Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Методическая статья

Синтез и анализ масс-спектрометрии Oligo-peptoids

10.2K просмотров

⸱

DOI:

10.3791/56652

⸱

21 февраля 2018 г.

 ,  ,  , 
1Department of Chemistry, University of the Pacific

В этой статье

Краткое содержание

Протокол описан для ручной синтеза oligo-peptoids следуют анализ последовательности по масс-спектрометрии.

Аннотация

Peptoids являются контролируемой последовательности пептид подражая олигомеров, состоящей из N-алкилированные глицин единиц. Среди многих потенциальных приложений было подумал peptoids как тип хранения молекулярной информации. Масс-спектрометрия анализ рассматривался метод выбора для последовательности peptoids. Peptoids может быть синтезирован через твердой фазы химии, используя повторяющийся цикл реакции двухэтапный. Здесь мы представляем метод вручную синтезировать oligo-peptoids и анализировать последовательность peptoids, с использованием методов тандемные масс-спектрометрия (МС/МС). Образец peptoid является nonamer, состоящие из чередующихся N-(2-methyloxyethyl) глицин (Nme) и N-(2-phenylethyl) глицин (Npe), а также N-(2-аминоэтил) глицин (НАО) в N-terminus. Последовательность формула peptoid является Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, где Ac ацетильной группы. Синтез происходит в коммерчески доступных твердофазный реакции судна. Каток Амида смола используется в качестве твердой поддержки приносить peptoid с амидной группой в C-terminus. Полученный продукт peptoid подвергается последовательность анализа с помощью тройной квадрупольного масс-спектрометра в сочетании с источником ионизации электроспрей. МС/МС измерение производит спектр фрагмент ионов в результате диссоциации заряженных peptoid. Ионы фрагмент сортируются основаны на значениях коэффициента их масса заряд (m/z). Значения m/z ионов фрагмент сравниваются номинальной массы ионов теоретически предсказанных фрагмент, по схеме peptoid фрагментации. Анализ генерирует шаблон фрагментации взимается peptoid. Структуре фрагментации связан на мономера последовательность нейтральных peptoid. В этой связи МС анализа считывает последовательность информации peptoids.

Введение

Peptoids — класс контролируемой последовательности полимеров с структур позвоночника, имитирует структуру пептиды. Peptoids могут быть синтезированы из различных аминов, который позволяет peptoids выставить высоко настраиваемых свойств1,2. Peptoids были использованы как молекулярные модели для биофизических исследований, считается терапевтических агентов и разработана как лигандов для белки3,4,5,6. Peptoids были разработаны в различных биологически активных соединений, например противообрастающих и антитела подражательный материалы, противомикробных препаратов и фермента ингибиторы7,8,9. С весьма упорядоченный и перестраиваемые природой peptoids также было подумал как тип молекулярной информации хранения10. Открытие этих различных приложений требует разработки эффективных аналитических методов охарактеризовать последовательность и структура peptoids. Тандем массы на основе спектрометрии методы показали обещание как метод выбора для анализа свойства последовательности контролируемой последовательности полимеров, включая, peptoids11,12,13 14,15. Однако систематические исследования сопоставление моделей фрагментации Ион peptoid, результатом массовых спектрометрии исследования и структурной информации peptoids весьма ограничены.

Peptoids могут быть легко синтезированы методом твердой фазы. Хорошо разработанный метод предполагает итерации двухэтапный мономера дополнением цикла16,17. В каждом цикле сложения смола прыгните Амин ацетилированные haloacetic кислоты (как правило, bromoacetic кислота, BMA), и это сопровождается перемещением реакции с Первичные амины. Хотя протоколы автоматизированного синтеза регулярно применялись для синтеза peptoid, peptoids может быть синтезирован вручную с отличные урожаи в стандартной химии лабораторные16,18,19, 20.

Наша лаборатория приняла метод ручной peptoid синтеза и упростить аппарат используемых в существующих методах. Ранее мы изучили фрагментации моделей серии peptoids с помощью МС/МС методы21,22,23. Наши результаты показывают, что peptoids производят характерные образовавшиеся, когда они подвергаются столкновения индуцированной диссоциации (CID)21,23 или захват электронов диссоциации (ECD)22 экспериментов. В этой статье мы демонстрируем, как oligo-peptoids может быть синтезирован в стандартной химическую лабораторию, как выполнять CID эксперименты с помощью тройной квадрупольного масс-спектрометра и как анализировать спектральные данные. Peptoid быть синтезированы и характеризуется является nonamer с N-терминальный ацетилирования и C-терминала amidation, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2. Структура peptoid показано на рисунке 1.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

1. синтез Peptoid

Примечание: Синтез начинается с активации смолы, отек смолы и удаление группы защиты. Это сопровождается растущей цепи peptoid на смолы через повторяющиеся мономера Добавление циклов. Первый мономера, в сочетании со смолой является остатков C-терминала. Peptoid удлиненное от C-terminus до N-го. После достижения желаемого peptoid последовательность, смола расщепляется покинуть и очищенный продукт peptoid.

  1. Подготовка реагентов
    Примечание: Жидких реагентов измеряются с помощью микропипеткой и твердых реагентов измеряются с помощью аналитического баланса.
    1. Смешайте 6,2 мл n, N'-diisopropylcarbodiimide (ОПК) и 43,8 мл n, N-Диметилформамид (DMF) подготовить 0,8 М DIC/DMF решения.
    2. Растворите 5.56 g 50,0 мл ДМФ приготовить раствор 0.8 М BMA/DMF БМА.
    3. Смешайте 2 мл пиперидина (Pip) и 8 мл DMF для достижения решения Pip/DMF 20%.
    4. Распустить 1.9 мл Npe 13.1 мл DMF для достижения 1.0 M Npe/DMF.
    5. Распустить 1,3 мл Nme в 13,7 мл DMF для достижения 1.0 M Nme/DMF.
    6. Распустить 0,32 мл НАО в 2 мл DMF для достижения 1.0 M НАО/DMF.
      Внимание: Большинство химических веществ, используемых в синтезе являются опасными. Trifluoroacetic кислоты (ТФК), ОПК, Pip и BMA опасны для кожи, глаз и дыхательных путей. DMF и Дихлорметан (DCM) являются канцерогенами. Все реакции должна быть выполнена в зонта и должны использоваться надлежащие средства личной защиты. Пожалуйста, проверьте лист данным по безопасности материала (MSDS) всех химических веществ, используемых в синтезе.
  2. Активация смолы
    1. Отмерьте 84 мг Ринк Амида смолы (смолы, 0,047 ммоль, загрузки 0.56 ммоль/г) и добавить его в 10 мл полипропиленовые твердофазный реакции судна. Вставьте поршень в судна.
    2. Добавить 2 мл ДМФ в реакционный сосуд и крышка судна с максимального давления. Место судна на шейкер и агитировать судна при комнатной температуре на угол движения около 12 градусов и 385 колебания/мин за 30 мин сливной решение в контейнер для отходов, сняв крышку и толкает поршень реакции судна.
    3. Добавить 2 мл 20% раствора Pip/DMF судна и крышка судна. Агитировать на шейкер для 2 мин и слейте раствор в контейнер для отходов.
    4. Добавить 2 мл 20% раствора Pip/DMF судна, крышка судна и агитировать его при комнатной температуре на 12 мин удалить колпачок и слейте раствор в контейнер для отходов.
    5. Вымойте смолы, добавив 1 мл ДМФ, укупорочные судна и агитировать судна за 1 мин снимите колпачок и слейте раствор, нажимая на поршень. Вымойте смолы с ДМФ 4 еще раз.
  3. Мономер сложения и N-терминальный ацетилирования
    Примечание: Каждый мономер дополнением цикла включает в себя две реакции шаги, bromoacetylation и перемещения.
    1. Осуществляют первого цикла дополнение мономерной форме Nme-смолы.
    2. Выполните bromoacetylation реакции. Смешайте 1 мл раствора 0.8 М BMA/DMF и 1 мл раствора 0.8 М DIC/DMF в стакан. Передача смеси реакционный сосуд, содержащий смолы и крышка судна. Место судна на шейкер и агитировать его при комнатной температуре 20 мин удалить колпачок и слейте раствор в контейнер для отходов.
    3. Вымойте смолы, добавив 1 мл ДМФ, укупорки судна, агитируя за 1 мин и слива раствора, нажимая на поршень. Вымойте смолы, добавив 1 мл DCM, агитируя судна за 1 мин и слив решение. Вымойте смолы с DCM еще раз и затем промойте его с ДМФ дважды.
    4. Выполните смещение реакции. Добавить 1 мл раствора 1,0 М Nme/DMF, крышка судна, агитировать судна при комнатной температуре на 60 мин удалить колпачок и слейте раствор, нажимая на поршень.
    5. Вымойте смолы, добавив 1 мл ДМФ, агитируя судна за 1 мин и слива раствора, нажимая на поршень. Вымойте смолы путем рисования в 1 мл DCM, агитирует за 1 мин и слив решение. Вымойте DCM еще раз, после стирки с ДМФ дважды.
    6. Повторите мономера Добавление циклов от шагов 1.3.2 для 1.3.5 сформировать Nae-(Npe-Nme)4-смолы. Когда повторив шаг перемещения реакции (1.3.4), используйте решение конкретных Амин peptoid последовательности.
      Примечание: Peptoid цепь удлиненное от C-terminus до N-го с C-терминала остатков связывается со смолой.
    7. Выполнения N-терминальный ацетилирования сформировать Ac-Nae-(Npe-Nme)4-смолы.
    8. Mix 92 мкл на ангидрид уксусной кислоты, 43,5 мкл N, N-diisopropylethylamine (DIPEA) и 2 мл ДМФ в стакан сделать около 2 мл ацетилирования коктейль.
    9. Добавить 2 мл ацетилирования коктейль в сосуд, содержащий смолы, крышка судна и агитировать его при комнатной температуре за 60 мин снимите колпачок и слейте раствор, нажимая на поршень.
    10. Вымойте смолы, добавив 1 мл ДМФ, агитируя судна за 1 мин и слива раствора, нажимая на поршень. Вымойте смолы, добавив 1 мл DCM, агитируя судна за 1 мин и слив решение. Повторите, мытья смолы с DCM еще раз, а затем вымыть с ДМФ вдвое больше.
    11. Вымойте смолы, добавив 1 мл DCM, агитируя судна за 1 мин и слива раствора, нажимая на поршень. Повторите Стиральная с DCM дважды. Снимите крышку и дайте смоле просушите в реакционный сосуд за 10 мин.
  4. Расщепление и очистки
    1. Смешайте 3.8 мл TFA, 100 мкл triisopropylsilane (советы) и 100 мкл ВЭЖХ класса H2O в стакан, чтобы сделать 4 мл декольте коктейль.
    2. Добавить 4 мл свежеприготовленные декольте коктейль на судно, содержащие смолы, крышка судна и агитировать его при комнатной температуре в течение 2 ч.
    3. Снимите крышку и сбора фильтрата раствора в 50 мл полипропиленовые пластиковых пробирок. Добавьте 1 mL TFA на судно, крышка его и агитировать за 1 мин сбор фильтрата раствора трубу же центрифуги.
    4. Испарится TFA, дует в потоке газа азота осторожно до тех пор, пока около 1 мл вязкий раствор оставляется.
    5. Добавьте оставшийся раствор 15 мл диэтиловым эфиром, крышка пластиковых пробирок и инкубировать в морозильной камере-20 ° C на 2 ч для ночевки. Сырой peptoid осаждает как белые твердые.
    6. Пелле твердого тела с помощью центрифуги на 4427 g x 10 мин удалить колпачок пластиковых пробирок и сцеживаться диэтиловый эфир в стакан тщательно без потери твердого тела.
      Предупреждение: диэтиловый эфир является горючих органических растворителей. Пожалуйста, используйте центрифугу безопасные диэтиловый эфир.
    7. Мыть твердые путем добавления 10 мл ледяной диэтиловый эфир в центрифуге трубки, содержащих твердые, укупорочные трубки и поместив его в центрифуге. Выполнение центрифугирования в 4427 x g 10 минут удалить центрифуги трубки из центрифуги и сцеживаться диэтиловый эфир в стакан тщательно без потери твердого тела.
    8. Насухо твердых осторожно дуть в потоке газа азота.
    9. Добавьте 10 мл ВЭЖХ класса H2O для растворения сухих твердых. Передайте решение через фильтр шприц нейлон с порами размером 0,45 мкм и сбора фильтрата в предварительно взвешенный 50 мл полипропиленовые центрифуги.
    10. Оболочки заморозить решение путем размещения и вращающейся центрифуге трубки, содержащий решение peptoid в 12-унция, двойной штабелироваться расширенного пенополистирола чашку 1/3 заполнены с жидким азотом. Lyophilize замороженные решение на ночь приносить твердых peptoid.
    11. Повторите лиофилизации еще один раз путем растворения твердых peptoid 10 мл ВЭЖХ класса H2O, shell замораживание в жидком азоте и лиофилизации ночлега. Полученный peptoid достаточно чистый для анализа последовательностей по масс-спектрометрии.

2. г-жа измерения и анализа последовательности

Примечание: МС/МС эксперимента осуществляется в тройной квадрупольного масс-спектрометра в сочетании с источником ионизации (ESI) электроспрей. Сбор данных управляется с помощью программного обеспечения сбора данных, вместе с документом. Общая процедура включает в себя 1) выполняет полное сканирование масс-спектрометрии эксперимент и запись массовых спектр, 2) выполнение CID МС/МС экспериментировать и записи МС/МС спектра и 3) сравнения спектральных данных МС/МС с теоретической Фрагментация схема предсказать на основе структурной особенностью peptoid.

  1. Подготовка примера решения
    1. Весят из твердых peptoid 1,0-2,0 мг в 3-5 мл флаконе стекла. Добавьте смешанные 1 мл растворителя, ацетонитриле и воды (АКС/H2O, 1:1, v/v) растворяют peptoid. Это дает биржевые образец решения с концентрацией около 10-3 М.
    2. Перевести 20 мкл Стоковый раствор в 1,5 мл пластиковых пробирок и добавьте 1 mL смешанного растворителя АКС/H2O приносить образец разбавленный раствор около 10-5 М.
    3. Удалить любые возможные нерастворимых частиц в разреженных образец решения, выполняя центрифугирования в 4427 g x 3 мин передачи около 700 мкл в верхней части решения в другой центрифуге 1,5 мл трубку сделать рабочий раствор с peptoid MS концентрация около 10-5 М.
    4. Отрегулируйте концентрация рабочего раствора МС, основанный на интенсивности наблюдаемых сигнала во время измерения масс-спектрометрии.
    5. Альтернативный способ для удаления любых возможных нерастворимых частиц в разреженных пример решения является пример решения через фильтр шприц 0,20 мкм и сбора фильтрата в 1,5 мл пластиковых пробирок сделать peptoid MS рабочего раствора около 10-5 М.
  2. Запись массы спектров
    1. Запустите смешанного растворителя АКС/H2O (1:1, v/v) через источник ионизации (ESI) электроспрей и настройка инструмента в стандартной положительных ионов, режим полного сканирования масс-спектрометрии с масса заряд (m/z) диапазон 100-1500.
      Примечание:
      Типичные рабочие параметры:
      ESI иглы напряжения, 5 кв
      Капиллярный напряжения, 40 V
      Сушка газа (азот) температуры, 200 ° C.
    2. Добавьте примерно 300 мкл рабочего раствора peptoid MS (около 10-5 М) в 500 мкл или 1 мл шприц и соедините шприц ESI входе с помощью капиллярного полиэфиром эфира кетон (PEEK) трубы. Поместите шприца шприцевый насос и задайте скорость потока в 10 мкл/мин настаиваться в примере решения в входе ESI.
    3. Включите ESI иглы напряжения для активации процесса еси и затем включите детектор. Установите дисплей в режим и m/z диапазон 100-1500. Просмотр профиля массовых спектр показан в окне профиля. Пик на m/z 1265 (отображается как m/z 1,264.6) соответствует peptoid Ион или протонированных peptoid.
    4. Запись MS спектра на 2 мин. В окне «метод» используйте 2 мин как «время выполнения». Открыть окно запись и введите имя нужного файла и начать записывать спектра.
      Примечание: Результате массовых спектр показан на рисунке 3.
    5. Оптимизируйте интенсивность пик на m/z 1265. Установите диапазон m/z до 1150-1350 и отрегулировать капиллярного напряжения во время просмотра пика интенсивности в МВ, показываемый в окне профиля. Например, увеличение капиллярного напряжения до 50 V или выше и просматривать изменения пиковой интенсивности. Оптимальное пика интенсивности составляет около 150-200 mV.
      Примечание: Регулировка капиллярного напряжения могут существенно изменить обилие некоторых ионов. Увеличение капиллярного напряжения могут повысить интенсивность peptoid иона. Однако высоковольтных капилляров может также побудить диссоциации peptoid иона в источнике ионов и уменьшить интенсивность наблюдаемых. Регуляция температуры сушки газа может повысить интенсивность пик на m/z 1265, но это менее эффективно, чем регулировка капиллярного напряжения. Если пик на m/z 1265 не достигают оптимальной интенсивности, отрегулируйте концентрацию образца (или например, двойной концентрация рабочего раствора MS).
    6. Переключите прибор в режим МС/МС. Ион прекурсоров на m/z 1265 и МС/МС массовые ассортимент на m/z 100-1400. В окне «метод», использовать m/z 1265 как «Первый массы Q1» и оставить «Последний массы Q1» пустым. Использовать m/z 100 как «Q3 Первая месса» и m/z 1400 как «Последний массы Q3»
      Примечание: В режиме MS/MS, первый блок (Q1) функции квадрупольного как массового фильтр, чтобы изолировать peptoid Ион как прекурсор Ион, второй блок четырехполюсника (Q2) является ячейку столкновения и третий блок (Q3) функции квадрупольного масс-анализатор.
    7. Набор энергии столкновения на 40 eV и столкновения газов (аргон, в данном случае) давление в 1,5 mTorr.
    8. Просмотр профиля массовых спектр отображаются в окне профиля. Пик на m/z 1265 соответствует Ион peptoid, и вершины с более низкими значениями m/z представляют собой фрагменты из peptoid иона.
    9. Отрегулируйте энергию столкновения для оптимизации отображения спектра фрагментации. Например увеличить энергию столкновения до 45 eV и просматривать изменения спектра профиля.
      Примечание: В целом, увеличение энергии столкновения повысит обилие фрагмент ионов и уменьшить обилием ионная peptoid. Увеличение давления газа столкновения также укрепит обилие фрагмент ионов.
      Предупреждение: Не увеличивают давление газа столкновения за 2 mTorr.
    10. Запись МС/МС спектра на 2 мин. В окне «метод», используйте 2 мин как «время выполнения». Открыть окно запись и введите имя нужного файла и начать записывать спектра.
    11. Повторите запись 1 - 2 раза.
  3. Анализ последовательности Peptoid
    Примечание: При условии CID, Ион peptoid будет фрагмент на облигации Амида вдоль позвоночника peptoid производить серию N-терминальный фрагментов называется B-ионов и серия C-терминала фрагментов называется Y-ионов
    1. Вытянуть химической структуры ацетилированный peptoid, поместив N-го на левой стороне и C-конечная на правой стороне и рисование пунктирной линии на каждом Амида Бонд сформировать схему фрагментации, как показано на рисунке 2А. Нарисуйте протона с пунктирной окружности для обозначения обязанности перевозчика. Начиная с левой стороны структуры, место этикетки на пунктирной линии для обозначения фрагментов N-стержня как B1, B2B8. Начиная с правой стороны, место этикетки на пунктирной линии для обозначения фрагментов C-терминала как Y1, Y2, Y8.
      Примечание: Химические рисунок программное обеспечение могут быть использованы для рисования структуры peptoid.
    2. Представьте себе фрагментации на 4й Амида Бонд с левой стороны и нарисуйте структуры N-концевого фрагмента и фрагмент C-терминала с надлежащего официального обвинения, как показано на рисунке 2b. Поместить ярлык B4 на N-концевого фрагмента и поместите метку Y5 на C-терминала фрагмент. Вычислить значение m/z B4 путем суммирования номинальной массы элементов в структуре давать значение 580 и место m/z 580 на N-концевого фрагмента. Вычислить значение Y5 m/z и место m/z 685 на C-терминала фрагмент.
    3. Рассчитать значения m/z для всех восьми B ионов и все восемь Y ионов и собрать их в таблицу, как показано в таблице 1.
      Примечание: Значения m/z фрагментов можно рассчитать с помощью химического рисунок программное обеспечение.
    4. Откройте записанные МС/МС спектр peptoid, с помощью программного обеспечения Обзор данных, вместе с документом. Установите маркировки настройки «Шоу Ион ярлыки» и Label порог до 3%. Это создает МС/МС спектра с m/z значения помечены на вершинах.
    5. Экспорт в MS/MS спектральных данных в виде текстового файла в CSV-формат и реконструировать спектра с помощью программного обеспечения для обработки данных. Поместите значения m/z на вершинах. Результате МС/МС спектра показан на рисунке 4.
      Примечание: Некоторые масс-спектрометров оснащены обработки данных программного обеспечения способны для генерации МС/МС спектра. В этом случае экспорт MS/MS спектральных данных не является необходимым.
    6. Назначьте m/z значения, показанные на МС/МС спектра показанным в таблице 1 для определения соответствующего B - и Y-ионов. Например, пик на m/z 580 идентифицируется как B4-иона и m/z 685 идентифицируется как Y5-Ион. Ярлык вершины с соответствующих символов B и Y на спектре, как показано на рисунке 4.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

Структура peptoid 9-mer с N-терминальный ацетилирования, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, показано на рисунке 1. Peptoid был синтезирован вручную в фриттированных полипропиленовые реакции судна через подход твердой фазы. Каток Амида смолы (0,047 ммоль, 84 мг с загрузкой 0,56 ммоль/г) используется в качестве твердой поддержки приносить peptoid с amidated C-terminus. Peptoid цепь построен несколько циклов мономера сложения. Каждый мономер дополнение...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

Nonamer peptoid, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, синтезирован с использованием представленные протокола. Синтез аппарат включает шприц как полипропиленовые твердофазный реакции судна и механический shaker. Реакционные сосуды, коммерчески доступных и недорогих. Механический shaker является общим аппарат в химических лабораториях. С использованием шприц как реакционный сосуд решения могут втянуты и выталкивается из корабля, вручную перемещая поршень. Эта техника позволяет мономер сложения и смолы реакции расще...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

Авторы не имеют ничего сообщать.

Благодарности

Авторы хотели бы поблагодарить г-н Майкл Коннолли и д-р Рональд Гилад (молекулярных литейного, Лоуренса Беркли национальной лаборатории) для поддержки технику в peptoid синтезе. Мы признаем поддержку от национального научного фонда (ЧЕ-1301505). Все масс-спектрометрии эксперименты были проведены на объекте спектрометрии массы химии в Университете Тихого океана.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
ESI-тройной квадрупольный масс-спектрометр, Varian 320LAgilent Technologies Inc.Масс-спектрометр был приобретён у компании Varian, Inc.
Рабочая станция Varian MS, версия 6.9.2, программное обеспечение для сбора и анализа данныхVarian Inc.Программное обеспечение является частью пакета Varian 320L
Burrell Scientific Wrist-Action shaker, модель 75 DDФишер Сайентифик Интернешнл Инк.14-400-126
Центрифуга Hermle, модель Z 206 AHermle Labortechnik GmbH
Твердофазный реактивный сосуд, 10 млТорвикSF-1000
Колпачки давления для реактивных сосудовТорвикPC-SF
Фильтры для шприцев, поровый размер 0,2 и мю; mFisher Scientific Inc.03-391-3B
Фильтры для шприцев, поровый размер 0,45 и мю; mFisher Scientific Inc.03-391-3A
Полипропиленовые центрифугные тяги, 50 млVWR International, LLC.490001-626
Полипропиленовые центрифугные тяги, 15 млVWR International, LLC.490001-620
ChemBioDraw, Ultra, версия 12.0Корпорация CambridgeSoftВ настоящее время CambridgeSoft входит в состав PerkinElmer Inc.
Пенопластовая чашка, 12 унцийОбычный супермаркет
Амидная смола каткаChem-Impex International, Inc.10619
ПиперидинChem-Impex International, Inc.02351Очень токсично
N, N'-диизопропилкарбодиимидChem-Impex International, Inc.00110Очень токсично
Бромоуксусная кислотаChem-Impex International, Inc.26843Очень токсично
2-фенилэтиламинVWR International, LLC.EM8.07334.0250
2-метиксиэтиламинSigma-Aldrich Co. LLC.241067
N-Boc-этилендиаминVWR International, LLC.AAAL19947-06
Уксусный ангидридSigma-Aldrich Co. LLC.252845
N, N-диметилформамидVWR International, LLC.BDH1117-4LGДальнейшая дистилляция перед использованием
N, N-диизопропилэтиламинChem-Impex International, Inc.00141
ТриизопропилсиланChem-Impex International, Inc.01966
Трифторуксусная кислотаChem-Impex International, Inc.00289Очень токсично
Академическая система очистки воды Millipore MILLI-QКорпорация МиллипорZMQP60001Для получения воды класса HPLC
Вода класса HPLCПроизведён из Millipore MILLI-Q® Академическая система очистки воды
МетанолPharmco-Aaper339USP/NFКласс HPLC
АцетонитрилFisher Scientific International, Inc.A998-4Класс HPLC
Диэтиловый эфирVWR International, LLC.BDH1121-19LДальнейшая дистилляция перед использованием
ДихлорметанVWR International, LLC.BDH1113-19LДальнейшая дистилляция перед использованием
Азотный газФресно Oxygen/Barnes SupplyNIT 50-C-FУльтравысокая чистота — 99,9995%
Аргоновый газФресно Oxygen/Barnes SupplyARG 50-C-FУльтравысокая чистота — 99,9995%

Ссылки

  1. Sun, J., Zuckermann, R. N. Peptoid Polymers: A Highly Designable Bioinspired Material. ACS Nano. 7 (6), 4715-4732 (2013).
  2. Fowler, S. A., Blackwell, H. E. Structure-function relationships in peptoids: Recent advances toward deciphering the structural requirements for biological function. Org. Biomol. Chem. 7 (8), 1508-1524 (2009).
  3. Chongsiriwatana, N. P., Patch, J. A., Czyzewski, A. M., Dohm, M. T., Ivankin, A., Gidalevitz, D., Zuckermann, R. N., Barron, A. E. Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105 (8), 2794-2799 (2008).
  4. Kruijtzer, J. A., Nijenhuis, W. A., Wanders, N., Gispen, W. H., Liskamp, R. M., Adan, R. A. Peptoid-Peptide Hybrids as Potent Novel Melanocortin Receptor. J. Med. Chem. 48 (13), 4224-4230 (2005).
  5. Liu, B., Alluri, P. G., Yu, P., Kodadek, T. A Potent Transactivation Domain Mimic with Activity in Living Cells. J. Am. Chem. Soc. 127 (23), 8254-8255 (2005).
  6. Patch, J. A., Barron, A. E. Helical Peptoid Mimics of Magainin-2 Amide. J. Am. Chem. Soc. 125 (40), 12092-12093 (2003).
  7. Ham, H. O., Park, S. H., Kurutz, J. W., Szleifer, I. G., Messersmith, P. B. Antifouling Glycocalyx-Mimetic Peptoids. J. Am. Chem. Soc. 135 (35), 13015-13022 (2013).
  8. Olivier, G. K., Cho, A., Sanii, B., Connolly, M. D., Tran, H., Zuckermann, R. N. Antibody-Mimetic Peptoid Nanosheets for Molecular Recognition. ACS Nano. 7 (10), 9276-9286 (2013).
  9. Olsen, C. A., Ziegler, H. L., Nielsen, H. M., Frimodt-Moeller, N., Jaroszewski, J. W., Franzyk, H. Antimicrobial, Hemolytic, and Cytotoxic Activities of β-Peptoid-Peptide Hybrid Oligomers: Improved Properties Compared to Natural AMPs. ChemBioChem. 11 (10), 1356-1360 (2010).
  10. Lutz, J. -F., Ouchi, M., Liu, D. R., Sawamoto, M. Sequence-Controlled Polymers. Science. 341 (6146), Washington, DC. 628(2013).
  11. Altuntas, E., Schubert, U. S. "Polymeromics": Mass spectrometry based strategies in polymer science toward complete sequencing approaches: A review. Anal. Chim. Acta. 808, 56-69 (2014).
  12. Paulick, M. G., Hart, K. M., Brinner, K. M., Tjandra, M., Charych, D. H., Zuckermann, R. N. Cleavable Hydrophilic Linker for One-Bead-One-Compound Sequencing of Oligomer Libraries by Tandem Mass Spectrometry. J. Comb. Chem. 8 (3), 417-426 (2006).
  13. Thakkar, A., Cohen, A. S., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N., Pei, D. High-Throughput Sequencing of Peptoids and Peptide-Peptoid Hybrids by Partial Edman Degradation and Mass Spectrometry. J. Comb. Chem. 11 (2), 294-302 (2009).
  14. Sarma, B. K., Kodadek, T. Submonomer Synthesis of A Hybrid Peptoid-Azapeptoid Library. ACS Comb Sci. 14 (10), 558-564 (2012).
  15. Li, X., Guo, L., Casiano-Maldonado, M., Zhang, D., Wesdemiotis, C. Top-Down Multidimensional Mass Spectrometry Methods for Synthetic Polymer Analysis. Macromolecules. 44 (12), 4555-4564 (2011).
  16. Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries. Methods Enzymol. 267, 437-447 (1996).
  17. Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis. J. Am. Chem. Soc. 114 (26), 10646-10647 (1992).
  18. Utku, Y., Rohatgi, A., Yoo, B., Kirshenbaum, K., Zuckermann, R. N., Pohl, N. L. Rapid Multistep Synthesis of a Bioactive Peptidomimetic Oligomer for the Undergraduate Laboratory. J. Chem. Educ. 87 (6), 637-639 (2010).
  19. Tran, H., Gael, S. L., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. Solid-phase submonomer synthesis of peptoid Polymers and their self-assembly into highly-ordered nanosheets. J. Visualized Exp. (57), e3373(2011).
  20. Bolt, H. L., Cobb, S. L., Denny, P. W. An Efficient Method for the Synthesis of Peptoids with Mixed Lysine-type/Arginine-type Monomers and Evaluation of Their Anti-leishmanial Activity. J Vis Exp. (117), (2016).
  21. Morishetti, K. K., Russell, S. C., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. Tandem mass spectrometry studies of protonated and alkali metalated peptoids: Enhanced sequence coverage by metal cation addition. Int. J. Mass Spectrom. 308 (1), 98-108 (2011).
  22. Bogdanov, B., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. Electron Capture Dissociation Studies of the Fragmentation Patterns of Doubly Protonated and Mixed Protonated-Sodiated Peptoids. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 25 (7), 1202-1216 (2014).
  23. Ren, J., Tian, Y., Hossain, E., Connolly, M. D. Fragmentation Patterns and Mechanisms of Singly and Doubly Protonated Peptoids Studied by Collision Induced Dissociation. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 27 (4), 646-661 (2016).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Больше статей

Синтез пептоидовхимия твердофазного синтезатандемная масс-спектрометрияионизация электрораспылениеманализ паттернов фрагментациисеквенирование олигопептоидовсмола Rink Amideкоктейль для ацетилированиякоктейль для расщепления
Синтез и анализ масс-спектрометрии Oligo-peptoids
Связаться с нами
Порекомендовать библиотеке

Конфиденциальность

Условия использования

Политики

© 2026 MyJoVE Corporation. Все права защищены.