Транскриптомный Анализ<em&gt; C</em&gt;.<em&gt; Элеганс</em&gt; РНК Секвенирование данных через Tuxedo люкс по проекту Galaxy

Francis R. G. Amrit; Arjumand Ghazi

doi:10.3791/55473

Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Методическая статья

Транскриптомный Анализ

16.8K просмотров

⸱

DOI:

10.3791/55473

⸱

8 апреля 2017 г.

Francis R. G. Amrit¹ , Arjumand Ghazi¹

¹Department of Pediatrics, University of Pittsburgh School of Medicine, Children's Hospital of Pittsburgh

В этой статье

Краткое содержание

Galaxy и DAVID появились в качестве популярных инструментов, которые позволяют следователям без подготовки биоинформатики для анализа и интерпретации РНК-Seq данных. Мы опишем протокол для C. Элеганс исследователей проводить РНК-Seq экспериментов, доступ и обрабатывать набор данных с помощью Galaxy и получить значимую биологическую информацию из списков генов с использованием DAVID.

Аннотация

Следующее поколение секвенирования (NGS) технологии революционизировали природу биологических исследований. Из них РНК Секвенирование (Секвенирование РНК) возникла как мощный инструмент для анализа экспрессии генов и картирования транскриптом. Однако, обработка РНК-Seq наборов данных требует сложной вычислительной опыт и создает присущие проблемы для биологии исследователей. Это узкое место было смягчено Galaxy проекта открытого доступа, что позволяет пользователям без навыков биоинформатики для анализа РНК-Seq данных, а также базы данных для аннотации, визуализации и Integrated Discovery (DAVID), ген Онтология (ГО) термин свита анализ, который помогает получить биологическое значение из больших массивов данных. Тем не менее, для начинающих пользователей и любителей биоинформатики, самообучения и ознакомлении с этими платформами может быть отнимающим много времени и сложной. Опишем простой рабочий процесс , который поможет C. Элеганс исследователи изолировать червь РНК, проводят РНК-Seq эксперименти анализировать данные с помощью Galaxy и DAVID платформ. Этот протокол обеспечивает пошаговые инструкции по использованию различных Galaxy модулей для доступа необработанных данных NGS, проверки контроля качества, выравнивание и анализ экспрессии дифференциального гена, направляя пользователя с параметрами на каждом этапе, чтобы создать список генов, которые могут быть подвергнуты скринингу для обогащения классы генов или биологические процессы с использованием Давида. В целом, мы ожидаем , что эта статья будет предоставлять информацию C. Элеганс исследователей , проводящим РНК-Seq экспериментов впервые, а также частых пользователей , работающих с небольшим количеством образцов.

Введение

Первое секвенирование генома человека, осуществляется с использованием методы дидеоксинуклеотидного-секвенирование Фреда Сэнгера, потребовалось 10 лет, а стоимость , по оценкам US $ 3 млрд ^{^1,} ^2. Однако, в чуть более десяти лет с момента своего создания следующего поколения секвенирования технологии (NGS) позволило секвенировать весь геном человека в течение двух недель и за $ 1000 долларов США. Новые инструменты NGS, которые позволяют постоянно увеличивающиеся скорости сбора данных секвенирования-с невероятной эффективностью, наряду с резким сокращением стоимости, реконструируют современную биологию в немысли....