятнистый или кололи на вершине, как только первый высох. Это будет производить среду, в которой штаммы находятся в прямой конкуренции (одновременное антагонизм), как конкурирующие с получением ингибирующих соединений и роются питательные вещества, в первую очередь. advantagе отложенного анализа ингибирования роста по сравнению с одновременным анализом антагонизм является то, что ингибитор изолят всегда должен иметь конкурентное преимущество, чтобы быть полностью установлена до вторжения конкурента изолята. Это больше отражает то , что будет происходить в окружающей среде, так как в большинстве ниш, один изолят будет установлен прежде , чем другой штамм добавляется, а не два изолята добавляется в то же время 8.
Другая альтернатива, чтобы избежать аэрозольную поколение бактерий было бы добавить конкурента изолирование верхнего агара, который можно было вылить, а не распыляют над ингибитором изолята. Тем не менее, объем верхнего агара добавляют необходимо будет приблизительно 3 мл, чтобы обеспечить равномерное покрытие пластины. В пределах этого объема, конкурент изолят не будет расти на тех же средствах массовой информации в качестве ингибитора изолята, так что не будет страдать от снижения питательных веществ. Спортсмен также не находиться в непосредственном контакте с любыми тормозными соединениями ЕНТиль они диффундируют в верхнюю агара. Такой анализ не может быть описана как отсроченный ингибирования или одновременного антагонизма.
Аналогичный метод ранее использовался для оценки уровней сопротивления бацитрацинового среди клинических S. стафилококка изолирует 10. Основное различие между протоколом , описанным здесь и который описан 10, является последним только одного объявления конкурента штаммы как чувствительные (полный inhibition- ясность 0 баллов) или устойчивые (частично , чтобы не inhibition- ясности оценка 1-5). Отложенный анализ ингибирования роста также может поэтому быть использован для скрининга уровней сопротивления производителям отдельных противомикробных, или даже для поиска новых антибактериальных препаратов, активных в отношении резистентных патогенов множественной лекарственной устойчивостью.
Было высказано предположение о том , что хост - микрофлора можно манипулировать , чтобы устранить нежелательные члены бактериального сообщества 9. Применение коринебактерий или Staphylococcus эпидермидис уже было показано , чтобы устранить S. стафилококк колонизация в ноздрями в значительной части населения 11,12. Поэтому исследования в конкретных штаммов, которые могут конкурентно исключающих нежелательных членов принимающей флоры, с помощью таких методов, как описана здесь, может привести к будущим терапии.