Методическая статья

Высок объём Siderophore скрининг от проб окружающей среды: растительных тканей, сыпучих грунтов и ризосфере почвы

DOI:

10.3791/59137

⸱

9 февраля 2019 г.

 ,  ,  ,  , 
1Department of Crop and Soil Sciences, Washington State University, 2Department of Plant Pathology, Washington State University

* These authors contributed equally

В этой статье

Краткое содержание

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Мы представляем собой протокол для быстрого отбора экологических проб для потенциальных siderophore, способствуя биодоступность микроэлементов и оборот в наземных систем.

Аннотация

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Siderophores (низкий молекулярный вес металла хелатными соединениями) имеют важное значение в различные экологические явления, начиная от железа (Fe) биогеохимических циклов в почвах, возбудитель конкуренции, стимулирования роста растений, и кросс Королевство сигнализации. Кроме того siderophores также имеют коммерческий интерес в биологическое выщелачивание и bioweathering минералов и руд металлов подшипника. Быстрое, экономически эффективные и надежные средства количественной оценки производства siderophore в сложных образцов является ключом к выявлению важных аспектов экологических последствий siderophore деятельности, в том числе, Роман siderophore, производства микробов. Представленные здесь метод был разработан для оценки деятельности siderophore в такт микрофлора сообществ, в пробах окружающей среды, таких как почвы или растения тканей. Образцы были гомогенизированные разводят в изменение средних M9 (без Fe), и обогащения культур были инкубировали в течение 3 дней. Siderophore производство оценивалась в пробах на 24, 48 и 72 часов (h) использование Роман 96-луночных микропланшетов CAS (хром azurol сульфонатных)-Fe агар пробирного, адаптация традиционно утомительным и трудоемким колориметрический метод оценки siderophore деятельность, на индивидуальных возделываемых микробной изолятов. Мы обратились в наш метод для 4 различных генотипов/линий пшеницы (Triticum aestivum L.), включая Lewjain, Мадсен и PI561725 и PI561727, обычно выращивается внутреннему Тихоокеанском северо-западе. Siderophore производство четко затронуты генотипов пшеницы и в конкретных видах тканей растений наблюдается. Мы успешно использовали наш метод для быстро экран для влияния генотип растений на siderophore производстве, одной из ключевых функций в наземных и водных экосистем. Мы произвели много технических реплицирует, уступая очень надежные статистические различия в почвах и в тканях растений. Важно отметить, что результаты показывают, что предложенный метод может использоваться для быстро изучить производство siderophore в сложных образцов с высокой степенью надежности, в манере, которая позволяет общинам необходимо сохранить для дальнейшей работы для определения таксонов и функциональных генов.

Введение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Siderophores являются важными биомолекул участвует главным образом в железо Хелаты для биодоступность, но с широкий спектр дополнительных целей в наземных и водных экосистем, начиная от микроорганизмов кворума зондирования, сигнализации для микробной растений хозяев, стимулирования роста растений, сотрудничества и конкуренции в рамках сложных микробных сообществ1,2. Siderophores можно подразделить по их активных сайтов и структурных особенностей, создание четырех основных типов: карбоксилат, hydroxamate, catecholate и смешанные типы3,4. Многие микроорганизмы способны выделяют более чем один тип siderophore5 и в сложных общинах, подавляющее большинство организмов biosynthesize мембранных рецепторов разрешить поглощение даже широкий спектр siderophores1, 6. Недавние работы показывает, что siderophores имеют особенно важное значение на уровне общин и даже в коммуникации между Королевством и биогеохимических переводы7,8,9,10 ,11.

Хром azurol сульфонатных (CAS) был использован для более чем 30 лет в качестве агента хелатирующих для связывания железа (Fe) таким образом, что добавление лигандов (т.е. siderophores) может привести к диссоциации CAS-Fe комплекса, создавая изменения легко идентифицировать цвета в среднесрочной 12. когда CAS связан с Fe, краситель появляется как Королевский синий цвет, и как комплекс CAS-Fe разъединяет, средний меняет цвет в зависимости от типа лигандов для Мусоробот Fe-13. Первоначальный, на основе жидкости среднего, установленные Schwyn и Нейлэндс в 1987 году, был изменен в много способов, чтобы вместить изменения микробной цели14, роста привычки и ограничения15, а также различных металлов, кроме Fe, включая алюминия, марганца, кобальта, кадмий никель, литий, цинка16, медные17и даже мышьяк18.

Многие патогенов человека, а также как посадить роста развитие микроорганизмов (PGPM) были определены как siderophore производителей организмов3,19,20и важные ризосфере и эндофитные PGPM часто тест siderophore производство4положительный. Традиционный метод жидкость на основе Fe был адаптирован к микротитровальных тестирования изолятов культивирования для производства siderophore21. Однако эти методы не признать важность микробных в целом (микрофлора), в сотрудничестве и потенциал регулирования производства siderophore в почве и растений систем22. По этой причине мы разработали общинного уровня оценки высок объём производства siderophore из определенной среды, основанные на традиционной assay CAS, но с репликации, простота измерения, надежность и воспроизводимость в микропланшетов анализа.

В этом исследовании экономически эффективных, высокопроизводительных assay CAS-Fe для обнаружения siderophore производства представлен для оценки обогащения siderophore производства из сложных образцов (то есть, гомогенатах ткани почвы и растений). Массовая, слабо связанные и плотно прыгните ризосфере почвы (с точки зрения как почвы был привязан к корню) были получены вместе с зерном, стрелять и тканей корня из четырех генотипов собственный пшеницы (Triticum aestivum L.): Lewjain, Мадсен, PI561725, и PI561727. Было предположить, что фундаментальные различия в генотипов пшеницы может привести к различиям в подбор siderophore, производства общин. Особый интерес это различие между микробных сообществ, связанной с линией isogenic PI561725, который является алюминий терпимая(ый), потому что он обладает ALMT1 (алюминий активированный малат транспортер 1), по сравнению с алюминия чувствительных PI561727 isogenic линия, которая обладает гибкой формы-алюминиевые гена, almt123,24,25,26. Главной задачей этого исследования было разработать простой, быстрый метод количественной оценки производства siderophore в siderophore обогащения культур сложных образцов типов при сохранении культур для будущей работы.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Примечание: Расположение поля сайта: Университет штата Вашингтон, завод патологии фермы (46 ° 46' 38,0" N 117 ° 04' 57,4» W). Семена были посеяны, используя Механические сеялки на 19 октября 2017. Каждый генотипов пшеницы было посажено в headrows, примерно в 1 метра друг от друга во избежание дублирования корневой системы. На 9 августа 2018, когда растения были готовы к уборке были собраны образцы растений и почв. Образцы были собраны из трех реплицирует четырех генотипов пшеницы: PI561727, PI561725, Мадсен, Lewjain.

1. Подготовка изменение средних M9

  1. Использование Na2PO4∙7H2O (12,8 г/200 мл), KH2PO4 (0,3 г/200 мл), NaCl (0,5 г/200 мл) и NH4реагенты Cl (1 г/20 мл) подготовить раствор соли M9.
  2. Используйте 18 g MgSO4∙7H2O в 100 мл двойной деонизированной воды (ddH2O) для подготовки 0,75 М MgSO4∙7H2O.
  3. Сделать 1 M O CaCl2∙2H2, добавив 14.7 g CaCl2∙2H2O с 100 мл ddH2O.
  4. Приготовляют раствор буфера путем растворения 6.048 g труб в 156 мл ddH2O с перемешиванием. Отрегулируйте pH 6.8 с 5 M NaOH.
  5. Подготовка 20% глюкоза (декстроза моногидрат) растворяют в 100 мл ddH2O. 20 г глюкозы
  6. Подготовка решения и индивидуально автоклава все но глюкозы. Фильтр стерилизовать раствора глюкозы для того, чтобы средства массовой информации M9 после автоклавирования (0.22 мкм).
  7. Подготовить измененный среднего M9, смешивая 156 мл трубы буферного раствора, 40 мл раствора соли M9, 20 мкл раствора CaCl2·2H2O, 266 мкл O MgSO4·7H2и 4 мл 20% глюкозы решений вместе в области биобезопасности кабинет, используя стерильную методику.
  8. Для сохранения измененного M9 печать контейнер, накрыть алюминиевой фольгой для защиты от УФ и поставить на 4 ° C.

2. Подготовка среды CAS-Fe-агар

  1. Кислота Вымойте все стекла в 100 мм HCl/100 мм HNO3 для минимум 2 часа до использования в CAS assay.
  2. Подготовить алюминиевый противень с песком класс лаборатории и накрыть алюминиевой фольгой. Автоклаве при температуре 121 ° C за 30 мин и отложите.
  3. Подготовка HDTMA (hexadecyltrimethylammonium бромид), добавив 0.0365 g 20 мл ddH2O и поместите решение при 37 ° C содействовать солюбилизация.
  4. Подготовка 10 мм HCl и генерировать 1 мм FeCl3·6H2O, используя 10 мм HCl в качестве растворителя. Добавьте 0.0302 g CAS 25 мл ddH2O помешивая осторожно с баром стерильные магнитные перемешать. Затем добавьте 5 мл 1 мм FeCl3·6H2O (в 10 мм HCl) к 25 мл раствора CAS продолжая осторожно перемешать (решение превращается в темного красновато черный цвет).
  5. Медленно добавьте 20 мл HDTMA раствора помешивая осторожно, в раствор Fe-CAS (это дает темно синий раствор).
  6. Подготовьте буферный раствор, растворяя 15.12 g труб в 375 мл ddH2O, с мягким перемешиванием. Отрегулируйте pH 6.8 с 5 M NaOH. Добавьте воду, довести объем до 450 мл. Добавьте в решение 5 g агарозы. Автоклав трубы буферного раствора и раствора CAS-Fe при 121 ° C за 30 мин.
  7. Тщательно добавьте полностью CAS-Fe решения полностью буфера труб в кабинет биобезопасности после того, как каждый из них газобетона.
  8. Место смешанного решения в водяной бане при температуре 50 ° C.
    Примечание: Свежие Подготовьте все реагенты в CAS-Fe-агар среде перед калибровочных, как длительного хранения на 50 ° C приводит к осадков CAS-Fe комплекс и охлаждения результатов в затвердевшей среде.
  9. Место лодку стерильные реагента в стерильных песка в кабинет биобезопасности и тепла до 50 ° C. Передача на CAS-Fe-агар лодки, а затем быстро аликвота 100 мкл для каждой скважины в четкие, с плоским дном, стерильные 96-луночных микропланшетов.

3. Pyoverdine/ЭДТА стандартные подготовка

  1. Pyoverdine подготовка
    1. Подготовка 800 мкм pyoverdine стандарт (смесь янтарной кислоты, 2-гидрокси glutaramide и succinaminde форм pyoverdine – см. Таблицу материалы), в ранее подготовленных изменение средних M9.
    2. Разбавьте это решение в 400, 200, 100, 50, 25, 12,5 и 6,25 мкм решения.
  2. Подготовка стандартных ЭДТА
    1. Добавить 0.594 г динатрия Этилендиаминтетрауксусная кислота (ЭДТА: C10H14N2Na2O8.2H2O), по 500 мл ранее подготовленные изменение средних M9 подготовить 3200 мкм ЭДТА стандарт.
    2. Разбавьте это решение в 1600, 800, 400, 200, 100, 50, 25, 12,5 и 6,25 мкм решения.
  3. Поколение калибровочной кривой
    1. Добавьте 100 мкл каждого концентрации pyoverdine и ЭДТА отделить скважин 96-луночных микропланшетов, содержащей 100 мкл CAS-Fe агар среды. Чтобы дублировать технические репликаций каждого концентрации. Кроме того, добавить пустой скважин с только M9 (ЭДТА или pyoverdine).
    2. С помощью Считыватель микропланшетов измерять поглощение (на 420 Нм и 665 нм) после 1, 6 и 24 ч инкубации при 22 ° C и использование измерений оптической плотности для создания стандартных кривых.
      Примечание: Для 420 Нм измерений, вычтите оптической плотности заготовок от поглощения pyoverdine или содержащие ЭДТА скважин. Для 665 нм, вычесть поглощения pyoverdine или ЭДТА, содержащие скважин от поглощения заготовок. Затем против измерений оптической плотности регресс журнала10(pyoverdine мкм или ЭДТА). Для облегчения интерпретации результатов выборки использовать поглощения в качестве оси x и войти10(pyoverdine мкм или ЭДТА) как по оси y.

4. сбор проб окружающей среды: тканями растений и почвы

  1. Мойте оборудование для отбора проб (лопаты и ножницы) с 0,22 мкм фильтруют ddH2O следуют 70% этиловом спирте и протрите бумажные полотенца до отбора проб и между образцы для поддержания стерильных и уменьшить перекрестное загрязнение.
  2. Акцизный растительных тканей (зерно и побеги) от растений в поле и поместите их в пластиковые надписью хранения сумку, оставляя достаточно стрелять стерни для облегчения выкорчевывание желаемого образцов почвы и корня.
  3. Выкопать маленький корневой мяч примерно 15 см глубиной и шириной 23 см и разместите его в отдельный, обозначенные пластиковый пакет для пробоподготовки в лабораторной среде. Этот шаг аналогичен методам McPherson et al.27.
  4. Поместите все образцы (зерна, побеги, массовых почвы и корня шарики в отдельные мешки) прямо на льду и хранить при 4 ° C до тех пор, пока образцы обрабатываются для assay производства siderophore.
  5. Отдельные образцы почвы корень связанных в массовых, слабо связанные ризосферной почвы и плотно прыгните ризосферной почву.
    1. Возьмите корень шарики из сумки. Аккуратно стряхните почвы от корневого кома. Стряхнуть почвы, наряду с почвы слева в мешке включает «массовых» почвы.
    2. Использование резинового молотка для дальнейшего удаления почвы от корневого кома. Это слабо связанные ризосфере почвы.
    3. Генерировать плотно прыгните ризосфере почвы, принимая корни с образцом плотно привязкой и положить их в пластиковых пробирок. Добавить 30 мл ddH2O и вихревой его на 2-3 минут. Удаление корней получить разбавление навозной жижи почвы плотно прыгните ризосфере.

5. Подготовка siderophore обогащения культур и CAS-Fe siderophore производства пробирного

Примечание: Все посуда должна быть кислоты промывают до начала анализов.

  1. Подготовка образцов почвы (для каждого из трех образцов почвах)
    1. Однородный каждого образца грунта в пределах проб, смешивания и повернув почвы, насколько это возможно без открытия мешка.
      Примечание: Это помогает уменьшить пространственная изменчивость почвы и выравнивает с нормальной почвы процедуры отбора проб. Другие методы могут быть использованы для гомогенизации проб окружающей среды, а также в зависимости от экспериментальный дизайн.
    2. После того, как каждый образец был тщательно смешанные, аликвота и приостановить 2.0 g каждой почвы в 20 мл изменение среды M9, затем развести 10-3 с общим объемом 20 мл в пластиковых пробирок стерильные 50 мл с вилкой стерильных пены позволяют аэрации.
    3. Плотно прыгните ризосфере образцов добавьте 2 мл раствора почвы ризосферной 20 мл изменение среды M9, затем развести 10-3 с общим объемом 20 мл в пластиковых пробирок стерильные 50 мл с вилкой стерильных пены позволяют аэрации.
  2. Подготовка образца (корень, стрелять и зерно) тканей
    1. Поверхность стерилизовать образца с 70% этиловом спирте. Размачиваем 2.0 g свежие ткани в 20 мл модифицированных M9 среды с помощью блендер на высоко в течение 30 секунд. Перенесите образец стерильные 50 мл пластиковых пробирок, затем развести 10-3 с общим объемом 20 мл в пластиковых пробирок стерильные 50 мл с вилкой стерильных пены позволяют аэрации.
  3. Обогащение Siderophore производства через ограничение Fe
    1. Инкубировать 50 мл пробирок при комнатной температуре и погрозит 160 об/мин.

6. CAS-Fe агар анализов для выявления siderophore производства в пробах окружающей среды

  1. На 24, 48 и 72 ч после начала обогащения культуры удалите 1 мл проб из трубы обогащения, использование стерильных и центрифуги на 10000 x g 1 мин в 2 мл пробирок для гранулирование клетки.
  2. Сбор разделенных супернатант. С помощью стерильных, добавьте 100 мкл супернатант 100 мкл раствора CAS-Fe-агара в дубликат или экземплярах микроплиты. Также добавьте 100 мкл стерильные среды M9 (пустые). Затем она подогревает пластину на 28 ° C.
  3. Приостановите оставшиеся супернатант и гранулы для каждого образца, (не добавляется к микротитровальных плита) в его собственный, стерильные 2 мл пластиковых пробирок. Добавить 400 мкл стерильных глицерина в каждую пробирку образца супернатант и Ресуспензируйте гранулы для создания запасов глицерина. Заморозить запасы на-80 ° C для последующего анализа.
    Примечание: Этот шаг может быть изменен для создания глицерин запасов согласно любой предпочтительный внутренний протокол.
  4. Измерьте absorbance на 6, 24, 48 и 72 ч, при длине волны 420 Нм.
  5. Используйте стандартные кривые, созданные из pyoverdine или ЭДТА для интерпретации результатов измерений оптической плотности образца pyoverdine эквиваленте.
    Примечание: Pyoverdine было определено Улучшенный стандарт по сравнению с ЭДТА (смотри ниже), так что ЭДТА не использовался для интерпретации результатов в рамках нынешнего исследования.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Смесь biosynthesized pyoverdine, Pseudomonas fluorescens был использован в качестве стандарта для интерпретации и количественного определения оптической плотности (на 420 Нм) образцов эквивалентах pyoverdine в мкм. на рисунке 1 показана взаимосвязь между поглощения (420 Нм) и концентрация pyoverdine (Log10 Молярность в мкм). ЭДТА не предоставляют адекватных стандартов, поскольку образцы, выставлены более измерений оптической плотности, чем...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Основным результатом этой работы является производство новой методологии, которая может использоваться для быстрого обогащения для siderophore производства микробов при количественном измерении siderophore производством в образце окружающей среды. Методология является быстрым, простым и экономически эффективным, и результаты показывают, каким образом она может использоваться для определения siderophore активности от сложных и новых образцов типов (например., почв и растительных тканей). Протокол также приводит в...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы не имеют никаких конфликтов интересов раскрыть.

Благодарности

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы хотели бы поблагодарить Kalyani Мухунтхар за помощь в лабораторных процедур, ли Opdahl для уборки пшеницы генотип, винограда Конкорд исследования Вашингтон государственный совет и центр университета штата Вашингтон для поддержания сельского хозяйства и Природные ресурсы для BIOAg Грант для поддержки этой работы. Дополнительное финансирование было предоставлено USDA/НИФА через люк проекта 1014527.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
AgaroseApexLF451320014
алюминиевая форма
алюминиевая фольга
хлорид аммония, гранулированныйFiesher Scientific152315A
Автоклав и стерилизаторThermo Scientific
Дигидрат хлорида кальцияFiesher Scientific171428
CAS (Chrome Azurol S)Chem-Impex Int'l Inc)000331-27168
Моногидрат декстрозы (глюкоза), кристаллический порошокFiesher Scientific1521754
ЭДТА, динатриевая соль, дигидрат, кристаллJ.T.BakerJI2476
глицерин, безводныйанализ BakerC22634
HDTMA (цетилтриметиламмомоний Бромидныйреагент WorldFZ0941
Гидрохлоридная кислотаACROS OrganicB0756767
Infinite M200 PRO планшетный считывательTECAN
Железа (III) хлорида гексагидрат, 99%ACROS OrganicA0342179
лабораторный вытяжной шкафThermo Scientific
Лабораторный инкубаторVWR Scientific
Сульфат магнияFiesher Scientific27855
Нириновая кислота, (69-70)%J.T.Baker72287
PIPES буфер, 98,5%ACROS ОрганическийA0338723
Фосфат калия, дибайск, порошокJ.T.BakerJ48594
ПиовердинSIGMA-ALDRICH078M4094V
Песок
SI-600R ShakerLab Companion
Хлорид натрия, гранулированныйFiesher Scientific136539
гидроксид натрия, пеллетыJ.T.BakerG48K53
Фосфат натрия, двухосновной гептагидрат, 99%ACROS ОрганическийA0371705
для выпечки

Ссылки

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Butaite, E., Baumgartner, M., Wyder, S., Kummerli, R. Siderophore cheating and cheating resistance shape competition for iron in soil and freshwater Pseudomonas communities. Nature Communications. 8, (2017).
  2. Ghirardi, S., et al. Identification of Traits Shared by Rhizosphere-Competent Strains of Fluorescent Pseudomonads. Microbial Ecology. 64 (3), 725-737 (2012).
  3. Hider, R. C., Kong, X. L. Chemistry and biology of siderophores. Natural Product Reports. 27 (5), 637-657 (2010).
  4. Saha, M., et al. Microbial siderophores and their potential applications: a review. Environmental Science and Pollution Research. 23 (5), 3984-3999 (2016).
  5. Bhattacharyya, P. N., Jha, D. K. Plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR): emergence in agriculture. World Journal of Microbiology, Biotechnology. 28 (4), 1327-1350 (2012).
  6. Lewis, R. W., Islam, A., Opdahl, L., Davenport, J. R., Sullivan, T. S. Phylogenetics, Siderophore Production, and Iron Scavenging Potential of Root Zone Soil Bacteria Isolated from 'Concord' Grape Vineyards. Microbial Ecology. , Accepted (2018).
  7. Li, S. S., et al. The opportunistic human fungal pathogen Candida albicans promotes the growth and proliferation of commensal Escherichia coli through an iron-responsive pathway. Microbiological Research. 207, 232-239 (2018).
  8. Lorenz, N., Shin, J. Y., Jung, K. Activity, Abundance, and Localization of Quorum Sensing Receptors in Vibrio harveyi. Frontiers in Microbiology. 8, (2017).
  9. O'Brien, S., Fothergill, J. L. The role of multispecies social interactions in shaping Pseudomonas aeruginosa pathogenicity in the cystic fibrosis lung. Fems Microbiology Letters. 364 (15), (2017).
  10. Ozkaya, O., Balbontin, R., Gordo, I., Xavier, K. B. Cheating on Cheaters Stabilizes Cooperation in Pseudomonas aeruginosa. Current Biology. 28 (13), (2018).
  11. Popat, R., et al. Environmental modification via a quorum sensing molecule influences the social landscape of siderophore production. Proceedings of the Royal Society B-Biological Sciences. 284 (1852), (2017).
  12. Schwyn, B., Neilands, J. B. Universal chemical assay for the detection and determination of siderophores. Analytical Biochemistry. 160 (1), 47-56 (1987).
  13. Sullivan, T. S., Ramkissoon, S., Garrison, V. H., Ramsubhag, A., Thies, J. E. Siderophore production of African dust microorganisms over Trinidad and Tobago. Aerobiologia. 28 (3), 391-401 (2012).
  14. Buyer, J. S., DeLorenzo, V., Neilands, J. B. Production of the siderophore aerobactin by a halophilic Pseudomonad. Applied and Environmental Microbiology. 57 (8), 2246-2250 (1991).
  15. Perez-Miranda, S., Cabirol, N., George-Tellez, R., Zamudio-Rivera, L., Fernandez, F. O-CAS, a fast and universal method for siderophore detection. Journal of Microbiological Methods. 70 (1), 127-131 (2007).
  16. Nakouti, I., Hobbs, G. A new approach to studying ion uptake by actinomycetes. Journal of Basic Microbiology. 53 (11), 913-916 (2013).
  17. Wang, L. J., et al. Diisonitrile Natural Product SF2768 Functions As a Chalkophore That Mediates Copper Acquisition in Streptomyces thioluteus. Acs Chemical Biology. 12 (12), 3067-3075 (2017).
  18. Retamal-Morales, G., et al. Detection of arsenic-binding siderophores in arsenic-tolerating Actinobacteria by a modified CAS assay. Ecotoxicology and Environmental Safety. 157, 176-181 (2018).
  19. Desai, A., Archana, G. Role of Siderophores in Crop Improvement. , (2011).
  20. Dertz, E. A., Raymond, K. N. Comprehensive coordination chemistry II. Que, L., Tolman, W. B. 8, Elsevier, Ltd. (2003).
  21. Arora, N. K., Verma, M. Modified microplate method for rapid and efficient estimation of siderophore produced by bacteria. 3 Biotech. 7, 9(2017).
  22. Bandyopadhyay, P., Bhuyan, S. K., Yadava, P. K., Varma, A., Tuteja, N. Emergence of plant and rhizospheric microbiota as stable interactomes. Protoplasma. 254 (2), 617-626 (2017).
  23. Lakshmanan, V., Castaneda, R., Rudrappa, T., Bais, H. P. Root transcriptome analysis of Arabidopsis thaliana exposed to beneficial Bacillus subtilis FB17 rhizobacteria revealed genes for bacterial recruitment and plant defense independent of malate efflux. Planta. 238 (4), 657-668 (2013).
  24. Sasaki, T., et al. A wheat gene encoding an aluminum-activated malate transporter. The Plant Journal. 37 (5), 645-653 (2004).
  25. Mahoney, A. K., Yin, C., Hulbert, S. H. Community Structure, Species Variation, and Potential Functions of Rhizosphere-Associated Bacteria of Different Winter Wheat (Triticum aestivum) Cultivars. Frontiers in Plant Science. 8 (132), (2017).
  26. Rayburn, A. L., Wetzel, J., Baligar, V. Mitotic analysis of sticky chromosomes in aluminum tolerant and susceptible wheat lines grown in soils of differing aluminum saturation. Euphytica. 127 (2), 193-199 (2002).
  27. McPherson, M. R., Wang, P., Marsh, E. L., Mitchell, R. B., Schachtman, D. P. Isolation and Analysis of Microbial Communities in Soil, Rhizosphere, and Roots in Perennial Grass Experiments. Journal of Visualized Experiments. (137), 57932(2018).
  28. Mirleau, P., et al. Fitness in soil and rhizosphere of Pseudomonas fluorescens C7R12 compared with a C7R12 mutant affected in pyoverdine synthesis and uptake. FEMS Microbiology Ecology. 34 (1), 35-44 (2000).
  29. Visca, P., Imperi, F., Lamont, I. L. Pyoverdine siderophores: from biogenesis to biosignificance. Trends in Microbiology. 15 (1), 22-30 (2007).
  30. Louden, B. C., Haarmann, D., Lynne, A. M. Use of Blue Agar CAS Assay for Siderophore Detection. Journal of Microbiology, Biology Education. 12 (1), 51-53 (2011).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Теги

Siderophore ScreeningCAS AssayMicroplate MethodSoil SamplesPlant TissuesEnrichment CultureIron LimitationPyoverdine StandardEDTA StandardWheat Genotypes

Похожие статьи