Методическая статья

G-квадруплекс ДНК-сродства подход для очистки ферментативно активной G4 Resolvase1

DOI:

10.3791/55496

⸱

18 марта 2017 г.

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Cancer Biology, Wake Forest School of Medicine, 2YX Genomics, 3Department of Biology, Ball State University, 4Department of Hematology and Oncology, Roper St. Francis Hospital

* These authors contributed equally

В этой статье

Краткое содержание

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

G4 Resolvase1 связывается с G-квадруплексных (G4) структур с тайтового сообщенной сродства к G4-связывающего белка и представляет большинство разматывания активности G4-ДНК в клетках HeLa. Мы опишем протокол романа, использующую сродство и АТФ-зависимый разматывания активность G4-Resolvase1 специфически очистить каталитически активный рекомбинантный G4R1.

Аннотация

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

структуры высшего порядка нуклеиновых кислот под названием G-квадруплексы (G4S, G4 структуры) могут образовываться в гуанин богатых регионах ДНК и РНК и высокой термостойкостью. Есть> 375000 предположительные G4 формирования последовательностей в геноме человека, и они обогащены промоторной области, нетранслируемые области (НТО), и в пределах теломерном повтора. Из-за возможности эти структуры, чтобы влиять на клеточные процессы, такие как репликации и транскрипции, клетка эволюционировала ферменты, чтобы управлять ими. Одним из таких ферментов является G4 Resolvase 1 (G4R1), который биохимически совместно характеризуется нашей лаборатории и Нагамине и др. и нашел чрезвычайно плотно и к G4-ДНК и РНК-G4 (K D в диапазоне низких фазовую) связываться. G4R1 является источником большинства G4-разрешения активности в лизатах HeLa клеток и с тех пор было вовлечено играть определенную роль в теломер метаболизма, развитие лимфатического, транскрипции генов, кроветворения и иммунного надзора. Возможность Е.Ф.статочно экспрессировать и очистить каталитически активным G4R1 имеет важное значение для лабораторий, заинтересованных в получении дальнейшее понимание кинетического взаимодействия G4 структур и G4-решения ферментов. Здесь мы опишем подробный способ очистки рекомбинантного G4R1 (rG4R1). Описанная процедура включает традиционные аффинной очистки на основе из С-концевого гистидина-меченый фермент, экспрессированный в человеческих оптимизированной в отношении кодонов бактерий с использованием способности rG4R1 связывать и разматывать G4-ДНК для очистки высоко активного фермента в АТФ зависимой стадию элюирования. Протокол также включает в себя этап контроля качества, где ферментативная активность rG4R1 измеряется путем изучения способности очищенного фермента раскрутиться G4-ДНК. Способ также описывается, что позволяет для количественного определения очищенного rG4R1. Альтернативные приспособления этого протокола обсуждаются.

Введение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

G4 структуры обладают высокой стабильностью нуклеиновых кислот, вторичные структуры, которые формируются в пределах гуанин богатых участков ДНК и РНК. G4 структуры стабилизируются с помощью Хугстена-связывающих взаимодействий и координировать соединение в пределах центральной полости с одновалентных катионов (например. K + и Na +) , которые вносят значительный вклад в замечательный термостойкости G4 конструкций 1, 2. Ранние биоинформатики исследования позволяют предположить , что геном человека содержит> 375000 "потенциальные G4 образующие мотивы" 3, 4. Другие оценки недавние исследования позволяют предположить , что число G4 мотивов раза выше 2-5 5, в то время как другое исследование предсказывает 716,310 различные потенциальные последовательности G4 формирования в геноме человека 6. G4-формовка последовательности эволюционно консервативны и не рассредоточено вгеном. G4 мотивы обогащены генов , кодирующих областей, и свыше 40% всех промоторов генов содержат G4 мотивы 7. Интересно отметить, что степень обогащения G4 мотивов в гене было продемонстрировано, чтобы предложить функцию гена. Например, прото-онкогенов и генов , участвующих в развитии , имеют значительно большее обогащение G4 структур , чем генов - супрессоров 8, 9.

С высокой термостабильности, почти повсеместное присутствие по всему геному, и потенциал, чтобы существенно повлиять на основные клеточные процессы, то неудивительно, чтобы обнаружить, что клетка эволюционировала ферменты для управления этими структурами. Одним из таких ферментов является G4 Resolvase1 (G4R1, называемый также RHAU и DHX36), которое мы охарактеризовали как источник большинства tetramolecular G4-ДНК - разрешающего активности в человека (HeLa) клеток 10. С тех пор было показано, тхат G4R1 прочно связывается и каталитически раскручивается tetramolecular и мономолекулярному G4-ДНК и РНК-G4 с стесненных сообщившим KDS для G4-связывающего белка 11, 12, 13. Кроме того, G4-разрешения активность G4R1 участвует в широком диапазоне биохимических и клеточных процессов, в том числе теломер / теломеразы биологии 11, 14, 15, 16, транскрипции и сплайсинга 17, 18, 19, 20, развитие 21, кроветворение 21 и регуляции иммунной системы 22, 23. С перевес G4 последовательностей специфически расположенной по всему геному и разнообразной клеточной рrocesses, что G4R1 недавно был замешан быть связан с, способностью выражать и эффективно очищать высокоактивной rG4R1 будет иметь огромное значение для выяснения биохимических механизмов и поведения этого белка.

Здесь мы покажем новую схему экспрессии и очистки (Рисунок 1) , который использует АТФ-зависимый, G4-разрешения деятельности rG4R1 эффективно изолировать активный фермент. Эта схема может быть приспособлена для очистки других АТФ-зависимых ферментов нуклеиновых кислот, для которых продукт ферментативной реакции больше не является субстратом для связывания, как это имеет место для G4R1.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Получение структур G4-ДНК, предназначенных для очистки rG4R1 (образование биотинилированного G4-ДНК G-Quadruplex)

  1. Заказать следующий олигомер ДНК, названный Z33-Био, в 1-масштабе мкмоль: 5 'AAA GTG ATG GTG GTG GGG GAA GGA TTC GGA CCT-биотин 3'. Убедитесь, что биотин фрагмент находится в 'конце олигомера 3.
  2. Подготовьте 10x G4 буфер: 450 мМ Трис-HCl, рН 8, 25 мМ ЭДТА и 2,500 мМ NaCl.
  3. Ресуспендируют олигомер Z33 в 250 мкл воды (так, чтобы концентрация олигомер составляет ~ 2,5 мм). Добавить 25 мкл 10-кратного буфера G4 и перемешать. Выдержите олигомера при 50 ° С в течение ~ 48 ч.
  4. Кратко спином вниз трубку для сбора конденсата (~ 1000 XG, 10 с). Добавить ~ 50 мкл большой массы, гидрофильных полисахаридных (30% Ficoll в H 2 O) и перемешать. Налейте 10% акриламид / 1x КЭ / 10% глицерина гель (размеры гель: 16 см х 16 см х 1 мм). После того, как гель полимеризуется, промойте лунки 1x КЭ и нагрузкойобразовавшийся олигомер Z33-Био равномерно по большей части геля (образец полосной нагрузки могут быть визуализированы с шлирен линиями).
    1. В одной полосе в конце геля, загрузите небольшую часть олигомера, который был нагрет при 98 ° С в течение 10 мин (это будет служить в качестве неструктурированных контроля), а также небольшое количество геля красителем в другой дорожка для контроля того, насколько гель запуска.
  5. Используйте 1x КЭ в качестве буфера гель работает и запустить гель при 120 V, пока фронт красителя не проходится по меньшей мере, 1/3 геля.
  6. Поместите тонкий слой хроматографическую пластину с ее грубой стороной вверх в защитном листе (или накрыть полиэтиленовой пленкой). Удалите одну из стеклянных пластин и передать гель на поверхности протектора листа. Выключите верхний свет и УФ-тень гель (длина волны: 365 нм). Используйте свежий лезвие бритвы и вырезать группу G-квадруплекс-Z33-Био, который будет рассматриваться как бег выше в геле (с меньшей подвижности) относительно расплавауправление ред.
  7. Поместите гель срез, содержащий образованный G4-ДНК в 50 мл пробирку и добавить достаточно просто замачивания буфер для покрытия куска геля (замачивания буфер состоит из 1/3 объема 10x TBE, 1/3 объема насыщенный ацетатом натрия, и 1/3 объем H 2 O). Поместите пробирку в 37 ° C инкубатор (nonhumidified) и инкубировать O / N.
  8. Переносят раствор в 15 мл пробирку и добавляют 1/10 объема гликоген (гликоген запаса при концентрации 20 мг / мл в 10 мМ Трис-HCl, рН 8, 2,5 мМ ЭДТА, рН 8, и 0,05% азида натрия) и ~ 1.2x объем изопропаноле ,
    Примечание: азид натрия остро токсичен, поэтому используйте с осторожностью!
    1. Смешайте и поместите трубку при -20 ° С в течение не менее 2 ч. Спин трубу при 2,700 XG в настольной центрифуге охлаждают до 4 & deg; С в течение 12 мин. Аккуратно перелейте раствор из осажденной G4-ДНК. Вымойте гранул 3 раза с 70% этанола + 50 мМ NaCl (соль в стирке имеет решающее значение для стабильности G4). Фитиль прочь избыток жидкости бумажной салфеткой без ворса.
  9. Местопромытый осадок в холодильнике в течение по меньшей мере 2 ч для гидратации гранул и позволяют легче взмучивания. Ресуспендируют осадок в 50 мкл буфера TNE (10 мМ Трис-HCl, рН 8, 50 мМ NaCl и 0,05 мМ ЭДТА, рН 8).
  10. Поместите 5 мкл этой сформированной ДНК G-квадруплекс в 495 мкл H 2 O и количественно с помощью спектрофотометра , что позволяет коэффициент экстинкции , чтобы определить, введя нуклеотидный состав олигомера (коэффициент экстинкции олигомера Z33 ДНК с базовый состав а = 8, С = 3, G = 15, Т = 7 составляет 341946 л / моль / см). Введите коэффициент разрежения, 25 (не 100), а образовавшийся G-квадруплекс состоит из 4-х нитей ДНК.
  11. Алиготе объем эквивалент 3 ОР (OD 260 единиц) на пробирку и хранить при температуре -20 ° С; Например, если 5 мкл , который был добавлен к 495 мкл H 2 O дает OD 260 чтение 3, а затем подготовить 5 мкл аликвоты.

2. Получение структур G4-ДНК, чтобы использовать в ферментативной активности Количественный анализ rG4R1 (образование TAMRA-меченные G4-ДНК)

  1. Заказать следующий олигомер ДНК, называемый Z33-ТАМ, в 1-масштабе мкмоль: 5 'TAMRA-AAA GTG ATG GTG GTG GGG GAA GGA TTC GGA CCT 3'. Убедитесь, что фрагмент TAMRA находится в 'конце олигомера 5.
  2. Выполните ту же процедуру, как указано в разделе 1 для формирования G-квадруплекс, за исключением того, что ультрафиолетовое (УФ) затенения не является необходимым, так как тетраметилродамин (TAMRA) меченных G-квадруплекс будут легко видны невооруженным глазом. Опять же, не забудьте включить расплавленную контроль над гелем.
  3. После снятия показаний спектрофотометра в TAMRA-меченого ДНК G-квадруплекс, как на стадии 1, разбавить образованный G-Квадруплекс до 0,2 пмоль / мкл с TNE буфера. И, наконец, добавляют глицерин до конечной концентрации 10% и хранят при -20 ° С.

3. Transform (DE3) PlysS Грамотные Клетки с PTRiEx4-DHX36 (Плазмида, кодирующей человеческий G4R1) и Grow / индуцируют Большие Бактериальные культуры

  1. Получение плазмиды TriEx4-DHX36.
  2. Аликвотировать бактерии в 20 мкл аликвоты и хранить их при температуре -80 ° С. Алиготе SOC среды (2% триптона, 0,5% дрожжевого экстракта, 10 мМ NaCl, 2,5 мМ КСl, 10 мМ MgCl 2, 10 мМ MgSO 4, и 20 мМ глюкозы) в 80 мкл аликвоты и хранят при -80 ° С.
  3. Приготовьте карбенициллин (CARB) / хлорамфеникол (CAM) LB-агар пластины. Концентрации запаса CARB и CAM составляет 50 мг / мл в H 2 O и 35 мг / мл в 70% этанола, соответственно, и эти 1,000x концентрируют; таким образом, чтобы конечные концентрации в отборе агаром LB, являются 50 мкг / мл и 35 мкг / мл, соответственно.
  4. Поместите 1 аликвоты бактерий на льду и поместить 1 аликвоты среды SOC при комнатной температуре. Добавьте 1 мкг pTriEx4-DHX36 плазмиды бактерий и осторожно встряхните кончиком пипетки перемешать. Инкубируют на льду в течение еще 5 мин, а затем теплового шока при 42 & #176 ° С в течение 30 с. Место на льду в течение 2 мин и добавляют СОВ среду.
  5. Пластинчатый трансформированных бактерий на предварительно нагретые тарелки отбора (как правило, плиты небольшой объем, например, 5 - 10 мкл, чтобы обеспечить низкую плотность колоний так, что отдельные колонии могут быть легко засевают в больших культурах) и инкубируют при 37 ° CO / N.
  6. Подготовьте Потрясающе Бульон в соответствии с инструкциями изготовителя 24. Сделать 500 мл в большой колбе (не забудьте добавить глицерин) и автоклав на коротком цикле жидкости.
  7. Добавить CARB / CAM (50 мкг / мл / 35 мкг / мл) в бульоне и затем инокуляции культур, принимая агаровых (используя P1000 пипетку), содержащего одну бактериальную колонию и пипетирования в бульон. Вихревой культур энергично, чтобы проветрить их, а затем инкубировать культур при 37 ° CO / N без встряхивания.
  8. На следующий день, место культуры в шейкере C 37 ° и встряхивают при температуре ~ 225 оборотов в минуту. Расти культур до OD 600 составляет около 0,4 -0,6, что обычно занимает около 4 - 6 ч, в зависимости от начальной плотности клеток.
    Примечание: Для этого потребуется периодический контроль плотности с помощью спектрофотометрических показаний, и это очень важно , чтобы не выращивать культуры гораздо выше 0,5 СОД. В качестве заготовки для спектрофотометрических чтений, спином вниз 1 мл бактерий и используют осветленный бульон в качестве раствора запирани.
  9. После того , как собственно ОД 600 получается, сразу же место культур на льду и быстро охладить их до 10 ° С. Монитор температуры с помощью термометра протирать 70% этанола. Ускорить охлаждение путем быстро враща колбы в то время как на льду, так как это ограничивает дальнейший рост бактерий перед рекомбинантного белка индукции.
  10. Добавить IPTG до конечной концентрации 1 мМ (~ 120 мг / 500 мл культуры), а затем трясти при 80 оборотах в минуту при 14 ° С в течение ~ 17 - 18 ч. Идеальная температура для индукции белков было обнаружено, что 14 & deg; С; чтобы наилучшим образом достичь этого, использовать охлаждаемый водяной бане шейкера LOCованные в обычной холодильной камере и вручную проверить температуру воды в ванне с помощью термометра.
    Примечание: В качестве альтернативы, использовать с воздушным охлаждением шейкер / инкубатор, хотя необходимо проверить , что в цифровом виде набора настройка температуры даст желаемый температуру жидкости (тест это путем инкубирования колбу воды с помощью термометра в нем и встряхивании при 80 оборотах в минуту в течение нескольких часов, регулируя цифровой не соответствующим образом параметр до 14 ° C температура достигнута).
  11. Поместите культуры на льду и охладить их быстро, как в шаге 3.9. Возьмите небольшую аликвоту бактерий и принимают OD 600 чтение; в идеале, культуры будет вдвое во время индукции до примерно 0,8 - 1,2 OD 600.
  12. Передача бактерии в 500 мл центрифужные пробирки и вручную сбалансировать их с помощью бактериальной культуры, чтобы даже вес между трубками. После того, как сбалансирован, центрифугировать их в 3840 мкг в течение 20 мин при 4 ° С. Слейте осветленный бульон и заморозить бактериальной PELне позволяет при -80 ° С до момента очистки белков.

4. Очистка человека rG4R1

  1. Оттепель и лизиса бактериальных гранул.
    1. Разморозить бактериальный осадок в 3 мл буфера TN при КТ (TN буфер состоит из 100 мМ Трис, рН 7,5 и 50 мМ NaCl). Держите бутылки в руке и вихрем растаять / ресуспендирования бактериальных гранул. После размораживания и относительно равномерно приостановлено, довести объем до 5 мл с буфером TN (далее суспензии может быть достигнуто с помощью пипетки вверх и вниз с 5 мл пипетки).
      ПРИМЕЧАНИЕ: Это типично оттаивать / Prep либо 2 или 4 бутылки на день подготовки, в зависимости от уровня пользователя комфорта с процедурой очистки.
    2. Растворите 20 мг лизоцима в 250 мкл H 2 O (в культуре) и добавить к ресуспендировали бактерий. Дайте лизоцим переваривать бактерии в течение ~ 5 - 10 мин при закрученной бутылки в руке.
      Примечание: Цвет SUSпенсия начнет светлеть слегка варочных средств, а подвеска будет относительно невязкой. Если Культуры слишком зарастает (т.е. намного больше , чем 1,2 OD 600), а затем хромосомную ДНК микобактерий может вызывать нежелательную вязкость на данном этапе.
    3. Добавьте 250 мкл ингибиторов протеаз (ПОС) и один 10 мкл аликвоты леупептином. Тщательно перемешать.
    4. Место на льду и добавляют 10 мл холодного буфера TN и 22 мкл BME. Передача в пробирку 50 мл.
    5. Разрушать ультразвуком бактерии на льду с цифровым ультразвуковом равным амплитуде 30%. Пульс 2 с ВКЛ и ВЫКЛ 2 сек в течение 1 мин. Повторите ультразвуковую обработку в 3 раза, что позволяет образцы для охлаждения на льду в течение, по крайней мере 2 мин между шагами обработки ультразвуком.
      Примечание: При наличии нескольких культур, разрушать ультразвуком каждый из них в свою очередь , прежде чем повторять итерации обработки ультразвуком. Во время озвучивания, будьте осторожны, чтобы держать кончик Ультразвуком достаточно погруженной в бактериальном лизате, но не прикасаясь-ее стороны трубки, так как это будет генерировать избыточное тепло.
    6. Добавить равный объем (15 мл) холодной 4x SSC + 20 мкл BME + 50 мкл PIC + 1 аликвоты лейпептина и перемешать.
    7. В настольной центрифуге предварительно охлаждают до 4 & deg; С, центрифугировать лизатов при 2,300 мкг в течение 20 мин. Передача супернатант к свежей, предварительно охлажденный 50 мл пробирок (1 туба на большой культуры быть нацелен).
  2. Приготовьте G4-магнитные шарики.
    1. Принимать по 1 мл стрептавидин парамагнитного шарик (SPB) подвеска (на 1 л культуры) и передать его в 1,5 мл микроцентрифужных трубки. Гранул SPB с магнитом и моют 2 раза с 2 x SSC + 5 мМ ЭДТА, рН 8. ресуспендируют промытый SPB в 200 мкл того же раствора, используемого для мытья шариков.
    2. Добавьте одну 3 OD аликвоты G4-ДНК (Z33-Bio G4, полученного в разделе 1) к суспензии SPB и быстро перемешать с помощью пипетки вверх и вниз несколько раз. Место труб на ротатор и вращать при комнатной температуре в течение не менее 30 мин (и до 60 мин).
    3. в кормовой частиэр этот период вращения, блокируют G4 переплете SPB путем добавления 1 мл 0,4% лактальбумина, и держать на льду до тех пор, пока это необходимо. Развести 0,4% лактальбумин от 4% лактальбумина запаса с использованием 1x Трис-глицин.
      Примечание: Шток 4% лактальбумина (вес / объем) сначала получают путем растворения в 2 М глицина , рН 7,5, с последующим добавлением 1x PIC и 0,05% азида натрия.
  3. Bind гистидин-меченый rG4R1 к гранулам кобальта (CB) (продолжение с шага 4.1).
    1. Добавляют 1 мл суспензии CB (эквивалент мл объема шарика 0,5) в каждую 50 мл пробирку, содержащую осветленный лизат бактерий. Инкубировать в течение 20 мин при комнатной температуре на ротатора.
      Примечание: 0,5 мл объема шарика используется на 1 л осветленного лизата; например, если два 500 бактериальных культур мл готовят, только добавить CB в пробирку 50 мл раствора , содержащего осветленный лизат из одной из культур в этот момент, в качестве лизата из второй культуры будут последовательно связаны с тем же 0,5 мл СВ в стер 4.3.3).
    2. Спин вниз CB при 110 х г в течение 5 мин в 4 & deg; С настольной центрифуге. Отсасывает жидкость осторожно, и оставить пару мл жидкости таким образом, чтобы не мешать Осажденный CB. Мытье с 10 - 15 мл холодного 4x SSC + BME (0,5 мкл BME / мл 4x SSC).
      Примечание: Для промываний, залить 10-15 мл непосредственно на осажденные кобальта бусинок вместо пипеткой, а пипеткой заставит гранулы застревают к внутренней стороне пипетку и белка будут потеряны.
    3. Гранул CB снова с помощью центрифугирования , а затем налить следующую осветленный лизат (30 мл, что составляет 2 - й большой индуцированную бактериальной культуры) на гранулированной CB. Инкубируют в течение еще 20 мин при комнатной температуре на ротатор и затем промыть в два раза с 10-15 мл 4-кратным SSC + BME. Гранула при 110 х г в течение 5 мин при температуре 4 ° С.
    4. После второй промывки, аспирация жидкости и оставить около 2 мл бусин / жидкости в нижней части трубы. Передача связанной с белком CB в предварительно охлажденный 2-мл пробирку с помощьюс использованием 1 мл "широким отверстием" пипетку.
      Примечание: Используйте свежий лезвие , чтобы отрезать конец наконечника до передачи, как использование этого "широким отверстием" наконечником пипетки уменьшит потерю белка связанного кобальта бусин.
    5. Кратко центрифугировать бусин в трубке 2 мл на высокой скорости (~ 18,000 XG) в микроцентрифуге при 4 ° С (~ 5 - 10 лет это все, что необходимо для быстрой грануляции). Аккуратно снимите и выбросьте супернатант с помощью пипетки, соблюдая осторожность, чтобы не потерять связанной с белком CB.
  4. Элюции rG4R1 из CB.
    1. Выдержите CB в 0,5 мл буфера для элюции гистидин (ВЭП) на ротатор в течение 5 мин в холодном помещении. Опять же, при добавлении СЭп, просто пипеткой 0,5 мл на шарики (для устранения потери CB) и ресуспендируют бусины путем переворачивания пробирки. Древнеевр составляет 0,7 М L-гистидин рН 6 (рН регулируют с использованием уксусной кислоты).
    2. Центрифуга при 18000 х г в 4 ° C микроцентрифуге в течение 1 мин. Передача супернатантв предварительно охлажденный 15 мл трубки. Осторожно удалите и перенесите содержащие белок супернатант путем тщательного пипеткой, оставляя небольшое количество жидкости в верхней части CB.
    3. Повторите шаги 4.4.1 и 4.4.2 в общей сложности 3 СЭп ELUTIONS.
    4. Элюции один раз 0,2 М ЭДТА, рН 6,0; цвет CB изменится от розового до белого, как ЭДТА способствует образованию хелатных комплексов кобальта.
    5. После этого четвертый и последний элюирования был переведен в 15 мл трубки, пипетки остаточный элюирующий буфер из CB с помощью кончика гель загрузки на конец 1 мл кончика пипетки; погрузив кончик в нижней части трубки, остаточный белок, содержащий буфер для элюирования может быть собрана.
  5. Свяжите rG4R1 к G4 переплете SPB и элюции рекомбинантный фермент АТФ-зависимым образом.
    1. Подготовка 5x Res буфер: 250 мМ Трис-ацетата рН 7,8, 250 мМ NaCl, 2,5 мМ MgCl 2, и 50% глицерина. Приготовьте 3x Res Буфер: 0,915 мл H 2 O, 2 мл 5x Res буфера, 0,33 мл 0,4% лактальбумина (дiluted от 4% лактальбумина с 1x Трис-глицин), 0,010 мл, 0,015 BME мл 1 М MgCl 2, 0,050 мл ПИК и 0,010 мл леупептина. Держите на льду.
      Примечание: Шток 4% лактальбумина (вес / объем) сначала получают путем растворения в 2 М глицина , рН 7,5, с последующим добавлением 1x PIC и 0,05% азида натрия.
    2. Гранула G4-SPB к стороне трубки с магнитом и отбросить супернатант (G4-Spb, а полученный на стадии 4.2). Добавить 1 мл 3x Res буфера к G4-SPB и пипетки перемешать.
    3. Пипетировать этот 1 мл G4-SPB суспендировали в буфере 3x Рез в трубку 15 мл, содержащей ~ 2 мл содержащего белок HEB / ЭДТА (элюата со стадии 4.4). Выдержите в течение 15 мин в водяной бане 37 ° с периодическом перемешивании, так что шарики не соглашайтесь.
    4. На льду, осадить протеин-связанный G4-Spb на стороне трубки с магнитом. Для того, чтобы помыть, добавить 1 мл 4-кратный SSC + 0,4% лактальбумина (+ 0,5 мкл / мл BME) и пипетки для ресуспендирования бисером. Пелле бусины с тон магнит на льду. Повторите эту стирку в общей сложности 2 стирок.
      Примечание: Терпение требуется во время процедуры промывки , чтобы гарантировать , что все магнитные шарики были осаждали между промывками. Это особенно верно, учитывая увеличение вязкости раствора из-за глицерина, содержащегося в буферах Res.
    5. Вымойте G4-SPB 1x 1 мл 3x Res буфера.
    6. Подготовка буфера для элюции (EB): 0,5 мл 3 - кратным Res буфера, 0,1 мл 0,1 М АТФ и 0,4 мл H 2 O.
    7. Предварительно теплой 1 мл ЭБ до 37 ° С в ПЦР пробирки, распределенных по нагревательному блоку амплификатор, установленной на 37 ° С.
    8. Гранула G4-SPB с магнитом на льду и ресуспендирования бусин в 100 мкл подогретого EB. Немедленно передать бусинки на предварительно нагретый ПЦР-пробирку и инкубируют в течение 30 с при 37 ° С.
    9. Оперативно добавить 12 мкл 5 М NaCl и пипеткой вверх и вниз энергично 20 - 30 раз. Сочетание высокой концентрации соли и АТФ, содержащийся в EBслужит для вымывания rG4R1 от G4 бусинок.
      Примечание: Очень важно , чтобы свести к минимуму количество пузырьков , образованных в процессе пипетирования, как пузырьки могут денатурации белка.
    10. Сразу осаждени G4-Spb с магнитом и передать содержащие белок элюата в свежую ПЦР-пробирку на льду (помеченный с датой).
    11. Повторите элюирование и передачи, описанные в шагах 4.5.8-4.5.10; конечный продукт этого процесса, таким образом, ~ 200 мкл ЕВ, содержащие очищенный rG4R1. Отложите два 7 мкл аликвоты (в ПЦР-пробирки, меченных соответствующую дату) для использования в анализе ферментативной активности контроля качества, которая проверит ли действительно был очищен очень активным rG4R1.
    12. Храните очищенный rG4R1 при -80 ° С до момента анализа активности.

5. Контроль качества ферментативной активности Анализ очищенного rG4R1

  1. Для каждого препарата rG4R1 быть проанализированы, готовят 300 мклиз resolvase буфера для анализа (RAB), где каждый из 30 мкл содержит от 0,2 пмоль TAMRA-меченого Z33 G4-ДНК (полученного на стадии 2); составе БОА следующим образом : 0,1 мл 3 - кратным Res Буфер, 0,01 мл 0,2 пмоль / мкл G4-Z33-ТАМ, 0,03 мл 0,1 М АТФ, и 0,16 мл H 2 O. В полосе 6 ПЦР пробирки, пипетки 40 мкл РБА в первую пробирку и 30 мкл РБА в оставшиеся пробирки (держать пробирки на лед в этот момент).
  2. Получить один из 7 мкл rG4R1 аликвоты (из стадии 4.5.11) и поместите его на льду. С р20 пипеткой установлен в 5 мкл, осторожно пипеткой вверх и вниз несколько раз, чтобы смешать rG4R1 в аликвоты и передачи 5 мкл на первой трубе полосы 6 PCR трубок (тот, который содержит 40 мкл RAB-регулирование). Затем установите пипеткой 10 мкл и последовательно передать 10 мкл на оставшиеся пробирки для ПЦР, содержащих РБА.
  3. Сразу инкубировать эту полосу ПЦР пробирки при 37 ° С в течение 30 мин в амплификатор, а затем C проведет 4 °.Открыть трубы в то время как их держат при температуре 4 ° С и добавляют по 2 мкл 0,5 М ЭДТА, рН 8 в каждую пробирку (для остановки ферментативной реакции).
  4. Налейте 10% акриламид / 1x КЭ / 10% глицерина геле. После удаления расческу, промойте лунки 1x КЭ. Добавьте 5 мкл большой массы, гидрофильных полисахаридных (30% Ficoll в H 2 O) в каждую пробирку и нагрузки 15 мкл из каждой пробирки (загрузка лунки снова можно наблюдать с помощью шлирен - линий).
    1. В качестве контроля для обеспечения мобильности G4-ДНК, добавьте 4 мкл высокой массы, гидрофильный полисахарид до 20 мкл RAB-регулирование, и нагрузка 15 мкл; в качестве контроля для размотанному мономерного Z33, тепла 20 мкл РБА при 98 ° С в течение 10 мин, добавляют 4 мкл высокой массы, гидрофильного полисахарида и нагрузки 15 мкл.
  5. Запустите гель при 120 V в течение 2 ч с 1x КЭ в качестве рабочего буфера. Изображение гель на мультимодальной формирования изображений с возможностью флуоресцентной визуализации с использованием Tamra конкретных фильтров (возбуждения с 532 нм зеленый лазер и использовать 580 нм полосовой фильтр 30 (580 BP 30)).
    Примечание: Очень активная подготовка rG4R1 даст полное разрешение TAMRA-меченого Z33 в первые 3 полосы , которые были загружены на геле, как показано на рисунке 2.

6. Аккумулирование высокоактивных rG4R1 Preps, аликвоты и хранение

Примечание: Этот шаг требует 2 -х человек. Число и ферментативные требования вниз по течению анализов, которые очищенный rG4R1 будут использоваться в определит, сколько препараты необходимы до аликвоты. Типичный большой препарат состоит из объединения 8 высоко активных препаратов (таким образом, используя в общей сложности 16 индуцированных 500 мл бактериальных культур), но это произвольное число и лабораторно-специфичны.

  1. Рассчитать общий объем высокоактивных, очищенный rG4R1, который должен быть аликвоты. Как правило, 7 мкл аликвоты используют в последующих анализах. Заполните блок термического CYCLэр установить до 4 ° С с полосой ПЦР-пробирки (именно эти аликвоты, как твердый характер блока ускорит быстрое закрытие полос ПЦР).
  2. Получить пробирки для ПЦР, содержащие высокоактивный rG4R1 от -80 ° С и быстро разморозить трубы в руке; когда небольшое количество льда остается в трубе, поместите пробирки на лед. Объединить все быстро-размороженных препаратов в prechilled, 15 мл трубки и хорошо перемешать, убедившись в том, чтобы свести к минимуму пузырьки.
  3. С помощью автоматической пипеткой, дозировать нужного объема аликвоты в предварительно охлажденные ПЦР полосковых трубок в термоциклеру. Как только 1 - 2 полосы завершены, есть второй человек, закройте крышки и передавать их на 96-луночных пластин, которые плавают в жидком азоте (замораживание вспышки необходимо сохранить ферментативную активность).
    Примечание: Не принимать больше , чем приблизительно 200 мкл rG4R1 в наконечнике автоматической пипетки в то время , чтобы сократить время , что фермент не в 4° С.
  4. После того, как полоса prechilled пробирки для ПЦР в термоциклеру были заполнены аликвоты и заморожен должным образом, быстро передавать более предварительно охлажденные ПЦР стрип трубки от льда к термоциклеру и продолжают аликвоты. Продолжайте таким образом, пока оставшаяся часть фермента не было аликвоты, флэш-замораживали в жидком азоте, и переносили в сухой лед. И, наконец, передача аликвот до -80 ° С в течение длительного хранения.

7. Количественное Очищенная rG4R1 Концентрация

  1. Налейте стандартный 5% штабелирования / 12% разрешающую акриламид / SDS гель для разделения белков.
  2. Оттепель 50 мкл аликвоты rG4R1, объединяются в одну трубку, и хорошо перемешать. Измерьте точный объем с пипеткой и добавляют равное количество 2х Laemmli образца буфера (65,8 мМ Трис-HCl, рН 6,8, 26,3% (вес / об) глицерина, 2,1% SDS, и 0,02% бромфенола синего) + BME (50 мкл / 950 мкл буфера 2х Laemmli). Денатурации белка при 98 ° С в течение 10 мин.
    3. Подготовить разведениях маркеров широкого диапазона MW в 1х буфере для образца + BME таким образом, что следующие количества белка могут быть загружены на гель в качестве стандартов: 31,3, 62,5, 125, 250 и 500 нг.
    Примечание: Каждый стандартный белок , содержащийся в MW маркеров широкого радиуса действия присутствует в количестве от 0,1 мкг / мкл, белок 50 кДа, который присутствует в количестве от 0,3 мкг / мкл , за исключением. Эти маркеры не должны быть денатурированные нагреванием.
  3. Удалите гребенку из геля и промыть лунки со стандартным 1x SDS / глицин рабочего буфера. Нагрузка эквивалент 25 и 12,5 мкл rG4R1 (который 50 и 25 мкл денатурированного белка), хотя оптимальный объем фермента нагрузка должна быть определена пользователем, так как концентрация ферментных препаратов будет меняться (например, 35 мкл наносили на гель на рисунке 3). Загрузите стандарты белка, полученного на стадии 7.3. Убедитесь в том, что пипеток правильно откалиброваны, и убедитесь, чтобы быть столь же точным, как possibле с техникой пипетирования для обеспечения точной количественной оценки.
  4. Запустите гель при 120 V, пока фронт красителя не проходится около 2/3 геля (для обеспечения надлежащего разделения белков, которые составляют маркеры широкого диапазона MW).
  5. Удалить гель и утилизировать часть геля, который не будет содержать белок путем разрезания его прочь с лезвием бритвы. Поместите гель в стеклянной кастрюле или эквивалентной емкости. Пятно гель Кумасси краситель (50 мг кумасси R-250 в 100 мл 50:10:40 об / об метанол: уксусная кислота: H 2 O , который был отфильтрован через фильтр-бумажной воронки) O / N при комнатной температуре на орбитальный шейкер набора, чтобы обеспечить адекватное перемешивание геля.
  6. Де-окрашивает гель с 30:10:60 об / об метанол: уксусная кислота: H 2 O с использованием сжались-вверх, не ворсистой папиросной бумаги , чтобы ускорить Обесцвечивание. Изменение решения Обесцвечивание по мере необходимости. Продолжайте Обесцвечивание, пока фон не станет достаточно низкой, чтобы визуализировать rG4R1 и ​​белковые стандарты; типичный гель при этомэтап показан на рисунке 3.
  7. Поместите гель отмывали между протектором листа и сканирования геля при ≥300 точек на дюйм. Откройте отсканированное изображение в программе программного обеспечения для анализа изображений (например, Fuji Multiguage или эквивалент) и подготовить стандартные кривые из белковых стандартов, которые соответствуют 75, 100 и 150 кДа (кривые представляют собой грамотрицательные суммы в сравнении показаний денситометрических). Убедитесь в том, чтобы вычесть фон от каждой полосы быть количественно в процессе получения денситометрические значений.
  8. Если предположить, что количество объем rG4R1, который был загружен на гель содержит некоторое количество белка, который находится в пределах линейного диапазона этих стандартных кривых, количество грамм белка на микролитр rG4R1 нагруженного могут быть экстраполированы.
  9. Преобразование экстраполированы количество грамм rG4R1 в молярном количестве, используя молекулярную массу G4R1, что 120000 г / моль.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Для каждого геля, три экстраполированные значения будутгенерируется (по одному для каждого из трех белковых маркеров, используемых для генерации стандартных кривых: 75, 100 и 150 кДа). Выполните еще два гелей и пятна и количественно их, повторяя шаги 7.1 - 7.10. С результатами количественной оценки для первого геля, пользователь сможет оценить, сколько rG4R1 должен быть загружен на дальнейших гелей с получением суммы, которая находится в пределах линейного диапазона стандартов белка. В общей сложности девять экстраполировать значения, представляющие концентрацию высокоактивного, очищенного rG4R1. Усреднить значения для получения конечного пакетное конкретной концентрации rG4R1, которая обычно находится в диапазоне 20-100 нМ. Вычислить стандартное отклонение от этих значений (n = 9).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Этот протокол (рис 1) обычно дает почти чистый, каталитически активный rG4R1. В качестве меры ферментативной активности, то , как правило , наблюдается , что 50% от 0,2 пмоль TAMRA-меченого tetramolecular G4-ДНК превращается в мономеры в пределах 0,2 - диапазоне 0,013 мкл rG4R1, анализируемый с помощью анализа G4 активности , описанной выше (рис 2). Окрашивание кумасси очищенного rG4R1 указывает на одну полосу при ожидаемой 120 размер кД, с незначительной загрязняющего полосы при ~ 75 к...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Этот протокол представляет собой высокоэффективную экспрессии, очистки и схему количественного определения для выделения продукта гена DHX36, G4-Resolvase1 (G4R1, называемый также RHAU и DHX36) (рисунок 1). Этот протокол использует две стадии очистки: His-Tag аффинной очистки на кобальтовых сродства бусин и ферментативную очистку на G4-ДНК-конъюгированного бусин. Последний шаг уникален тем, что он использует плотный сродства, высокой специфичности и каталитической активности, разматывания rG4R1 имеет дл...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы не имеют ничего раскрывать.

Благодарности

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Мы хотели бы поблагодарить наших источников финансирования, в том числе щедрый подарок от Ware Foundation (до JPV), Национальные институты HealthGrant T32-CA079448 (к PJS), а также средства запуска Ball State University (к PJS). Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
TriEx4-DHX36 плазмидаAddgene68368
Rosetta2(DE3)plysS компетентные клеткиNovagen71403-4
S.O.C mediumThermo Fisher Scientific15544034 
Difco Terrific БульонБектон Дикинсон243820
ГлицеринСигма-ОлдричG5516
ХлорамфениколСигма-ОлдричC191935 &микро; г/мл в бактериальных планшетах/больших культурах
Карбенициллин (протестирован на культуре растительных клеток)Sigma-AldrichC341650 &m; г/мл в бактериальных тарелках/крупных культурах
Изопропил &бета;-D-1-тиогалактопиранизид (IPTG)Sigma-AldrichI6758
Лизоцим (из белка куриного яйца)Sigma-AldrichL6876
1 M Tris-HCl, pH 8Universal Scientific Supply Co. 1963-Bили из стандартного источника
1 M Tris-HCl, pH 7Universal Scientific Supply Co. 1966или из стандартного источника
1,5 М Tris-HCl, pH 8,8Для литья разрешающего геля (для количественного определения белка геля); Из стандартного источника
1 М Tris-HCl, pH 6,8Для литья стекингового геля (для количественного определения белка геля); Из стандартного источника
1 М трис-ацетат, pH 7,8Universal Scientific Supply Co. 1981или из стандартного источника
70% Этанолиз стандартного источника
Магния хлорид (1  M solution)Life TechnologiesAM9530G
Sodium хлоридSigma-AldrichS7653
Ацетат натрияSigma-AldrichS8750
20xSSC Universal Scientific Supply Co. 1665или из стандартного
источника&бета;-меркаптоэтанол (2-BME)Sigma-Aldrich63689
Коктейль ингибиторов протеазыSigma-AldrichP8849
Лейпептин гемисульфатSigma-AldrichL8511
Стрептавидин парамагнитные шарикиPromegaZ5482
0,5 М ЭДТА, pH 8 Универсальная Научная Снабжение Ко. 0718или от стандартного источника
0,2 М ЭДТА, pH 6Universal Scientific Supply Co. Из стандартного источника: сначала отрегулируйте pH с помощью NaOH, затем отрегулируйте pH обратно вниз с помощью HCl.  
А-лактальбумин (тип 1 из коровьего молока)Sigma-AldrichL5385
Аффинные бусины кобальтаClonetech635502
L-гистидинSigma-AldrichH8000
Уксусная кислота, ледянаяFisher ScientificA38-500
Аденозин 5'-трифосфат (из бактериального источника)SigmaA7699
40% раствор акриламида/Bis (37,5:1)Biorad161-0148
ГлицинSigma-Aldrich50046для создания протеинового геля бегового буфера (192 мМ глицин, 25 мМ трис основание, 0,1% SDS)
10% додецилсульфат натрия (SDS)Universal Scientific Supply Co. 1667для изготовления протеинового геля бегового буфера (192 мМ глицина, 25 мМ трис-основания, 0,1% SDS); или из стандартного источника
10x TBE Sigma-Aldrich11666703001или из стандартного
трисового основанияFisher ScientificBP152-1для получения протеинового геля бегового буфера (192 мМ глицин, 25 мМ трис основание, 0,1% SDS); Из стандартного источника
TEMEDSigma-Aldrich411019
персульфата аммония (APS)Sigma-AldrichA3678
Broad Range Protein MW маркерыPromegaV8491
Biotinylated Z33 oligo ("Z33-Bio")Oligos Etc5' AAA GTG ATG GTG GTG GGG GGG GAA GGA TTC GGA CCT-biotin 3'
TAMRA-Z33 олиго ("Z33-TAM")Олигос и т.д. 5' TAMRA-AAA GTG ATG GTG GTG GGG GGG GAA GGA TTC GGA CCT 3'
Пластина TLC с фторсодержащим покрытиемLife TechnologiesAM10110
FicollSigma-AldrichF263730% в H2O
Coomassie R-250Sigma-Aldrich27816
МетанолFisher ScientificA412
Многополосная УФ-лампаСпособна излучать ультрафиолетовый свет на длине волны 365 нм
Настольная центрифуга (с качающимся ротором ковша)Возможность охлаждения до 4 градусов; C
МикроцентрифугаВозможность охлаждения до 4°°; C
Digital SonfierBransonИли эквивалентный, способный выдавать импульсы ультразвука (амплитуда 30%, 2 с ВКЛ/2 с ВЫКЛ)
50 °°; C водяная баняДля формирования Z33 в квадруплекс
37 ° C инкубатор для бактерийДля бактериальных трансформаций и начального ночного роста крупных культур Rosetta2 E. coli трансформированных с помощью TriEx4-DHX36
37 ° С/14  ° C встряхивающий инкубатор для бактерийДля роста и индукции белка больших культур Rosetta2 E. coli преобразованных с помощью спектрофотометра
, способного считывать OD600; способного считывать концентрации олигомеров на основе последовательности оснований (например, Biorad SmartSpec 3000)
ТермометрИз стандартного источника
ПЦР-полосковых пробирокИз стандартного источника
центрифужные пробирки объемом 15 и 50 мл (полипропилен)Из стандартного источника
микроцентрифужные пробирки (2,0 мл)Из стандартного источника
центрифужные пробирки объемом 500 мл (полипропилен)Thermo Scientific3141-0500
Стандартный набор наконечников для пипеток и серологических пипетокИз стандартного источника
для загрузки геляИз стандартного источника
Автоматическая повторяющаяся пипеткаДля быстрой аликвотирования rG4R1; Из стандартного источника
ТермоамплификаторИз стандартного источника
Жидкий азотИз стандартного источника
Сухой ледИз стандартного источника
Буфер для проб Laemlli Biorad161-0737
Аппарат для запуска больших пластинчатых гелейBioradМы использовали клеточный аппарат Protean II xi от Biorad
MagnetLife Technologies12301DМы используем магнит от One Lambda (теперь бренд Thermo Fisher Scientific); и Life также является дочерней компанией Thermo, и поэтому магнит, указанный здесь, должен быть подходящей заменой
лезвиямбритвыИз стандартного источника
Фильтровальная бумага и воронкаИз стандартного источника
Стеклянная кастрюля Изстандартного источника
Орбитальный шейкерИз стандартного источника
СалфеткиИз стандартного источника
Прозрачные протекторыдля листов Из стандартного источника
Сканер и связанные с ним Программное обеспечениеИз стандартного источника
Программное обеспечение, такое как Fuji Multiguage, или эквивалент
Microsoft ExcelИли аналогичный 
TriEx4-DHX36Наконечники TWAIN для анализа изображений

Ссылки

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Qin, Y., Hurley, L. H. Structures, folding patterns, and functions of intramolecular DNA G-quadruplexes found in eukaryotic promoter regions. Biochimie. 90 (8), 1149-1171 (2008).
  2. Stegle, O., Payet, L., Mergny, J. L., MacKay, D. J., Leon, J. H. Predicting and understanding the stability of G-quadruplexes. Bioinformatics. 25 (12), i374-i382 (2009).
  3. Todd, A. K., Johnston, M., Neidle, S. Highly prevalent putative quadruplex sequence motifs in human DNA. Nucleic Acids Res. 33 (9), 2901-2907 (2005).
  4. Huppert, J. L., Balasubramanian, S. Prevalence of quadruplexes in the human genome. Nucleic Acids Res. 33 (9), 2908-2916 (2005).
  5. Bedrat, A., Lacroix, L., Mergny, J. L. Re-evaluation of G-quadruplex propensity with G4Hunter. Nucleic Acids Res. 44 (4), 1746-1759 (2016).
  6. Mendoza, O., Bourdoncle, A., Boule, J. B., Brosh, R. M. Jr, Mergny, J. L. G-quadruplexes and helicases. Nucleic Acids Res. 44 (5), 1989-2006 (2016).
  7. Huppert, J. L., Balasubramanian, S. G-quadruplexes in promoters throughout the human genome. Nucleic Acids Res. 35 (2), 406-413 (2007).
  8. Eddy, J., Maizels, N. Gene function correlates with potential for G4 DNA formation in the human genome. Nucleic Acids Res. 34 (14), 3887-3896 (2006).
  9. Eddy, J., et al. G4 motifs correlate with promoter-proximal transcriptional pausing in human genes. Nucleic Acids Res. 39 (12), 4975-4983 (2011).
  10. Vaughn, J. P., et al. The DEXH protein product of the DHX36 gene is the major source of tetramolecular quadruplex G4-DNA resolving activity in HeLa cell lysates. J Biol Chem. 280 (46), 38117-38120 (2005).
  11. Booy, E. P., et al. The RNA helicase RHAU (DHX36) unwinds a G4-quadruplex in human telomerase RNA and promotes the formation of the P1 helix template boundary. Nucleic Acids Res. 40 (9), 4110-4124 (2012).
  12. Creacy, S. D., et al. G4 resolvase 1 binds both DNA and RNA tetramolecular quadruplex with high affinity and is the major source of tetramolecular quadruplex G4-DNA and G4-RNA resolving activity in HeLa cell lysates. J Biol Chem. 283 (50), 34626-34634 (2008).
  13. Giri, B., et al. G4 resolvase 1 tightly binds and unwinds unimolecular G4-DNA. Nucleic Acids Res. 39 (16), 7161-7178 (2011).
  14. Lattmann, S., Stadler, M. B., Vaughn, J. P., Akman, S. A., Nagamine, Y. The DEAH-box RNA helicase RHAU binds an intramolecular RNA G-quadruplex in TERC and associates with telomerase holoenzyme. Nucleic Acids Res. 39 (21), 9390-9404 (2011).
  15. Sexton, A. N., Collins, K. The 5' guanosine tracts of human telomerase RNA are recognized by the G-quadruplex binding domain of the RNA helicase DHX36 and function to increase RNA accumulation. Mol Cell Biol. 31 (4), 736-743 (2011).
  16. Smaldino, P. J., et al. Mutational Dissection of Telomeric DNA Binding Requirements of G4 Resolvase 1 Shows that G4-Structure and Certain 3'-Tail Sequences Are Sufficient for Tight and Complete Binding. PLoS One. 10 (7), e0132668(2015).
  17. Booy, E. P., et al. The RNA helicase RHAU (DHX36) suppresses expression of the transcription factor PITX1. Nucleic Acids Res. 42 (5), 3346-3361 (2014).
  18. Huang, W., et al. Yin Yang 1 contains G-quadruplex structures in its promoter and 5'-UTR and its expression is modulated by G4 resolvase 1. Nucleic Acids Res. 40 (3), 1033-1049 (2012).
  19. Tran, H., Schilling, M., Wirbelauer, C., Hess, D., Nagamine, Y. Facilitation of mRNA deadenylation and decay by the exosome-bound, DExH protein RHAU. Mol Cell. 13 (1), 101-111 (2004).
  20. Yoo, J. S., et al. DHX36 enhances RIG-I signaling by facilitating PKR-mediated antiviral stress granule formation. PLoS Pathog. 10 (3), e1004012(2014).
  21. Lai, J. C., et al. The DEAH-box helicase RHAU is an essential gene and critical for mouse hematopoiesis. Blood. 119 (18), 4291-4300 (2012).
  22. Zhang, Z., et al. DDX1, DDX21, and DHX36 helicases form a complex with the adaptor molecule TRIF to sense dsRNA in dendritic cells. Immunity. 34 (6), 866-878 (2011).
  23. Kim, T., et al. Aspartate-glutamate-alanine-histidine box motif (DEAH)/RNA helicase A helicases sense microbial DNA in human plasmacytoid dendritic cells. Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (34), 15181-15186 (2010).
  24. BD Biosciences. , Available from: http://www.bd.com/ds/technicalCenter/misc/difcobblmanual_2nded_lowres.pdf (2016).
  25. Booy, E. P., McRae, E. K., McKenna, S. A. Biochemical characterization of G4 quadruplex telomerase RNA unwinding by the RNA helicase RHAU. Methods Mol Biol. 1259, 125-135 (2015).
  26. Lattmann, S., Giri, B., Vaughn, J. P., Akman, S. A., Nagamine, Y. Role of the amino terminal RHAU-specific motif in the recognition and resolution of guanine quadruplex-RNA by the DEAH-box RNA helicase RHAU. Nucleic Acids Res. 38 (18), 6219-6233 (2010).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Теги

Похожие статьи