Внешняя граница помогал сегментации и количественная оценка трабекулярной кости плагинов Imagej

Summary

Мы представляем рабочий процесс для сегментации и количественного определения трабекулярной кости для 2D и 3D изображений, основанный на внешней границе кости с помощью плагинов ImageJ. Этот подход является более эффективным и точным, чем нынешний подход ручной контурной обработки рук и обеспечивает количественной слой за слоем, которые не доступны в текущем коммерческого программного обеспечения.

Abstract

Микро Компьютерная томография (микро CT) обычно используется для оценки количества кости и трабекулярной микроструктурных свойства в условиях различных костной потери мелких животных. Однако стандартный подход к трабекулярной анализ микро КТ изображений является срез, ломтик полуавтоматический рука-Контурная пластика, трудоемким и подвержены ошибкам. Описанные здесь является эффективным методом для автоматической сегментации трабекулярной кости согласно кости внешние границы, где трабекулярной кости могут быть определены и сегментированных автоматически с точностью с уклоном менее оператора при необходимости задаются параметры сегментации. Для профилирования параметры удовлетворительного сегментации, отображается стек изображений результатов сегментации, где все возможные комбинации параметров сегментации по одному, измененные в последовательности, и результаты сегментации с связанные параметры можно легко быть визуально проверены. Как функция контроля качества плагина моделируемых стандартных объектов являются количественно, где измеренных величин можно сравнить с теоретического значения. Количественная оценка слой за слоем трабекулярной свойств и трабекулярной толщины сообщается такой плагин, и распределения таких свойств в отдельных регионах можно профилировать легко. Хотя слой за слоем количественной сохраняет дополнительные сведения о трабекулярной кости и облегчает дальнейшее статистического анализа структурных изменений, такие меры являются недоступными из выходных данных текущего коммерческого программного обеспечения, где только один сообщается, что количественные значения для каждого параметра для каждого образца. Таким образом описанные процессы являются более совершенных подходов для анализа трабекулярной кости с точностью и эффективностью.

Introduction

Анализ микро-CT трабекулярной кости-это стандартный подход для отслеживания морфологические изменения костей в мелких животных под различными костной потери условия^1,2,3, где несколько переменных, относящиеся к структуры костей, сообщил⁴. Однако такие параметры не распределяются равномерно в метафизе длинных костей⁵, и только сводные или усредненное значение сообщает для каждой структурной переменной каждого образца текущих коммерческих машин микро CT^6,7 , хотя одно знач....

Protocol

Процедуры с участием животных темы были проведены в соответствии с руководство по уходу и использованию лабораторных животных (низ издание, 8-е издание, 2011) и были рассмотрели и утвердили институциональный уход животных и использование Комитета Ухань Университет.

1. Установка программного обеспечения

1. Установите программное обеспечение ImageJ. Скачайте Windows версии программного обеспечения ImageJ (версия 1.51 p), в комплекте с 64-разрядной версии Java от https://imagej.nih.gov/ij/. Извлечение загруженного программного обеспечения в папку, которая будет впоследствии называться «ImageJ справочник».
   Примечание: Трабекулярной ан....

Results

Трабекулярная анализ плагин предназначен для автоматически сегментировать и количественно трабекулярной кости с точностью. Первоначально кость, внешняя граница обнаружены и определены последовали отверстие наполнения операции где любые отверстия в кости наружной корковых снаряды заполнены. Затем выполняется операция эрозии исключить внешние трубчатых костей и получить сегментирована трабекулярной кости. Наконец меры трабекулярной кости в регионе сегментирована количественно.

Discussion

Это исследование описывает ImageJ плагин для анализа трабекулярной кости, которые автоматический, эффективный, и удобной для пользователей. Плагин может также использоваться для количественного определения любой 2D или 3D объект слой за слоем мер областей, томов и толщины. В настоящее время только одно измеренное значение для каждого параметра, Трабекулярная сообщается для каждого образца стандарт микро CT анализа, который не может представлять полностью характеристики измеряемых сущности в регионе выбранной анализа. Опи.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
ImageJ	NIH	imagej	Любая версия с плагином
трабекулярного анализа	Bomomics		бесплатная или коммерческая версия
Микро компьютерный томограф	Scanco	μ-50	микро КТ от любого производителя
Компьютерная система	Lenovo		любой марки
Операционная система Windows	Microsoft	Windows 7 x64	любая 64-битная операционная система Windows
Офисное программное обеспечение	Microsoft	Office 2010	любое программное обеспечение, которое имеет функцию диаграммы xy