$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
С помощью описанной выше процедуры можно выполнить assay иммуно-ДНК рыбы на CTCs (или других эквивалентных клетки), обогащенные функционализированных проволоки. Прежде чем настраивать этот протокол, совместимости двух методов был решительным (иммуно флуоресценции с рыбой) на стандартные 2D поддерживает. Были выбраны две различных клеточных линий НМРЛ, выражая EpCAM (обязательно придерживаться провода, в сочетании с антителами против EpCAM). Они имеют иной статус ALK, который полезно для тестирования различных стартовых условий. Во-первых, NCI-H1975, у гены ALK дикого типа (WT), в то время как второй, NCI-H3122, характеризуется ALK транслокации.
Была использована система брейк Помимо обнаружения гена ALK для assay рыбы. Система состоит из двух зондов, один гибридизировать в проксимальных регион в пределах ALK 2p 23 и один гибридизировать дистальнее ALK (зеленый) (оранжевый). На 2D опоры иммуно-ДНК рыбы представили четкие сигналы как антитела, так и зонд (рис. 2). В частности оба мобильных линий показали четкой локализации EpCAM мембраны. Кроме того, зонд сигналы появились яркие и острые: клетки NCI-H1975 показало перекрытия оранжевый и зеленый зонды, подтверждающий статус wildtype гена ALK (Рисунок 2a, b). И наоборот NCI-H3122 клеток показали перекрытие сигналов и одного зелеными точками, отражая удаление гена ALK (рис. 2 c, d). При выполнении анализа иммуно-ДНК рыбы на 3D поддержки функционализированных проволока, антител и зонд сигналы были обычно менее определенными, чем на 2D поддержку. Окрашивание EpCAM был виден. ALK зонд сигналы были менее определены, но по-прежнему отражает состояние ожидаемого ALK (рис. 3). Результаты показали, что иммунофлюоресценции окрашивания не вмешиваться ДНК рыбы сигналов. Зонды гибридизированных конкретно с их целями. Линии клетки NCI-H3122 показал аберрантных статус гена ALK (рис. 3b), в отличие от NCI-H1975, с геном ALK дикого типа (рис. 3a).

Рисунок 1 : Функционализированных проволока, схема расположения ALK апарт брейк зондов, схема предполагаемой структуры ALK перегруппировки и специальных держатель. () красный выделить три основные части провода: функционализированных кончика, проволока пробка и ООН функционализированных наконечник. Кончик функционализированных является самой деликатной частью провода и не должны быть затронуты во время обращения во избежание мобильный отряд или повреждения. (b) зеленый и красный зонды соответственно привязку к последовательности вверх и вниз по течению от локусам гена ALK (слева). Справа отображаются exemplificative узоры ALK договоренностей. Красный и зеленый Сопредседатель локализация сигналов на нормальные клетки; раздельный зеленый и красный сигналы указывают ALK гена хромосома перерыв (транслокации гена ALK) и один зеленый оранжевый colocalization сигнала (аберрантных клеток-1). Один красный сигнал и два зеленых сигналы указывают на потерю одного красного сигнала, предлагая транслокация и удаления (аберрантных клеток-2). (c) провод держателя; красные коробки выделить области, где уход необходим при обработке провода во время анализа в микроскопии. Провод можно пройти анализ 360 °, повернув ротатора. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.

Рисунок 2 : Пробирного иммуно-ДНК рыбы на поддержка 2D (coverslip). (, b) NCI-H1975 клеток слабо положительный для EpCAM. EpCAM FITC сигналы были заметны. Оранжевый и зеленый зонды ALK брейк-отдельно перекрываются, подтверждающий статус WT ALK гена в NCIH1975 линии клеток. Клетки, отображение более двух спаренных сигналы присутствовали вследствие их анеуплоидии. (c, d) В высокой линии клеток выразить EpCAM NCIH3122 иммунофлюоресценции сигналы были яркими, которая была акцентирована в ячейке развязок. РЫБЫ анализ подтвердил удаления гена ALK, типичных для этой линии клеток. Красные стрелки показывают один зеленый зонды (без соответствующего оранжевый зонды), отражающие ALK гена удаления. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.

Рисунок 3: Иммуно-ДНК рыбы пробирного используя функционализированных провод как поддержка 3D. () представитель изображение NCI-H1975 клеток на проволоку. Хотя трудно приобрести полностью фокус изображения 3D форма клеток на проводе, EpCAM сигнал хорошо видна во всех клетках. (b) представитель изображение NCI-H3122 клеток на проволоку. ALK зондов показала гена удаления (красные стрелки), как ранее видели на поддержка 2D. Видимые фон сигналы были скорее всего объясняется наличие слоя полимера. Однако это не затрагивает значительно анализа идентификации или флуоресценции клеток. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.
| Буфер | Состав | Примечание | Запасы |
| Ячейки, полной питательной среды | Глютамин RPMI 1640 + 2 мм + 5-10% плода бычьим сывороточным (ФБС). | | RPMI: 4 ° C; Глютамин, ФБС:-20 ° C |
| Антитела Diluition буфера | BSA 1%, 0,3% Тритон X-100 в однократном ПБС | | RT. печать с лабораторией фильм. |
| 20 x SSC решение | 3 M хлорид натрия, цитрат натрия 300 мм, растворенных в ddH20 | Фильтр раствор и рН = 7.0 +/-0.1 с HCl | RT. печать с лабораторией фильм. |
| 0,4 x SSC решение | Разбавить фондовой 20 x SSC в дистиллированной H2O | Фильтр раствор и рН = 7.0 +/-0.1 с HCl | RT. |
Печать с лабораторией фильм.
2 x SSC + 0,05% раствор анимации 20
Разбавить складе 20 x SSC в дистиллированной H
2O + 0,05% 20 анимации
Фильтр раствор и рН = 7.0 +/-0.1 с HCl
RT. печать с лабораторией фильм.
DAPI раствор 30 Нм
Разбавить фондовой 1,43 мкм в однократном ПБС
-20 ° C в темное состояние готов к использованию aliquote
Таблица 1: Рецепты решений.